Exploring the conformational preferences of 20-residue peptides in isolation: Ac-Ala19-Lys + H+vs. Ac-Lys-Ala19 + H+ and the current reach of DFT

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 17, Issue 11, 2015, Pages 7373-7385

  Schubert, Franziska ^a   Rossi, Mariana ^a,b   Baldauf, Carsten ^a   Pagel, Kevin ^a,c   Warnke, Stephan ^a   Von Helden, Gert ^a   Filsinger, Frank ^a   Kupser, Peter ^a   Meijer, Gerard ^a,d   Salwiczek, Mario ^c   Koksch, Beate ^c   Scheffler, Matthias ^a   Blum, Volker ^a,e  

^a FRITZ HABER INSTITUT DER MAX PLANCK GESELLSCHAFT   (Germany)

^b UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

^c FREIE UNIVERSITÄT BERLIN   (Germany)

^d RADBOUD UNIVERSITY NIJMEGEN   (Netherlands)

^e Duke University   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE;

CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

HYDROGEN BONDING; MODELS, MOLECULAR; PEPTIDES; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

EID: 84924365466     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4cp05541a     Document Type: Article

References (76)

1. S. Grimme Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2011 1 211
2. J. Klimes D. R. Bowler A. Michaelides J. Phys.: Condens. Matter 2010 22 022201
3. R. A. DiStasio O. A. von Lilienfeld A. Tkatchenko Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 14791
4. A. Tkatchenko R. A. DiStasio R. Car M. Scheffler Phys. Rev. Lett. 2012 108 236402
5. N. Marom A. Tkatchenko M. Rossi V. V. Gobre O. Hod M. Scheffler L. Kronik J. Chem. Theory Comput. 2011 7 3944
6. B. Santra A. Michaelides M. Scheffler J. Chem. Phys. 2007 127 184104
7. B. Santra J. Klimes D. Alfè A. Tkatchenko B. Slater A. Michaelides R. Car M. Scheffler Phys. Rev. Lett. 2011 107 185701
8. S. J. Fox C. Pittock C. S. Tautermann T. Fox C. Christ N. O. J. Malcolm J. W. Essex C.-K. Skylaris J. Phys. Chem. B 2013 117 9478
9. D. R. Bowler T. Miyazaki Rep. Prog. Phys. 2012 75 036503
10. A. J. Cohen P. Mori-Sánchez W. Yang Chem. Rev. 2012 112 289
11. S. Baroni P. Giannozzi Europhys. Lett. 1992 17 547
12. C.-K. Skylaris P. D. Haynes A. A. Mostofi M. C. Payne J. Chem. Phys. 2005 122 084119
13. J. Ireta M. Scheffler J. Chem. Phys. 2009 131 085104
14. M. Rossi S. Chutia M. Scheffler V. Blum J. Phys. Chem. A 2014 118 7349
15. M. Rossi V. Blum P. Kupser G. von Helden F. Bierau K. Pagel G. Meijer M. Scheffler J. Phys. Chem. Lett. 2010 1 3465
16. S. Chutia M. Rossi V. Blum J. Phys. Chem. B 2012 116 14788
17. M. Rossi M. Scheffler V. Blum J. Phys. Chem. B 2013 117 5574
18. Y. Xie H. F. Schaefer R. Silaghi-Dumitrescu B. Peng Q.-s. Li J. A. Stearnsand T. R. Rizzo Chem.-Eur. J. 2012 18 12941
19. J. K. Martens I. Compagnon E. Nicol T. B. McMahon C. Clavaguéra G. Ohanessian J. Phys. Chem. Lett. 2012 3 3320
20. M.-P. Gaigeot Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 3336
21. C. Baldauf H.-J. Hofmann Helv. Chim. Acta 2012 95 2348
22. F. Schubert K. Pagel M. Rossi S. Warnke M. Salwiczek B. Koksch G. von Helden V. Blum C. Baldauf M. Scheffler Phys. Chem. Chem. Phys. 2015 17 5376
23. J. A. Stearns C. Seaiby O. V. Boyarkin T. R. Rizzo Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 125
24. R. R. Hudgins M. A. Ratner M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 1998 120 12974
25. R. R. Hudgins M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 1999 121 3494
26. M. F. Jarrold Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 1659
27. P. L. Freddolino C. B. Harrison Y. Liu K. Schulten Nat. Phys. 2010 6 751
28. K. A. Dill J. L. MacCallum Science 2012 338 1042
29. T. J. Lane D. Shukla K. A. Beauchamp V. S. Pande Curr. Opin. Struct. Biol. 2013 23 58
30. D. Roy G. Pohl J. Ali-Torres M. Marianski J. J. Dannenberg Biochemistry 2012 51 5387
31. G. Rossetti A. Magistrato A. Pastore P. Carloni J. Chem. Theory Comput. 2010 6 1777
32. S. J. Fox C. Pittock T. Fox C. S. Tautermann N. Malcolm C.-K. Skylaris J. Chem. Phys. 2011 135 224107
33. M. D. Beachy D. Chasman R. B. Murphy T. A. Halgren R. A. Friesner J. Am. Chem. Soc. 1997 119 5908
34. H. Valdes V. Spiwok J. Rezac D. Reha A. G. Abo-Riziq M. S. de Vries P. Hobza Chem.-Eur. J. 2008 14 4886
35. H. Valdes K. Pluhácková M. Pitonák J. Rezác P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 2747
36. J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1996 77 3865
37. C. Adamo V. Barone J. Chem. Phys. 1999 110 6158
38. A. Tkatchenko M. Scheffler Phys. Rev. Lett. 2009 102 073005
39. A. Ambrosetti A. M. Reilly R. A. DiStasio A. Tkatchenko J. Chem. Phys. 2014 140 18A508
40. T. Wyttenbach G. von Helden M. T. Bowers J. Am. Chem. Soc. 1996 118 8355
41. N. A. Pierson L. Chen S. J. Valentine D. H. Russell D. E. Clemmer J. Am. Chem. Soc. 2011 133 13810
42. K. Hukushima K. Nemoto J. Phys. Soc. Jpn. 1996 65 1604
43. E. Marinari G. Parisi Europhys. Lett. 1992 19 451
44. U. H. Hansmann Chem. Phys. Lett. 1997 281 140
45. Y. Sugita Y. Okamoto Chem. Phys. Lett. 1999 314 141
46. B. Hess C. Kutzner D. van der Spoel E. Lindahl J. Chem. Theory Comput. 2008 4 435
47. G. A. Kaminski R. A. Friesner J. Tirado-Rives W. L. Jorgensen J. Phys. Chem. B 2001 105 6474
48. V. Blum R. Gehrke F. Hanke P. Havu V. Havu X. Ren K. Reuter M. Scheffler Comput. Phys. Commun. 2009 180 2175
49. V. Havu V. Blum P. Havu M. Scheffler J. Comput. Phys. 2009 228 8367
50. A. Tkatchenko M. Rossi V. Blum J. Ireta M. Scheffler Phys. Rev. Lett. 2011 106 118102
51. A. Tkatchenko A. Ambrosetti R. A. DiStasio J. Chem. Phys. 2013 138 074106
52. J. A. Stearns O. V. Boyarkin T. R. Rizzo J. Am. Chem. Soc. 2007 129 13820
53. M.-P. Gaigeot M. Martinez R. Vuilleumier Mol. Phys. 2007 105 2857
54. G. Bussi D. Donadio M. Parrinello J. Chem. Phys. 2007 126 014101
55. D. Oepts A. van der Meer P. van Amersfoort Infrared Phys. Technol. 1995 36 297
56. J. J. Valle J. R. Eyler J. Oomens D. T. Moore A. F. G. van der Meer G. von Helden G. Meijer C. L. Hendrickson A. G. Marshall G. T. Blakney Rev. Sci. Instrum. 2005 76 023103
57. M. F. Mesleh J. M. Hunter A. A. Shvartsburg G. C. Schatz M. F. Jarrold J. Phys. Chem. 1996 100 16082
58. M. F. Mesleh J. M. Hunter A. A. Shvartsburg G. C. Schatz M. F. Jarrold J. Phys. Chem. A 1997 101 968
59. MOBCAL-A Program to Calculate Mobilities, http://www.indiana.edu/nano/software.html, Downloaded in April 2013
60. F. L. Hirshfeld Theor. Chim. Acta 1977 44 129
61. M. Kohtani B. S. Kinnear M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2000 122 12377
62. T. D. Vaden T. S. J. A. de Boer J. P. Simons L. C. Snoek S. Suhai B. Paizs J. Phys. Chem. A 2008 112 4608
63. R. J. Plowright E. Gloaguen M. Mons ChemPhysChem 2011 12 1889
64. T. R. Rizzo J. A. Stearns O. V. Boyarkin Int. Rev. Phys. Chem. 2009 28 481
65. A. Cimas T. D. Vaden T. S. J. A. de Boer L. C. Snoek M.-P. Gaigeot J. Chem. Theory Comput. 2009 5 1068
66. A. Barth Biochim. Biophys. Acta 2007 1767 1073
67. A. Barth C. Zscherp Q. Rev. Biophys. 2002 35 369
68. Q. Hu P. Wang J. Laskin Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 12802
69. X. Daura K. Gademann B. Jaun D. Seebach W. F. van Gunsteren A. E. Mark Angew. Chem., Int. Ed. 1999 38 236
70. J. Oomens B. G. Sartakov G. Meijer G. von Helden Int. J. Mass Spectrom. 2006 254 1
71. J. B. Pendry J. Phys. C: Solid State Phys. 1980 13 937
72. C. Baldauf K. Pagel S. Warnke G. von Helden B. Koksch V. Blum M. Scheffler Chem.-Eur. J. 2013 19 11224
73. B. Ma C.-J. Tsai R. Nussinov Biophys. J. 2000 79 2739
74. Y. Shi Z. Xia J. Zhang R. Best C. Wu J. W. Ponder P. Ren J. Chem. Theory Comput. 2013 9 4046
75. J. M. Scholtz R. L. Baldwin Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1992 21 95
76. X. Ren P. Rinke V. Blum J. Wieferink A. Tkatchenko A. Sanfilippo K. Reuter M. Scheffler New J. Phys. 2012 14 053020