Vibrational spectroscopy and conformational structure of protonated polyalanine peptides isolated in the gas phase

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 112, Issue 20, 2008, Pages 4608-4616

  Vaden, Timothy D ^a   De Boer, Tjalling S J A ^a   Simons, John P ^a   Snoek, Lavina C ^a   Suhai, Sándor ^b   Paizs, Béla ^b  

^a UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

^b GERMAN CANCER RESEARCH CENTER DKFZ   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONAL STRUCTURES; GAS-PHASE; POLYALANINE PEPTIDES; PROTONATED;

AMINES; ELECTRON ENERGY LEVELS; PEPTIDES;

PROTEINS;

PEPTIDE; POLYALANINE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; GAS; PROTEIN CONFORMATION; SPECTROSCOPY; VIBRATION;

GASES; MODELS, MOLECULAR; PEPTIDES; PROTEIN CONFORMATION; SPECTRUM ANALYSIS; VIBRATION;

EID: 53349151349     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp800069n     Document Type: Article

References (37)

1. Brenner, V.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Tardivel, B.; Mons, M. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 7347.
2. Chin, W.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Mons, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1033.
3. Snoek, L. C.; Robertson, E. G.; Kroemer, R. T.; Simons, J. P. Chem. Phys. Lett. 2000, 321, 49.
4. Haber, T.; Seefeld, K.; Kleinermanns, K. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 3038.
5. Abo-Riziq, A.; Crews, B. O.; Callahan, M. P.; Grace, L.; de Vries, M. S. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 5166.
6. De Vries, M. S.; Hobza, P. Annu. Rev. Phys. Chem. 2007, 58, 585.
7. Compagnon, I.; Oomens, J.; Meijer, G.; Von Helden, G. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 3592.
8. Paizs, B.; Suhai, S. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 508.
9. Zhang, Z.; Bordas-Nagy, J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 786.
10. Lifshitz, C. Int. J. Mass Spectrom. 2004, 234, 63.
11. Wyttenbach, T.; Paizs, B.; Barran, P.; Breci, L.; Liu, D.; Suhai, S.; Wysocki, V. H.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13768.
12. Jarrold, M. F. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 179.
13. Jarrold, M. F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 1659.
14. Barran, P. E.; Poller, N. C.; Campopiano, D. J.; Clarke, D. J.; Langridge-Smith, P. R. R.; Langley, R. J.; Govan, J. R. W.; Maxwell, A.; Dorin, J. R.; Millar, R. P.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. 2005, 240, 273.
15. McColl, I. W.; Blanch, E W.; Hecht, L.; Kallenbach, N. R.; Barron, L. D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5076.
16. Shi, Z.; Olson, C. A.; Rose, G. D.; Baldwin, R. W.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 9190.
17. Wei, Y.; Nadler, W.; Hansmann, U. H. E. J. Chem. Phys. 2007, 126, 204307.
18. Hudgins, R. R.; Mao, Y.; Ratner, M. A.; Jarrold, M. F. Biophys. J. 1999, 76, 1591.
19. Stearns, J. A.; Boyarkin, O. V.; Rizzo, T. R. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 13820.
20. Polfer, N. C.; Oomens, J.; Suhai, S.; Paizs, B. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5887.
21. Gregoire, G.; Gaigeot, M. P.; Marinica, D. C.; Lemaire, J.; Schermann, J. P.; Desfrancois, C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 3082.
22. Marinica, D. C.; Gregoire, G.; Desfrancois, C.; Schermann, J. P.; Borgis, D.; Gaigeot, M. P. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8802.
23. Stearns, J. A.; Guidi, M.; Boyarkin, O. V.; Rizzo, T. R. J. Chem. Phys. 2007, 127, 154322.
24. Stearns, J. A.; Mercier, S.; Seaiby, C.; Guidi, M.; Boyarkin, O. V.; Rizzo, T. R. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 11814.
25. Vaden, T. D.; De Boer, T. S. J. A.; MacLeod, N. A.; Marzluff, E. M.; Simons, J. P.; Snoek, L. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 2549.
26. MacLeod, N. A.; Simons, J. P. Mol. Phys. 2007, 105, 689.
27. Vaden, T. D.; de Boer, T. S. J. A.; Simons, J. P.; Snoek, L. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 1443.
28. Oomens, J.; Satarkov, B. G.; Meijer, G.; von Helden, G. Int. J. Mass Spectrom. 2006, 254, 1.
29. Liu, D.; Wyttenbach, T.; Barran, P. E.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8458.
30. Paizs, B.; Suhai, S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 103.
31. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K., M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Radmer, R.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I. G.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. J.; Kollmann, P. A. University of California: San Francisco.
32. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J., J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision C.02; Gaussian, Inc: Pittsburgh, PA, 2003.
33. Andrei, H.-S.; Soka, N.; Dopfer, O. ChemPhysChem 2006, 7, 107.
34. Zwier, T. S. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 8827.
35. Wu, R.; McMahon, T. B. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 11312.
36. Hammer, N. I.; Diken, E. G.; Roscioli, J. R.; Johnson, M. A.; Myshakin, E. M.; Jordan, K. D.; McCoy, A. B.; Huang, X.; Bowman, J. M.; Carter, S. J. Chem. Phys. 2005, 122, 244301.
37. Roscioli, J. R.; McCunn, L. R.; Johnson, M. A. Science 2007, 316, 249.