Helix formation in unsolvated alanine-based peptides: Helical monomers and helical dimers

Journal of the American Chemical Society

Volumn 121, Issue 14, 1999, Pages 3494-3501

  Hudgins, Robert R ^a   Jarrold, Martin F ^a  

^a NORTHWESTERN UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALANINE; LYSINE; PEPTIDE;

ALPHA HELIX; AMINO ACID COMPOSITION; AMINO TERMINAL SEQUENCE; ARTICLE; CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; DIMERIZATION; ENTROPY; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; PROTEIN STABILITY; VACUUM;

EID: 0033553175     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja983996a     Document Type: Article

References (44)

1. Levitt, M.; Chothia, C. Nature (London) 1976, 261, 552.
2. Chou, P. Y.; Fasman, G. D. Biochemistry 1974, 13, 222.
3. Chakrabartty, A.; Baldwin, R. L. Adv. Protein Chem. 1995, 46, 141.
4. O'Neil, K. T.; DeGrado, W. F. Science 1990, 250, 646.
5. Lyu, P. C.; Liff, M. I.; Marky, L. A.; Kallenbach, N. R. Science 1990, 250, 669.
6. Marqusee, S.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 8898.
7. Marqusee, S.; Robbins, V. H.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 5286.
8. Millhauser, G. L.; Stenland, C. J.; Hanson, P.; Bolin, K. A.; van de Yen, F. J. M. J. Mol. Biol. 1997, 267, 963.
9. Hudgins, R. R.; Mao, Y.; Ratner, M. A.; Jarrold, M. F. Biophys. J., 1999, 76, 1591.
10. Hudgins, R. R.; Ratner, M. A.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 12974.
11. Suckau, D.; Shi, Y.; Beu, S. C; Senko, M. W.; Quinn, J. P.; Wampler, F. M.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 790.
12. Collings, B. A.; Douglas, D. J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 4488.
13. Sullivan, P. A.; Axelsson, J.; Altmann, S.; Quist, A. P.; Sundqvist, B. U. R.; Reimann, C. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 329.
14. Wyttenbach, T.; von Helden, G.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8355.
15. Clemmer, D. E.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10141.
16. Valentine, S. J.; Anderson, J. G.; Ellington, A. D.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 3891.
17. Gross, D. S.; Schnier, P. D.; Rodriguez-Cruz, S. E.; Fagerquist, C. K.; Williams, E. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 3143.
18. Klassen, J. S.; Blades, A. T.; Kebarle, P. J. Phys. Chem. 1995, 99, 15509.
19. Kaltashov, I. A.; Fenselau, C. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1997, 27, 165.
20. Counterman, A. E.; Valentine, S. J.; Srebalus, C. A.; Henderson, S. C.; Hoaglund, C. S.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 743.
21. Dugourd, P.; Hudgins, R. R.; Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. Rev. Sci. Instrum. 1997, 68, 1121.
22. Hudgins, R. R.; Woenckhaus, J.; Jarrold, M. F. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997, 165/166, 497.
23. Hagen, D. F. Anal. Chem. 1979, 51, 870.
24. Karpas, Z.; Cohen, M. J.; Stimac, R. M.; Wernlund, R. F. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1986, 74, 153.
25. Von Helden, G.; Hsu, M. T.; Kemper, P. R.; Bowers, M. T. J. Chem. Phys. 1991, 95, 3835.
26. Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 577.
27. Mason, E. A.; McDaniel, E. W. Transport Properties of Ions in Gases; Wiley: New York, 1988.
28. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
29. Van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. Mol. Phys. 1977, 34, 1311.
30. Gorman, G. S.; Speir, J. P.; Turner, C. A.; Amster, I. J. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 3986.
31. Wu, Z. C.; Fenselau, C. Tetrahedron 1993, 49, 9197.
32. Mesleh, M. F.; Hunter, J. M.; Shvartsburg, A. A.; Schatz, G. C.; Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16082.
33. Presta, L. G.; Rose, G. D. Science 1988, 240, 1632.
34. Scale, J. W.; Srinivasan, R.; Rose, G. D. Protein Sci. 1994, 3, 1741.
35. Forood, B.; Feliciano, E. J.; Nambiar, K. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 838.
36. Hol, W. G. J.; vanDuijnen, P. T.; Berendsen, H. J. C. Nature (London) 1978, 273, 443.
37. Blagdon, D. E.; Goodman, M. Biopolymers 1975, 14, 241.
38. Daggett, V. D.; Kollman, P. A.; Kuntz, I. D. Chem. Scr. 1989, 29A, 205.
39. Wyttenbach, T.; Bushnell, J. E.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5098.
40. Okamoto, Y.; Hansmann, U. H. E. J. Phys. Chem. 1995, 99, 11276.
41. Shoemaker, K. R.; Kim, P. S.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Nature 1987, 326, 563.
42. Silverman, D. N.; Scheraga, H. A. Arch. Biochem. Biophys. 1972, 153, 449.
43. Crick, F. H. C. Acta Crystallogr. 1953, 6, 689.
44. Lupas, A. TIBS 1996, 21, 375.