Nanoconfined circular and linear DNA: Equilibrium conformations and unfolding kinetics

Macromolecules

Volumn 48, Issue 3, 2015, Pages 871-878

  Alizadehheidari, Mohammadreza ^a   Werner, Erik ^b   Noble, Charleston ^c,d   Reiter Schad, Michaela ^c   Nyberg, Lena K ^a   Fritzsche, Joachim ^a   Mehlig, Bernhard ^b   Tegenfeldt, Jonas O ^d   Ambjörnsson, Tobias ^c   Persson, Fredrik ^e   Westerlund, Fredrik ^a  

^a CHALMERS UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Sweden)

^b UNIVERSITY OF GOTHENBURG   (Sweden)

^c LUND UNIVERSITY   (Sweden)

^d LUND UNIVERSITY   (Sweden)

^e UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONS; MOLECULES; NANOFLUIDICS;

BUFFER CONCENTRATIONS; CONFORMATIONAL STATISTICS; DOUBLE STRAND BREAKS; EMISSION INTENSITY; EQUILIBRIUM CONFORMATION; LINEAR CONFIGURATION; NANOFLUIDIC CHANNEL; UNFOLDING KINETICS;

DNA;

EID: 84922593842     PISSN: 00249297     EISSN: 15205835     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ma5022067     Document Type: Article

References (36)

1. Persson, F.; Tegenfeldt, J. O. Chem. Soc. Rev. 2010, 39, 985
2. Levy, S. L.; Craighead, H. G. Chem. Soc. Rev. 2010, 39, 1133
3. Tegenfeldt, J. O.; Prinz, C.; Cao, H.; Chou, S.; Reisner, W. W.; Riehn, R.; Wang, Y. M.; Cox, E. C.; Sturm, J. C.; Silberzan, P.; Austin, R. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 10979-10983
4. Chaurasiya, K. R.; Paramanathan, T.; McCauley, M. J.; Williams, M. C. Phys. Life Rev. 2010, 7, 299-341
5. De Vlaminck, I.; Dekker, C. Annu. Rev. Biophys. 2012, 41, 453-472
6. Reisner, W.; Morton, K.; Riehn, R.; Wang, Y.; Yu, Z.; Rosen, M.; Sturm, J.; Chou, S.; Frey, E.; Austin, R. Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 196101
7. Persson, F.; Utko, P.; Reisner, W.; Larsen, N. B.; Kristensen, A. Nano Lett. 2009, 9, 1382-1385
8. Reisner, W.; Beech, J.; Larsen, N.; Flyvbjerg, H.; Kristensen, A.; Tegenfeldt, J. Phys. Rev. Lett. 2007, 99, 058302
9. Zhang, C.; Zhang, F.; van Kan, J. A.; van der Maarel, J. R. C. J. Chem. Phys. 2008, 128, 225109
10. Zhang, C.; Shao, P. G.; van Kan, J. A.; Van Der Maarel, J. R. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 16651-16656
11. Zhang, C.; Gong, Z.; Guttula, D.; Malar, P. P.; van Kan, J. A.; Doyle, P. S.; van der Maarel, J. R. C. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 3031-3036
12. Zhang, C.; Jiang, K.; Liu, F.; Doyle, P. S.; van Kan, J. A.; van der Maarel, J. R. C. Lab Chip 2013, 13, 2821
13. Zhang, C.; Guttula, D.; Liu, F.; Malar, P. P.; Ng, S. Y.; Dai, L.; Doyle, P. S.; van Kan, J. A.; van der Maarel, J. R. C. Soft Matter 2013, 9, 9593-9601
14. Frykholm, K.; Alizadehheidari, M.; Fritzsche, J.; Wigenius, J.; Modesti, M.; Persson, F.; Westerlund, F. Small 2014, 10, 884-887
15. Persson, F.; Fritzsche, J.; Mir, K. U.; Modesti, M.; Westerlund, F.; Tegenfeldt, J. O. Nano Lett. 2012, 12, 2260-2265
16. Roushan, M.; Kaur, P.; Karpusenko, A.; Countryman, P. J.; Ortiz, C. P.; Lim, S. F.; Wang, H.; Riehn, R. Biomicrofluidics 2014, 8, 034113
17. Nyberg, L. K.; Persson, F.; Berg, J.; Bergström, J.; Fransson, E.; Olsson, L.; Persson, M.; Stålnacke, A.; Wigenius, J.; Tegenfeldt, J. O.; Westerlund, F. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2012, 417, 404-408
18. Nilsson, A. N.; Emilsson, G.; Nyberg, L. K.; Noble, C.; Stadler, L. S.; Fritzsche, J.; Moore, E. R. B.; Tegenfeldt, J. O.; Ambjornsson, T.; Westerlund, F. Nucleic Acids Res. 2014, 42, e118
19. Reisner, W.; Larsen, N. B.; Silahtaroglu, A.; Kristensen, A.; Tommerup, N.; Tegenfeldt, J. O.; Flyvbjerg, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 13294-13299
20. Jo, K.; Dhingra, D. M.; Odijk, T.; de Pablo, J. J.; Graham, M. D.; Runnheim, R.; Forrest, D.; Schwartz, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 2673-2678
21. Lam, E. T.; Hastie, A.; Lin, C.; Ehrlich, D.; Das, S. K.; Austin, M. D.; Deshpande, P.; Cao, H.; Nagarajan, N.; Xiao, M.; Kwok, P.-Y. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 771-776
22. Bennett, P. M. Br. J. Pharmacol. 2008, 153, S347-S357
23. Tycon, M. A.; Dial, C. F.; Faison, K.; Melvin, W.; Fecko, C. J. Anal. Biochem. 2012, 426, 13-21
24. Tuite, E. M.; Åkerman, B. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 1080-1090
25. Nyberg, L.; Persson, F.; Åkerman, B.; Westerlund, F. Nucleic Acids Res. 2013, 41, e184-e184
26. Werner, E.; Westerlund, F.; Tegenfeldt, J. O.; Mehlig, B. Macromolecules 2013, 46, 6644-6650
27. Otsu, N. "A Threshold Selection Method from Gray-Level Histograms", IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics SMC-9 1979, 1, 62-66
28. Wang, Y.; Tree, D. R.; Dorfman, K. D. Macromolecules 2011, 44, 6594-6604
29. Dai, L.; van der Maarel, J.; Doyle, P. S. Macromolecules 2014, 47, 2445-2450
30. Werner, E.; Mehlig, B. Phys. Rev. E 2014, 90, 062602
31. Odijk, T. Phys. Rev. E 2008, 77, 060901
32. Werner, E.; Persson, F.; Westerlund, F.; Tegenfeldt, J. O.; Mehlig, B. Phys. Rev. E 2012, 86, 041802
33. Odijk, T. Macromolecules 1983, 16, 1340-1344
34. Burkhardt, T. W.; Yang, Y.; Gompper, G. Phys. Rev. E 2010, 82, 041801
35. Levy, S. L.; Mannion, J. T.; Cheng, J.; Reccius, C. H.; Craighead, H. G. Nano Lett. 2008, 8, 3839-3844
36. Benková, Z.; Cifra, P. Macromolecules 2012, 45, 2597-2608