DNA in nanochannels-directly visualizing genomic information

Chemical Society Reviews

Volumn 39, Issue 3, 2010, Pages 985-999

  Persson, Fredrik ^a   Tegenfeldt, Jonas O ^a,b  

^a UNIVERSITY OF GOTHENBURG   (Sweden)

^b LUND UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA;

CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; GENETICS; GENOMICS; HUMAN; REVIEW;

DNA; GENOMICS; HUMANS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE;

EID: 77952467722     PISSN: 03060012     EISSN: 14604744     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b912918a     Document Type: Article

References (64)

1. B. Lewin, Genes IX, Jones and Bartlett Publishers, Inc. Sudbury, 2008
2. E. S. Lander, et al. Nature 2001, 409, 860-921
3. J. C. Venter, et al. Science 2001, 291, 1304-1351
4. J. Shendure, H. Ji, Nat. Biotechnol. 2008, 26, 1135-1145
5. M. Ronaghi, M. UhlÉn, P. NyrÉn, Science 1998, 281, 363-365
6. S. Howorka, Z. Siwy, Chem. Soc. Rev. 2009, 38, 2360-2384
7. J. Clarke, H.-C. Wu, L. Jayasinghe, A. Patel, S. Reid, H. Bayley, Nat. Nanotechnol. 2009, 4, 265-270
8. J. H. Jett, R. A. Keller, J. C. Martin, B. L. Marrone, R. K. Moyzis, R. L. Ratliff, N. K. Seitzinger, E. B. Shera, C. C. Stewart, J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 7, 301-309
9. U. F. Keyser, B. N. Koeleman, S. van Dorp, D. Krapf, R. M. M. Smeets, S. G. Lemay, N. H. Dekker, C. Dekker, Nat. Phys. 2006, 2, 473-477
10. J. Y. Lin, R. Qi, C. Aston, J. P. Jing, T. S. Anantharaman, B. Mishra, O. White, M. J. Daly, K. W. Minton, J. C. Venter, D. C. Schwartz, Science 1999, 285, 1558-1562
11. A. Graneli, C. C. Yeykal, R. B. Robertson, E. C. Greene, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 1221-1226
12. K. C. Neuman, A. Nagy, Nat. Methods 2008, 5, 491-505
13. T. T. Perkins, D. E. Smith, S. Chu, Science 1997, 276, 2016-2021
14. E. Y. Chan, N. M. Goncalves, R. A. Haeusler, A. J. Hatch, J. W. Larson, A. M. Maletta, G. R. Yantz, E. D. Carstea, M. Fuchs, G. G. Wong, S. R. Gullans, R. Gilmanshin, Genome Res. 2004, 14, 1137-1146
15. J. O. Tegenfeldt, O. Bakajin, C.-F. Chou, S. Chan, R. H. Austin, W. Fann, L. Liou, E. Chan, T. Duke, E. C. Cox, Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 1378-1381
16. D. C. Schwartz, X. J. Li, L. I. Hernandez, S. P. Ramnarain, E. J. Huff, Y. K. Wang, Science 1993, 262, 110-114
17. A. Valouev, L. Li, Y. C. Liu, D. C. Schwartz, Y. Yang, Y. Zhang, M. S. Waterman, J. Comput. Biol. 2006, 13, 442-462
18. K. Jo, D. M. Dhingra, T. Odijk, J. J. de Pablo, M. D. Graham, R. Runnheim, D. Forrest, D. C. Schwartz, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 2673-2678
19. J. O. Tegenfeldt, C. Prinz, H. Cao, S. Chou, W. W. Reisner, R. Riehn, Y. M. Wang, E. C. Cox, J. C. Sturm, P. Silberzan, R. H. Austin, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 10979-10983
20. R. Riehn, M. C. Lu, Y. M. Wang, S. F. Lim, E. C. Cox, R. H. Austin, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 10012-10016
21. W. W. Cai, H. Aburatani, V. P. Stanton, D. E. Housman, Y. K. Wang, D. C. Schwartz, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995, 92, 5164-5168
22. Y. M. Wang, J. O. Tegenfeldt, W. Reisner, R. Riehn, X. J. Guan, L. Guo, I. Golding, E. C. Cox, J. Sturm, R. H. Austin, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 9796-9801
23. P. G. de Gennes, Scaling Concepts in Polymer Physics, Cornell University Press, Ithaca, NY, 1979
24. M. Doi and S. F. Edwards, The Theory of Polymer Dynamics, Oxford University Press, Inc. New York, 1986
25. M. Rubinstein and R. H. Colby, Polymer Physics, Oxford University Press, New York, 2003
26. V. V. Rybenkov, A. V. Vologodskii, Mol. Biol. 1992, 26, 945-949
27. F. Persson, Technical University of Denmark, 2009
28. M. Daoud, P. G. de Gennes, J. Phys. 1977, 38, 85-93
29. T. Odijk, Macromolecules 1983, 16, 1340-1344
30. L. Turban, J. Phys. 1984, 45, 347-353
31. F. Persson, P. Utko, W. Reisner, N. B. Larsen, A. Kristensen, Nano Lett. 2009, 9, 1382-1385
32. W. Reisner, K. J. Morton, R. Riehn, Y. M. Wang, Z. N. Yu, M. Rosen, J. C. Sturm, S. Y. Chou, E. Frey, R. H. Austin, Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 196101
33. Y. Z. Yang, T. W. Burkhardt, G. Gompper, Phys. Rev. E 2007, 76, 011804
34. D. Stigter, J. Phys. Chem. 1978, 82, 1603-1606
35. W. Reisner, J. P. Beech, N. B. Larsen, H. Flyvbjerg, A. Kristensen, J. O. Tegenfeldt, Phys. Rev. Lett. 2007, 99, 058302
36. C. Zhang, P. G. Shao, J. A. van Kan, J. R. C. van der Maarel, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 16651-16656
37. H. P. Spielmann, D. E. Wemmer, J. P. Jacobsen, Biochemistry 1995, 34, 8542-8553
38. L. S. Lerman, J. Mol. Biol. 1961, 3, 18-30
39. C. U. Murade, V. Subramaniam, C. Otto, M. L. Bennink, Biophys. J. 2009, 97, 835-843
40. C. Carisson, M. Jonsson, B. Akerman, Nucleic Acids Res. 1995, 23, 2413-2420
41. J. Han, S. W. Turner, H. G. Craighead, Phys. Rev. Lett. 1999, 83, 1688-1691
42. Q. F. Gao, E. S. Yeung, Anal. Chem. 1998, 70, 1382-1388
43. G. L. Kenausis, J. Voros, D. L. Elbert, N. P. Huang, R. Hofer, L. Ruiz-Taylor, M. Textor, J. A. Hubbell, N. D. Spencer, J. Phys. Chem. B 2000, 104, 3298-3309
44. G. Streisinger, R. S. Edgar, G. H. Denhardt, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1964, 51, 775-779
45. S. Yasin, D. G. Hasko, H. Ahmed, Appl. Phys. Lett. 2001, 78, 2760-2762
46. L. H. Thamdrup, A. Klukowska, A. Kristensen, Nanotechnology 2008, 19, 125301
47. H. Cao, Z. Yu, J. Wang, J. O. Tegenfeldt, R. H. Austin, E. Chen, W. Wu, S. Y. Chou, Appl. Phys. Lett. 2002, 81, 174-176
48. W. Li, J. O. Tegenfeldt, L. Chen, R. H. Austin, S. Y. Chou, P. A. Kohl, J. Krotine, J. C. Sturm, Nanotechnology 2003, 14, 578-583
49. R. H. Austin, J. O. Tegenfeldt, H. Cao, S. Y. Chou, E. C. Cox, IEEE Trans. Nanotechnol. 2002, 1, 12-18
50. F. Persson, L. H. Thamdrup, M. B. L. Mikkelsen, S. E. Jaarlgard, P. Skafte-Pedersen, H. Bruus, A. Kristensen, Nanotechnology 2007, 18, 245301
51. K. J. Morton, K. Loutherback, D. W. Inglis, O. K. Tsui, J. C. Sturm, S. Y. Chou, R. H. Austin, Lab Chip 2008, 8, 1448-1453
52. W. Reisner, N. B. Larsen, H. Flyvbjerg, J. O. Tegenfeldt, A. Kristensen, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 79-84
53. H. Cao, J. O. Tegenfeldt, R. H. Austin, S. Y. Chou, Appl. Phys. Lett. 2002, 81, 3058-1060
54. E. A. Strychalski, S. M. Stavis, H. G. Craighead, Nanotechnology 2008, 19, 315301
55. R. Riehn, R. H. Austin, Anal. Chem. 2006, 78, 5933-5934
56. L. H. Thamdrup, F. Persson, H. Bruus, A. Kristensen, H. Flyvbjerg, Appl. Phys. Lett. 2007, 91, 163505
57. R. Riehn, R. H. Austin, J. C. Sturm, Nano Lett. 2006, 6, 1973-1976
58. R. E. Thompson, D. R. Larson, W. W. Webb, Biophys. J. 2002, 82, 2775-2783
59. F. Persson, F. Westerlund, J. O. Tegenfeldt, A. Kristensen, Small 2009, 5, 190-193
60. W. Reisner, H. Flyvbjerg and J. O. Tegenfeldt, The 12th international conference on miniaturized systems for chemistry and life sciences, San Diego, CA, 2008
61. P. Stankiewicz, J. R. Lupski, Trends Genet. 2002, 18, 74-82
62. M. J. Fullwood, C.-L. Wei, E. T. Liu, Y. Ruan, Genome Res. 2009, 19, 521-532
63. B. Huang, M. Bates, X. Zhuang, Annu. Rev. Biochem. 2009, 78, 993-1016
64. P. R. H. Stark, A. E. Halleck, D. N. Larson, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 18902-18906