Characterization of DNA-conjugated compounds using a regenerable chip

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 2, 2015, Pages 864-868

  Lin, Weilin ^a   Reddavide, Francesco V ^a   Uzunova, Veselina ^a   Gur, Fatih Nadi ^a   Zhang, Yixin ^a  

^a DRESDEN UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; DNA; PHARMACODYNAMICS; PROTEINS; THROUGHPUT;

BINDING AFFINITIES; CORRESPONDING COMPOUNDS; DNA-ENCODED CHEMICAL LIBRARIES; HIGH-THROUGHPUT ASSAYS; HIGH-THROUGHPUT SEQUENCING; KINETIC CHARACTERIZATION; PROTEIN TARGETS; STRUCTURE-AFFINITY RELATIONSHIPS;

GENE ENCODING;

CYCLOPHILIN; CYCLOSPORIN; DNA; IMMUNOSUPPRESSIVE AGENT; MOLECULAR LIBRARY;

CHEMISTRY; COMBINATORIAL CHEMISTRY; DNA MICROARRAY; DRUG DESIGN; DRUG DEVELOPMENT; GENE LIBRARY; GENETIC PROCEDURES; HUMAN; KINETICS; METABOLISM; MOLECULAR LIBRARY; STRUCTURE ACTIVITY RELATION;

BIOSENSING TECHNIQUES; COMBINATORIAL CHEMISTRY TECHNIQUES; CYCLOPHILINS; CYCLOSPORINE; DNA; DRUG DESIGN; DRUG DISCOVERY; GENE LIBRARY; HUMANS; IMMUNOSUPPRESSIVE AGENTS; KINETICS; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; SMALL MOLECULE LIBRARIES; STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP;

EID: 84922227281     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac503960z     Document Type: Article

References (32)

1. Hopkins, A. L.; Groom, C. R. Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1, 727
2. Murray, C. W.; Rees, D. C. Nat. Chem. 2009, 1, 187
3. Schreiber, S. L. Science 2000, 287, 1964
4. Wetzel, S.; Bon, R. S.; Kumar, K.; Waldmann, H. Angew. Chem. 2011, 50, 10800
5. Clark, M. A.; Acharya, R. A.; Arico-Muendel, C. C.; Belyanskaya, S. L.; Benjamin, D. R.; Carlson, N. R.; Centrella, P. A.; Chiu, C. H.; Creaser, S. P.; Cuozzo, J. W.; Davie, C. P.; Ding, Y.; Franklin, G. J.; Franzen, K. D.; Gefter, M. L.; Hale, S. P.; Hansen, N. J.; Israel, D. I.; Jiang, J.; Kavarana, M. J.; Kelley, M. S.; Kollmann, C. S.; Li, F.; Lind, K.; Mataruse, S.; Medeiros, P. F.; Messer, J. A.; Myers, P.; OKeefe, H.; Oliff, M. C.; Rise, C. E.; Satz, A. L.; Skinner, S. R.; Svendsen, J. L.; Tang, L.; van Vloten, K.; Wagner, R. W.; Yao, G.; Zhao, B.; Morgan, B. A. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 647
6. Gartner, Z. J.; Tse, B. N.; Grubina, R.; Doyon, J. B.; Snyder, T. M.; Liu, D. R. Science 2004, 305, 1601
7. Leimbacher, M.; Zhang, Y.; Mannocci, L.; Stravs, M.; Geppert, T.; Scheuermann, J.; Schneider, G.; Neri, D. Chem.-Eur. J. 2012, 18, 7729
8. Melkko, S.; Scheuermann, J.; Dumelin, C. E.; Neri, D. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 568
9. Mannocci, L.; Zhang, Y.; Scheuermann, J.; Leimbacher, M.; De Bellis, G.; Rizzi, E.; Dumelin, C.; Melkko, S.; Neri, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 17670
10. Kleiner, R. E.; Dumelin, C. E.; Tiu, G. C.; Sakurai, K.; Liu, D. R. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 11779
11. Copeland, R. A.; Pompliano, D. L.; Meek, T. D. Nat. Rev. Drug Discovery 2006, 5, 730
12. Langer, A.; Hampel, P. A.; Kaiser, W.; Knezevic, J.; Welte, T.; Villa, V.; Maruyama, M.; Svejda, M.; Jahner, S.; Fischer, F.; Strasser, R.; Rant, U. Nat. Commun. 2013, 4
13. Liu, J.; Albers, M. W.; Wandless, T. J.; Luan, S.; Alberg, D. G.; Belshaw, P. J.; Cohen, P.; MacKintosh, C.; Klee, C. B.; Schreiber, S. L. Biochemistry 1992, 31, 3896
14. Liu, J.; Farmer, J. D., Jr.; Lane, W. S.; Friedman, J.; Weissman, I.; Schreiber, S. L. Cell 1991, 66, 807
15. Davis, T. L.; Walker, J. R.; Campagna-Slater, V.; Finerty, P. J., Jr.; Paramanathan, R.; Bernstein, G.; MacKenzie, F.; Tempel, W.; Ouyang, H.; Lee, W. H.; Eisenmesser, E. Z.; Dhe-Paganon, S. PloS Biol. 2010, 8, e1000439
16. Luban, J.; Bossolt, K. L.; Franke, E. K.; Kalpana, G. V.; Goff, S. P. Cell 1993, 73, 1067
17. Gaither, L. A.; Borawski, J.; Anderson, L. J.; Balabanis, K. A.; Devay, P.; Joberty, G.; Rau, C.; Schirle, M.; Bouwmeester, T.; Mickanin, C.; Zhao, S.; Vickers, C.; Lee, L.; Deng, G.; Baryza, J.; Fujimoto, R. A.; Lin, K.; Compton, T.; Wiedmann, B. Virology 2010, 397, 43
18. Price, A. J.; Marzetta, F.; Lammers, M.; Ylinen, L. M.; Schaller, T.; Wilson, S. J.; Towers, G. J.; James, L. C. Nat. Struct Mol. Biol. 2009, 16, 1036
19. Caines, M. E.; Bichel, K.; Price, A. J.; McEwan, W. A.; Towers, G. J.; Willett, B. J.; Freund, S. M.; James, L. C. Nat. Struct. Mol. Biol. 2012, 19, 411
20. Mikol, V.; Kallen, J.; Pflugl, G.; Walkinshaw, M. D. J. Mol. Biol. 1993, 234, 1119
21. Spitzfaden, C.; Braun, W.; Wider, G.; Widmer, H.; Wuthrich, K. J. Biomol. NMR 1994, 4, 463
22. Smulik, J. A.; Diver, S. T.; Pan, F.; Liu, J. O. Org. Lett. 2002, 4, 2051
23. Lazarova, T.; Chen, J. S.; Hamann, B.; Kang, J. M.; Homuth-Trombino, D.; Han, F.; Hoffmann, E.; McClure, C.; Eckstein, J.; Or, Y. S. J. Med. Chem. 2003, 46, 674
24. Gaali, S.; Kozany, C.; Hoogeland, B.; Klein, M.; Hausch, F. ACS Med. Chem. Lett. 2010, 1, 536
25. Fanghanel, J.; Fischer, G. Biophys. Chem. 2003, 100, 351
26. Malesevic, M.; Kuhling, J.; Erdmann, F.; Balsley, M. A.; Bukrinsky, M. I.; Constant, S. L.; Fischer, G. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 213-215.
27. Prell, E.; Kahlert, V.; Rucknagel, K. P.; Malesevic, M.; Fischer, G. ChemBioChem 2013, 14, 63
28. Braun, P. D.; Barglow, K. T.; Lin, Y. M.; Akompong, T.; Briesewitz, R.; Ray, G. T.; Haldar, K.; Wandless, T. J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7575
29. Melkko, S.; Zhang, Y.; Dumelin, C. E.; Scheuermann, J.; Neri, D. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 4671
30. Scheuermann, J.; Dumelin, C. E.; Melkko, S.; Zhang, Y.; Mannocci, L.; Jaggi, M.; Sobek, J.; Neri, D. Bioconjugate Chem. 2008, 19, 778
31. Melkko, S.; Dumelin, C. E.; Scheuermann, J.; Neri, D. Chem. Biol. 2006, 13, 225
32. Rosen, C. B.; Kodal, A. L.; Nielsen, J. S.; Schaffert, D. H.; Scavenius, C.; Okholm, A. H.; Voigt, N. V.; Enghild, J. J.; Kjems, J.; Torring, T.; Gothelf, K. V. Nat. Chem. 2014, 6, 804