Combinatorial peptide ligand libraries as a "trojan horse" in deep discovery proteomics

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 1, 2015, Pages 293-305

  Righetti, Pier Giorgio ^a   Candiano, Giovanni ^b   Citterio, Attilio ^a   Boschetti, Egisto ^c  

^a POLITECNICO DI MILANO   (Italy)

^b G GASLINI INSTITUTE   (Italy)

^c EB JAM Conseil   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE LIBRARY; PROTEOME;

ANIMAL; COMBINATORIAL CHEMISTRY; HUMAN; PEPTIDE LIBRARY; PROCEDURES; PROTEOMICS;

ANIMALS; COMBINATORIAL CHEMISTRY TECHNIQUES; HUMANS; PEPTIDE LIBRARY; PROTEOME; PROTEOMICS;

EID: 84920375835     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac502171b     Document Type: Review

References (86)

1. Jmeian, Y.; El Rassi, Z. Electrophoresis 2009, 30, 249-261
2. Selvaraju, S.; El Rassi, Z. E. Electrophoresis 2012, 33, 74-88
3. Li, J. J.; Bickel, P. J.; Biggin, M. D. PeerJ 2014, 2, e270
4. Chang, C.; Li, L.; Zhang, C.; Wu, S.; Guo, K.; Zi, J.; Chen, Z.; Jiang, J.; Ma, J.; Yu, Q.; Fan, F.; Qin, P.; Han, M.; Su, N.; Chen, T.; Wang, K.; Zhai, L.; Zhang, T.; Ying, W.; Xu, Z.; Zhang, Y.; Liu, Y.; Liu, X.; Zhong, F.; Shen, H.; Wang, Q.; Hou, G.; Zhao, H.; Li, G.; Liu, S.; Gu, W.; Wang, G.; Wang, T.; Zhang, G.; Qian, X.; Li, N.; He, Q. Y.; Lin, L.; Yang, P.; Zhu, Y.; He, F.; Xu, P. J. Proteome Res. 2014, 13, 38-49
5. Schwanhausser, B.; Busse, D.; Li, N.; Dittmar, G.; Schuchhardt, J.; Wolf, J.; Chen, W.; Selbach, M. Nature 2011, 473, 337-342
6. Gonzalez-Begne, G.; Lu, B.; Liao, L.; Xu, T.; Bedi, G.; Melvin, M. E.; Yates, J. R. J. Proteome Res. 2011, 10, 5031-5046
7. Ruhaak, L. R.; Uh, H.-W.; Deelder, A. M.; Dolhain, RJEM.; Wuhrer, M. J. Proteome Res. 2014, 13, 1657-1668
8. Wang, J.; Zhou, C.; Zhang, W.; Yao, J.; Lu, H.; Dong, Q.; Zhou, H.; Qin, L. Proteome Sci. 2014, 12, 4
9. Selvaraju, S.; El Rassi, Z. J. Chromatogr., B 2014, 951-952, 135-142
10. Lorkova, L.; Pospisilova, J.; Lacheta, J.; Leahomschi, S.; Zivny, J.; Cibula, D.; Zivny, J.; Petrak, J. Oncol. Rep. 2012, 27, 318-324
11. Rubin, O.; Delobel, J.; Prudent, M.; Lion, N.; Kohl, K.; Tucker, E. I.; Tissot, J.-D.; Angelillo-Scherrer, A. Transfusion 2013, 53, 1744-1754
12. Ikeda, D.; Ageta, H.; Tsuchida, K.; Yamada, H. Biomarkers 2013, 18, 565-572
13. Cheng, Y.; Chen, Y.; Sun, X.; Li, Y.; Huang, C.; Deng, H.; Li, Z. Inflammation 2014, 10.1007/s10753-014-9871-8
14. Alvarez-Chaver, P.; Otero-Estevez, O.; Páez de la Cadena, M.; Rodriguez-Berrocal, F. J.; Martínez-Zorzano, V. S. World J. Gastroenterol 2014, 20, 3804-3824
15. Boschetti, E.; Righetti, P. G. Low-Abundance Protein Discovery: State of the Art and Protocols; Elsevier: Waltham, MA, 2013.
16. Hartwig, S.; Lehr, S. Methods Mol. Biol. 2012, 854, 169-180
17. Fröhlich, A.; Gaupels, F.; Sarioglu, H.; Holzmeister, C.; Spannagl, M.; Durner, J.; Lindermayr, C. Plant Physiol. 2012, 159, 902-114
18. Sela-Abramovich, S.; Chitlaru, T.; Gat, O.; Grosfeld, H.; Cohen, O.; Shafferman, A. Appl. Environ. Microbiol. 2009, 75, 6157-6167
19. Kolmeder, C. A.; de Vos, W. M. J. Proteomics 2014, 97, 3-16
20. Kemptner, J.; Witzeneder, K.; Hennerbichler, S.; Gabriel, C. Transfus. Med. Hemother. 2013, 40, 413-415
21. Righetti, P. G.; Fasoli, E.; D'Amato, A.; Boschetti, E. In Applications of Advanced Omics Technologies: From Genes to Metabolites; Garcia-Cañas, V.; Cifuentes, A.; Simo, C., Eds.; Elsevier: Waltham, MA, 2014.
22. Shahali, Y.; Sutra, J. P.; Fasoli, E.; D'Amato, A.; Righetti, P. G.; Futamura, N.; Boschetti, E.; Sénéchal, H.; Poncet, P. J. Proteomics 2012, 77, 101-110
23. Liu, Y.; Qiu, N.; Ma, M. Poult. Sci. 2013, 92, 1897-1904
24. Righetti, P. G.; Boschetti, E. Proteomics 2009, 9, 1492-1510
25. Senapati, S.; Barnhart, K. T. Fertil. Steril. 2012, 99, 1107-1116
26. Brown, J. K.; Lauer, K. B.; Ironmonger, E. L.; Inglis, N.; Bourne, T. H.; Critchley, H. O. D.; Horne, A. W. PLoS One 2013, 8, e66974
27. Chen, G.; Zhang, Y.; Jin, X.; Zhang, L.; Zhou, Y.; Niu, J.; Chen, J.; Gu, Y. Proteomics Clin. Appl. 2011, 5, 300-310
28. Boehmer, J. L.; DeGrasse, J. A.; McFarland, M. A.; Tall, E. A.; Shefcheck, K. J.; Ward, J. L.; Bannerman, D. D. Vet. Immunol. Immunopathol. 2010, 138, 252-266
29. Koene, M. G. J.; Mudler, H. A.; Stockhofe-Zurwieden, N.; Kruijt, L.; Smits, M. A. MBC Vet. Dis. 2012, 8, 32-46
30. Soares, R.; Franco, C.; Pires, E.; Ventosa, M.; Palhinhas, R.; Koci, K.; de Almeida, A.; Coelho, A. V. J. Proteomics 2012, 75, 4190-4206
31. Ceciliani, F.; Eckersall, D.; Burchmore, R.; Lecchi, C. Veter. Pathol. 2014, 51, 351-362
32. Galata, Z.; Moschonis, G.; Makridakis, M.; Dimitraki, P.; Nicolaides, N. C.; Manios, Y.; Bartzeliotou, A.; Chrousos, G. P.; Charmandari, E. Eur. J. Clin. Invest. 2011, 41, 1275-1283
33. von Toerne, C.; Kahle, M.; Schäfer, A.; Ispiryan, R.; Blindert, M.; De Angelis, M. H.; Neschen, S.; Ueffing, M.; Hauck, S. J. Proteome Res. 2013, 12, 1331-1343
34. Te Pas, M. F. W.; Koopmans, S. J.; Kruijt, L.; Calus, M. P. L.; Smits, M. A. PLoS One 2013, 8, e73087
35. Felix, K.; Fakelman, F.; Hartmann, D.; Giese, N. A.; Gaida, M. M.; Schnolzer, K.; Flad, T.; Buchler, M. W.; Werner J. Life Sci. 2011, 88, 218-225
36. Fakelman, F.; Felix, K.; Buchler, M. W.; Werner, J. Arch. Physiol. Biochem. 2010, 116, 208-217
37. Mustafa, G. M.; Petersen, J. R.; Ju, H.; Cicalese, L.; Snyder, N.; Haidacher, S. J.; Denner, L.; Elferink, C. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 3640-3652
38. Ferrín, G.; Ranchal, I.; Llamoza, C.; Rodríguez-Perálvarez, M. L.; Romero-Ruiz, A.; Aguilar-Melero, P.; López-Cillero, P.; Briceño, J.; Muntané, J.; Montero-álvarez, J. L.; De la Mata, M. Liver Int. 2013, 34, 438-446
39. Monari, E.; Casali, C.; Cuoghi, A.; Nesci, J.; Bellei, E.; Bergamini, S.; Fantoni, L. I.; Natali, P.; Morandi, U.; Tomasi, A. Proteome Science 2011, 9, 55-65
40. Milan, E.; Lazzari, C.; Anand, S.; Floriani, I.; Torri, V.; Sorlini, C.; Gregorc, V.; Bachi, A. J. Proteomics 2012, 76, 91-101
41. Ruhaak, L. R.; Nguyen, U. T.; Stroble, C.; Taylor, S. L.; Taguchi, A.; Hanash, S. M.; Lebrilla, C. B.; Kim, K.; Miyamoto, S. Proteomics Clin. Appl. 2013, 7, 664-676
42. Meng, R.; Gormley, M.; Bhat, V. B.; Rosenberg, A.; Quong, A. A. J. Proteomics 2011, 75, 366-374
43. Lorkova, L.; Pospisilova, J.; Lacheta, J.; Leahomschi, S.; Zivny, J.; Cibula, D.; Zivny, J.; Petrak, J. Oncol. Rep. 2012, 27, 318-324
44. Larkin, S. E. T.; Zeidan, B.; Taylor, M. G.; Bickers, B.; Al-Ruwaili, J.; Aukim-Hastie, C.; Townsend, P. A. Exp. Rev. Proteomics 2010, 7, 93-102
45. Li, L.; Sun, C. J.; Freeby, S.; Yee, D.; Kieffer-Jaquinod, S.; Guerrier, L.; Boschetti, E.; Lomas, L. J. Proteomics Bioinform. 2009, 2, 485-494
46. Hakimi, A.; Auluck, J.; Jones, G. D. D.; Ng, L. L.; Jones, D. J. L. Proteomics 2014, 14, 4-13
47. Righetti, P. G.; Boschetti, E. Amino Acids 2013, 45, 219-229
48. Boschetti, E.; Righetti, P. G. J. Proteomics 2008, 71, 255-264
49. Simó, C.; Bachi, A.; Cattaneo, A.; Guerrier, L.; Fortis, F.; Boschetti, E.; Podtelejnikov, A.; Righetti, P. G. Anal. Chem. 2008, 80, 3547-3556
50. Bachi, A.; Simó, C.; Restuccia, U.; Guerrier, L.; Fortis, F.; Boschetti, E.; Masseroli, M.; Righetti, P. G. Anal. Chem. 2008, 80, 3557-3565
51. Thulasiraman, V.; Lin, S.; Gheorghiu, L.; Lathrop, J.; Lomas, L.; Hammond, D.; Boschetti, E. Electrophoresis 2005, 26, 3561-3571
52. Huhn, C.; Ruhaak, L. R.; Wuhrer, M.; Deelder, A. M. J. Proteomics 2011, 75, 1515-1528
53. Roux-Dalvai, F.; Gonzalez de Peredo, A.; Simó, C.; Guerrier, L.; Bouissié, D.; Zanella, A.; Citterio, A.; Burlet-Schiltz, O.; Boschetti, E.; Righetti, P. G.; Monsarrat, B. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 2254-2269
54. Rivers, J.; Hughes, C.; McKenna, T.; Woolerton, Y.; Vissers, J. P. C.; Langridge, J. I.; Beynon, R. J. PLoS One 2011, 6, e28902
55. Candiano, G.; Dimuccio, V.; Bruschi, M.; Santucci, L.; Gusmano, R.; Boschetti, E.; Righetti, P. G.; Ghiggeri, G. M. Electrophoresis 2009, 30, 2405-2411
56. Jungbauer, A.; Hahn, R. Methods Enzymol. 2009, 463, 349-371
57. Baldauf, C.; Gunther, R.; Hofmann, H. J. Biopolymers 2006, 84, 408-413
58. D'Amato, A.; Cereda, A.; Bachi, A.; Pierce, J. C.; Righetti, P. G. J. Proteome Res. 2010, 9, 3260-3269
59. Boschetti, E.; Righetti, P. G. Amino Acids 2013, 45, 1431-1442
60. Boschetti, E.; Righetti, P.G. E. Methods Mol. Biol. 2014, 1072, 111-129
61. Fonslow, B. R.; Carvalho, P. C.; Academia, K.; Freeby, S.; Xu, T.; Nakorchevsky, A.; Paulus, A.; Yates, J. R. J. Proteome Res. 2011, 10, 3690-3700
62. Martin, F. C.; Hiller, M.; Spitali, P.; Oonk, S.; Dalebout, H.; Palmblad, M.; Chaouch, A.; Guglieri, M.; Straub, V.; Lochmüller, H.; Niks, E. H.; Verschuuren, J.; Aartsma-Rus, A.; Deelder, A. M.; van derBurgt, Y. E. M.; Hoen, P. A. C. Proteomics Clin. Appl. 2014, 8, 269-278
63. Guerrier, L.; Righetti, P. G.; Boschetti, E. Nat. Protoc. 2008, 3, 883-890
64. Castagna, A.; Cecconi, D.; Sennels, L.; Rappsilber, J.; Guerrier, L.; Fortis, F.; Boschetti, E.; Lomas, L.; Righetti, P. G. J. Proteome Res. 2005, 4, 1917-1930
65. Hartwig, S.; Czibere, A.; Kotzka, J.; Paßlack, W.; Haas, R.; Eckel, J.; Lehr, S. Arch. Physiol. Biochem. 2009, 115, 1-6
66. Ernoult, E.; Bourreau, A.; Gamelin, E.; Guette, C. J. Biomed. Biotechnol. 2010, 2010, 927917
67. Farinazzo, A.; Fasoli, E.; Kravchuk, A. V.; Candiano, G.; Aldini, G.; Regazzoni, L.; Righetti, P. G. J. Proteomics 2009, 72, 725-730
68. Fic, E.; Kedracka-Krok, S.; Jankowska, U.; Pirog, A.; Dziedzicka-Wasylewska, M. Electrophoresis 2010, 31, 3573-3579
69. Di Girolamo, F.; Boschetti, E.; Chung, M. C.; Guadagni, F.; Righetti, P. G. J. Proteomics 2011, 74, 589-594
70. Fasoli, E.; Farinazzo, A.; Sun, C. J.; Kravchuk, A. V.; Guerrier, L.; Fortis, F.; Boschetti, E.; Righetti, P. G. J. Proteomics 2010, 73, 733-742
71. Shahali, Y.; Sutra, J. P.; Fasoli, E.; D'Amato, A.; Righetti, P. G.; Futamura, N.; Boschetti, E.; Sénéchal, H.; Poncet, P. J. Proteomics 2012, 77, 101-110
72. Fasoli, E.; D'Amato, A.; Kravchuk, A. V.; Boschetti, E.; Bachi, A.; Righetti, P. G. J. Proteomics 2011, 74, 127-136
73. Esteve, C.; D'Amato, A.; Marina, M. L.; García, M. C.; Righetti, P. G. Electrophoresis 2012, 33, 2799-2805
74. Esteve, C.; D'amato, A.; Marina, M. L.; García, M. C.; Righetti, P. G. Electrophoresis 2013, 34, 207-214
75. Saez, V.; Fasoli, E.; D'Amato, A.; Simó-Alfonso, E.; Righetti, P. G. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1834, 119-126
76. Santucci, L.; Candiano, G.; Petretto, A.; Lavarello, C.; Bruschi, M.; Ghiggeri, G. M.; Citterio, A.; Righetti, P. G. J. Chromatogr., A 2013, 1297, 106-112
77. Asano, T.; le Noble, W. I. Chem. Rev. 1978, 78, 407-489
78. Guerrier, L.; Claverol, S.; Fortis, F.; Rinalducci, S.; Timperio, A. M.; Antonioli, P.; Jandrot-Perrus, M.; Boschetti, E.; Righetti, P. G. J. Proteome Res. 2007, 6, 4290-4303
79. Boschetti, E.; Righetti Proteomics 2009, 9, 1492-1510
80. D'Ambrosio, C.; Arena, S.; Scaloni, A.; Fortis, F.; Boschetti, E.; Mendieta, M. E.; Citterio, A.; Righetti, P. G. J. Proteome Res. 2008, 7, 3461-3474
81. Guerrier, L.; Claverol, S.; Finzi, L.; Paye, F.; Fortis, F.; Boschetti, E.; Housset, C. J. Chromatogr. 2007, 1176, 192-205
82. Mouton-Barbosa, E.; Roux-Dalvai, F.; Bouyssié, D.; Berger, F.; Schmidt, E.; Righetti, P. G.; Guerrier, L.; Boschetti, E.; Burlet-Schiltz, O.; Gonzalez de Peredo, A.; Bernard, M. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 1006-1021
83. Beseme, O.; Fertin, M.; Drobecq, H.; Amouyel, P.; Pinet, F. Electrophoresis 2010, 31, 2697-1704
84. Millioni, R.; Tolin, S.; Puricelli, L.; Sbrignadello, S.; Fadini, G. P.; Tessari, P.; Arrigoni, G. PLoS One 2011, 6, e19603
85. Cumová, J.; Jedličková, L.; Potěšil, D.; Sedo, O.; Stejskal, K.; Potáčová, A.; Zdráhal, Z.; Hájek, R. Klin. Onkol. 2012, 25, 17-25
86. Cunin, V.; Guiguet-Coradin, H.; Melo-de-lima, C.; Seve, M.; Bourgoin-Voillard, S. J. Rech. Med. 2014, in press