Metabolic flux pattern of glucose utilization by Xanthomonas campestris pv. campestris: Prevalent role of the Entner-Doudoroff pathway and minor fluxes through the pentose phosphate pathway and glycolysis

Molecular BioSystems

Volumn 10, Issue 10, 2014, Pages 2663-2676

  Schatschneider, Sarah ^a,d   Huber, Claudia ^b   Neuweger, Heiko ^a,e   Watt, Tony Francis ^a   Pühler, Alfred ^a   Eisenreich, Wolfgang ^b   Wittmann, Christoph ^c   Niehaus, Karsten ^a   Vorhölter, Frank Jörg ^a  

^a BIELEFELD UNIVERSITY   (Germany)

^b TECHNICAL UNIVERSITY OF MUNICH   (Germany)

^c SAARLAND UNIVERSITY   (Germany)

^d UNIVERSITY OF NOTTINGHAM   (United Kingdom)

^e BRUKER DALTONIK GMBH   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID; GLUCOSE;

BIOLOGICAL MODEL; CARBOHYDRATE METABOLISM; GENETICS; GLYCOLYSIS; MASS FRAGMENTOGRAPHY; METABOLISM; MONTE CARLO METHOD; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PENTOSE PHOSPHATE CYCLE; XANTHOMONAS CAMPESTRIS;

AMINO ACIDS; CARBOHYDRATE METABOLISM; GAS CHROMATOGRAPHY-MASS SPECTROMETRY; GLUCOSE; GLYCOLYSIS; METABOLIC NETWORKS AND PATHWAYS; MODELS, BIOLOGICAL; MONTE CARLO METHOD; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY; XANTHOMONAS CAMPESTRIS;

EID: 84907019488     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4mb00198b     Document Type: Article

References (86)

1. R. P. Ryan F.-J. Vorhölter N. Potnis J. B. Jones M.-A. Van Sluys A. J. Bogdanove J. M. Dow Nat. Rev. Microbiol. 2011 9 344 355
2. J. G. Vicente E. B. Holub Mol. Plant Pathol. 2013 14 2 18
3. S. N. Aslam M.-A. Newman G. Erbs K. L. Morrissey D. Chinchilla T. Boller T. T. Jensen C. De Castro T. Ierano A. Molinaro R. W. Jackson M. R. Knight R. M. Cooper Curr. Biol. 2008 18 1078 1083
4. G. Dunger C. G. Garofalo N. Gottig B. S. Garavaglia M. C. P. Rosa C. S. Farah E. G. Orellano J. Ottado Mol. Plant Pathol. 2012 13 865 876
5. M. H. Yun P. S. Torres M. El Oirdi L. A. Rigano R. Gonzalez-Lamothe M. R. Marano A. P. Castagnaro M. A. Dankert K. Bouarab A. A. Vojnov Plant Physiol. 2006 141 178 187
6. F. Garcia-Ochoa V. E. Santos J. Casas E. Gómez Biotechnol. Adv. 2000 18 549 579
7. F. Garcia-Ochoa E. Gomez A. Alcon V. E. Santos Bioprocess Biosyst. Eng. 2013 36 911 925
8. F. Létisse N. D. Lindley G. Roux Biotechnol. Prog. 2003 19 822 827
9. G. Hublik, in Polymer Science: A Comprehensive Reference, ed., K. Matyjaszewski, and, M. Möller, Elsevier, Amsterdam, 2012, pp. 221-229
10. G.-T. Lu Z.-J. Yang F.-Y. Peng Y.-N. Tan Y.-Q. Tang J.-X. Feng D.-J. Tang Y.-Q. He J.-L. Tang Microbiology 2007 153 4284 4294
11. C. Whitfield I. W. Sutherland R. E. Cripps J. Gen. Microbiol. 1982 128 981 985
12. F. Létisse P. Chevallereau J.-L. Simon N. Lindley J. Biotechnol. 2002 99 307 317
13. S. Schatschneider F.-J. Vorhölter C. Rückert A. Becker W. Eisenreich A. Pühler K. Niehaus Mol. Genet. Genomics 2011 286 247 259
14. A. C. Zagallo C. H. Wang J. Bacteriol. 1967 93 970 975
15. R. M. Hochster H. Katznelson Can. J. Biochem. Physiol. 1958 36 669 689
16. J.-C. Portais A.-M. Delort FEMS Microbiol. Rev. 2002 26 375 402
17. S.-Y. Kim B.-M. Lee J.-Y. Cho Biotechnol. Lett. 2010 32 527 531
18. P. Pielken K. L. Schimz L. Eggeling H. Sahm Can. J. Microbiol. 1988 34 1333 1337
19. F.-J. Vorhölter S. Schneiker A. Goesmann L. Krause T. Bekel O. Kaiser B. Linke T. Patschkowski C. Rückert J. Schmid V. K. Sidhu V. Sieber A. Tauch S. A. Watt B. Weisshaar A. Becker K. Niehaus A. Pühler J. Biotechnol. 2008 134 33 45
20. M. Frese S. Schatschneider J. Voss F.-J. Vorhölter K. Niehaus Arch. Biochem. Biophys. 2014 546 53 63
21. S. Schatschneider M. Persicke S. A. Watt G. Hublik A. Pühler K. Niehaus F.-J. Vorhölter J. Biotechnol. 2013 167 123 134
22. W. Wiechert Metab. Eng. 2001 3 195 206
23. W. Eisenreich T. Dandekar J. Heesemann W. Goebel Nat. Rev. Microbiol. 2010 8 401 412
24. U. Sauer Mol. Syst. Biol. 2006 2 62
25. C. Wittmann Microb. Cell Fact. 2007 6 6
26. L.-E. Quek C. Wittmann L. Nielsen J. Krömer Microb. Cell Fact. 2009 8 25
27. L. Vauterin P. Yang J. Swings Int. J. Syst. Bacteriol. 1996 46 298 304
28. P. Yang L. Vauterin M. Vancanneyt J. Swings K. Kersters Syst. Appl. Microbiol. 1993 16 47 71
29. H. Neuweger S. P. Albaum M. Dondrup M. Persicke T. Watt K. Niehaus J. Stoye A. Goesmann Bioinformatics 2008 24 2726 2732
30. V. Kadirkamanathan J. Yang S. A. Billings P. C. Wright Bioinformatics 2006 22 2681 2687
31. M. R. Antoniewicz J. K. Kelleher G. Stephanopoulos Metab. Eng. 2006 8 324 337
32. T. Fuhrer U. Sauer J. Bacteriol. 2009 191 2112 2121
33. K. Kochanowski U. Sauer V. Chubukov Curr. Opin. Biotechnol. 2013 24 987 993
34. K. Kochanowski B. Volkmer L. Gerosa B. R. Haverkorn van Rijsewijk A. Schmidt M. Heinemann Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 1130 1135
35. T. Conway FEMS Microbiol. Lett. 1992 103 1 28
36. J. Swings J. De Ley Bacteriol. Rev. 1977 41 1 46
37. N. Fernandez-Garcia M. Hernandez J. Casado-Vela R. Bru F. Elortza P. Hedden E. Olmos Plant, Cell Environ. 2011 34 821 836
38. T. Dugé de Bernonville L. D. Noël M. SanCristobal S. Danoun A. Becker P. Soreau M. Arlat E. Lauber FEMS Microbiol. Ecol. 2014 10.1111/1574-6941.12345
39. A. C. R. da Silva J. A. Ferro F. C. Reinach C. S. Farah L. R. Furlan R. B. Quaggio C. B. Monteiro-Vitorello M. A. Van Sluys N. F. Almeida L. M. C. Alves A. M. do Amaral M. C. Bertolini L. E. A. Camargo G. Camarotte F. Cannavan J. Cardozo F. Chambergo L. P. Ciapina R. M. B. Cicarelli L. L. Coutinho J. R. Cursino-Santos H. El-Dorry J. B. Faria A. J. S. Ferreira R. C. C. Ferreira M. I. T. Ferro E. F. Formighieri M. C. Franco C. C. Greggio A. Gruber A. M. Katsuyama L. T. Kishi R. P. Leite E. G. M. Lemos M. V. F. Lemos E. C. Locali M. A. Machado A. M. B. N. Madeira N. M. Martinez-Rossi E. C. Martins J. Meidanis C. F. M. Menck C. Y. Miyaki D. H. Moon L. M. Moreira M. T. M. Novo V. K. Okura M. C. Oliveira V. R. Oliveira H. A. Pereira A. Rossi J. A. D. Sena C. Silva R. F. de Souza L. A. F. Spinola M. A. Takita R. E. Tamura E. C. Teixeira R. I. D. Tezza M. Trindade dos Santos D. Truffi S. M. Tsai F. F. White J. C. Setubal J. P. Kitajima Nature 2002 417 459 463
40. G. Déjean S. Blanvillain-Baufumé A. Boulanger A. Darrasse T. Dugé de Bernonville A.-L. Girard S. Carrére S. Jamet C. Zischek M. Lautier M. Solé D. Büttner M.-A. Jacques E. Lauber M. Arlat New Phytol. 2013 198 899 915
41. H. G. Wiggerich A. Pühler Microbiology 2000 146 Pt 5 1053 1060
42. T. F. Watt M. Vucur B. Baumgarth S. A. Watt K. Niehaus J. Biotechnol. 2009 140 59 67
43. D. N. Collier P. W. Hager P. V. Phibbs Jr. Res. Microbiol. 1996 147 551 561
44. F. Rojo FEMS Microbiol. Rev. 2010 34 658 684
45. K.-H. Tang X. Feng Y. J. Tang R. E. Blankenship PLoS One 2009 4 e7233
46. T. Fuhrer E. Fischer U. Sauer J. Bacteriol. 2005 187 1581 1590
47. T. Fürch M. Preusse J. Tomasch H. Zech I. Wagner-Döbler R. Rabus C. Wittmann BMC Microbiol. 2009 9 209
48. S. Sudarsan S. Dethlefsen L. M. Blank M. Siemann-Herzberg A. Schmid Appl. Environ. Microbiol. 2014 10.1128/AEM.01643-14
49. A. Berger K. Dohnt P. Tielen D. Jahn J. Becker C. Wittmann PLoS One 2014 9 e88368
50. N. Gunnarsson U. H. Mortensen M. Sosio J. Nielsen Mol. Microbiol. 2004 52 895 902
51. I. Borodina C. Schöller A. Eliasson J. Nielsen Appl. Environ. Microbiol. 2005 71 2294 2302
52. L. He Y. Xiao N. Gebreselassie F. Zhang M. R. Antoniewicz Y. J. Tang L. Peng Biotechnol. Bioeng. 2014 111 575 585
53. E. Fischer N. Zamboni U. Sauer Anal. Biochem. 2004 325 308 316
54. T. Bartek B. Blombach S. Lang B. J. Eikmanns W. Wiechert M. Oldiges K. Nöh S. Noack Appl. Environ. Microbiol. 2011 77 6644 6652
55. A. Swarup J. Lu K. C. DeWoody M. R. Antoniewicz Metab. Eng. 2014 24C 173 180
56. A. Flamholz E. Noor A. Bar-Even W. Liebermeister R. Milo PNAS 2013 110 10039 10044
57. M. Chavarría P. I. Nikel D. Pérez-Pantoja V. de Lorenzo Environ. Microbiol. 2013 15 1772 1785
58. J. A. O'Brien A. Daudi V. S. Butt G. P. Bolwell Planta 2012 236 765 779
59. R. R. Chen M. Agrawal Z. Mao Appl. Biochem. Biotechnol. 2013 170 805 818
60. X. Chen A. P. Alonso D. K. Allen J. L. Reed Y. Shachar-Hill Metab. Eng. 2011 13 38 48
61. J. Schellenberger R. Que R. M. T. Fleming I. Thiele J. D. Orth A. M. Feist D. C. Zielinski A. Bordbar N. E. Lewis S. Rahmanian J. Kang D. R. Hyduke B. Ø. Palsson Nat. Protoc 2011 6 1290 1307
62. A. Buchholz J. Hurlebaus C. Wandrey R. Takors Biomol. Eng. 2002 19 5 15
63. M. Hörl J. Schnidder U. Sauer N. Zamboni Biotechnol. Bioeng. 2013 110 3164 3176
64. K. Nöh K. Grönke B. Luo R. Takors M. Oldiges W. Wiechert J. Biotechnol. 2007 129 249 267
65. K.-H. Tang Y. J. Tang R. E. Blankenship Front. Microbiol. 2011 2 165
66. B. Hötte I. Rath-Arnold A. Pühler R. Simon J. Bacteriol. 1990 172 2804 2807
67. J. E. Beringer J. Gen. Microbiol. 1974 84 188 198
68. C. Wittmann M. Hans E. Heinzle Anal. Biochem. 2002 307 379 382
69. T. Fürch R. Hollmann C. Wittmann W. Wang W.-D. Deckwer Bioprocess Biosyst. Eng. 2007 30 47 59
70. N. Kessler H. Neuweger A. Bonte G. Langenkämper K. Niehaus T. W. Nattkemper A. Goesmann Bioinformatics 2013 29 2452 2459
71. W. A. Van Winden C. Wittmann E. Heinzle J. J. Heijnen Biotechnol. Bioeng. 2002 80 477 479
72. P. Millard F. Letisse S. Sokol J.-C. Portais Bioinformatics 2012 28 1294 1296
73. J. L. Ingraham, Growth of the bacterial cell, Sinauer Associates, Sunderland, Mass, 1983
74. J. Nocon M. G. Steiger M. Pfeffer S. B. Sohn T. Y. Kim M. Maurer H. Rußmayer S. Pflügl M. Ask C. Haberhauer-Troyer K. Ortmayr S. Hann G. Koellensperger B. Gasser S. Y. Lee D. Mattanovich Metab. Eng. 2014 24C 129 138
75. M. Cocaign-Bousquet A. Guyonvarch N. D. Lindley Appl. Environ. Microbiol. 1996 62 429 436
76. H. Neuweger M. Persicke S. P. Albaum T. Bekel M. Dondrup A. T. Hüser J. Winnebald J. Schneider J. Kalinowski A. Goesmann BMC Syst. Biol. 2009 3 82
77. C. Wittmann E. Heinzle Appl. Environ. Microbiol. 2002 68 5843 5859
78. M. R. Antoniewicz J. K. Kelleher G. Stephanopoulos Metab. Eng. 2007 9 68 86
79. S. O. Han M. Inui H. Yukawa Microbiology 2007 153 2190 2202
80. M.-K. Oh L. Rohlin K. C. Kao J. C. Liao J. Biol. Chem. 2002 277 13175 13183
81. L. Peng K. Shimizu Appl. Microbiol. Biotechnol. 2003 61 163 178
82. W. Eisenreich B. Schwarzkopf A. Bacher J. Biol. Chem. 1991 266 9622 9631
83. W. Eisenreich A. Bacher Phytochemistry 2007 68 2799 2815
84. K. Al Zaid Siddiquee M. J. Arauzo-Bravo K. Shimizu Appl. Microbiol. Biotechnol. 2004 63 407 417
85. M. Li P. Y. Ho S. Yao K. Shimizu J. Biotechnol. 2006 122 254 266
86. L. Peng M. J. Arauzo-Bravo K. Shimizu FEMS Microbiol. Lett. 2004 235 17 23