AFM analysis of changes in nucleosome wrapping induced by DNA epigenetic modification

Biomaterials Science

Volumn 2, Issue 10, 2014, Pages 1399-1403

  Kizaki, Seiichiro ^a   Suzuki, Yuki ^a   Takenaka, Tomohiro ^a   Endo, Masayuki ^b   Sugiyama, Hiroshi ^a,b  

^a KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

^b KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALKYLATION; ATOMIC FORCE MICROSCOPY; CHEMICAL MODIFICATION; CHROMOSOMES; GENE EXPRESSION; PROTEINS;

CHROMATIN STRUCTURE; DNA MODIFICATION; EPIGENETIC MODIFICATION; HISTONE OCTAMERS; HYDROXYMETHYLATION; HYDROXYMETHYLCYTOSINE; METHYLCYTOSINE; MORPHOLOGICAL FEATURES;

DNA;

CYTOSINE; DNA FRAGMENT; GENOMIC DNA; OCTAMER TRANSCRIPTION FACTOR; PARATHION;

ARTICLE; ATOMIC FORCE MICROSCOPY; CHROMATIN ASSEMBLY AND DISASSEMBLY; CHROMATIN STRUCTURE; DNA FLANKING REGION; DNA METHYLATION; DNA MODIFICATION; DNA TEMPLATE; EPIGENETICS; GENE CONTROL; HISTOGRAM; HISTONE MODIFICATION; HYDROPHOBICITY; NONHUMAN; NUCLEOSOME; PRIORITY JOURNAL;

EID: 84906699248     PISSN: 20474830     EISSN: 20474849     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4bm00113c     Document Type: Article

References (29)

1. R. D. Kornberg Science 1974 184 868 871
2. K. Luger A. W. Mader R. K. Richmond D. F. Sargent T. J. Richmond Nature 1997 389 251 260
3. A. Bird Genes Dev. 2002 16 6 21
4. D. Takai P. A. Jones Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 3740 3745
5. M. Esteller Nat. Rev. Genet. 2007 8 286 298
6. M. F. Robert S. Morin N. Beaulieu F. Gauthier I. C. Chute A. Barsalou A. R. MacLeod Nat. Genet. 2003 33 61 65
7. R. J. Klose A. P. Bird Trends Biochem. Sci. 2006 31 89 97
8. S. C. Wu Y. Zhang Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2010 11 607 620
9. Y. Kawasaki J. Lee A. Matsuzawa T. Kohda T. Kaneko-Ishino F. Ishino Sci. Rep. 2014 4 3658
10. M. Tahiliani K. P. Koh Y. Shen W. A. Pastor H. Bandukwala Y. Brudno S. Agarwal L. M. Iyer D. R. Liu L. Aravind A. Rao Science 2009 324 930 935
11. Y. F. He B. Z. Li Z. Li P. Liu Y. Wang Q. Tang J. Ding Y. Jia Z. Chen L. Li Y. Sun X. Li Q. Dai C. X. Song K. Zhang C. He G. L. Xu Science 2011 333 1303 1307
12. S. Ito L. Shen Q. Dai S. C. Wu L. B. Collins J. A. Swenberg C. He Y. Zhang Science 2011 333 1300 1303
13. H. Wu Y. Zhang Cell 2014 156 45 68
14. L. S. Shlyakhtenko A. Y. Lushnikov Y. L. Lyubchenko Biochemistry 2009 48 7842 7848
15. Y. Suzuki Y. Higuchi K. Hizume M. Yokokawa S. H. Yoshimura K. Yoshikawa K. Takeyasu Ultramicroscopy 2010 110 682 688
16. A. Miyagi T. Ando Y. L. Lyubchenko Biochemistry 2011 50 7901 7908
17. P. T. Lowary J. Widom J. Mol. Biol. 1998 276 19 42
18. K. Hizume S. H. Yoshimura H. Maruyama J. Kim H. Wada K. Takeyasu Arch. Histol. Cytol. 2002 65 405 413
19. K. Hizume S. H. Yoshimura K. Takeyasu Biochemistry 2005 44 12978 12989
20. K. Ura J. J. Hayes A. P. Wolffe EMBO J. 1995 14 3752 3765
21. K. Ura A. P. Wolffe Methods Enzymol. 1996 274 257 271
22. B. D. Brower-Toland C. L. Smith R. C. Yeh J. T. Lis C. L. Peterson M. D. Wang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 1960 1965
23. S. Mihardja A. J. Spakowitz Y. Zhang C. Bustamante Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 15871 15876
24. G. Li M. Levitus C. Bustamante J. Widom Nat. Struct. Mol. Biol. 2005 12 46 53
25. H. S. Tims J. Widom Methods 2007 41 296 303
26. J. S. Choy S. Wei J. Y. Lee S. Tan S. Chu T. H. Lee J. Am. Chem. Soc. 2010 132 1782 1783
27. J. Y. Lee T. H. Lee J. Am. Chem. Soc. 2012 134 173 175
28. L. Shen Y. Zhang Curr. Opin. Cell Biol. 2013 25 289 296
29. N. A. Filenko C. Kolar J. T. West S. A. Smith Y. I. Hassan G. E. Borgstahl J. Zempleni Y. L. Lyubchenko PLoS One 2011 6 e16299