Development of a fluorogenic probe based on a DNA staining dye for continuous monitoring of the histone deacetylase reaction

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 15, 2014, Pages 7925-7930

  Minoshima, Masafumi ^a   Matsumoto, Tetsuaki ^a   Kikuchi, Kazuya ^a  

^a OSAKA UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACETYLATION; AMINO ACIDS; DNA;

CONTINUOUS METHODS; CONTINUOUS MONITORING; DETECTION SYSTEM; DNA BINDING ABILITY; ENZYMATIC REACTION; FLUOROGENIC PROBES; HISTONE DEACETYLASES; INHIBITION ASSAYS;

PROBES;

EID: 84905706941     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac501881s     Document Type: Article

References (39)

1. Strahl, B.; Allis, C. D. Nature 2000, 403, 41-45
2. Hassig, C. A.; Schreiber, S. L. Curr. Opin. Chem. Biol. 1997, 1, 300-308
3. Hong, L.; Schroth, G.; Matthews, H.; Yau, P.; Bradbury, E. J. Biol. Chem. 1993, 268, 305-314
4. Shogren-Knaak, M.; Ishii, H.; Sun, J.-M.; Pazin, M.; Davie, J.; Peterson, C. L. Science 2006, 311, 844-847
5. Glozak, M. A.; Seto, E. Oncogene 2007, 26, 5420-5432
6. Tsankova, N.; Renthal, W.; Kumar, A.; Nestler, E. J. Nat. Rev. Neurosci. 2007, 8, 355-367
7. Bolden, J. E.; Peart, M. J.; Johnstone, R. W. Nat. Rev. Drug Discovery 2006, 5, 769-784
8. Herman, D.; Jenssen, K.; Burnett, R.; Soragni, E.; Perlman, S.; Gottesfeld, J. G. Nat. Chem. Biol. 2006, 2, 551-558
9. Minucci, S.; Pelicci, P. G. Nat. Rev. Cancer 2006, 6, 38-51
10. Kölle, D.; Brosch, G.; Lechner, T.; Lusser, A.; Loidl, P. Methods 1998, 15, 323-331
11. Pacholec, M.; Bleasdale, J. E.; Chrunyk, B.; Cunningham, D.; Flynn, D.; Garofalo, R. S.; Griffith, D.; Griffor, M.; Loulakis, P.; Pabst, B.; Qiu, X.; Stockman, B.; Thanabal, V.; Varghese, A.; Ward, J.; Withka, J.; Ahn, K. J. Biol. Chem. 2010, 285, 8340-8351
12. Gurard-Levin, Z. A.; Kilian, K. A.; Kim, J.; Bähr, K.; Mrksich, M. ACS Chem. Biol. 2010, 5, 863-873
13. Wegener, D.; Wirsching, F.; Riester, D.; Schwienhorst, A. Chem. Biol. 2003, 10, 61-68
14. Sasaki, K.; Ito, T.; Nishino, N.; Khochbin, S.; Yoshida, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 16257-16262
15. Whetstine, J.; Ceron, J.; Ladd, B.; Dufourcq, P.; Reinke, V.; Shi, Y. Mol. Cell 2005, 18, 483-490
16. Lin, C. W.; Jao, C. Y.; Ting, A. Y. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5982-5983
17. Lin, C. W.; Ting, A. Y. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 2940-2943
18. Baba, R.; Hori, Y.; Mizukami, S.; Kikuchi, K. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 14310-14313
19. Dhara, K.; Hori, Y.; Baba, R.; Kikuchi, K. Chem. Commun. 2012, 48, 11534-11536
20. Johnson, I.; Spence, M. T. Z. The Molecular Probes Handbook-A Guide to Fluorescent Probes and Labeling Technologies, 11 th ed.; Life Technologies Inc.: Eugene, OR, 2010; Chapter 8.
21. Constantin, T.; Silva, G.; Robertson, K.; Hamilton, T.; Fague, K.; Waggoner, A.; Armitage, B. A. Org. Lett. 2008, 10, 1561-1564
22. Ikeda, S.; Okamoto, A. Photochem. Photobiol. Sci. 2006, 6, 1197-1201
23. Behrens, C.; Harrit, N.; Nielsen, P. Bioconjugate Chem. 2001, 12, 1021-1027
24. Boger, D. L.; Fink, B.; Brunette, S.; Tse, W.; Hedrick, M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5878-5891
25. Fechter, E.; Olenyuk, B.; Dervan, P. B. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 16685-16691
26. Ikeda, S.; Kubota, T.; Yuki, M.; Okamoto, A. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 6480-6484
27. Kohler, O.; Jarikote, D.; Seitz, O. ChemBioChem 2005, 6, 69-77
28. Rye, H.; Yue, S.; Wemmer, D. E.; Quesada, M.; Haugland, R.; Mathies, R.; Glazer, A. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 2803-2812
29. Wiederholt, K.; Rajur, S. B.; Giuliano, J.; O'Donnel, M. J.; McLaughlin, L. W. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7055-7062
30. Koide, Y.; Urano, Y.; Yatsushige, A.; Hanaoka, K.; Terai, T.; Nagano, T. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 6058-6059
31. Mahon, K. P.; Potocky, T. B.; Blair, D.; Roy, M. D.; Stewart, K. M.; Chiles, T. C.; Kelley, S. O. Chem. Biol. 2007, 14, 923-930
32. Carreon, J.; Stewart, K.; Mahon, K.; Shin, S.; Kelley, S. O. Bioorg. Med. Chem. 2007, 17, 5182-5185
33. Karlsson, H.; Bergqvist, M.; Lincoln, P.; Westman, G. Bioorg. Med. Chem. 2004, 12, 2369-2384
34. Karlsson, H. J.; Eriksson, M.; Perzon, E.; Akerman, B.; Lincoln, P.; Westman, G. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 6227-6234
35. Nordén, B.; Kurucsev, T. J. Mol. Recognit. 1994, 7, 141-155
36. Haigis, M. C.; Guarente, L. P. Genes Dev. 2006, 20, 2913-2921
37. Napper, A. D.; Hixon, J.; McDonagh, T.; Keavey, K.; Pons, J.-F.; Barker, J.; Yau, W.; Amouzegh, P.; Flegg, A.; Hamelin, E.; Thomas, R. J.; Michael Kates, M.; Jones, S.; Navia, M. A.; Saunders, J. O.; DiStefano, P. S.; Curtis, R. J. Med. Chem. 2005, 48, 8045-8054
38. Finnin, M. S.; Donigian, J. R.; Cohen, A.; Richon, V. M.; Rifkind, R. A.; Marks, P. A.; Breslow, R.; Pavletich, N. P. Nature 1999, 401, 188-193
39. Khan, N.; Jeffers, M.; Kumar, S.; Hackett, C.; Boldog, F.; Khramtsov, N.; Qian, X.; Mills, E.; Berghs, S. C.; Carey, N.; Finn, P. W.; Collins, L. S.; Tumber, A.; Ritchie, J. W.; Jensen, P. B.; Lichenstein, H. S.; Sehested, M. Biochem. J. 2008, 409, 581-589