Structural consequences of epimerization of thymine glycol lesions in duplex DNA: Implications for DNA repair

ACS Symposium Series

Volumn 1041, Issue , 2010, Pages 11-28

  Brown, Kyle L ^a   Roginskaya, Marina ^b   Zou, Yue ^b   Altamirano, Alvin ^c   Basu, Ashis K ^c   Stone, Michael P ^a  

^a VANDERBILT UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^b East Tennessee State University   (United States)

^c UNIVERSITY OF CONNECTICUT   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ESCHERICHIA COLI; GLYCOLS; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEINS; REACTION KINETICS; REPAIR;

ACTIVE SITE POCKET; BASE EXCISION REPAIRS; DIASTEREOMERIC; ENERGETIC BARRIERS; MOLECULAR DYNAMICS CALCULATION; REACTIVE OXYGEN SPECIES; SOLVENT EXCHANGES; SOLVENT-ACCESSIBLE SURFACES;

DNA;

EID: 84905683088     PISSN: 00976156     EISSN: 19475918     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1021/bk-2010-1041.ch002     Document Type: Conference Paper

References (66)

1. Teoule, R.; Bonicel, A.; Bert, C.; Cadet, J.; Polverelli, M. Radiat. Res. 1974, 57, 46-58.
2. Frenkel, K.; Goldstein, M. S.; Teebor, G. W. Biochemistry 1981, 20, 7566-7571.
3. Zuo, S.; Boorstein, R. J.; Teebor, G. W. Nucleic Acids Res. 1995, 23, 3239-3243.
4. Pfeifer, G. P. Mutat. Res. 2000, 450, 155-166.
5. Vaishnav, Y.; Holwitt, E.; Swenberg, C.; Lee, H. C.; Kan, L. S. J. Biomol. Struct. Dyn. 1991, 8, 935-951.
6. Lustig, M. J.; Cadet, J.; Boorstein, R. J.; Teebor, G. W. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 4839-4845.
7. Wang, Y. Chem. Res. Toxicol. 2002, 15, 671-676.
8. Cathcart, R.; Schwiers, E.; Saul, R. L.; Ames, B. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1984, 81, 5633-5637.
9. Adelman, R.; Saul, R. L.; Ames, B. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2706-2708.
10. Ide, H.; Kow, Y. W.; Wallace, S. S. Nucleic Acids Res. 1985, 13, 8035-8052.
11. Clark, J. M.; Beardsley, G. P. Nucleic Acids Res. 1986, 14, 737-749.
12. Achey, P. M.; Wright, C. F. Radiat. Res. 1983, 93, 609-612.
13. Moran, E.; Wallace, S. S. Mutat. Res. 1985, 146, 229-241.
14. Laspia, M. F.; Wallace, S. S. J. Bacteriol. 1988, 170, 3359-3366.
15. Hayes, R. C.; Petrullo, L. A.; Huang, H. M.; Wallace, S. S.; LeClerc, J. E. J. Mol. Biol. 1988, 201, 239-246.
16. Kow, Y. W.; Faundez, G.; Melamede, R. J.; Wallace, S. S. Radiat. Res. 1991, 126, 357-366.
17. Hayes, R. C.; LeClerc, J. E. Nucleic Acids Res. 1986, 14, 1045-1061.
18. Clark, J. M.; Pattabiraman, N.; Jarvis, W.; Beardsley, G. P. Biochemistry 1987, 26, 5404-5409.
19. McNulty, J. M.; Jerkovic, B.; Bolton, P. H.; Basu, A. K. Chem. Res. Toxicol. 1998, 11, 666-673.
20. Kusumoto, R.; Masutani, C.; Iwai, S.; Hanaoka, F. Biochemistry 2002, 41, 6090-6099.
21. Fischhaber, P. L.; Gerlach, V. L.; Feaver, W. J.; Hatahet, Z.; Wallace, S. S.; Friedberg, E. C. J. Biol. Chem. 2002, 277, 37604-37611.
22. Ocampo-Hafalla, M. T.; Altamirano, A.; Basu, A. K.; Chan, M. K.; Ocampo, J. E.; Cummings, A., Jr.; Boorstein, R. J.; Cunningham, R. P.; Teebor, G. W. DNA Repair (Amst) 2006, 5, 444-454.
23. Lin, J. J.; Sancar, A. Biochemistry 1989, 28, 7979-7984.
24. Kow, Y. W.; Wallace, S. S.; Van Houten, B. Mutat Res. 1990, 235, 147-56.
25. Reardon, J. T.; Bessho, T.; Kung, H. C.; Bolton, P. H.; Sancar, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 9463-9468.
26. Kung, H. C.; Bolton, P. H. J. Biol. Chem. 1997, 272, 9227-9236.
27. Kao, J. Y.; Goljer, I.; Phan, T. A.; Bolton, P. H. J. Biol. Chem. 1993, 268, 17787-17793.
28. Brown, K. L.; Adams, T.; Jasti, V. P.; Basu, A. K.; Stone, M. P. J. Am. Chem. Soc. 2008, 129, 11701-11710.
29. Brown, K. L.; Basu, A., K.; Stone, M. P. Biochemistry 2009, 48, 9722-9733.
30. Brown, K. L.; Roginskaya, M.; Zou, Y.; Altamirano, A.; Basu, A., K.; Stone, M. P. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 428-440.
31. Iwai, S. Nucleic Acids Symp. Ser. 2000, 121-122.
32. Yang, Z.; Colis, L. C.; Basu, A. K.; Zou, Y. Chem. Res. Toxicol. 2005, 18, 1339-1346.
33. Hey, T.; Lipps, G.; Sugasawa, K.; Iwai, S.; Hanaoka, F.; Krauss, G. Biochemistry 2002, 41, 6583-6587.
34. Riedl, T.; Hanaoka, F.; Egly, J. M. EMBO J. 2003, 22, 5293-5303.
35. Reid, B. R. Q. Rev. Biophys. 1987, 20, 1-34.
36. Patel, D. J.; Shapiro, L.; Hare, D. Q. Rev. Biophys. 1987, 20, 35-112.
37. Boelens, R.; Scheek, R. M.; Dijkstra, K.; Kaptein, R. J. Magn. Res. 1985, 62, 378-386.
38. Bashford, D.; Case, D. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 129-152.
39. Tsui, V.; Case, D. A. Biopolymers 2000, 56, 275-291.
40. Keepers, J. W.; James, T. L. J. Magn. Reson. 1984, 57, 404-426.
41. James, T. L. Curr. Opin. Struct. Biol. 1991, 1, 1042-1053.
42. Hruska, F. E.; Sebastian, R.; Grand, A.; Voituriez, L.; Cadet, J. Can. J. Chem. 1987, 65, 2618-2623.
43. Aller, P.; Rould, M. A.; Hogg, M.; Wallace, S. S.; Doublie, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 814-818.
44. Patel, D. J.; Kozlowski, S. A.; Marky, L. A.; Rice, J. A.; Broka, C.; Dallas, J.; Itakura, K.; Breslauer, K. J. Biochemistry 1982, 21, 437-444.
45. Hare, D.; Shapiro, L.; Patel, D. J. Biochemistry 1986, 25, 7445-7456.
46. Roongta, V. A.; Jones, C. R.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1990, 29, 5245-5258.
47. Moe, J. G.; Russu, I. M. Biochemistry 1992, 31, 8421-8428.
48. O'Handley, S. F.; Sanford, D. G.; Xu, R.; Lester, C. C.; Hingerty, B. E.; Broyde, S.; Krugh, T. R. Biochemistry 1993, 32, 2481-2497.
49. Sugasawa, K.; Shimizu, Y.; Iwai, S.; Hanaoka, F. DNA Repair (Amst) 2002, 1, 95-107.
50. Min, J. H.; Pavletich, N. P. Nature 2007, 449, 570-575.
51. Miller, J.; Miaskiewicz, K.; Osman, R. Ann. N.Y. Acad. Sci. 1994, 726, 71-91.
52. Miaskiewicz, K.; Miller, J.; Ornstein, R.; Osman, R. Biopolymers 1995, 35, 113-24.
53. Weiss, B.; Cunningham, R. P. J. Bacteriol. 1985, 162, 607-610.
54. Jiang, D.; Hatahet, Z.; Melamede, R. J.; Kow, Y. W.; Wallace, S. S. J. Biol. Chem. 1997, 272, 32230-32239.
55. Roldan-Arjona, T.; Anselmino, C.; Lindahl, T. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 3307-3312.
56. Hilbert, T. P.; Boorstein, R. J.; Kung, H. C.; Bolton, P. H.; Xing, D.; Cunningham, R. P.; Teebor, G. W. Biochemistry 1996, 35, 2505-2511.
57. Sarker, A. H.; Ikeda, S.; Nakano, H.; Terato, H.; Ide, H.; Imai, K.; Akiyama, K.; Tsutsui, K.; Bo, Z.; Kubo, K.; Yamamoto, K.; Yasui, A.; Yoshida, M. C.; Seki, S. J. Mol. Biol. 1998, 282, 761-774.
58. Hilbert, T. P.; Chaung, W.; Boorstein, R. J.; Cunningham, R. P.; Teebor, G. W. J. Biol. Chem. 1997, 272, 6733-6740.
59. Aspinwall, R.; Rothwell, D. G.; Roldan-Arjona, T.; Anselmino, C.; Ward, C. J.; Cheadle, J. P.; Sampson, J. R.; Lindahl, T.; Harris, P. C.; Hickson, I. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 109-114.
60. Ikeda, S.; Biswas, T.; Roy, R.; Izumi, T.; Boldogh, I.; Kurosky, A.; Sarker, A. H.; Seki, S.; Mitra, S. J. Biol. Chem. 1998, 273, 21585-21593.
61. Hazra, T. K.; Izumi, T.; Boldogh, I.; Imhoff, B.; Kow, Y. W.; Jaruga, P.; Dizdaroglu, M.; Mitra, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 3523-3528.
62. Hazra, T. K.; Kow, Y. W.; Hatahet, Z.; Imhoff, B.; Boldogh, I.; Mokkapati, S. K.; Mitra, S.; Izumi, T. J. Biol. Chem. 2002, 277, 30417-30420.
63. Bandaru, V.; Sunkara, S.; Wallace, S. S.; Bond, J. P. DNA Repair (Amst) 2002, 1, 517-529.
64. Katafuchi, A.; Nakano, T.; Masaoka, A.; Terato, H.; Iwai, S.; Hanaoka, F.; Ide, H. J. Biol. Chem. 2004, 279, 14464-14471.
65. Miller, H.; Fernandes, A. S.; Zaika, E.; McTigue, M. M.; Torres, M. C.; Wente, M.; Iden, C. R.; Grollman, A. P. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 338-345.
66. Jia, L.; Shafirovich, V.; Geacintov, N. E.; Broyde, S. Biochemistry 2007, 46, 5305-5314.