Methods for whole cell detection of microorganisms

ACS Symposium Series

Volumn 984, Issue , 2008, Pages 29-51

  Brehm Stecher, Byron F ^a  

^a IOWA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIA; CELLS; ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY; MATRIX ALGEBRA;

COMPLEX MATRICES; ENVIRONMENTAL MICROBES; INORGANIC SURFACES; INTERFACIAL BOUNDARY; MOLECULAR IDENTITIES; PHYSIOLOGICAL CHARACTERISTICS; SPATIAL ASSOCIATIONS; SPECIES DISTRIBUTIONS;

CYTOLOGY;

EID: 84905562952     PISSN: 00976156     EISSN: 19475918     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1021/bk-2008-0984.ch003     Document Type: Conference Paper

References (97)

1. Caracciolo, A. B.; Grenni, P.; Cupo, C.; Rossetti, S. FEMS Microbiol. Lett. 2005, 253, 55.
2. Kuhlman, K.R.; Fusco, W. G.; La Duc, M. T.; Allenbach, L. B.; Ball, C. L.; Kuhlman, G. M.; Anderson, R. C.; Erickson, I. K.; Stuecker, T.; Benardini, J.; Strap, J. L.; Crawford, R. L. Appl. Environ. Microbiol. 2006, 72, 1708.
3. La Cono, V.; Urzi, C. J. Microbiol. Methods 2003, 55, 71.
4. Walker, J. J.; Spear, J. R.; Pace, N. R. Nature 2005, 434, 1011.
5. Junge, K.; Eicken, H.; Deming, J. W. Appl. Environ. Microbiol. 2004, 70, 550.
6. Shinkai, T.; Kobayashi, Y. Appl. Environ. Microbiol. 2007, 73, 1646.
7. Diaz, P. I.; Chalmers, N. I.; Rickard, A. H.; Kong, C.; Milburn, C. I.; Palmer, R. J. Jr.; Kolenbrander, P. E. Appl. Environ. Microbiol. 2006, 72, 2837.
8. MacFarlane, S.; MacFarlane, G. T. Appl. Environ. Microbiol. 2006, 72, 6204.
9. Koch, R. In Milestones in Microbiology; Brock T. D., Ed.; ASM Press: Madison, WI, 1999; p. 101.
10. Cebula, T. A.; Jackson, S. A.; Brown, E. W.; Goswami, G., Le Clerc, J. E. J. Food Prot. 2005, 68, 1271.
11. Woese, C. R.; Kandler, O.; Wheelis, M. L. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1990, 87, 4567.
12. Wagner, M.; Nielsen P. H., Loy, A.; Nielsen J. L.; Daims, H. Curr. Opin. Biotechnol. 2006, 17, 83.
13. Fletcher, J.; Bender, C.; Budowle, B.; Cobb, W. T.; Gold, S. E., Ishimaru, C. A.; Luster, D.; Melcher, U.; Murch, R.; Scherm, H.; Seem, R. C.; Sherwood, J. L.; Sobral, B. W.; Tolin, S. A. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2006, 70, 450.
14. Gerner-Smidt, P.; Hise, K.; Kincaid, J.; Hunter, S.; Rolando, S.; Hyytia-Trees, E.; Ribot, E. M.; Swaminathan, B.; Pulsenet Taskforce Foodborne Pathog. Dis. 2006, 3, 9.
15. Simpson, J. M.; Santo Domingo, J. W.; Reasoner, D. J.; Environ. Sci. Technol. 2002, 36, 5279.
16. Harold, F. M. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2005, 69, 544.
17. Brehm-Stecher, B. F.; Johnson, E. A. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2004, 68, 538.
18. Schmidt, T. M. Int. Microbiol. 2006, 9, 217.
19. Giraffa, G.; Neviani, E. Int. J. Food Microbiol. 2001, 67, 19.
20. Gould, GW. Soc. Appl. Bacteriol. Symp. Ser. 1992, 21, 59S.
21. Shapiro, J. A. Annu. Rev. Microbiol. 1998, 52, 81.
22. Costerton, J. W.; Stewart, P. S.; Greenberg, E. P. Science 1999, 284, 1318.
23. Donlan, R. M. Emerg. Infect. Dis. 2002, 8, 881.
24. Ercolini, D.; Hill, P. J.; Dodd, C. E. R. J. Microbiol. Methods 2003, 52, 267.
25. Hodson, R. E.; Dustman, W. A.; Garg, R. P.; Moran, M. A. Appl. Environ. Microbiol. 1995, 61, 4074.
26. Porter, J.; Pickup, R.; Edwards, C. FEMS Microbiol. Lett. 1995, 134, 51.
27. Tani, K.; Kurokawa, K.; Nasu, M. Appl. Environ. Microbiol. 1998, 64, 1536.
28. Tolker-Nielsen, T.; Holmstrøm, K.; Boe, L.; Molin, S. Mol. Microbiol. 1998, 27, 1099.
29. Hoshino, T.; Noda, N.; Tsuneda, S.; Hirata, A.; Inamori, Y. Appl. Environ. Microbiol. 2001, 67, 5261.
30. Holmstrøm, K.; Tolker-Nielsen, T.; Mølin, S. J. Bacteriol. 1999, 181, 1733.
31. Chen, F.; Binder, B.; Hodson, R. E. FEMS Microbiol. Lett. 2000, 184, 291.
32. Lange, M.; Tolker-Nielsen, T.; Molin, S.; Ahring, B. K. Appl. Environ. Microbiol. 2000, 66. 1796.
33. Chen, F.; González, J. M.; Dustman, W. A.; Moran, M. A.; Hodson, R. E. Appl. Environ. Microbiol. 1997, 63, 4907.
34. Lanoil, B. D.; Giovannoni, S. J. Appl. Environ. Micobiol. 1997, 63, 1118.
35. Lanoil, B. D.; Carlson, C. A.; Giovannoni, S. J. Environ. Microbiol. 2000, 2, 654.
36. Maruyama, F.; Kenzaka, T.; Yamaguchi, N.; Tani, K.; Nasu, M. Appl. Environ. Microbiol. 2005, 71, 7933.
37. Maruyama, F.; Tani, K.; Kenzaka, T.; Yamaguchi, N.; Nasu, M. Appl. Environ. Microbiol. 2006, 72, 6248.
38. Maruyama, F.; Kenzaka, T.; Yamaguchi, N.; Tani, K.; Nasu, M. Appl. Environ. Microbiol. 2003, 69, 5023.
39. De Long, E. F.; Wickham, G. S.; Pace, N. R. Science 1989, 243, 1360.
40. Amann, R.; Ludwig, W. FEMS Microbiol. Rev. 2000, 24, 555.
41. Amann, R.; Fuchs, B. M., Behrens, S. Curr. Opin. Biotechnol. 2001, 12, 231.
42. Moter, A.; Göbel, U. B. J. Microbiol. Methods 2000, 41, 85.
43. Zwirglmaier, K. FEMS Microbiol. Lett. 2005, 246, 151.
44. Amann, R. I.; Ludwig, W.; Schleifer, K. -H.; Microbiol. Rev. 1995, 59, 143.
45. Anderson, M.L.M. Nucleic Acid Hybridization; BIOS Scientific Publishers: Oxford, UK, 1999; pp. 23-25.
46. Demidov, V. V. In Encyclopedia of Diagnostic Genomics and Proteomics, Fuchs, J., Podda, M., Eds. Marcel Dekker, Inc., New York, 2005; pp. 1175- 1179.
47. Zhong, X.; Lizardi, P. M.; Huang, X.; Bray-Ward, P. L.; Ward, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001, 98, 3940.
48. Notomi, T.; Okayama, H.; Masubuchi, H.; Yonekawa, T.; Watanabe, K.; Amino, N.; Hase, T. Nucleic Acids Res. 2000, 28, E63.
49. Brehm-Stecher, B. F.; Hyldig-Nielsen, J. J.; Johnson, E. A. Appl. Environ. Microbiol. 2005, 71, 5451.
50. Fuchs, B. M.; Wallner, G.; Beisker, W.; Schwippl, I.; Ludwig, W.; Amann, R. Appl. Environ. Microbiol. 1998, 64, 4973.
51. Fang, Q.; Brockman, S.; Botzenhart, K.; Wiedenmann, A. J. Food Prot. 2003, 66, 723.
52. Hartmann, H.; Stender, H.; Schäfer, A.; Autenrieth, I. B.; Kempf, V. A. J. J. Clin. Microbiol. 2005, 43, 4855.
53. Ootsubo, M.; Shimizu, T.; Tanaka, R.; Sawabe, T.; Tajima, K.; Ezura, Y. J. Appl. Microbiol. 2003, 95, 112.
54. Tang, Y. Z.; Hoong Gin, K. Y.; Lim, T. H. Appl. Environ. Microbiol. 2005, 71, 8157.
55. Jansen, G. J.; Mooibroek, M.; Idema, J.; Harmsen, H. J. M.; Welling, G. W.; Degener, J. E. J. Clin. Microbiol. 2000, 38, 814.
56. Zwirglmaier, K.; Ludwig, W.; Schleifer, K. -H. Mol. Microbiol. 2004, 51, 89.
57. Hammer, B.; Moter, A.; Kahl, O.; Alberti, G.; Göbel, U. B. Microbiology 2001, 147, 1425.
58. Pernthaler, A.; Amann, R. Appl. Environ. Microbiol. 2004, 70, 5426.
59. Schönhuber, W.; Guenhael, L. B.; Tremblay, J.; Amann, R.; Kulakauskas, S. BMC Microbiol. 2001, 1, 20.
60. Rüssmann, H.; Adler, K.; Haas, R.; Gebert, B.; Koletzko, S., Heesemann, J. J. Clin. Microbiol. 2001, 39, 4142.
61. Triman, K. L.; Peister, A.; Goel, R. A. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 280.
62. Kalyuzhnaya, M. G.; Zabinsky, R.; Bowerman, S.; Baker, D. R.; Lidstrom, M. E.; Chistoserdova, L. Appl. Environ. Microbiol. 2006, 72, 4293.
63. Sekar, R.; Fuchs, B. M.; Amann, R.; Pernthaler, J. Appl. Environ. Microbiol. 2004, 70, 6210.
64. Gunasekera, T. S.; Dorsch, M. R.; Slade, M. B.; Veal, D. A. J. Appl. Microbiol. 2003, 94, 936.
65. Vaahtovuo, J.; Korkeamaki, M.; Munukka, E.; Viljanen, M.K.; Toivanen, P. J. Microbiol. Methods 2005, 63, 276.
66. Zoetendal, E. G.; Ben-Amor, K.; Harmsen, H. J. M.; Schut, F.; Akkermans, A. D. L.; de Vos, W. M. Appl. Environ. Microbiol. 2002, 68, 4225.
67. Kempf, V. A. J.; Mändle, T.; Schumacher, U.; Schäfer, A.; Autenrieth, I. B. Int. J. Med. Microbiol. 2005, 295, 47.
68. Alexander, B. D.; Ashley, E. D.; Reller, L. B.; Reed, S. D. Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 2006, 54, 277.
69. Barenfanger, J.; Drake, C.; Kachich, G. J. Clin Microbiol. 1999, 37, 1415.
70. Bar-Cohen, Y. Bioinsp. Biomim. 2006, 1, P1.
71. Fan, X.; Lin, L.; Dalsin, J. L.; Messersmith, P. B. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 15843.
72. Bruggeman, O. Adv. Biochem. Eng. Biotechnol. 2002, 76, 127.
73. Tew, G. N.; Liu, D.; Chen, B.; Doerksen, R. J.; Kaplan, J.; Carroll, P. J.; Klein, M. L.; De Grado, W. F. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 5110.
74. Stender, H.; Fiandaca, M.; Hyldig-Nielsen, J. J.; Coull, J. J. Microbiol. Methods 2002, 48, 1.
75. Ferrari, B. C.; Veal, D. Cytometry A 2003, 51, 79.
76. Lefmann, M.; Schweickert, B.; Buchholz, P.; Göbel, U.B.; Seiler, P.; Theegarten, D.; Moter, A. J. Clin Microbiol. 2006, 44, 3760.
77. Lehtola, M. J.; Loades, C. J.; Keevil, C. W. J. Microbiol. Methods 2005, 62, 211.
78. Nelson, K.E.; Levy, M.; Miller, S. L. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 3868.
79. Koshkin, A. A.; Nielsen, P.; Meldgaard, M.; Rajwanshi, V. K.; Singh, S. K.; Wengel, J. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 13252.
80. Petersen, M., Wengel, J. Trends Biotechnol. 2003, 21, 74.
81. Kubota, K.; Ohashi, A.; Imachi, H.; Harada, H. Appl. Environ. Microbiol. 2006, 72, 5311.
82. Silahtaroglu, A. N.; Tommerup, N.; Vissing, H. Mol. Cell Probes 2003, 17, 165.
83. Dickert, F. L.; Hayden, O. Anal. Chem. 2002, 74, 1302.
84. Gregory, K.; Mello, C. M. Appl. Environ. Microbiol. 2005, 71, 1130.
85. Kulagina, N. V.; Lassman, M. E.; Ligler, F. S.; Taitt, C. R. Anal. Chem. 2005, 77, 6504.
86. Petrenko, V. A.; Sorokulova, I. B. J. Microbiol. Methods 2004, 58, 147.
87. Fernández, L. A. Curr. Opin. Biotechnol. 2004, 15, 364.
88. Renberg, B.; Shiroyama, I.; Engfeldt, T.; Nygren, P. -Å.; Karlström, A. E. Anal. Biochem. 2005, 341, 334.
89. Kouzmitcheva, G. A.; Petrenko, V. A.; Smith, G. P. Clin. Diagn. Lab Immunol. 2001, 5, 150.
90. Ashelford, K. E.; Weightman, A. J.; Fry, J. C. Nucleic Acids Res. 2002, 15, 3481.
91. Emrich, S. J.; Lowe, M.; Delcher, A. L. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3746.
92. Xing, E. P.; Wolf, D. M.; Dubchack, I.; Spengler, S.; Zorn, M.; Muchnik, I.; Kulikowski, C. J. Theor. Biol. 2001, 212, 129.
93. Zhang, Z.; Willson, R. C.; Fox, G. E. Bioinformatics 2002, 18, 244.
94. Fitch, J. P.; Gardner, S. N.; Kuczmarksi, T. A.; Kurtz, S.; Myers, R.; Ott, L. L.; Slezak, T. R.; Vitalis, E. A.; Zemla, A. T.; McCready, P.M., Proc. IEEE 2002, 90, 1708.
95. Blais, B. W.; Bosley, J.; Martinez-Perez, A.; Popela, M. J. Microbiol. Methods 2006, 65, 468.
96. Sørensen, S. J.; Burmølle, M.; Hansen, L. Curr. Opin. Biotechnol. 2006, 17, 11.
97. Rider, T. H.; Petrovick, M. S.; Nargi, F. E.; Harper, J. D.; Schwoebel, E. D.; Mathews, R. H.; Blanchard, D. J.; Bortolin, L. T.; Young, A. M.; Chen, J.; Hollis, M. A. Science 2003, 301, 213.