Proteome-scale identification of outer membrane proteins in Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis using a structure based combined hierarchical approach

Molecular BioSystems

Volumn 10, Issue 9, 2014, Pages 2329-2337

  Rana, Aarti ^a   Rub, Abdur ^b   Akhter, Yusuf ^a  

^a CENTRAL UNIVERSITY OF HIMACHAL PRADESH   (India)

^b JAMIA MILLIA ISLAMIA CENTRAL UNIVERSITY   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIAL PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN; OUTER MEMBRANE PROTEIN; PROTEOME;

METABOLISM; MYCOBACTERIUM AVIUM SUBSP. PARATUBERCULOSIS; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE;

BACTERIAL OUTER MEMBRANE PROTEINS; BACTERIAL PROTEINS; MEMBRANE PROTEINS; MYCOBACTERIUM AVIUM SUBSP. PARATUBERCULOSIS; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; PROTEOME;

EID: 84905258999     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4mb00234b     Document Type: Article

References (77)

1. L. Lingling J. P. Bannantine Q. Zhang A. Amonsin B. J. May D. Alt N. Banerji S. Kanjilal V. Kapur Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 35 12344 12349
2. R. B. Gurung A. C. Purdie D. J. Begg R. J. Whittington Clin. Vaccine Immunol. 2012 19 6 855 864
3. A. P. Pugsley Microbiol. Rev. 1993 57 1 50 108
4. P. S. Rani L. A. Sechi N. Ahmed BioMed Cent. 2010 1 6
5. R. M. Beard D. Henderson M. J. Daniels A. Pirie D. Buxton A. Greig M. R. Hutchings I. McKendrick S. Rhind K. Stevenson J. M. Sharp Br. Veterinary Rec. 1999 145
6. A. Greig K. Stevenson D. Henderson V. Perez V. Hughes I. Pavlik M. E. Hines I. McKendrick J. M. Sharp J. Clin. Microbiol. 1999 37 6 1746 1751
7. J. P. Bannantine C. W. Wu C. Hsu S. Zhou D. C. Schwartz D. O. Bayles M. L. Paustian D. P. Alt S. Sreevatsan V. Kapur A. M. Talaat BMC Genomics 2012 13 1 89
8. I. R. Grant H. J. Ball M. T. Rowe Appl. Environ. Microbiol. 2002 68 5 2428 2435
9. R. N. Streeter G. F. Hoffsis S. Bech-Nielsen W. P. Shulaw D. M. Rings Am. J. Vet. Res. 1995 56 10 1322 1324
10. R. W. Sweeney Vet. Clin. North Am.: Food Anim. Pract. 1996 12 2 305 312
11. R. J. Greenstein Lancet Infect. Dis. 2003 3 507 514
12. Z. He J. De Buck Proteome Sci. 2010 8 21
13. C. Hoffmann A. Leis M. Niederweis J. M. Plitzko H. Engelhardt Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 10 3963 3967
14. C. Stahl S. Kubetzko I. Kaps S. Seeber H. Engelhardt M. Niederweis Mol. Microbiol. 2001 40 2 451 464
15. P. J. Brennan H. Nikaido Annu. Rev. Biochem. 1995 64 29 63
16. P. J. Brennan Tuberculosis 2003 83 1-3 91 97
17. L. R. Camacho P. Constant C. Raynaud M. A. Laneelle J. A. Triccas B. Gicquel M. Daffe C. Guilhot J. Biol. Chem. 2001 276 23 19845 19854
18. J. Trias R. Benz Mol. Microbiol. 1994 14 2 283 290
19. P. Draper Front Biosci. 1998 3 1253 1261
20. M. Daffé P. Draper Adv. Microb. Physiol. 1998 39 131 203
21. G. Lindahl M. Sta T. Areschoug Clin. Microbiol. Rev. 2005 18 1 102 127
22. J. Lin S. Huang Q. Zhang Microbes Infect. 2002 4 3 325 331
23. H. H. Niemann W. D. Schubert D. W. Heinz Microbes Infect. 2004 6 1 101 112
24. R. Koebnik K. P. Locher G. P. Van Mol. Microbiol. 2000 37 2 239 253
25. M. R. Loeb A. L. Zachary D. H. Smith J. Bacteriol. 1981 145 1 596 604
26. S. Mizushima H. Yamada Biochim. Biophys. Acta 1975 375 1 44 53
27. A. P. Pugsley M. G. Kornacker A. Ryter Mol. Microbiol. 1990 4 1 59 72
28. H. Song R. Sandie Y. Wang M. A. Andrade-Navarro M. Niederweis Tuberculosis 2009 88 6 526 544
29. M. Rezwan M. A. Lanéelle P. Sander M. Daffé J. Microbiol. Methods 2007 68 1 32 39
30. R. Pajon D. Yero A. Lage A. Llanes C. J. Borroto Tuberculosis 2006 86 3-4 290 302
31. G. V. Heijne Nature 1998 396 33 37
32. J. De Keyzer C. V. D. Does A. J. M. Driessen Cell. Mol. Life Sci. 2003 60 10 2034 2052
33. H. Nielsen J. Engelbrecht S. Brunak G. V. Heijne Protein Eng. 1997 10 1 1 6
34. L. Sipos G. V. Heijne Eur. J. Biochem. 1993 213 3 1333 1340
35. G. E. Schulz Biochim. Biophys. Acta 2002 1565 2 308 317
36. G. E. Tusnady I. Simon Bioinformatics 2001 17 9 849 850
37. A. Krogh B. Larsson G. V. Heijne E. L. Sonnhammer J. Mol. Biol. 2001 305 567 580
38. M. C. Walter T. Rattei R. Arnold U. Guldener M. Munsterkotter K. Nenova G. Kastenmuller P. Tischler A. Wolling A. Volz N. Pongratz R. Jost H. W. Mewes D. Frishman Nucleic Acids Res. 2009 37 408 411
39. A. H. Delcour J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 2002 4 1 1 10
40. W. C. Wimley Curr. Opin. Struct. Biol. 2003 13 4 404 411
41. M. Faller M. Niederweis G. E. Schulz Science 2004 303 5661 1189 1192
42. C. Cole J. D. Barber G. J. Barton Nucleic Acids Res. 2008 36 W197 W201
43. H. Vogel F. Jahnig J. Mol. Biol. 1986 190 2 191 199
44. S. I. Narita S. I. Matsuyama H. Tokuda Arch. Microbiol. 2004 182 1 1 6
45. P. G. Bagos K. D. Tsirigos T. D. Liakopoulos S. J. Hamodrakas J. Proteome Res. 2008 7 12 5082 5093
46. S. Hayashi H. C. Wu J. Bioenerg. Biomembr. 1990 22 3 451 471
47. N. Y. Yu J. R. Wagner M. R. Laird G. Melli S. Rey R. Lo P. Dao S. C. Sahinalp M. Ester L. J. Foster F. S. Brinkman Bioinformatics 2010 26 13 1608 1615
48. J. D. Bendtsen L. Kiemer A. Fausboll S. Brunak BMC Microbiol. 2005 5 58
49. M. R. Wilkins E. Gasteiger A. Bairoch J. C. Sanchez K. L. Williams Methods Mol. Biol. 1999 112 531 552
50. U. Zachariae A. Koumanov A. Karshikoff H. Engelhardt Protein Sci. 2002 1309 1319
51. J. C. Camus M. J. Pryor C. Medigue S. T. Cole Microbiology 2002 148 2967 2973
52. M. Zhou H. Wu Microbiology 2009 155 317 327
53. K. Drickamer M. E. Taylor Trends Biochem. Sci. 1998 23 9 321 324
54. J. S. Chauhan A. H. Bhat G. P. S. Raghava A. Rao PLoS One 2012 7 7 e40155
55. T. E-komon R. Burchmore P. Herzyk R. Davies BMC Bioinf. 2012 13 63
56. J. Trias V. Jarlier R. Benz Science 1992 258 5087 1479 1481
57. S. Mukhopadhyay D. Basu P. Chakrabarti J. Bacteriol. 1997 179 19 6205 6207
58. J. Luirink G. V. Heijne E. Houben J. W. D. Gier Annu. Rev. Microbiol. 2005 59 329 355
59. M. Faller M. Niederweis G. E. Schulz Science 2004 303 5661 1189 1192
60. S. W. Cowan T. Schirmer G. Rummel M. Steiert R. Ghosh R. A. Pauptit J. N. Jansonius J. P. Rosenbusch Nature 1992 358 6389 727 733
61. R. K. Upreti M. Kumar V. Shankar Proteomics 2003 3 4 363 379
62. A. Banerjee R. Wang S. L. Supernavage S. K. Ghosh J. Parker N. F. Ganesh P. G. Wang S. Gulati P. A. Rice J. Exp. Med. 2002 147 162
63. R. M. Hamadeh M. M. Estabrook P. Zhou G. A. Jarvis J. M. Griffiss Infect. Immun. 1995 4900 4906
64. C. M. Szymanski B. W. Wren Nat. Rev. Microbiol. 2005 3 3 225 237
65. F. Bastida R. A. Juste J. Immune Based Ther. Vaccines 2011 9 1 8
66. B. S. Ehrt M. U. Shiloh J. Ruan M. Choi S. Gunzburg C. Nathan Q. W. Xie L. W. Riley J. Exp. Med. 1997 186 11 1885 1896
67. C. H. Kalis J. W. Hesselink H. W. Barkema M. T. Collins Am. J. Vet. Res. 2001 62 2 270 274
68. J. E. Uzonna P. Chilton R. H. Whitlock P. L. Habecker P. Scott R. W. Sweeney Vaccine 2003 21 23 3101 3109
69. R. D. Linnabary G. L. Meerdink M. T. Collins Counc. Agric. Sci. Technol. 2001 17 1 10
70. W. C. Losinger J. Dairy Res. 2005 72 4 425 432
71. F. L. Leite K. D. Stokes S. Robbe-Austerman J. R. Stabel J. Vet. Diagn. Invest. 2013 25 1 27 34
72. J. A. Cuff G. J. Barton Proteins 1999 34 4 508 519
73. J. A. Cuff G. J. Barton Proteins 2000 40 3 502 511
74. R. M. Sweet D. Eisenberg J. Mol. Biol. 1983 171 4 479 488
75. P. G. Bagos K. D. Tsirigos T. D. Liakopoulos J. Proteome Res. 2008 7 12 5082 5093
76. B. Bjellqvist G. J. Hughes C. Pasquali N. Paquet F. Ravier J. C. Sanchez S. H. D. Frutiger Electrophoresis 1993 14 10 1023 1031
77. F. M. Carthy N. Wang G. B. Magee B. Nanduril M. L. Lawrence E. B. Camon D. G. Barrell D. P. Hill M. E. Dolan W. P. Williams D. S. Luthe S. M. Bridges S. C. Burgess BMC Genomics 2006 7 229