How a protein can remain stable in a solvent with high content of urea: Insights from molecular dynamics simulation of Candida antarctica lipase B in urea: Choline chloride deep eutectic solvent

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 16, Issue 28, 2014, Pages 14882-14893

  Monhemi, Hassan ^a   Housaindokht, Mohammad Reza ^a   Moosavi Movahedi, Ali Akbar ^b   Bozorgmehr, Mohammad Reza ^c  

^a FERDOWSI UNIVERSITY OF MASHHAD   (Iran)

^b UNIVERSITY OF TEHRAN   (Iran)

^c ISLAMIC AZAD UNIVERSITY   (Iran)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHOLINE; FUNGAL PROTEIN; LIPASE B, CANDIDA ANTARCTICA; SOLVENT; TRIACYLGLYCEROL LIPASE; UREA;

CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN STABILITY;

CHOLINE; FUNGAL PROTEINS; LIPASE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEIN STABILITY; SOLVENTS; UREA;

EID: 84903519978     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4cp00503a     Document Type: Conference Paper

References (56)

1. T. Anastas Paul, Clean Solvents, American Chemical Society, 2002, pp. 1-9
2. C. Capello U. Fischer K. Hungerbuhler Green Chem. 2007 9 927 934
3. H. R. Hobbs N. R. Thomas Chem. Rev. 2007 107 2786 2820
4. R. D. Rogers K. R. Seddon Science 2003 302 792 793
5. M. Deetlefs K. R. Seddon Green Chem. 2010 12 17 30
6. N. V. Plechkova K. R. Seddon Chem. Soc. Rev. 2008 37 123 150
7. A. P. Abbott G. Capper D. L. Davies R. K. Rasheed V. Tambyrajah Chem. Commun. 2003 70 71
8. Q. Zhang K. De Oliveira Vigier S. Royer F. Jerome Chem. Soc. Rev. 2012 41 7108 7146
9. P. DomÃnguez de MarÃa Z. Maugeri Curr. Opin. Chem. Biol. 2010 15 220 225
10. E. Durand J. Lecomte P. Villeneuve Eur. J. Lipid Sci. Technol. 2013 115 379 385
11. N. Ran L. Zhao Z. Chen J. Tao Green Chem. 2008 10 361 372
12. F. v. Rantwijk R. A. Sheldon Chem. Rev. 2007 107 2757 2785
13. T. G. Johnathan, S. Friedrich and J. K. Romas, Ionic Liquid Applications: Pharmaceuticals, Therapeutics, and Biotechnology, American Chemical Society, 2010, pp. 169-180
14. J. T. Gorke F. Srienc R. J. Kazlauskas Chem. Commun. 2008 1235 1237
15. D. Lindberg M. de la Fuente Revenga M. Widersten J. Biotechnol. 2010 147 169 171
16. H. Zhao G. A. Baker S. Holmes J. Mol. Catal. B: Enzym. 2011 72 163 167
17. H. Zhao G. A. Baker S. Holmes Org. Biomol. Chem. 2011 9 1908 1916
18. H. Zhao C. Zhang T. D. Crittle J. Mol. Catal. B: Enzym. 2013 85-86 243 247
19. M. Norin F. Haeffner K. Hult O. EdhoIm Biophys. J. 1994 67 548 559
20. P. Trodler J. Pleiss BMC Struct. Biol. 2008 8 9
21. C. Li T. Tan H. Zhang W. Feng J. Biol. Chem. 2010 285 28434 28441
22. M. Skjot L. De Maria R. Chatterjee A. Svendsen S. A. Patkar P. R. Ostergaard J. Brask ChemBioChem 2009 10 520 527
23. J. J. James B. S. Lakshmi A. S. N. Seshasayee P. Gautam FEBS Lett. 2007 581 4377 4383
24. P. Trodler R. D. Schmid J. Pleiss BMC Struct. Biol. 2008 9 1 13
25. S. Barbe V. Lafaquiére D. Guieysse P. Monsan M. Remaud-Siméon I. André Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2009 77 509 523
26. S. Rehm P. Trodler J. Pleiss Protein Sci. 2010 19 2122 2130
27. H. Monhemi M. R. Housaindokht M. R. Bozorgmehr M. S. S. Googheri J. Supercrit. Fluids 2012 69 1 7
28. N. M. Micaelo C. M. Soares J. Phys. Chem. B 2008 112 2566 2572
29. M. Klähn G. S. Lim P. Wu Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 18647 18660
30. M. Klähn G. S. Lim A. Seduraman P. Wu Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 1649 1662
31. M. R. Housaindokht M. R. Bozorgmehr H. Monhemi J. Supercrit. Fluids 2012 63 180 186
32. R. L. Silveira J. Martínez M. S. Skaf L. Martínez J. Phys. Chem. B 2012 5671 5678
33. H. Monhemi M. R. Housaindokht J. Supercrit. Fluids 2012 72 161 167
34. M. R. Housaindokht H. Monhemi J. Mol. Catal. B: Enzym. 2013 87 135 138
35. A. Caflisch M. Karplus Structure 1999 7 477 488
36. B. J. Bennion V. Daggett Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 5142 5147
37. D. R. Canchi D. Paschek A. E. GarcÃa J. Am. Chem. Soc. 2010 132 2338 2344
38. N. Zhang F.-F. Liu X.-Y. Dong Y. Sun J. Phys. Chem. B 2012 116 7040 7047
39. C. Camilloni A. Guerini Rocco I. Eberini E. Gianazza R. A. Broglia G. Tiana Biophys. J. 2008 94 4654 4661
40. R. D. Schmid R. Verger Angew. Chem., Int. Ed. 1998 37 1608 1633
41. P. Reis K. Holmberg H. Watzke M. E. Leser R. Miller Adv. Colloid Interface Sci. 2009 147-148 237 250
42. J. Uppenberg M. T. Hansen S. Patkar T. A. Jones Structure 1994 2 293 308
43. P. Carlqvist R. Eklund K. Hult T. Brinck J. Mol. Model. 2003 9 164 171
44. A. Das C. Mukhopadhyay J. Phys. Chem. B 2008 112 7903 7908
45. L. Hua R. Zhou D. Thirumalai B. J. Berne Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 16928 16933
46. M. Lindgren P.-O. Westlund Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 9358 9366
47. H. Wei Y. Fan Y. Q. Gao J. Phys. Chem. B 2009 114 557 568
48. M. W. Schmidt K. K. Baldridge J. A. Boatz S. T. Elbert M. S. Gordon J. H. Jensen S. Koseki N. Matsunaga K. A. Nguyen S. I. Su T. L. Windus M. Dupuis J. A. Montgomery J. Comput. Chem. 1993 14 1347
49. W. F. van Gunsteren, S. R. Billeter, A. A. Eising, P. H. Hünenberger, P. Krüger, A. E. Mark, W. R. P. Scott and I. G. Tironi, Biomolecular Simulation: The GROMOS96 Manual and User Guide, Vdf Hochschulverlag AG an der ETH Zürich, Zürich, Switzerland, 1996, 1042 pages
50. R. B. Leron M.-H. Li J. Chem. Thermodyn. 2012 54 293 301
51. A. Miyanaga S. Fushinobu K. Ito T. Wakagi Biochem. Biophys. Res. Commun. 2001 288 1169 1174
52. E. Lindahl B. Hess D. van der Spoel Comput. Phys. Commun. 1995 91 43 56
53. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
54. B. Hess H. Bekker H. J. C. Beredensen J. E. M. Faraaije J. Comput. Chem. 1997 18 1463 1472
55. S. Miyamoto P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1992 13 952 962
56. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. van Gunsteren A. DiNola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684 3690