How ion properties determine the stability of a lipase enzyme in ionic liquids: A molecular dynamics study

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 41, 2011, Pages 18647-18660

  Klähn, Marco ^a   Lim, Geraldine S ^a   Wu, Ping ^a  

^a INSTITUTE OF HIGH PERFORMANCE COMPUTING   (Singapore)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ION; IONIC LIQUID; LIPASE B, CANDIDA ANTARCTICA; TRIACYLGLYCEROL LIPASE;

ARTICLE; CANDIDA; CHEMICAL PHENOMENA; CHEMISTRY; ENZYMOLOGY; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN STABILITY; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; THERMODYNAMICS;

CANDIDA; HYDROPHOBIC AND HYDROPHILIC INTERACTIONS; IONIC LIQUIDS; IONS; LIPASE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PROTEIN STABILITY; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; THERMODYNAMICS;

EID: 80054039166     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1cp22056j     Document Type: Article

References (58)

1. T. Welton Chem. Rev. 1999 99 2071 2083
2. R. D. Rogers K. R. Seddon Science 2003 302 792 793
3. K. R. Seddon Nat. Mater. 2003 2 363 365
4. P. Wasserscheid and T. Welton, Ionic Liquids in Synthesis, Wiley-VCH, Weinheim, 2003
5. H. Weingärtner Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 654 670
6. J. F. Brennecke E. J. Maginn AIChE J. 2001 47 2384 2389
7. R. M. Lau F. van Rantwijk K. R. Seddon R. A. Sheldon Org. Lett. 2000 2 4189 4191
8. S. G. Cull J. D. Holbrey V. Vargas-Mora K. R. Seddon G. J. Lye Biotechnol. Bioeng. 2000 69 227 233
9. M. Erbeldinger A. J. Mesiano A. J. Russell Biotechnol. Prog. 2000 16 1129 1131
10. F. van Rantwijk R. A. Sheldon Chem. Rev. 2007 107 2757 2785
11. M. Moniruzzaman K. Nakashima N. Kamiya M. Goto Biochem. Eng. J. 2010 48 295 314
12. X. Chen J. Liu J. Wang Anal. Methods 2010 2 1222 1226
13. S. N. Baker T. M. McCleskey S. Pandey G. A. Baker Chem. Commun. 2004 940 941
14. P. Lozano T. de Diego D. Carrie M. Vaultier J. L. Iborra Biotechnol. Lett. 2001 23 1529 1533
15. R. A. Sheldon R. M. Lau M. J. Sorgedrager F. van Rantwijk K. R. Seddon Green Chem. 2002 4 147 151
16. P. Lozano T. de Diego S. Gmouh M. Vaultier J. L. Iborra Biotechnol. Prog. 2004 20 661 669
17. J. L. Kaar A. M. Jesionowski J. A. Berberich R. Moulton A. J. Russell J. Am. Chem. Soc. 2003 125 4125 4131
18. S. H. Ha S. H. Lee D. T. Dang M. S. Kwon W.-J. Chang Y. J. Yu I. S. Byun Y. M. Koo Korean J. Chem. Eng. 2008 25 291 294
19. T. de Diego P. Lozano M. A. Abad K. Steffensky M. Vaultier J. L. Iborra J. Biotechnol. 2009 140 234 241
20. P. Lozano T. de Diego J. P. Guegan M. Vaultier J. L. Iborra Biotechnol. Bioeng. 2001 75 563 569
21. M. Persson U. T. Bornscheuer J. Mol. Catal. B: Enzym. 2003 22 21 27
22. O. Ulbert K. Belafi-Bako K. Tonova L. Gubicza Biocatal. Biotransform. 2005 23 177 183
23. A. P. de los Rios F. J. Hernandez-Fernandez M. Rubio D. Gomez G. Villora J. Chem. Technol. Biotechnol. 2007 82 190 195
24. T. de Diego P. Lozano S. Gmouh M. Vaultier J. L. Iborra Biomacromolecules 2005 6 1457 1464
25. T. de Diego P. Lozano S. Gmouh M. Vaultier J. L. Iborra Biotechnol. Bioeng. 2004 88 916 924
26. R. M. Lau M. J. Sorgedrager G. Carrea F. van Rantwijk F. Secundo R. A. Sheldon Green Chem. 2004 6 483 487
27. F. van Rantwijk F. Secundo R. A. Sheldon Green Chem. 2005 8 282 286
28. M. B. Turner S. K. Spear J. G. Huddleston J. D. Holbrey R. D. Rogers Green Chem. 2003 5 443 447
29. J. P. Mann A. McCluskey R. Atkin Green Chem. 2009 11 785 792
30. T. Page N. D. Kraut P. M. Page G. A. Baker F. V. Bright J. Phys. Chem. B 2009 113 12825 12830
31. W. Y. Lou M. H. Zong T. J. Smith H. Wu J. F. Wang Green Chem. 2006 8 509 512
32. K. Fujita D. R. MacFarlane M. Forsyth Chem. Commun. 2005 4804 4806
33. K. Fujita D. R. MacFarlane M. Forsyth M. Yoshizawa-Fujita K. Murata N. Nakamura H. Ohno Biomacromolecules 2007 8 2080 2086
34. W. T. Heller H. M. O'Neill Q. Zhang G. A. Baker J. Phys. Chem. B 2010 114 13866 13871
35. B. Dabirmanesh S. Daneshjou A. A. Sepahi B. Ranjbar R. A. Khavari-Nejad P. Gill A. Heydari K. Khajeh Int. J. Biol. Macromol. 2011 48 93 97
36. N. M. Micaelo C. M. Soares J. Phys. Chem. B 2008 112 2566 2572
37. M. Klähn A. Seduraman P. Wu J. Phys. Chem. B 2008 112 10989 11004
38. A. Seduraman M. Klähn P. Wu CALPHAD: Comput. Coupling Phase Diagrams Thermochem. 2009 33 605 613
39. M. Klähn C. Stüber A. Seduraman P. Wu J. Phys. Chem. B 2010 114 2856 2868
40. M. Klähn G. S. Lim A. Seduraman P. Wu Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 1649 1662
41. S. Vicatos M. Roca A. Warshel Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2009 77 670 684
42. M. Klähn A. Seduraman P. Wu J. Phys. Chem. B 2011 115 8231 8241
43. P. Nash G. McFadden A. Whitty FEBS Lett. 2000 475 1 6
44. J. Uppenberg N. Ohrner M. Norin K. Hult G. J. Kleywegt S. Patkar V. Waagen T. Anthonsen T. A. Jones Biochemistry 1995 34 16838 16851
45. A. Warshel G. Naray-Szabo F. Sussman J.-K. Hwang Biochemistry 1989 28 3629 3637
46. D. Bashford, in Scientific Computing in Object-Oriented Parallel Environments, Springer, Berlin/Heidelberg, 1997, vol. 1343, pp. 233-240
47. M. Klähn A. Seduraman P. Wu J. Phys. Chem. B 2008 112 13849 13861
48. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179 5197
49. E. J. Sorin V. S. Pande Biophys. J. 2005 88 2472 2493
50. J. N. C. Lopes A. A. H. Padua K. Shimizu J. Phys. Chem. B 2008 112 5039 5046
51. M. W. Mahoney W. L. Jorgensen J. Chem. Phys. 2000 112 8910 8922
52. M. W. Mahoney W. L. Jorgensen J. Chem. Phys. 2001 114 363 366
53. A. Chaumont R. Schurhammer G. Wipff J. Phys. Chem. B 2005 109 18964 18973
54. D. Van der Spoel E. Lindahl B. Hess G. Groenhof A. E. Mark H. J. C. Berendsen J. Comput. Chem. 2005 26 1701 1718
55. B. Hess H. Bekker H. J. C. Berendsen J. G. E. M. Fraaije J. Comput. Chem. 1997 18 1463 1472
56. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
57. U. Essmann L. Perera M. L. Berkowitz T. Darden H. Lee L. G. Pedersen J. Chem. Phys. 1995 103 8577 8593
58. M. P. Allen and D. J. Tildesley, Computer simulations of liquids, Oxford Science Publications, Oxford, 1987