One in a million: Flow cytometric sorting of single cell-lysate assays in monodisperse picolitre double emulsion droplets for directed evolution

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 5, 2014, Pages 2526-2533

  Zinchenko, Anastasia ^a   Devenish, Sean R A ^a   Kintses, Balint ^a   Colin, Pierre Yves ^a   Fischlechner, Martin ^a,b   Hollfelder, Florian ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF SOUTHAMPTON   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARTIFICIAL EVOLUTION; DIRECTED EVOLUTION; ENRICHMENT EXPERIMENTS; HEAT INACTIVATION; MICRO FLUIDIC SYSTEM; MICRO-FLUIDIC DEVICES; SURFACE CHARACTERISTICS; WATER IN OIL EMULSIONS;

ASSAYS; CLONING; DROPS; EXPERIMENTS; FLUIDIC DEVICES; PROTEINS;

EMULSIONS;

EMULSION;

EMULSION; FLOW CYTOMETRY; MICROFLUIDICS; PROCEDURES;

EMULSIONS; FLOW CYTOMETRY; MICROFLUIDICS;

EID: 84900653348     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac403585p     Document Type: Article

References (55)

1. Bornscheuer, U. T.; Huisman, G. W.; Kazlauskas, R. J.; Lutz, S.; Moore, J. C.; Robins, K. Nature 2012, 485, 185-194
2. Lin, H.; Cornish, V. W. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 4402-4425
3. Turner, N. J. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 567-573
4. Agresti, J. J.; Antipov, E.; Abate, A. R.; Ahn, K.; Rowat, A. C.; Baret, J.-C.; Marquez, M.; Klibanov, A. M.; Griffiths, A. D.; Weitz, D. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 4004-4009
5. Yang, G.; Withers, S. G. ChemBioChem 2009, 10, 2704-2715
6. Tawfik, D. S.; Griffiths, A. D. Nat. Biotechnol. 1998, 16, 652-656
7. Kiss, M. M.; Ortoleva-Donnelly, L.; Beer, N. R.; Warner, J.; Bailey, C. G.; Colston, B. W.; Rothberg, J. M.; Link, D. R.; Leamon, J. H. Anal. Chem. 2008, 80, 8975-8981
8. Schaerli, Y.; Hollfelder, F. Mol. Biosyst. 2009, 5, 1392-1404
9. Kintses, B.; van Vliet, L. D.; Devenish, S. R. A.; Hollfelder, F. Curr. Opin. Chem. Biol. 2010, 14, 548-555
10. Theberge, A. B.; Courtois, F.; Schaerli, Y.; Fischlechner, M.; Abell, C.; Hollfelder, F.; Huck, W. T. S. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 5846-5868
11. Guo, M. T.; Rotem, A.; Heyman, J. A.; Weitz, D. A. Lab. Chip 2012, 12, 2146
12. Schaerli, Y.; Kintses, B.; Hollfelder, F. In Protein Engineering Handbook; Lutz, S.; Bornscheuer, U. T., Eds.; Wiley VCH: Weinheim, 2012; Vol. 3, pp 73-89.
13. Garti, N.; Aserin, A. Adv. Colloid Interface Sci. 1996, 65, 37-69
14. Seifriz, W. J. Phys. Chem. 1925, 29, 587-600
15. Griffiths, A. D.; Tawfik, D. S. Trends Biotechnol. 2006, 24, 395-402
16. Kaltenbach, M.; Devenish, S. R. A.; Hollfelder, F. Lab Chip 2012, 12, 4185-4192
17. Umbanhowar, P. B.; Prasad, V.; Weitz, D. A. Langmuir 2000, 16, 347-351
18. Utada, A. S.; Lorenceau, E.; Link, D. R.; Kaplan, P. D.; Stone, H. A.; Weitz, D. A. Science 2005, 308, 537-541
19. Huebner, A.; Olguin, L. F.; Bratton, D.; Whyte, G.; Huck, W. T.; de Mello, A. J.; Edel, J. B.; Abell, C.; Hollfelder, F. Anal. Chem. 2008, 80, 3890-3896
20. Kintses, B.; Hein, C.; Mohamed, M. F.; Fischlechner, M.; Courtois, F.; Lainé, C.; Hollfelder, F. Chem. Biol. 2012, 19, 1001-1009
21. Cohen, H. M.; Tawfik, D. S.; Griffiths, A. D. Protein Eng. Des. Sel. 2004, 17, 3-11
22. Fallah-Araghi, A.; Baret, J.-C.; Ryckelynck, M.; Griffiths, A. D. Lab Chip 2012, 12, 882-891
23. Mazutis, L.; Baret, J. C.; Treacy, P.; Skhiri, Y.; Araghi, A. F.; Ryckelynck, M.; Taly, V.; Griffiths, A. D. Lab Chip 2009, 9, 2902-2908
24. Mazutis, L.; Araghi, A. F.; Miller, O. J.; Baret, J.-C.; Frenz, L.; Janoshazi, A.; Taly, V.; Miller, B. J.; Hutchison, J. B.; Link, D.; Griffiths, A. D.; Ryckelynck, M. Anal. Chem. 2009, 81, 4813-4821
25. Shim, J.; Ranasinghe, R. T.; Smith, C. A.; Ibrahim, S. M.; Hollfelder, F.; Huck, W. T. S.; Klenerman, D.; Abell, C. ACS Nano 2013, 7, 5955-5964
26. Shim, J.; Olguin, L. F.; Whyte, G.; Scott, D.; Babtie, A.; Abell, C.; Huck, W. T. S.; Hollfelder, F. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 15251-15256
27. Gadd, J. C.; Kuyper, C. L.; Fujimoto, B. S.; Allen, R. W.; Chiu, D. T. Anal. Chem. 2008, 80, 3450-3457
28. Gielen, F.; van Vliet, L.; Koprowski, B. T.; Devenish, S. R. A.; Fischlechner, M.; Edel, J. B.; Niu, X.; deMello, A. J.; Hollfelder, F. Anal. Chem. 2013, 85, 4761-4769
29. Huebner, A.; Sharma, S.; Srisa-Art, M.; Hollfelder, F.; Edel, J. B. Lab Chip 2008, 8, 1244-1254
30. Ahn, K.; Kerbage, C.; Hunt, T. P.; Westervelt, R. M.; Link, D. R.; Weitz, D. A. Appl. Phys. Lett. 2006, 88, 024104-024104
31. Baret, J. C.; Miller, O. J.; Taly, V.; Ryckelynck, M.; El-Harrak, A.; Frenz, L.; Rick, C.; Samuels, M. L.; Hutchison, J. B.; Agresti, J. J.; Link, D. R.; Weitz, D. A.; Griffiths, A. D. Lab Chip 2009, 9, 1850-1858
32. Shapiro, H. M. Practical Flow Cytometry; 4 th ed.; John Wiley & Sons Inc.: Hoboken, NJ, 2003.
33. Aharoni, A.; Thieme, K.; Chiu, C. P.; Buchini, S.; Lairson, L. L.; Chen, H.; Strynadka, N. C.; Wakarchuk, W. W.; Withers, S. G. Nat. Methods 2006, 3, 609-614
34. Bernath, K.; Hai, M.; Mastrobattista, E.; Griffiths, A. D.; Magdassi, S.; Tawfik, D. S. Anal. Biochem. 2004, 325, 151-157
35. Gupta, R. D.; Goldsmith, M.; Ashani, Y.; Simo, Y.; Mullokandov, G.; Bar, H.; Ben-David, M.; Leader, H.; Margalit, R.; Silman, I.; Sussman, J. L.; Tawfik, D. S. Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 120-125
36. Hai, M.; Magdassi, S. J. Controlled Release 2004, 96, 393-402
37. Mastrobattista, E.; Taly, V.; Chanudet, E.; Treacy, P.; Kelly, B. T.; Griffiths, A. D. Chem. Biol. 2005, 12, 1291-1300
38. Miller, O. J.; Bernath, K.; Agresti, J. J.; Amitai, G.; Kelly, B. T.; Mastrobattista, E.; Taly, V.; Magdassi, S.; Tawfik, D. S.; Griffiths, A. D. Nat. Methods 2006, 3, 561-570
39. Griffiths, A. D.; Tawfik, D. S. EMBO J. 2003, 22, 24-35
40. Prodanovic, R.; Ostafe, R.; Blanusa, M.; Schwaneberg, U. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 404, 1439-1447
41. Aharoni, A.; Amitai, G.; Bernath, K.; Magdassi, S.; Tawfik, D. S. Chem. Biol. 2005, 12, 1281-1289
42. Levin, I.; Aharoni, A. Chem. Biol. 2012, 19, 929-931
43. Bauer, W.-A. C.; Fischlechner, M.; Abell, C.; Huck, W. T. S. Lab. Chip 2010, 10, 1814-1819
44. Nisisako, T.; Okushima, S.; Torii, T. Soft Matter 2005, 1, 23-27
45. Romanowsky, M. B.; Abate, A. R.; Rotem, A.; Holtze, C.; Weitz, D. A. Lab Chip 2012, 12, 802-807
46. Zhang, Y.; Ho, Y.-P.; Chiu, Y.-L.; Chan, H. F.; Chlebina, B.; Schuhmann, T.; You, L.; Leong, K. W. Biomaterials 2013, 34, 4564-4572
47. Lim, S. W.; Abate, A. R. Lab Chip 2013, 13, 4563-4572
48. Olguin, L. F.; Askew, S. E.; O'Donoghue, A. C.; Hollfelder, F. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 16547-16555
49. Jonas, S.; Hollfelder, F. Pure Appl. Chem. 2009, 81, 731-742
50. Mohamed, M. F.; Hollfelder, F. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1834, 417-420
51. Boltes, I.; Czapinska, H.; Kahnert, A.; von Bülow, R.; Dierks, T.; Schmidt, B.; von Figura, K.; Kertesz, M. A.; Usón, I. Structure 2001, 9, 483-491
52. Koster, S.; Angile, F. E.; Duan, H.; Agresti, J. J.; Wintner, A.; Schmitz, C.; Rowat, A. C.; Merten, C. A.; Pisignano, D.; Griffiths, A. D.; Weitz, D. A. Lab Chip 2008, 8, 1110-1115
53. Courtois, F.; Olguin, L. F.; Whyte, G.; Theberge, A. B.; Huck, W. T. S.; Hollfelder, F.; Abell, C. Anal. Chem. 2009, 81, 3008-3016
54. Skhiri, Y.; Gruner, P.; Semin, B.; Brosseau, Q.; Pekin, D.; Mazutis, L.; Goust, V.; Kleinschmidt, F.; El Harrak, A.; Hutchison, J. B.; Mayot, E.; Bartolo, J.-F.; Griffiths, A. D.; Taly, V.; Baret, J.-C. Soft Matter 2012, 8, 10618-10627
55. Paegel, B. M.; Joyce, G. F. Chem. Biol. 2010, 17, 717-724