Fragmentation of integral membrane proteins in the gas phase

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 9, 2014, Pages 4627-4634

  Skinner, Owen S ^a   Catherman, Adam D ^a   Early, Bryan P ^a   Thomas, Paul M ^a   Compton, Philip D ^a   Kelleher, Neil L ^a  

^a NORTHWESTERN UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVATION ANALYSIS; BIOLOGICAL MEMBRANES; PROTEINS; PROTONS;

C-TERMINAL POSITIONS; COLLISIONAL ACTIVATION; COLLISIONAL DISSOCIATION; COLLISIONALLY ACTIVATED DISSOCIATION; DISSOCIATION PRODUCTS; ELECTRON-TRANSFER DISSOCIATION; INTEGRAL MEMBRANE PROTEINS; TRANS-MEMBRANE DOMAINS;

DISSOCIATION;

GAS; MEMBRANE PROTEIN;

AMINO ACID SEQUENCE; CHEMISTRY; GAS; MOLECULAR GENETICS;

AMINO ACID SEQUENCE; GASES; MEMBRANE PROTEINS; MOLECULAR SEQUENCE DATA;

EID: 84899893542     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac500864w     Document Type: Article

References (50)

1. Alberts, B.; Bray, D.; Hopkin, K.; Johnson, A.; Lewis, J.; Raff, M.; Roberts, K.; Walter, P. Essential Cell Biology; Garland Science: New York, 2009.
2. Wallin, E.; von Heijne, G. Protein Sci. 1998, 7, 1029
3. Stevens, T. J.; Arkin, I. T. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2000, 39, 417
4. Huber, C. G.; Timperio, A. M.; Zolla, L. J. Biol. Chem. 2001, 276, 45755
5. Hopkins, A. L.; Groom, C. R. Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1, 727
6. Wu, C. C.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 262
7. Speers, A. E.; Wu, C. C. Chem. Rev. 2007, 107, 3687
8. Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2004, 76, 196 A
9. Tipton, J. D.; Tran, J. C.; Catherman, A. D.; Ahlf, D. R.; Durbin, K. R.; Kelleher, N. L. J. Biol. Chem. 2011, 286, 25451
10. Whitelegge, J. P.; Gundersen, C. B.; Faull, K. F. Protein Sci. 1998, 7, 1423
11. Whitelegge, J. P. Photosynth. Res. 2003, 78, 265
12. Thangaraj, B.; Ryan, C. M.; Souda, P.; Krause, K.; Faull, K. F.; Weber, A. P. M.; Fromme, P.; Whitelegge, J. P. Proteomics 2010, 10, 3644
13. Ryan, C. M.; Souda, P.; Bassilian, S.; Ujwal, R.; Zhang, J.; Abramson, J.; Ping, P. P.; Durazo, A.; Bowie, J. U.; Hasan, S. S.; Baniulis, D.; Cramer, W. A.; Faull, K. F.; Whitelegge, J. P. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 791
14. Carroll, J.; Altman, M. C.; Fearnley, I. M.; Walker, J. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 14330
15. Catherman, A. D.; Li, M.; Tran, J. C.; Durbin, K. R.; Compton, P. D.; Early, B. P.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2013, 85, 1880
16. Smith, R. D.; Loo, J. A.; Barinaga, C. J.; Edmonds, C. G.; Udseth, H. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1990, 1, 53
17. Loo, J. A.; Quinn, J. P.; Ryu, S. I.; Henry, K. D.; Senko, M. W.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1992, 89, 286
18. Dongre, A. R.; Jones, J. L.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8365
19. Kelleher, N. L.; Lin, H. Y.; Valaskovic, G. A.; Aaserud, D. J.; Fridriksson, E. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 806
20. Meng, F. Y.; Cargile, B. J.; Miller, L. M.; Forbes, A. J.; Johnson, J. R.; Kelleher, N. L. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 952
21. Falth, M.; Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Kjeldsen, F.; Andren, P. E.; Zubarev, R. A. J. Proteome Res. 2007, 6, 4063
22. Huang, Y.; Triscari, J. M.; Tseng, G. C.; Pasa-Tolic, L.; Lipton, M. S.; Smith, R. D.; Wysocki, V. H. Anal. Chem. 2005, 77, 5800
23. Kim, S.; Mischerikow, N.; Bandeira, N.; Navarro, J. D.; Wich, L.; Mohammed, S.; Heck, A. J.; Pevzner, P. A. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 2840
24. Aguiar, M.; Haas, W.; Beausoleil, S. A.; Rush, J.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2010, 9, 3103
25. Phanstiel, D.; Zhang, Y.; Marto, J. A.; Coon, J. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1255
26. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265
27. Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 9528
28. Breuker, K.; Oh, H.; Horn, D. M.; Cerda, B. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6407
29. Sohn, C. H.; Chung, C. K.; Yin, S.; Ramachandran, P.; Loo, J. A.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 5444
30. Skinner, O.; Breuker, K.; McLafferty, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 807
31. Kruger, N. A.; Zubarev, R. A.; Carpenter, B. K.; Kelleher, N. L.; Horn, D. M.; McLafferty, F. W. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 182-183, 1
32. Zubarev, R. A.; Haselmann, K. F.; Budnik, B.; Kjeldsen, F.; Jensen, F. Eur. J. Mass Spectrom. 2002, 8, 337
33. Zhang, H.; Cui, W.; Wen, J.; Blankenship, R. E.; Gross, M. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 1966
34. Zhang, H.; Cui, W.; Wen, J.; Blankenship, R. E.; Gross, M. L. Anal. Chem. 2011, 83, 5598
35. Breuker, K.; Oh, H.; Lin, C.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 14011
36. Zubarev, R. A.; Horn, D. M.; Fridriksson, E. K.; Kelleher, N. L.; Kruger, N. A.; Lewis, M. A.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 563
37. Schennach, M.; Breuker, K. Angew. Chem. 2014, 126, 168
38. Breuker, K.; Brüschweiler, S.; Tollinger, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 873
39. Catherman, A. D.; Durbin, K. R.; Ahlf, D. R.; Early, B. P.; Fellers, R. T.; Tran, J. C.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 3465
40. Sonnhammer, E. L.; von Heijne, G.; Krogh, A. Proc. Int. Conf. Intell. Syst. Mol. Biol. 1998, 6, 175
41. Krogh, A.; Larsson, B.; von Heijne, G.; Sonnhammer, E. L. J. Mol. Biol. 2001, 305, 567
42. Durbin, K. R.; Fellers, R. T.; Ntai, I.; Kelleher, N. L.; Compton, P. D. Anal. Chem. 2014, 86, 1485-1492
43. Zabrouskov, V.; Whitelegge, J. P. J. Proteome Res. 2007, 6, 2205
44. Iavarone, A. T.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2319
45. Schnier, P. D.; Gross, D. S.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 1086
46. Steinberg, M. Z.; Elber, R.; McLafferty, F. W.; Gerber, R. B.; Breuker, K. ChemBioChem 2008, 9, 2417
47. Henry, E. R.; Eaton, W. A.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1986, 83, 8982
48. Neff, D.; Sobczyk, M.; Simons, J. Int. J. Mass Spectrom. 2008, 276, 91
49. Tabb, D. L.; Huang, Y.; Wysocki, V. H.; Yates, J. R., 3rd Anal. Chem. 2004, 76, 1243
50. Wysocki, V. H.; Resing, K. A.; Zhang, Q.; Cheng, G. Methods 2005, 35, 211