SwedCAD, a database of annotated high-mass accuracy MS/MS spectra of tryptic peptides

Journal of Proteome Research

Volumn 6, Issue 10, 2007, Pages 4063-4067

  Fälth, Maria ^a   Savitski, Mikhail M ^a   Nielsen, Michael L ^a   Kjeldsen, Frank ^a   Andren, Per E ^a   Zubarev, Roman A ^a  

^a UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

CAD; Database; MS MS; Peptide fragmentation

Indexed keywords

ARGININE DERIVATIVE; ASPARTIC ACID; GLUTAMIC ACID; PEPTIDE DERIVATIVE; PEPTIDE FRAGMENT; TRYPTIC PEPTIDE DERIVATIVE; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; COLLISIONALLY ACTIVATED DISSOCIATION; DATA BASE; MASS SPECTROMETRY; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DEGRADATION;

CELL LINE; DATABASES, FACTUAL; ESCHERICHIA COLI; ESCHERICHIA COLI PROTEINS; HUMANS; INTERNET; MILK PROTEINS; MILK, HUMAN; PEPTIDES; PROTEOME; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TRYPSIN;

EID: 35648993654     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr070345h     Document Type: Article

References (39)

1. Dongre, A. R.; Jones, J. L.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8365-8374.
2. Dongre, A. R.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 339-350.
3. Huang, Y. Y.; Triscari, J. M.; Pasa-Tolic, L.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Smith, R. D.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 3034-3035.
4. Huang, Y. Y.; Triscari, J. M.; Tseng, G. C.; Pasa-Tolic, L.; Lipton, M. S.; Smith, R. D.; Wysocki, V. H. Anal. Chem. 2005, 77, 5800-5813.
5. Paizs, B.; Suhai, S. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 508-548.
6. Somogyi, A.; Wysocki, V. H.; Mayer, I. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 704-717.
7. Tabb, D. L.; Huang, Y. Y.; Wysocki, V. H.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2004, 76, 1243-1248.
8. Tabb, D. L.; Smith, L. L.; Breci, L. A.; Wysocki, V. H.; Lin, D.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2003, 75, 1155-1163.
9. Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198-207.
10. Steen, H.; Mann, M. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2004, 5, 699-711.
11. Marshall, A. G.; Hendrickson, C. L. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 215, 59-75.
12. Olsen, J. V.; de Godoy, L. M. F.; Li, G. Q.; Macek, B.; Mortensen, P.; Pesch, R.; Makarov, A.; Lange, O.; Horning, S.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 2010-2021.
13. Chernushevich, I. V.; Loboda, A. V.; Thomson, B. A. J. Mass Spectrom. 2001, 36, 849-865.
14. Savitski, M. M.; Kjeldsen, F.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. J. Proteome Res. 2007, 6, 2669-2673.
15. Mouls, L.; Aubagnac, J.-L.; Martinez, J.; Enjalbal, C. J. Proteome Res. 2007, 6, 1378-1391.
16. Neta, P.; Pu, Q. L.; Kilpatrick, L.; Yang, X. Y.; Stein, S. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 27-36.
17. Neta, P.; Pu, Q. L.; Yang, X.; Stein, S. E. Int. J. Mass Spectrom. 2007, In Press.
18. Perkins, D. N.; Pappin, D. J. C.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567.
19. Harrison, A. G.; Young, A. B.; Bleiholder, C.; Suhai, S.; Paizs, B. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 10364-10365.
20. Budnik, B. A.; Nielsen, M. L.; Olsen, J. V.; Haselmann, K. F.; Horth, P.; Haehnel, W.; Zubarev, R. A. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 283-294.
21. Frank, A. M.; Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A.; Pevzner, P. A. J. Proteome Res. 2007, 6, 114-123.
22. Nesvizhskii, A. I.; Aebersold, R. Drug Disc. Today 2004, 9, 173-181.
23. Nielsen, M. L.; Savitski, M. M.; Zubarev, R. A. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 835-845.
24. Martens, L.; Hermjakob, H.; Jones, P.; Adamski, M.; Taylor, C.; States, D.; Gevaert, K.; Vandekerckhove, J.; Apweiler, R. Proteomics 2005, 5, 3537-3545.
25. Craig, R.; Cortens, J. C.; Fenyo, D.; Beavis, R. C. J. Proteome Res. 2006, 5, 1843-1849.
26. Craig, R.; Cortens, J. P.; Beavis, R. C. J. Proteome Res. 2004, 3, 1234-1242.
27. Lam, H.; Deutsch, E. W.; Eddes, J. S.; Eng, J. K.; King, N.; Stein, S. E.; Aebersold, R. Proteomics 2007, 7, 655-667.
28. Desiere, F.; Deutsch, E. W.; King, N. L.; Nesvizhskii, A. I.; Mallick, P.; Eng, J.; Chen, S.; Eddes, J.; Loevenich, S. N.; Aebersold, R. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D655-658.
29. Desiere, F.; Deutsch, E. W.; Nesvizhskii, A. I.; Mallick, P.; King, N. L.; Eng, J. K.; Aderem, A.; Boyle, R.; Brunner, E.; Donohoe, S.; Fausto, N.; Hafen, E.; Hood, L.; Katze, M. G.; Kennedy, K. A.; Kregenow, F.; Lee, H.; Lin, B.; Martin, D.; Ranish, J. A.; Rawlings, D. J.; Samelson, L. E.; Shiio, Y.; Watts, J. D.; Wollscheid, B.; Wright, M. E.; Yan, W.; Yang, L.; Yi, E. C.; Zhang, H.; Aebersold, R. Genome Biol. 2005, 6, R9.
30. McLaughlin, T.; Siepen, J. A.; Selley, J.; Lynch, J. A.; Lau, K. W.; Yin, H.; Gaskell, S. J.; Hubbard, S. J. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D649-654.
31. Craig, R.; Beavis, R. C. Bioinformatics 2004, 20, 1466-1467.
32. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
33. Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Kjeldsen, F.; Zubarev, R. A. J. Proteome Res. 2005, 4, 2348-2354.
34. Savitski, M. M.; Kjeldsen, F.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 5301-5303.
35. Yen, C. Y.; Russell, S.; Mendoza, A. M.; Meyer-Arendt, K.; Sun, S.; Cios, K. J.; Ahn, N. G.; Resing, K. A. Anal. Chem. 2006, 78, 1071-1084.
36. Wilm, M.; Shevchenko, A.; Houthaeve, T.; Breit, S.; Schweigerer, L.; Fotsis, T.; Mann, M. Nature 1996, 379, 466-469.
37. Finehout, E. J.; Cantor, J. R.; Lee, K. H. Proteomics 2005, 5, 2319-2321.
38. Wysocki, V. H.; Tsaprailis, G.; Smith, L. L.; Breci, L. A. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 1399-1406.
39. Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1180-1188.