Automatic registration of mass spectrometry imaging data sets to the Allen Brain Atlas

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 8, 2014, Pages 3947-3954

  Abdelmoula, Walid M ^a   Carreira, Ricardo J ^a   Shyti, Reinald ^a   Balluff, Benjamin ^a   Van Zeijl, René J M ^a   Tolner, Else A ^a   Lelieveldt, Boudewijn F P ^a,b   Van Den Maagdenberg, Arn M J M ^a   McDonnell, Liam A ^a   Dijkstra, Jouke ^a  

^a LEIDEN UNIVERSITY MEDICAL CENTER   (Netherlands)

^b Department of Microelectronics   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANIMALS; BRAIN; DISEASES; GENE EXPRESSION; MEDICAL APPLICATIONS; PIPELINES; TISSUE ENGINEERING;

ANATOMICAL LOCATIONS; AUTOMATIC REGISTRATION; BIOMEDICAL APPLICATIONS; HISTOLOGICAL METHOD; MASS-SPECTROMETRY IMAGING; NEUROLOGICAL DISEASE; PRECLINICAL STUDIES; REPRODUCIBILITIES;

MASS SPECTROMETRY;

DYES, REAGENTS, INDICATORS, MARKERS AND BUFFERS;

ANATOMY AND HISTOLOGY; ANIMAL; BOOK; BRAIN; BRAIN CHEMISTRY; C57BL MOUSE; GENETICS; IMAGE PROCESSING; MALE; MASS SPECTROMETRY; MOUSE; REPRODUCIBILITY; STATISTICS AND NUMERICAL DATA; THREE DIMENSIONAL IMAGING;

ANIMALS; ATLASES AS TOPIC; BRAIN; BRAIN CHEMISTRY; IMAGE PROCESSING, COMPUTER-ASSISTED; IMAGING, THREE-DIMENSIONAL; INDICATORS AND REAGENTS; MALE; MASS SPECTROMETRY; MICE; MICE, INBRED C57BL; REPRODUCIBILITY OF RESULTS;

EID: 84898862033     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac500148a     Document Type: Article

References (42)

1. McDonnell, L. A.; Heeren, R. M. A. Mass Spectrom. Rev. 2007, 26, 606-643
2. Crecelius, A. C.; Cornett, D. S.; Caprioli, R. M.; Williams, B.; Dawant, B. M.; Bodenheimer, B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1093-1099
3. Lein, E. S.; Hawrylycz, M. J.; Ao, N.; Ayres, M.; Bensinger, A.; Bernard, A.; Boe, A. F.; Boguski, M. S.; Brockway, K. S.; Byrnes, E. J.; Chen, L.; Chen, L.; Chen, T. M.; Chin, M. C.; Chong, J.; Crook, B. E.; Czaplinska, A.; Dang, C. N.; Datta, S.; Dee, N. R.; Desaki, A. L.; Desta, T.; Diep, E.; Dolbeare, T. A.; Donelan, M. J.; Dong, H. W.; Dougherty, J. G.; Duncan, B. J.; Ebbert, A. J.; Eichele, G.; Estin, L. K.; Faber, C.; Facer, B. A.; Fields, R.; Fischer, S. R.; Fliss, T. P.; Frensley, C.; Gates, S. N.; Glattfelder, K. J.; Halverson, K. R.; Hart, M. R.; Hohmann, J. G.; Howell, M. P.; Jeung, D. P.; Johnson, R. A.; Karr, P. T.; Kawal, R.; Kidney, J. M.; Knapik, R. H.; Kuan, C. L.; Lake, J. H.; Laramee, A. R.; Larsen, K. D.; Lau, C.; Lemon, T. A.; Liang, A. J.; Liu, Y.; Luong, L. T.; Michaels, J.; Morgan, J. J.; Morgan, R. J.; Mortrud, M. T.; Mosqueda, N. F.; Ng, L. L.; Ng, R.; Orta, G. J.; Overly, C. C.; Pak, T. H.; Parry, S. E.; Pathak, S. D.; Pearson, O. C.; Puchalski, R. B.; Riley, Z. L.; Rockett, H. R.; Rowland, S. A.; Royall, J. J.; Ruiz, M. J.; Sarno, N. R.; Schaffnit, K.; Shapovalova, N. V.; Sivisay, T.; Slaughterbeck, C. R.; Smith, S. C.; Smith, K. A.; Smith, B. I.; Sodt, A. J.; Stewart, N. N.; Stumpf, K. R.; Sunkin, S. M.; Sutram, M.; Tam, A.; Teemer, C. D.; Thaller, C.; Thompson, C. L.; Varnam, L. R.; Visel, A.; Whitlock, R. M.; Wohnoutka, P. E.; Wolkey, C. K.; Wong, V. Y.; Wood, M.; Yaylaoglu, M. B.; Young, R. C.; Youngstrom, B. L.; Yuan, X. F.; Zhang, B.; Zwingman, T. A.; Jones, A. R. Nature 2007, 445, 168-176
4. Paxinos, G.; Watson, C. The Rat Brain in Stereotaxic Coordinates; Academic Press: London, 2008; p 456.
5. Alexandrov, T.; Becker, M.; Deininger, S. O.; Ernst, G.; Wehder, L.; Grasmair, M.; von Eggeling, F.; Thiele, H.; Maass, P. J. Proteome Res. 2010, 9, 6535-6546
6. Hafezparast, M.; Ahmad-Annuar, A.; Wood, N. W.; Tabrizi, S. J.; Fisher, E. M. C. Lancet Neurol. 2002, 1, 215-224
7. Waerzeggers, Y.; Monfared, P.; Viel, T.; Winkeler, A.; Jacobs, A. H. Biochim. Biophys. Acta, Mol. Basis Dis. 2010, 1802, 819-839
8. Nilsson, A.; Sköld, K.; Sjögren, B.; Svensson, M.; Pierson, J.; Zhang, X.; Caprioli, R. M.; Buijs, J.; Persson, B.; Svenningsson, P.; Andrén, P. E. J. Proteome Res. 2007, 6, 3952-3961
9. Pierson, J.; Norris, J.; Aerni, H.; Svenningsson, P.; Caprioli, R.; PE, A. J. Proteome Res. 2004, 3, 289-295
10. Stauber, J.; Lemaire, R.; Franck, J.; Bonnel, D.; Croix, D.; Day, R.; Wisztorski, M.; Fournier, I.; Salzet, M. J. Proteome Res. 2008, 7, 969-978
11. Zabel, C.; Andrew, A.; Mao, L.; Hartl, D. Expert Rev. Proteomics 2008, 5, 187-205
12. Rohner, T. C.; Staab, D.; Stoeckli, M. Mech. Ageing Dev. 2005, 126, 177-185
13. Stoeckli, M.; Staab, D.; Staufenbiel, M.; Wiederhold, K. H.; Signor, L. Anal. Biochem. 2002, 311, 33-39
14. Sinha, T. K.; Khatib-Shahidi, S.; Yankeelov, T. E.; Mapara, K.; Ehtesham, M.; Cornett, D. S.; Dawant, B. M.; Caprioli, R. M.; Gore, J. C. Nat. Methods 2008, 5, 57-59
15. Stoeckli, M.; Chaurand, P.; Hallahan, D. E.; Caprioli, R. M. Nat. Med. 2001, 7, 493-496
16. Miura, D.; Fujimura, Y.; Yamato, M.; Hyodo, F.; Utsumi, H.; Tachibana, H.; Wariishi, H. Anal. Chem. 2010, 82, 9789-9796
17. Jones, E. A.; Shyti, R.; van Zeijl, R. J. M.; van Heiningen, S. H.; Ferrari, M. D.; Deelder, A. M.; Tolner, E. A.; van den Maagdenberg, A. M. J. M.; McDonnell, L. A. J. Proteomics 2012, 75, 5027-5035
18. Sugiura, Y.; Taguchi, R.; Setou, M. PLoS One 2011, 6 e17592
19. Altelaar, A. F. M.; Klinkert, I.; Jalink, K.; de Lange, R. P. J.; Adan, R. A. H.; Heeren, R. M. A.; Piersma, S. R. Anal. Chem. 2006, 78, 734-742
20. Mathur, B. N.; Caprioli, R. M.; Deutch, A. Y. Cereb. Cortex 2009, 19, 2372-2379
21. Chughtai, K.; Jiang, L.; Greenwood, T. R.; Klinkert, I.; van Hove, E. R. A.; Heeren, R. M. A.; Gunde, K. Anal. Chem. 2012, 84, 1817-1823
22. Seeley, E. H.; Caprioli, R. M. Anal. Chem. 2012, 84, 2105-2110
23. Trede, D.; Schiffler, S.; Becker, M.; Wirtz, S.; Steinhorst, K.; Strehlow, J.; Aichler, M.; Kobarg, J. H.; Oetjen, J.; Dyatlov, A.; Heldmann, S.; Walch, A.; Thiele, H.; Maass, P.; Alexandrov, T. Anal. Chem. 2012, 84, 6079-6087
24. Oetjen, J.; Aichler, M.; Trede, D.; Strehlow, J.; Berger, J.; Heldmann, S.; Becker, M.; Gottschalk, M.; Kobarg, J. H.; Wirtz, S.; Schiffler, S.; Thiele, H.; Walch, A.; Maass, P.; Alexandrov, T. J. Proteomics 2013, 90, 52-60
25. Hager, R.; Lu, L.; Rosen, G. D.; Williams, R. W. Nat. Commun. 2012, 3, 1079
26. McDonnell, L. A.; van Remoortere, A.; de Velde, N.; van Zeijl, R. J.; Deelder, A. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 1969-1978
27. Klein, S.; Staring, M.; Murphy, K.; Viergever, M. A.; Pluim, J. P. IEEE Trans. Med. Imaging 2010, 29, 196-205
28. Heijmans, H. J. A. M. SIAM Rev. 1995, 37, 1-36
29. Shih, F. C.; Mitchell, O. R. IEEE Trans. Image Process. 1992, 1, 197-204
30. Klein, S.; Pluim, J. P. W.; Staring, M.; Viergever, M. Int. J. Comput. Vis. 2009, 81, 227-239
31. Lester, H.; Arridge, S. R. Pattern Recognit. 1999, 32, 129-149
32. Unser, M. IEEE Signal Process. Mag. 1999, 16, 22-38
33. Viola, P.; Wells, W. M. Int. J. Comput. Vis. 1997, 24, 137-154
34. Maes, F.; Collignon, A.; Vandermeulen, D.; Marchal, G.; Suetens, P. IEEE Trans. Med. Imaging 1997, 16, 187-198
35. Pluim, J. P. W.; Maintz, J. B. A.; Viergever, M. A. IEEE Trans. Med. Imaging 2003, 22, 986-1004
36. Thevenaz, P.; Unser, M. IEEE Trans. Image Process. 2000, 9, 2083-2099
37. Klein, S.; Staring, M.; Pluim, J. P. IEEE Trans. Image Process. 2007, 16, 2879-2890
38. Thévenaz, P.; Bierlaire, M.; Unser, M. Sampl. Theory Signal Image Process. 2008, 7, 141-171
39. McDonnell, L. A.; van Remoortere, A.; van Zeijl, R. J. M.; Deelder, A. M. J. Proteome Res. 2008, 7, 3619-3627
40. Goodwin, R. J. A. J. Proteomics 2012, 75, 4893-4911
41. Petyuk, V. A.; Qian, W.-J.; Smith, R. D.; Smith, D. J. Methods 2010, 50, 77
42. Petyuk, V. A.; Qian, W.-J.; Chin, M. H.; Wang, H.; Livesay, E. A.; Monroe, M. E.; Adkins, J. N.; Jaitly, N.; Anderson, D. J.; Camp, D. G., II; Smith, D. J.; Smith, R. D. Genome Res. 2007, 17, 328-336