Crystallizing membrane proteins in the lipidic mesophase. Experience with human prostaglandin E2 synthase 1 and an evolving strategy

Crystal Growth and Design

Volumn 14, Issue 4, 2014, Pages 2034-2047

  Li, Dianfan ^a   Howe, Nicole ^a   Dukkipati, Abhiram ^a   Shah, Syed T A ^a   Bax, Benjamin D ^b   Edge, Colin ^b   Bridges, Angela ^b   Hardwicke, Phil ^b   Singh, Onkar M P ^b   Giblin, Ged ^b   Pautsch, Alexander ^c   Pfau, Roland ^c   Schnapp, Gisela ^c   Wang, Meitian ^d   Olieric, Vincent ^d   Caffrey, Martin ^a  

^a TRINITY COLLEGE DUBLIN   (Ireland)

^b GLAXOSMITHKLINE   (United Kingdom)

^c BOEHRINGER INGELHEIM PHARMA GMBH AND CO KG   (Germany)

^d PAUL SCHERRER INSTITUTE   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CRYSTAL STRUCTURE; PHOSPHOLIPIDS;

DIACYLGLYCEROL KINASE; HELICAL MEMBRANE; INTEGRAL MEMBRANE PROTEINS; MEMBRANE PROTEINS; MICROSOMAL PROSTAGLANDIN; PROSTAGLANDIN E2; PROTEIN ENGINEERING; THERAPEUTIC TARGETS;

BIOLOGICAL MEMBRANES;

EID: 84897500205     PISSN: 15287483     EISSN: 15287505     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cg500157x     Document Type: Article

References (49)

1. Cryst. Growth. Des. 2013, 13, 2846 - 2857
2. Caffrey, M. J. Struct. Biol. 2003, 142, 108-132
3. Caffrey, M.; Li, D.; Dukkipati, A. Biochemistry 2012, 51, 6266-6288
4. Landau, E. M.; Rosenbusch, J. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996, 93, 14532-14535
5. Rasmussen, S. G.; DeVree, B. T.; Zou, Y.; Kruse, A. C.; Chung, K. Y.; Kobilka, T. S.; Thian, F. S.; Chae, P. S.; Pardon, E.; Calinski, D.; Mathiesen, J. M.; Shah, S. T.; Lyons, J. A.; Caffrey, M.; Gellman, S. H.; Steyaert, J.; Skiniotis, G.; Weis, W. I.; Sunahara, R. K.; Kobilka, B. K. Nature 2011, 477, 549-555
6. Jegerschold, C.; Pawelzik, S. C.; Purhonen, P.; Bhakat, P.; Gheorghe, K. R.; Gyobu, N.; Mitsuoka, K.; Morgenstern, R.; Jakobsson, P. J.; Hebert, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 11110-11115
7. Sjogren, T.; Nord, J.; Ek, M.; Johansson, P.; Liu, G.; Geschwindner, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, 3806-3811
8. Li, D.; Lee, J.; Caffrey, M. Cryst. Growth Des. 2011, 11, 530-537
9. Li, D.; Shah, S. T. A.; Caffrey, M. Cryst. Growth Des. 2013, 13, 2846-2857
10. Misquitta, L. V.; Misquitta, Y.; Cherezov, V.; Slattery, O.; Mohan, J. M.; Hart, D.; Zhalnina, M.; Cramer, W. A.; Caffrey, M. Structure 2004, 12, 2113-2124
11. Coleman, B. E.; Cwynar, V.; Hart, D. J.; Havas, F.; Mohan, J. M.; Patterson, S.; Ridenour, S.; Schmidt, M.; Smith, E.; Wells, A. J. Synlett 2004, 2004, 1339-1342
12. Caffrey, M.; Lyons, J. A.; Smyth, T.; Hart, D. J. In Current Topic in Membranes; DeLucas, L., Ed.; Academic Press: Burlington, 2009; pp 83-108.
13. Li, D.; Boland, C.; Walsh, K.; Caffrey, M. J. Vis. Exp. 2012, 67, e4000
14. Cheng, A.; Hummel, B.; Qiu, H.; Caffrey, M. Chem. Phys. Lipids 1998, 95, 11-21
15. Cherezov, V.; Clogston, J.; Misquitta, Y.; Abdel-Gawad, W.; Caffrey, M. Biophys. J. 2002, 83, 3393-3407
16. Cherezov, V.; Peddi, A.; Muthusubramaniam, L.; Zheng, Y. F.; Caffrey, M. Acta Crystallogr. D 2004, 60, 1795-1807
17. Li, D.; Boland, C.; Aragao, D.; Walsh, K.; Caffrey, M. J. Vis. Exp. 2012, 67, e4001
18. Kabsch, W. Acta Crystallogr. D 2010, 66, 125-132
19. Collaborative Computational Project N. Acta Crystallogr. D 1994, 50, 760-763
20. Schneider, T. R.; Sheldrick, G. M. Acta Crystallogr. D 2002, 58, 1772-1779
21. McCoy, A. J.; Grosse-Kunstleve, R. W.; Adams, P. D.; Winn, M. D.; Storoni, L. C.; Read, R. J. J. Appl. Crystallogr. 2007, 40, 658-674
22. Cowtan, K. Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsl. Protein Crystallogr. 1994, 31, 34-38
23. Cowtan, K. Acta Crystallogr. D 2006, 62, 1002-1011
24. Emsley, P.; Lohkamp, B.; Scott, W. G.; Cowtan, K. Acta Crystallogr. D 2010, 66, 486-501
25. Adams, P. D.; Afonine, P. V.; Bunkoczi, G.; Chen, V. B.; Davis, I. W.; Echols, N.; Headd, J. J.; Hung, L. W.; Kapral, G. J.; Grosse-Kunstleve, R. W.; McCoy, A. J.; Moriarty, N. W.; Oeffner, R.; Read, R. J.; Richardson, D. C.; Richardson, J. S.; Terwilliger, T. C.; Zwart, P. H. Acta Crystallogr. D 2010, 66, 213-221
26. Jakobsson, P. J.; Morgenstern, R.; Mancini, J.; Ford-Hutchinson, A.; Persson, B. Protein Sci. 1999, 8, 689-692
27. Holm, P. J.; Bhakat, P.; Jegerschold, C.; Gyobu, N.; Mitsuoka, K.; Fujiyoshi, Y.; Morgenstern, R.; Hebert, H. J. Mol. Biol. 2006, 360, 934-945
28. Martinez Molina, D.; Wetterholm, A.; Kohl, A.; McCarthy, A. A.; Niegowski, D.; Ohlson, E.; Hammarberg, T.; Eshaghi, S.; Haeggstrom, J. Z.; Nordlund, P. Nature 2007, 448, 613-616
29. Ago, H.; Kanaoka, Y.; Irikura, D.; Lam, B. K.; Shimamura, T.; Austen, K. F.; Miyano, M. Nature 2007, 448, 609-612
30. Ferguson, A. D.; McKeever, B. M.; Xu, S.; Wisniewski, D.; Miller, D. K.; Yamin, T. T.; Spencer, R. H.; Chu, L.; Ujjainwalla, F.; Cunningham, B. R.; Evans, J. F.; Becker, J. W. Science 2007, 317, 510-512
31. Davison, S. C.; Wills, E. D. Biochem. J. 1974, 140, 461-468
32. Hopkins, F. G. Biochem. J. 1921, 15, 285-305
33. Qiu, H.; Caffrey, M. Biomaterials 2000, 21, 223-234
34. Bogdanov, M.; Mileykovskaya, E.; Dowhan, W. Subcell. Biochem. 2008, 49, 197-239
35. Luecke, H.; Schobert, B.; Lanyi, J. K.; Spudich, E. N.; Spudich, J. L. Science 2001, 293, 1499-1503
36. Guan, L.; Smirnova, I. N.; Verner, G.; Nagamori, S.; Kaback, H. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 1723-1726
37. Zhang, H.; Kurisu, G.; Smith, J. L.; Cramer, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 5160-5163
38. Gourdon, P.; Andersen, J. L.; Hein, K. L.; Bublitz, M.; Pedersen, B. P.; Liu, X.-Y.; Yatime, L.; Nyblom, M.; Nielsen, T. T.; Olesen, C.; Møller, J. V.; Nissen, P.; Morth, J. P. Cryst. Growth Des. 2011, 11, 2098-2106
39. Borshchevskiy, V.; Moiseeva, E.; Kuklin, A.; Büldt, G.; Hato, M.; Gordeliy, V. J. Cryst. Growth 2010, 312, 3326-3330
40. Gordeliy, V. I.; Labahn, J.; Moukhametzianov, R.; Efremov, R.; Granzin, J.; Schlesinger, R.; Buldt, G.; Savopol, T.; Scheidig, A. J.; Klare, J. P.; Engelhard, M. Nature 2002, 419, 484-487
41. Hofer, N.; Aragao, D.; Lyons, J. A.; Caffrey, M. Cryst Growth Des 2011, 11, 1182-1192
42. Lyons, J. A.; Aragao, D.; Slattery, O.; Pisliakov, A. V.; Soulimane, T.; Caffrey, M. Nature 2012, 487, 514-518
43. Ring, A. M.; Manglik, A.; Kruse, A. C.; Enos, M. D.; Weis, W. I.; Garcia, K. C.; Kobilka, B. K. Nature 2013, 502, 575-579
44. Li, D.; Lyons, J. A.; Pye, V. E.; Vogeley, L.; Aragao, D.; Kenyon, C. P.; Shah, S. T.; Doherty, C.; Aherne, M.; Caffrey, M. Nature 2013, 497, 521-524
45. Tan, J.; Rouse, S. L.; Li, D.; Pye, V. E.; Vogeley, L.; Brinth, A. R.; Whitney, J. C.; Howell, P. L.; Sansom, M. S. P.; Caffrey, M. Acta Crystallogr. D 2014, 70, DOI: 10.1107/S1399004714001850.
46. Ridell, A.; Ekelund, K.; Evertsson, H.; Engström, S. Colloids Surf., A 2003, 228, 17-24
47. Cherezov, V.; Clogston, J.; Papiz, M. Z.; Caffrey, M. J. Mol. Biol. 2006, 357, 1605-1618
48. Xu, F.; Liu, W.; Hanson, M. A.; Stevens, R. C.; Cherezov, V. Cryst. Growth Des. 2011, 11, 1193-1201
49. Caffrey, M. Cryst. Growth Des. 2008, 8, 4244-4254