Hairpin DNA sequences bound strongly by bleomycin exhibit enhanced double-strand cleavage

Journal of the American Chemical Society

Volumn 136, Issue 11, 2014, Pages 4382-4393

  Roy, Basab ^a   Hecht, Sidney M ^a  

^a ARIZONA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDES;

CLEAVAGE EVENTS; CLEAVAGE PATTERNS; CLEAVAGE SITES; CLOSE PROXIMITY; DYNAMIC NATURE; HAIRPIN DNAS; NEW MECHANISMS; STRONG BINDING;

NUCLEIC ACIDS;

BLEOMYCIN; BUTYLAMINE; DNA FRAGMENT; DOUBLE STRANDED DNA; HYDRAZINE; IRON;

ARTICLE; DNA BINDING; DNA CLEAVAGE; DNA HAIRPIN; DNA SEQUENCE; DNA STRAND; DRUG CYTOTOXICITY; NATIVE POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS; OXIDATION; OXYGEN TENSION; POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS;

BASE SEQUENCE; BLEOMYCIN; DNA; DNA BREAKS, DOUBLE-STRANDED; DNA CLEAVAGE; MOLECULAR CONFORMATION;

EID: 84896505257     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja500414a     Document Type: Article

References (37)

1. Sausville, E. A.; Peisach, J.; Horwitz, S. B. Biochemistry 1978, 17, 2740
2. Sausville, E. A.; Stein, R. W.; Peisach, J.; Horwitz, S. B. Biochemistry 1978, 17, 2746
3. Hecht, S. M. Acc. Chem. Res. 1986, 19, 383
4. Burger, R. M. Chem. Rev. 1998, 98, 1153
5. Povirk, L. F. In Molecular Aspects of Anti-Cancer Drug Action; Neidle, S.; Waring, M., Eds.; Macmillan: London, 1983; Vol. 3.
6. Povirk, L. F.; Han, Y. H.; Steighner, R. J. Biochemistry 1989, 28, 5808
7. Berry, D. E.; Chang, L.-H.; Hecht, S. M. Biochemistry 1985, 24, 3207
8. Kozarich, J. W.; Worth, L., Jr.; Frank, B. L.; Christner, D. F.; Vanderwall, D. E.; Stubbe, J. Science 1989, 245, 1396
9. Sugiyama, H.; Kilkuskie, R. E.; Chang, L.-H.; Ma, L.-T.; Hecht, S. M.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 3852
10. Van Atta, R. B.; Long, E. C.; Hecht, S. M.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 2722
11. Akiyama, Y.; Ma, Q.; Edgar, E.; Laikhter, A.; Hecht, S. M. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 9650
12. Ma, Q.; Akiyama, Y.; Xu, Z.; Konishi, K.; Hecht, S. M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 2013
13. Bozeman, T. C.; Nanjunda, R.; Tang, C.; Liu, Y.; Segerman, Z. J.; Zaleski, P. A.; Wilson, W. D.; Hecht, S. M. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 17842
14. Giroux, R. A.; Hecht, S. M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 16987
15. Segerman, Z. J.; Roy, B.; Hecht, S. M. Biochemistry 2013, 52, 5315
16. Takeshita, M.; Grollman, A. P.; Ohtsubo, E.; Ohtsubo, H. Proc. Natl. Acad. Sci U.S.A. 1978, 75, 5983
17. Giloni, L.; Takeshita, M.; Johnson, F.; Iden, C.; Grollman, A. P. J. Biol. Chem. 1981, 256, 8608
18. Wu, J. C.; Kozarich, J. W.; Stubbe, J. Biochemistry 1985, 24, 7562
19. Sugiyama, H.; Kilkuskie, R. E.; Hecht, S. M.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 7765
20. Stubbe, J.; Kozarich, J. W. Chem. Rev. 1987, 87, 1107
21. Claussen, C. A.; Long, E. C. Chem. Rev. 1999, 99, 2797
22. Murugesan, N.; Xu, C.; Ehrenfeld, G. M.; Sugiyama, H.; Kilkuskie, A. E.; Rodriguez, L. O.; Chang, L.-H.; Hecht, S. M. Biochemistry 1985, 24, 5735
23. Sugiyama, H.; Xu, C.; Murugesan, N.; Hecht, S. M. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 4104
24. Rabow, L. E.; Stubbe, J.; Kozarich, J. W.; Gerlt, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 7130
25. Sugiyama, H.; Xu, C.; Murugesan, N.; Hecht, S. M. Biochemistry 1988, 27, 58
26. Aso, M.; Kondo, M.; Suemune, H.; Hecht, S. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9023
27. Povirk, L. F.; Han, Y.-H.; Steighner, R. J. Biochemistry 1989, 28, 5808
28. Yu, Z.; Schmaltz, R. M.; Bozeman, T. C.; Paul, R.; Rishel, M. J.; Tsosie, K. S.; Hecht, S. M. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 2883
29. Povirk, L. F.; Houlgrave, C. W. Biochemistry 1988, 27, 3850
30. Steighner, R. J.; Povirk, L. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 8350
31. Povirk, L. F.; Bennett, R. A. O.; Wang, P.; Swerdlow, P. S.; Austin, M. J. F. J. Mol. Biol. 1994, 243, 216
32. Charles, K.; Povirk, L. F. Chem. Res. Toxicol. 1998, 11, 1580
33. Keller, T. J.; Oppenheimer, N. J. J. Biol. Chem. 1987, 262, 15144
34. Absalon, M. J.; Kozarich, J. W.; Stubbe, J. Biochemistry 1995, 34, 2065
35. Absalon, M. J.; Wu, W.; Kozarich, J. W.; Stubbe, J. Biochemistry 1995, 34, 2076
36. Keck, M. V.; Manderville, R. A.; Hecht, S. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 8690
37. Maxam, A. M.; Gilbert, W. Methods Enzymol. 1980, 65, 499