The binding mechanisms of intrinsically disordered proteins

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 16, Issue 14, 2014, Pages 6323-6331

  Dogan, Jakob ^a   Gianni, Stefano ^b,c   Jemth, Per ^a  

^a UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

^b SAPIENZA UNIVERSITY OF ROME   (Italy)

^c UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

INORGANIC SALT; INTRINSICALLY DISORDERED PROTEIN;

CHEMISTRY; KINETICS; METABOLISM; PH; PROTEIN BINDING; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN FOLDING; REVIEW; THERMODYNAMICS;

HYDROGEN-ION CONCENTRATION; INTRINSICALLY DISORDERED PROTEINS; KINETICS; PROTEIN BINDING; PROTEIN FOLDING; PROTEIN INTERACTION DOMAINS AND MOTIFS; SALTS; THERMODYNAMICS;

EID: 84896336036     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3cp54226b     Document Type: Review

References (79)

1. A. K. Dunker J. D. Lawson C. J. Brown R. M. Williams P. Romero J. S. Oh C. J. Oldfield A. M. Campen C. M. Ratliff K. W. Hipps J. Ausio M. S. Nissen R. Reeves C. Kang C. R. Kissinger R. W. Bailey M. D. Griswold W. Chiu E. C. Garner Z. Obradovic J. Mol. Graphics Modell 2001 19 26 59
2. H. J. Dyson Q. Rev. Biophys. 2011 44 1 52
3. J. D. Forman-Kay T. Mittag Structure 2013 21 1492 1499
4. V. N. Uversky Curr. Pharm. Des. 2013 19 4191 4213
5. V. N. Uversky C. J. Oldfield A. K. Dunker Annu. Rev. Biophys. 2008 37 215 246
6. J. Dogan T. Schmidt X. Mu Å. Engström P. Jemth J. Biol. Chem. 2012 287 34316 34324
7. E. R. Lacy I. Filippov W. S. Lewis S. Otieno L. Xiao S. Weiss L. Hengst R. W. Kriwacki Nat. Struct. Mol. Biol. 2004 11 358 364
8. S. Gianni A. Morrone R. Giri M. Brunori Biochem. Biophys. Res. Commun. 2012 428 205 209
9. J. K. Lum H. Neuweiler A. R. Fersht J. Am. Chem. Soc. 2012 134 1617 1622
10. J. P. Loria M. Rance A. G. Palmer 3rd J. Biomol. NMR 1999 15 151 155
11. M. Tollinger N. R. Skrynnikov F. A. Mulder J. D. Forman-Kay L. E. Kay J. Am. Chem. Soc. 2001 123 11341 11352
12. K. Sugase H. J. Dyson P. E. Wright Nature 2007 447 1021 1026
13. Y. Huang Z. Liu J. Mol. Biol. 2009 393 1143 1159
14. S. L. Shammas J. M. Rogers S. A. Hill J. Clarke Biophys. J. 2012 103 2203 2214
15. S. L. Shammas A. J. Travis J. Clarke J. Phys. Chem. B 2013 117 13346 13356
16. R. Giri A. Morrone A. Toto M. Brunori S. Gianni Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 14942 14947
17. A. Bachmann D. Wildemann F. Praetorius G. Fischer T. Kiefhaber Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 3952 3957
18. J. M. Goldberg R. L. Baldwin Biochemistry 1998 37 2546 2555
19. G. Schreiber G. Haran H. X. Zhou Chem. Rev. 2009 109 839 860
20. D. Japrung J. Dogan K. J. Freedman A. Nadzeyka S. Bauerdick T. Albrecht M. J. Kim P. Jemth J. B. Edel Anal. Chem. 2013 85 2449 2456
21. J. M. Rogers A. Steward J. Clarke J. Am. Chem. Soc. 2013 135 1415 1422
22. L. B. Chemes I. E. Sanchez G. de Prat-Gay J. Mol. Biol. 2011 412 267 284
23. L. Hemsath R. Dvorsky D. Fiegen M. F. Carlier M. R. Ahmadian Mol. Cell 2005 20 313 324
24. R. L. Baldwin Biophys. J. 1996 71 2056 2063
25. D. Ganguly S. Otieno B. Waddell L. Iconaru R. W. Kriwacki J. Chen J. Mol. Biol. 2012 422 674 684
26. A. Salis M. Boström L. Medda F. Cugia B. Barse D. F. Parsons B. W. Ninham M. Monduzzi Langmuir 2011 27 11597 11604
27. A. Fersht, Structure and Mechanism in Protein Science, W.H. Freeman and Co., New York, 1999
28. S. R. Haq C. N. Chi A. Bach J. Dogan Å. Engström G. Hultqvist O. A. Karlsson P. Lundstrom L. C. Montemiglio K. Strømgaard S. Gianni P. Jemth J. Am. Chem. Soc. 2012 134 599 605
29. O. A. Karlsson C. N. Chi Å. Engström P. Jemth J. Mol. Biol. 2012 417 253 261
30. M. P. Jackman M. A. Parry J. Hofsteenge S. R. Stone J. Biol. Chem. 1992 267 15375 15383
31. S. Gianni T. Walma A. Arcovito N. Calosci A. Bellelli A. Engstrom C. Travaglini-Allocatelli M. Brunori P. Jemth G. W. Vuister Structure 2006 14 1801 1809
32. S. Neumaier A. Reiner M. Buttner B. Fierz T. Kiefhaber Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 12905 12910
33. D. Ganguly W. Zhang J. Chen Mol. Biosyst. 2012 8 198 209
34. M. Fuxreiter I. Simon P. Friedrich P. Tompa J. Mol. Biol. 2004 338 1015 1026
35. C. J. Oldfield Y. Cheng M. S. Cortese P. Romero V. N. Uversky A. K. Dunker Biochemistry 2005 44 12454 12470
36. M. Vendruscolo E. Paci C. M. Dobson M. Karplus Nature 2001 409 641 645
37. A. R. Fersht S. Sato Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 7976 7981
38. J. Dogan X. Mu Å. Engström P. Jemth Sci. Rep. 2013 3 2076
39. V. IeŠmantavičius J. Dogan P. Jemth K. Teilum M. Kjaergaard Angew. Chem., Int. Ed. 2013
40. J. E. Leffler Science 1953 117 340 341
41. J. M. Goldberg R. L. Baldwin Biochemistry 1998 37 2556 2563
42. M. Karplus D. L. Weaver Protein Sci. 1994 3 650 668
43. L. S. Itzhaki D. E. Otzen A. R. Fersht J. Mol. Biol. 1995 254 260 288
44. Y. Gambin V. VanDelinder A. C. Ferreon E. A. Lemke A. Groisman A. A. Deniz Nat. Methods 2011 8 239 241
45. H. Hofmann A. Soranno A. Borgia K. Gast D. Nettels B. Schuler Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 16155 16160
46. C. Cecconi E. A. Shank S. Marqusee C. Bustamante Methods Mol. Biol. 2011 749 255 271
47. P. Jemth S. Gianni R. Day B. Li C. M. Johnson V. Daggett A. R. Fersht Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 6450 6455
48. B. Wunderlich D. Nettels S. Benke J. Clark S. Weidner H. Hofmann S. H. Pfeil B. Schuler Nat. Protocols 2013 8 1459 1474
49. H. X. Zhou X. Pang C. Lu Phys. Chem. Chem. Phys. 2012 14 10466 10476
50. B. Fierz A. Reiner T. Kiefhaber Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 1057 1062
51. G. G. Hammes Y. C. Chang T. G. Oas Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 13737 13741
52. Y. Wang X. Chu S. Longhi P. Roche W. Han E. Wang J. Wang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 E3743 E3752
53. M. Fuxreiter P. Tompa Adv. Exp. Med. Biol. 2012 725 1 14
54. T. Mittag S. Orlicky W. Y. Choy X. Tang H. Lin F. Sicheri L. E. Kay M. Tyers J. D. Forman-Kay Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 17772 17777
55. A. Cumberworth G. Lamour M. M. Babu J. Gsponer Biochem. J. 2013 454 361 369
56. C. J. Oldfield J. Meng J. Y. Yang M. Q. Yang V. N. Uversky A. K. Dunker BMC Genomics 2008 9 Suppl 1 S1
57. G. Schreiber A. E. Keating Curr. Opin. Struct. Biol. 2011 21 50 61
58. V. N. Uversky Biochim. Biophys. Acta 2013 1834 932 951
59. C. E. Chang W. A. McLaughlin R. Baron W. Wang J. A. McCammon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 7456 7461
60. B. Meszaros P. Tompa I. Simon Z. Dosztanyi J. Mol. Biol. 2007 372 549 561
61. K. Gunasekaran C. J. Tsai R. Nussinov J. Mol. Biol. 2004 341 1327 1341
62. M. S. Marlow J. Dogan K. K. Frederick K. G. Valentine A. J. Wand Nat. Chem. Biol. 2010 6 352 358
63. A. J. Wand Curr. Opin. Struct. Biol. 2013 23 75 81
64. S. J. Demarest M. Martinez-Yamout J. Chung H. Chen W. Xu H. J. Dyson R. M. Evans P. E. Wright Nature 2002 415 549 553
65. M. O. Ebert S. H. Bae H. J. Dyson P. E. Wright Biochemistry 2008 47 1299 1308
66. B. A. Shoemaker J. J. Portman P. G. Wolynes Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 8868 8873
67. X. Chu Y. Wang L. Gan Y. Bai W. Han E. Wang J. Wang PLoS Comput. Biol. 2012 8 e1002608
68. N. Ferguson T. D. Sharpe C. M. Johnson P. J. Schartau A. R. Fersht Nature 2007 445 E14 E15
69. M. Sadqi D. Fushman V. Munoz Nature 2006 442 317 321
70. W. Y. Yang M. Gruebele Nature 2003 423 193 197
71. J. Thomson G. S. Ratnaparkhi R. Varadarajan J. M. Sturtevant F. M. Richards Biochemistry 1994 33 8587 8593
72. T. Zor R. N. De Guzman H. J. Dyson P. E. Wright J. Mol. Biol. 2004 337 521 534
73. M. Arai J. C. Ferreon P. E. Wright J. Am. Chem. Soc. 2012 134 3792 3803
74. P. Vallurupalli D. F. Hansen E. Stollar E. Meirovitch L. E. Kay Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 18473 18477
75. G. Papadakos N. G. Housden K. J. Lilly R. Kaminska C. Kleanthous J. Mol. Biol. 2012 418 269 280
76. K. Sugase J. C. Lansing H. J. Dyson P. E. Wright J. Am. Chem. Soc. 2007 129 13406 13407
77. M. Fassolari L. B. Chemes M. Gallo C. Smal I. E. Sanchez G. de Prat-Gay J. Biol. Chem. 2013 288 13110 13123
78. G. Hultqvist S. R. Haq A. S. Punekar C. N. Chi Å. Engström A. Bach K. Strømgaard M. Selmer S. Gianni P. Jemth Structure 2013 21 1193 1202
79. O. Schon A. Friedler M. Bycroft S. M. Freund A. R. Fersht J. Mol. Biol. 2002 323 491 501