Φ-value analysis and the nature of protein-folding transition states

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 101, Issue 21, 2004, Pages 7976-7981

  Fersht, Alan R ^a   Sato, Satoshi ^a  

^a MRC CENTRE FOR PROTEIN ENGINEERING   (United Kingdom)

Author keywords

Barnase; Framework; Hammond; Nucleation condensation; Protein A

Indexed keywords

ARTICLE; ARTIFACT; CONFORMATIONAL TRANSITION; DENATURATION; DIFFUSION; HYDROPHOBICITY; MUTATION; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PHASE TRANSITION; PHI VALUE ANALYSIS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; PROTEIN INTERACTION; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; PROTEIN STRUCTURE; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE;

ALANINE; GLYCINE; HYDROPHOBICITY; MUTATION; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; PROTEINS; THERMODYNAMICS;

EID: 2542599277     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.0402684101     Document Type: Article

References (52)

1. Fersht, A. R., Leatherbarrow, R. J. & Wells, T. N. C. (1986) Nature 322, 284-286.
2. Fersht, A. R., Leatherbarrow, R. & Wells, T. N. C. (1987) Biochemistry 26, 6030-6038.
3. Matouschek, A., Kellis, J. T., Jr., Serrano, L. & Fersht, A. R. (1989) Nature 340, 122-126.
4. Fersht, A. R., Matouschek, A. & Serrano, L. (1992) J. Mol. Biol. 224, 771-782.
5. Fersht, A. R. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 10869-10873.
6. Leffler, J. E. (1953) Science 117, 340-341.
7. Fersht, A. R. (1988) Biochemistry 27, 1577-1580.
8. Matouschek, A., Kellis, J. T., Jr., Serrano, L., Bycroft, M. & Fersht, A. R. (1990) Nature 346, 440-445.
9. Serrano, L., Matouschek, A. & Fersht, A. R. (1992) J. Mol. Biol. 224, 805-818.
10. Matouschek, A. & Fersht, A. R. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 7814-7818.
11. Matouschek, A., Otzen, D. E., Itzhaki, L. S., Jackson, S. E. & Fersht, A. R. (1995) Biochemistry 34, 13656-13662.
12. Matthews, J. M. & Fersht, A. R. (1995) Biochemistry 34, 6805-6814.
13. Fersht, A. R. (1995) Curr. Opin. Struct. Biol. 5, 79-84.
14. Itzhaki, L. S., Otzen, D. E. & Fersht, A. R. (1995) J. Mol. Biol. 254, 260-288.
15. Fersht, A. R. (1997) Curr. Opin. Struct. Biol. 7, 3-9.
16. Fersht, A. R. & Daggett, V. (2002) Cell 108, 573-582.
17. Paci, E., Vendruscolo, M., Dobson, C. M. & Karplus, M. (2002) J. Mol. Biol. 324, 151-163.
18. Klimov, D. K. & Thirumalai, D. (2002) J. Mol. Biol. 317, 721-737.
19. Hubner, I. A., Shimada, J. & Shakhnovich, E. I. (2004) J. Mol. Biol. 336, 745-761.
20. Weikl, T. R., Palassini, M. & Dill, K. A. (2004) Protein Sci. 13, 822-829.
21. Onuchic, J. N. & Wolynes, P. G. (2004) Curr. Opin. Struct. Biol. 14, 70-75.
22. Sanchez, I. E. & Kiefhaber, T. (2003) J. Mol. Biol. 334, 1077-1085.
23. Daggett, V. & Fersht, A. (2003) Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 4, 497-502.
24. Daggett, V. & Fersht, A. R. (2003) Trends Biochem. Sci. 28, 18-25.
25. Friel, C. T., Capaldi, A. P. & Radford, S. E. (2003) J. Mol. Biol. 326, 293-305.
26. Li, L. & Shakhnovich, E. I. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 13014-13018.
27. Gianni, S., Guydosh, N. R., Khan, F., Caldas, T. D., Mayor, U., White, G. W. N., DeMarco, M. L., Daggett, V. & Fersht, A. R. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 13286-13291.
28. Northey, J. G. B., Maxwell, K. L. & Davidson, A. R. (2002) J. Mol. Biol. 320, 389-402.
29. Sanchez, I. E. & Kiefhaber, T. (2003) J. Mol. Biol. 327, 867-884.
30. Buchner, J. & Kiefhaber, T. (1990) Nature 343, 601-602.
31. Wolfenden, R., Anderson, L., Cullis, P. M. & Southgate, C. C. B. (1981) Biochemistry 20, 849-855.
32. Serrano, L., Kellis, J. T., Cann, P., Matouschek, A. & Fersht, A. R. (1992) J. Mol. Biol. 224, 783-804.
33. Otzen, D. E., Itzhaki, L. S., Elmasry, N. F., Jackson, S. E. & Fersht, A. R. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 10422-10425.
34. Fersht, A. R., Itzhaki, L. S., Elmasry, N., Matthews, J. M. & Otzen, D. E. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 10426-10429.
35. Matouschek, A., Serrano, L. & Fersht, A. R. (1992) J. Mol. Biol. 224, 819-835.
36. Sato, S., Religa, T. E. & Fersht, A. R. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 6952-6956.
37. Cymes, G. D., Grosman, C. & Auerbach, A. (2002) Biochemistry 41, 5548-5555.
38. Garcia-Mira, M. M., Bohringer, D. & Schmid, F. X. (2004) J. Mol. Biol., in press.
39. Fersht, A. R., Shi, J. P., Knill-Jones, J., Lowe, D. M., Wilkinson, A. J., Blow, D. M., Brick, P., Carter, P., Waye, M. M. Y. & Winter, G. (1985) Nature 314, 235-238.
40. Kellis, J. T. J., Nyberg, K. & Fersht, A. R. (1989) Biochemistry 28, 4914-4922.
41. Serrano, L., Sancho, J., Hirshberg, M. & Fersht, A. R. (1992) J. Mol. Biol. 227, 544-559.
42. Jackson, S. E., Elmasry, N. & Fersht, A. R. (1993) Biochemistry 32, 11270-11278.
43. Mayor, U., Guydosh, N. R., Johnson, C. M., Grossmann, J. G., Sato, S., Jas, G. S., Freund, S. M. V., Alonso, D. O. V., Daggett, V. & Fersht, A. R. (2003) Nature 421, 863-867.
44. Sanchez, I. E. & Kiefhaber, T. (2003) J. Mol. Biol. 325, 367-376.
45. Daggett, V., Li, A. J. & Fersht, A. R. (1998) J. Am. Chem. Soc. 120, 12740-12754.
46. Kragelund, B. B., Osmark, P., Neergaard, T. B., Schiodt, J., Kristiansen, K., Knudsen, J. & Poulsen, F. M. (1999) Nat. Struct. Biol. 6, 594-601.
47. Chiti, F., Taddei, N., White, P. M., Bucciantini, M., Magherini, F., Stefani, M. & Dobson, C. M. (1999) Nat. Struct. Biol. 6, 1005-1009.
48. Riddle, D. S., Grantcharova, V. P., Santiago, J. V., Alm, E., Ruczinski, I. & Baker, D. (1999) Nat. Struct. Biol. 6, 1016-1024.
49. Martinez, J. C. & Serrano, L. (1999) Nat. Struct. Biol. 6, 1010-1016.
50. Lindberg, M., Tangrot, J. & Oliveberg, M. (2002) Nat. Struct. Biol. 9, 818-822.
51. Fersht, A. R. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 1525-1529.
52. Itzhaki, L. S., Neira, J. L., Ruiz-Sanz, J., Gay, G. D. & Fersht, A. R. (1995) J. Mol. Biol. 254, 289-304.