Going backward: A flexible geometric approach to reverse transformation from coarse grained to atomistic models

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 2, 2014, Pages 676-690

  Wassenaar, Tsjerk A ^a,b,c   Pluhackova, Kristyna ^c   Böckmann, Rainer A ^c   Marrink, Siewert J ^b   Tieleman, D Peter ^a  

^a UNIVERSITY OF CALGARY   (Canada)

^b UNIVERSITY OF GRONINGEN   (Netherlands)

^c UNIVERSITY OF ERLANGEN NUREMBERG   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84894191338     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400617g     Document Type: Article

References (61)

1. Noid, W. G. J. Chem. Phys. 2013, 139, 090901
2. Ingólfsson, H. I.; Lopez, C. A.; Uusitalo, J. J.; de Jong, D. H.; Gopal, S. M.; Periole, X.; Marrink, S. J. WIRE Comp. Mol. Sci. 2013, 10.1002/wcms.1169
3. Ayton, G. S.; Noid, W. G.; Voth, G. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 192-198
4. Stansfeld, P. J.; Sansom, M. S. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1157-1166
5. Shih, A. Y.; Freddolino, P. L.; Sligar, S. G.; Schulten, K. Nano Lett. 2007, 7, 1692-1696
6. Feig, M.; Rotkiewicz, P.; Kolinski, A.; Skolnick, J.; C., L. B., III Proteins 2000, 41, 86-97
7. Heath, A. P.; Kavraki, L. E.; Clementi, C. Proteins: Struc., Funct. Bioinf. 2007, 68, 646-661
8. Rzepiela, A. J.; Schäfer, L. V.; Goga, N.; Risselada, H. J.; De Vries, A. H.; Marrink, S. J. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1333-1343
9. Hess, B.; Leon, S.; van der Vegt, N.; Kremer, K. Soft Matter 2006, 2, 409-414
10. Peter, C.; Kremer, K. Soft Matter 2009, 5, 4357-4366
11. Thøgersen, L.; Schiøtt, B.; Vosegaard, T.; Nielsen, N. C.; Tajkhorshid, E. Biophys. J. 2008, 95, 4337-4347
12. Brocos, P.; Mendoza-Espinosa, P.; Castillo, R.; Mas-Oliva, J.; Piñeiro, A. Soft Matter 2012, 8, 9005-9014
13. Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812-7824
14. Monticelli, L.; Kandasamy, S. K.; Periole, X.; Larson, R. G.; Tieleman, D. P.; Marrink, S.-J. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 819-834
15. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 750-760
16. Yesylevskyy, S. O.; Schäfer, L. V.; Sengupta, D.; Marrink, S. J. PLoS Comput. Biol. 2010, 6, e1000810
17. Schmid, N.; Eichenberger, A.; Choutko, A.; Riniker, S.; Winger, M.; Mark, A.; Gunsteren, W. Europ. Biophys. J. 2011, 40, 843-856
18. Best, R. B.; Zhu, X.; Shim, J.; Lopes, P. E. M.; Mittal, J.; Feig, M.; MacKerell, A. D. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 3257-3273
19. Klauda, J. B.; Venable, R. M.; Freites, J. A.; O'Connor, J. W.; Tobias, D. J.; Mondragon-Ramirez, C.; Vorobyov, I.; MacKerell, A. D.; Pastor, R. W. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 7830-7843
20. Piggot, T. J.; Piñeiro, A.; Khalid, S. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4593-4609
21. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
22. Rotkiewicz, P.; Skolnick, J. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1460-1465
23. Wassenaar, T. A.; Dijk, M.; Loureiro-Ferreira, N.; Schot, G.; Vries, S. J.; Schmitz, C.; Zwan, J.; Boelens, R.; Giachetti, A.; Ferella, L.; Rosato, A.; Bertini, I.; Herrmann, T.; Jonker, H. R. A.; Bagaria, A.; Jaravine, V.; Güntert, P.; Schwalbe, H.; Vranken, W. F.; Doreleijers, J. F.; Vriend, G.; Vuister, G. W.; Franke, D.; Kikhney, A.; Svergun, D. I.; Fogh, R. H.; Ionides, J.; Laue, E. D.; Spronk, C.; Jurkša, S.; Verlato, M.; Badoer, S.; Dal Pra, S.; Mazzucato, M.; Frizziero, E.; Bonvin, A. M. J. J. J. Grid. Comput 2012, 10, 743-767
24. Feenstra, K. A.; Hess, B.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 1999, 20, 786-798
25. Berendsen, H.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56
26. Van Der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718
27. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
28. Bussi, G.; Donadio, D.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 014101
29. Parrinello, M.; Rahman, A. J. Appl. Phys. 1981, 52, 7182-7190
30. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
31. van der Spoel, D.; van Maaren, P. J. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1-11
32. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. Intermol. Forces 1981, 331-342
33. Poger, D.; Mark, A. E. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 325-336
34. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
35. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
36. Bjelkmar, P.; Larsson, P.; Cuendet, M. A.; Hess, B.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 459-466
37. Marrink, S. J.; Tieleman, D. P. Chem. Soc. Rev. 2013, 42, 6801-6822
38. de Jong, D. H.; Singh, G.; Bennett, W. F. D.; Arnarez, C.; Wassenaar, T. A.; Schäfer, L. V.; Periole, X.; Tieleman, D. P.; Marrink, S. J. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 687-697
39. Periole, X.; Cavalli, M.; Marrink, S.-J.; Ceruso, M. A. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2531-2543
40. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
41. Nosé, S. Mol. Phys. 1984, 100, 191-198
42. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697
43. Schäfer, L. V.; de Jong, D. H.; Holt, A.; Rzepiela, A. J.; de Vries, A. H.; Poolman, B.; Killian, J. A.; Marrink, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 1343-1348
44. Courtney, J. M.; Vostrikov, V. V.; Hinton, J. F.; Koeppe, R. E., II Biophys. J. 2011, 100, 636
45. Sui, H.; Han, B.-G.; Lee, J. K.; Peter, W.; Jap, B. K. Nature 2001, 414, 872
46. Gonzales, E. B.; Kawate, T.; Gouaux, E. Nature 2009, 460, 599-604
47. Jasti, J.; Furukawa, H.; Gonzales, E. B.; Gouaux, E. Nature 2007, 316-323
48. de Planque, M. R. R.; Killian, J. A. Mol. Membr. Biol. 2003, 20, 271-284
49. Cooke, I. R.; Kremer, K.; Deserno, M. Phys. Rev. E 2005, 72, 011506
50. Gopal, S. M.; Mukherjee, S.; Cheng, Y.-M.; Feig, M. Proteins: Struc., Funct. Bioinf. 2010, 78, 1266-1281
51. Vriend, G.; Sander, C. J. Appl. Crystallogr. 1993, 26, 47-60
52. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577-2637
53. Jaccard, P. New Phytol. 1912, 11, 37-50
54. Kučerka, N.; Nagle, J. F.; Sachs, J. N.; Feller, S. E.; Pencer, J.; Jackson, A.; Katsaras, J. Biophys. J. 2008, 95, 2356-2367
55. Law, R. J.; Capener, C.; Baaden, M.; Bond, P. J.; Campbell, J.; Patargias, G.; Arinaminpathy, Y.; Sansom, M. S. J. Mol. Graph. Model. 2005, 24, 157-165
56. Fuhrmans, M.; Sanders, B. P.; Marrink, S.-J.; Vries, A. H. Theor. Chem. Acc. 2010, 125, 335-344
57. Mark, P.; Nilsson, L. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 9954-9960
58. White, S. H.; Ladokhin, A. S.; Jayasinghe, S.; Hristova, K. J. Biol. Chem. 2001, 276, 32395-32398
59. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins: Struc., Funct. Bioinf. 2006, 65, 712-725
60. Jämbeck, J. P. M.; Lyubartsev, A. P. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 3164-3179
61. Kaminski, G.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474-6487