Enhanced Monte Carlo sampling through replica exchange with solute tempering

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 2, 2014, Pages 565-571

  Cole, Daniel J ^a   Tirado Rives, Julian ^a   Jorgensen, William L ^a  

^a YALE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84894108234     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400989x     Document Type: Article

References (32)

1. Jorgensen, W. L. Acc. Chem. Res. 2009, 42, 724-733
2. Zuckerman, D. M. Annu. Rev. Biophys. 2011, 40, 41-62
3. Barril, X.; Javier Luque, F. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2012, 26, 81-86
4. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141-151
5. Paschek, D.; Garcia, A. E. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 238105
6. Fukunishi, H.; Watanabe, O.; Takada, S. J. Chem. Phys. 2002, 116, 9058
7. Hritz, J.; Oostenbrink, C. J. Chem. Phys. 2008, 128, 144121
8. Itoh, S. G.; Okumura, H.; Okamoto, Y. J. Chem. Phys. 2010, 132, 134105
9. Liu, P.; Kim, B.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13749-13754
10. Wang, L.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 1937-1942
11. Wang, L.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 9431-9438
12. Terakawa, T.; Kameda, T.; Takada, S. J. Comput. Chem. 2011, 32, 1228-1234
13. Moors, S. L. C.; Michielssens, S.; Ceulemans, A. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 231-237
14. Wright, L. B.; Walsh, T. R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2013, 15, 4715-4726
15. Woods, C. J.; Essex, J. W.; King, M. A. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 13703-13710
16. Wang, L.; Deng, Y.; Knight, J. L.; Wu, Y.; Kim, B.; Sherman, W.; Shelley, J. C.; Lin, T.; Abel, R. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 1282-1293
17. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1689-1700
18. Jorgensen, W. L.; Ruiz-Caro, J.; Tirado-Rives, J.; Basavapathruni, A.; Anderson, K. S.; Hamilton, A. D. Bioorg. Med. Chem. 2006, 16, 663-667
19. Ruiz-Caro, J.; Basavapathruni, A.; Kim, J. T.; Bailey, C. M.; Wang, L.; Anderson, K. S.; Hamilton, A. D.; Jorgensen, W. L. Bioorg. Med. Chem. 2006, 16, 668-671
20. Thakur, V. V.; Kim, J. T.; Hamilton, A. D.; Bailey, C. M.; Domaoal, R. A.; Wang, L.; Anderson, K. S.; Jorgensen, W. L. Bioorg. Med. Chem. 2006, 16, 5664-5667
21. Zeevaart, J. G.; Wang, L.; Thakur, V. V.; Leung, C. S.; Tirado-Rives, J.; Bailey, C. M.; Domaoal, R. A.; Anderson, K. S.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 9492-9499
22. Leung, C. S.; Zeevaart, J. G.; Domaoal, R. A.; Bollini, M.; Thakur, V. V.; Spasov, K.; Anderson, K. S.; Jorgensen, W. L. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2010, 20, 2485-2488
23. Bollini, M.; Domaoal, R. A.; Thakur, V. V.; Gallardo-Macias, R.; Spasov, K. A.; Anderson, K. S.; Jorgensen, W. L. J. Med. Chem. 2011, 54, 8582-8591
24. Jorgensen, W. L.; Bollini, M.; Thakur, V. V.; Domaoal, R. A.; Spasov, K. A.; Anderson, K. S. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 15686-15696
25. Thomas, L. L.; Christakis, T. J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 21198-21204
26. Bollini, M.; Gallardo-Macias, R.; Spasov, K. A.; Tirado-Rives, J.; Anderson, K. S.; Jorgensen, W. L. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2013, 23, 1110-1113
27. Das, K.; Clark, A. D.; Lewi, P. J.; Heeres, J.; de Jonge, M. R.; Koymans, L. M. H.; Vinkers, H. M.; Daeyaert, F.; Ludovici, D. W.; Kukla, M. J.; De Corte, B.; Kavash, R. W.; Ho, C. Y.; Ye, H.; Lichtenstein, M. A.; Andries, K.; Pauwels, R.; de Béthune, M.-P.; Boyer, P. L.; Clark, P.; Hughes, S. H.; Janssen, P. A. J.; Arnold, E. J. Med. Chem. 2004, 47, 2550-2560
28. Michel, J.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Chem. Phys. B 2009, 113, 13337-13346
29. Luccarelli, J.; Michel, J.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3850-3856
30. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6665-6670
31. Jorgensen, W. L.; Thomas, L. L. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 869-876
32. Abraham, M. J.; Gready, J. E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1119-1128