SCOPUS 정보 검색 플랫폼

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 4, Issue 7, 2008, Pages 1119-1128

Ensuring mixing efficiency of replica-exchange molecular dynamics simulations

(2) Abraham, Mark J a Gready, Jill E a

a Biology and Environment (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 53449096936 PISSN: 15499618 EISSN: None Source Type: Journal
DOI: 10.1021/ct800016r Document Type: Article

Times cited : (69)

References (65)

1
- 0001616080
- Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141-151.
- (1999) Chem. Phys. Lett , vol.314 , pp. 141-151
- Sugita, Y.¹ Okamoto, Y.²

2
- 0030516672
- Hukushira, K.; Nemoto, K. J. Phys. Sot: Jpn. 1996, 65, 1604-1608.
- (1996) J. Phys. Sot: Jpn , vol.65 , pp. 1604-1608
- Hukushira, K.¹ Nemoto, K.²

3
- 33646203664
- Affentranger, R.; Tavernelli, I.; Di Iorio, E. E. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 217-228.
- (2006) J. Chem. Theory Comput , vol.2 , pp. 217-228
- Affentranger, R.¹ Tavernelli, I.² Di Iorio, E.E.³

4
- 25444481354
- Liu, P.; Kim, B.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. Proc. Natl. Acad, Sci. U.S.A. 2005, 102, 13749-13754.
- (2005) Proc. Natl. Acad, Sci. U.S.A , vol.102 , pp. 13749-13754
- Liu, P.¹ Kim, B.² Friesner, R.A.³ Berne, B.J.⁴

5
- 32644458379
- Lyman, E.; Ytreberg, F. M.; Zuckerman, D. M. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 028105.
- (2006) Phys. Rev. Lett , vol.96 , pp. 028105
- Lyman, E.¹ Ytreberg, F.M.² Zuckerman, D.M.³

6
- 34547926023
- Christen, M.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 2006, 124, 154106.
- (2006) J. Chem. Phys , vol.124 , pp. 154106
- Christen, M.¹ van Gunsteren, W.F.²

7
- 33847717840
- Liu, P.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2007, 126, 045106.
- (2007) J. Chem. Phys , vol.126 , pp. 045106
- Liu, P.¹ Voth, G.A.²

8
- 0037157317
- Fukunishi, H.; Watanabe, O.; Takada, S. J. Chem. Phys. 2002, 116, 9058-9067.
- (2002) J. Chem. Phys , vol.116 , pp. 9058-9067
- Fukunishi, H.¹ Watanabe, O.² Takada, S.³

9
- 58149224977
- Jang, S. M.; Shin, S.; Pak, Y. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 8305.
- (2003) Phys. Rev. Lett , vol.91 , pp. 8305
- Jang, S.M.¹ Shin, S.² Pak, Y.³

10
- 18544381108
- Cheng, X. L.; Cui, G. L.; Hornak, V.; Sinnnerling, C. J. Phys. Chem. B. 2005, 109, 8220-8230.
- (2005) J. Phys. Chem. B , vol.109 , pp. 8220-8230
- Cheng, X.L.¹ Cui, G.L.² Hornak, V.³ Sinnnerling, C.⁴

11
- 0346350789
- Woods, C. J.; Essex, J. W.; King, M. A. J. Phys. Chem. B. 2003, 107, 13703-13710.
- (2003) J. Phys. Chem. B , vol.107 , pp. 13703-13710
- Woods, C.J.¹ Essex, J.W.² King, M.A.³

12
- 33750040264
- Bussi, G.; Gervasio, F. L.; Laio, A.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13435-13441.
- (2006) J. Am. Chem. Soc , vol.128 , pp. 13435-13441
- Bussi, G.¹ Gervasio, F.L.² Laio, A.³ Parrinello, M.⁴

13
- 34249071886
- Piana, S.; Laio, A. J. Phys. Chem. B. 2007, 111, 4553-4559.
- (2007) J. Phys. Chem. B , vol.111 , pp. 4553-4559
- Piana, S.¹ Laio, A.²

14
- 33749997738
- Li, H. Z.; Li, G. H.; Berg, B. A.; Yang, W. J. Chem. Phys. 2006, 125, 144902.
- (2006) J. Chem. Phys , vol.125 , pp. 144902
- Li, H.Z.¹ Li, G.H.² Berg, B.A.³ Yang, W.⁴

15
- 34547139358
- Trebst, S.; Troyer, M.; Hansmann, U. H. J. Chem. Phys. 2006, 124, 174903.
- (2006) J. Chem. Phys , vol.124 , pp. 174903
- Trebst, S.¹ Troyer, M.² Hansmann, U.H.³

16
- 41549127613
- Patriksson, A.; van der Spoel, D. Phys. Chem. Chem. Phys 2008, 10, 2073-2077.
- (2008) Phys. Chem. Chem. Phys , vol.10 , pp. 2073-2077
- Patriksson, A.¹ van der Spoel, D.²

17
- 33750035856
- Okur, A.; Wickstrom, L.; Layten, M.; Geney, R.; Song, K; Hornak, V.; Simmerling, C. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 420-433.
- (2006) J. Chem. Theory Comput , vol.2 , pp. 420-433
- Okur, A.¹ Wickstrom, L.² Layten, M.³ Geney, R.⁴ Song, K.⁵ Hornak, V.⁶ Simmerling, C.⁷

18
- 0036467163
- Sanbonmatsu, K. Y.; Garcia, A. E. Proteins 2002, 46, 225-234.
- (2002) Proteins , vol.46 , pp. 225-234
- Sanbonmatsu, K.Y.¹ Garcia, A.E.²

19
- 33645722974
- Zhang, W.; Wu, C.; Duan, Y. J. Chem. Phys. 2005, 123, 154105.
- (2005) J. Chem. Phys , vol.123 , pp. 154105
- Zhang, W.¹ Wu, C.² Duan, Y.³

20
- 33750970357
- Zuckerman, D. M.; Lyman, E. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1200-1202.
- (2006) J. Chem. Theory Comput , vol.2 , pp. 1200-1202
- Zuckerman, D.M.¹ Lyman, E.²

21
- 34547876835
- Zuckerman, D. M.; Lyman, E. J. Chem, Theory Comput. 2006, 2, 1693.
- (2006) J. Chem, Theory Comput , vol.2 , pp. 1693
- Zuckerman, D.M.¹ Lyman, E.²

22
- 33846106377
- Periole, X.; Mark, A. E. J. Chem. Phys. 2007, 126, 014903.
- (2007) J. Chem. Phys , vol.126 , pp. 014903
- Periole, X.¹ Mark, A.E.²

23
- 46549088884
- Nymeyer, H. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 626-636.
- (2008) J. Chem. Theory Comput , vol.4 , pp. 626-636
- Nymeyer, H.¹

24
- 0347985336
- Wolff, U. Comput. Phys. Commun. 2004, 156, 143-153.
- (2004) Comput. Phys. Commun , vol.156 , pp. 143-153
- Wolff, U.¹

25
- 5944256461
- Madras, N.; Sokal, A. D. J. Stat. Phys. 1988, 50, 109-186.
- (1988) J. Stat. Phys , vol.50 , pp. 109-186
- Madras, N.¹ Sokal, A.D.²

26
- 38349093284
- Sindhikara, D.; Meng, Y.; Roitberg, A. E. J. Chem. Phys. 2008, 128, 024103.
- (2008) J. Chem. Phys , vol.128 , pp. 024103
- Sindhikara, D.¹ Meng, Y.² Roitberg, A.E.³

27
- 0037109535
- Kofke, D. A. J. Chem. Phys. 2002, 117, 6911-6914.
- (2002) J. Chem. Phys , vol.117 , pp. 6911-6914
- Kofke, D.A.¹

28
- 22944453404
- Rathore, N.; Chopra, M.; de Pablo, J. J. J. Chem, Phys. 2005, 122, 024111.
- (2005) J. Chem, Phys , vol.122 , pp. 024111
- Rathore, N.¹ Chopra, M.² de Pablo, J.J.³

29
- 36248954429
- Lyman, E.; Zuckerman, D. M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 12876-12882.
- (2007) J. Phys. Chem. B , vol.111 , pp. 12876-12882
- Lyman, E.¹ Zuckerman, D.M.²

30
- 27344454932
- van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718.
- (2005) J. Comput. Chem , vol.26 , pp. 1701-1718
- van der Spoel, D.¹ Lindahl, E.² Hess, B.³ Groenhof, G.⁴ Mark, A.E.⁵ Berendsen, H.J.⁶

31
- 0035789518
- Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317.
- (2001) J. Mol. Model , vol.7 , pp. 306-317
- Lindahl, E.¹ Hess, B.² van der Spoel, D.³

32
- 0029633168
- Berendsen, H. J.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56.
- (1995) Comput. Phys. Commun , vol.91 , pp. 43-56
- Berendsen, H.J.¹ van der Spoel, D.² van Drunen, R.³

33
- 33846231365
- Lins, R. D.; Rothlisberger, U. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 246-250.
- (2006) J. Chem. Theory Comput , vol.2 , pp. 246-250
- Lins, R.D.¹ Rothlisberger, U.²

34
- 0004016501
- Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
- (1983) J. Chem. Phys , vol.79 , pp. 926-935
- Jorgensen, W.L.¹ Chandrasekhar, J.² Madura, J.D.³ Impey, R.W.⁴ Klein, M.L.⁵

35
- 0041784950
- Mackerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
- (1998) J. Phys. Chem. B , vol.102 , pp. 3586-3616
- Mackerell, A.D.¹ Bashford, D.² Bellott, M.³ Dunbrack, R.L.⁴ Evanseck, J.D.⁵ Field, M.J.⁶ Fischer, S.⁷ Gao, J.⁸ Guo, H.⁹ Ha, S.¹⁰ Joseph-McCarthy, D.¹¹ Kuchnir, L.¹² Kuczera, K.¹³ Lau, F.T.¹⁴ Mattos, C.¹⁵ Michnick, S.¹⁶ Ngo, T.¹⁷ Nguyen, D.T.¹⁸ Prodhom, B.¹⁹ Reiher, W.E.²⁰ more..

36
- 33645961739
- Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593.
- (1995) J. Chem. Phys , vol.103 , pp. 8577-8593
- Essmann, U.¹ Perera, L.² Berkowitz, M.L.³ Darden, T.⁴ Lee, H.⁵ Pedersen, L.G.⁶

37
- 33750587438
- Berendsen, H. J.; Postma, J. P.; van Gunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
- (1984) J. Chem. Phys , vol.81 , pp. 3684-3690
- Berendsen, H.J.¹ Postma, J.P.² van Gunsteren, W.F.³ Dinola, A.⁴ Haak, J.R.⁵

38
- 84986440341
- Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952-962.
- (1992) J. Comput. Chem , vol.13 , pp. 952-962
- Miyamoto, S.¹ Kollman, P.A.²

39
- 0000388705
- Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J.; Fraaije, J. G. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472.
- (1997) J. Comput. Chem , vol.18 , pp. 1463-1472
- Hess, B.¹ Bekker, H.² Berendsen, H.J.³ Fraaije, J.G.⁴

40
- 0003916606
- version 3.3; University of Groningen: Groningen, The Netherlands
- van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; van Buuren, A. R.; Apol, E.; Meulenhoff, P. J.; Tieleman, D. P.; Sijbers, A. L.; Feenstra, K. A.; van Drunen, R.; Berendsen, H. J. Gromacs User Manual, version 3.3; University of Groningen: Groningen, The Netherlands, 2005.
- (2005) Gromacs User Manual
- van der Spoel, D.¹ Lindahl, E.² Hess, B.³ van Buuren, A.R.⁴ Apol, E.⁵ Meulenhoff, P.J.⁶ Tieleman, D.P.⁷ Sijbers, A.L.⁸ Feenstra, K.A.⁹ van Drunen, R.¹⁰ Berendsen, H.J.¹¹

41
- 0035865992
- Garcia, A. E.; Sanbonmatsu, K. Y. Proteins 2001, 42, 345-354.
- (2001) Proteins , vol.42 , pp. 345-354
- Garcia, A.E.¹ Sanbonmatsu, K.Y.²

42
- 0035909921
- Zhou, R. H.; Berne, B. J.; Germain, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 14931-14936.
- (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A , vol.98 , pp. 14931-14936
- Zhou, R.H.¹ Berne, B.J.² Germain, R.³

43
- 0037022662
- Garcia, A. E.; Sanbonmatsu, K. Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2782-2787.
- (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A , vol.99 , pp. 2782-2787
- Garcia, A.E.¹ Sanbonmatsu, K.Y.²

44
- 0345133287
- Garcia, A. E.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13898-13903.
- (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A , vol.100 , pp. 13898-13903
- Garcia, A.E.¹ Onuchic, J.N.²

45
- 0242385345
- Ghosh, T.; Garde, S.; Garcia, A. E. Biophys. J. 2003, 85, 3187-3193.
- (2003) Biophys. J , vol.85 , pp. 3187-3193
- Ghosh, T.¹ Garde, S.² Garcia, A.E.³

46
- 0037340910
- Gnanakaran, S.; Garcia, A. E. Biophys. J. 2003, 84, 1548-1562.
- (2003) Biophys. J , vol.84 , pp. 1548-1562
- Gnanakaran, S.¹ Garcia, A.E.²

47
- 0344824394
- Zhou, R. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003,100, 13280-13285.
- (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A , vol.100 , pp. 13280-13285
- Zhou, R.H.¹

48
- 0345862082
- Garcia, A. E. Polymer 2004, 45, 669-676.
- (2004) Polymer , vol.45 , pp. 669-676
- Garcia, A.E.¹

49
- 28644431872
- Nguyen, P. H.; Stock, G.; Mittag, E.; Hu, C. K.; Li, M. S. Proteins 2005, 61, 795-808.
- (2005) Proteins , vol.61 , pp. 795-808
- Nguyen, P.H.¹ Stock, G.² Mittag, E.³ Hu, C.K.⁴ Li, M.S.⁵

50
- 23044505919
- Nguyen, P. H.; Mu, Y. G.; Stock, G. Proteins 2005, 60, 485-494.
- (2005) Proteins , vol.60 , pp. 485-494
- Nguyen, P.H.¹ Mu, Y.G.² Stock, G.³

51
- 25844438392
- Nishino, M.; Sugita, Y.; Yoda, T.; Okamoto, Y. FEBS Lett. 2005, 579, 5425-5429.
- (2005) FEBS Lett , vol.579 , pp. 5425-5429
- Nishino, M.¹ Sugita, Y.² Yoda, T.³ Okamoto, Y.⁴

52
- 27344455346
- Seibert, M. M.; Patriksson, A.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Biol. 2005, 354, 173-183.
- (2005) J. Mol. Biol , vol.354 , pp. 173-183
- Seibert, M.M.¹ Patriksson, A.² Hess, B.³ van der Spoel, D.⁴

53
- 23944458073
- Yoshida, K.; Yamaguchi, T.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 2005, 412, 280-284.
- (2005) Chem. Phys. Lett , vol.412 , pp. 280-284
- Yoshida, K.¹ Yamaguchi, T.² Okamoto, Y.³

54
- 33744467718
- Baumketner, A.; Bernstein, S. L.; Wyttenbach, T.; Lazo, N. D.; Teplow, D. B.; Bowers, M. T.; Shea, J. E. Protein Sci. 2006, 15, 1239-1247.
- (2006) Protein Sci , vol.15 , pp. 1239-1247
- Baumketner, A.¹ Bernstein, S.L.² Wyttenbach, T.³ Lazo, N.D.⁴ Teplow, D.B.⁵ Bowers, M.T.⁶ Shea, J.E.⁷

55
- 33644536691
- Gnanakaran, S.; Nussinov, R.; Garcia, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2158-2159.
- (2006) J. Am. Chem. Soc , vol.128 , pp. 2158-2159
- Gnanakaran, S.¹ Nussinov, R.² Garcia, A.E.³

56
- 33750468665
- Juraszek, J.; Bolhuis, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 15859-15864.
- (2006) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A , vol.103 , pp. 15859-15864
- Juraszek, J.¹ Bolhuis, P.G.²

57
- 33744927646
- Mu, Y. G.; Nordenskiold, L.; Tarn, J. P. Biophys. J. 2006, 90, 3983-3992.
- (2006) Biophys. J , vol.90 , pp. 3983-3992
- Mu, Y.G.¹ Nordenskiold, L.² Tarn, J.P.³

58
- 33749323314
- Sugita, Y.; Miyashita, N.; Yoda, T.; Ikeguchi, M.; Toyoshima, C. Biochemistry 2006, 45, 11752-11761.
- (2006) Biochemistry , vol.45 , pp. 11752-11761
- Sugita, Y.¹ Miyashita, N.² Yoda, T.³ Ikeguchi, M.⁴ Toyoshima, C.⁵

59
- 33745932337
- Wickstrom, L.; Okur, A.; Song, K.; Hornak, V.; Raleigh, D. P.; Simmerling, C. L. J. Mol. Biol. 2006, 360, 1094-1107.
- (2006) J. Mol. Biol , vol.360 , pp. 1094-1107
- Wickstrom, L.¹ Okur, A.² Song, K.³ Hornak, V.⁴ Raleigh, D.P.⁵ Simmerling, C.L.⁶

60
- 31944442794
- Zhang, J.; Qin, M.; Wang, W. Proteins 2006, 62, 672-685.
- (2006) Proteins , vol.62 , pp. 672-685
- Zhang, J.¹ Qin, M.² Wang, W.³

61
- 1942519322
- Gustiananda, M.; Liggins, J. R. R.; Cummins, P. L. L.; Gready, J. E. E. Biophys. J. 2004, 86, 2467-2483.
- (2004) Biophys. J , vol.86 , pp. 2467-2483
- Gustiananda, M.¹ Liggins, J.R.R.² Cummins, P.L.L.³ Gready, J.E.E.⁴

62
- 25844432162
- Kawashima, Y.; Sugita, Y.; Yoda, T.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 2005, 414, 449-455.
- (2005) Chem. Phys. Lett , vol.414 , pp. 449-455
- Kawashima, Y.¹ Sugita, Y.² Yoda, T.³ Okamoto, Y.⁴

63
- 18844362955
- Nymeyer, H.; Woolf, T. B.; Garcia, A. E. Proteins 2005, 59, 783-790.
- (2005) Proteins , vol.59 , pp. 783-790
- Nymeyer, H.¹ Woolf, T.B.² Garcia, A.E.³

64
- 33644526613
- Baumketner, A.; Bernstein, S. L.; Wyttenbach, T.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Bowers, M. T.; Shea, J. E. Protein Sci. 2006, 15, 420-428.
- (2006) Protein Sci , vol.15 , pp. 420-428
- Baumketner, A.¹ Bernstein, S.L.² Wyttenbach, T.³ Bitan, G.⁴ Teplow, D.B.⁵ Bowers, M.T.⁶ Shea, J.E.⁷

65
- 33745184030
- van der Spoel, D.; Seibert, M. M. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 0238102.
- van der Spoel, D.; Seibert, M. M. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 0238102.

* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.