Efficient conformational sampling of peptides adsorbed onto inorganic surfaces: Insights from a quartz binding peptide

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 15, Issue 13, 2013, Pages 4715-4726

  Wright, Louise B ^a   Walsh, Tiffany R ^b  

^a UNIVERSITY OF WARWICK   (United Kingdom)

^b DEAKIN UNIVERSITY   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE; SILICON DIOXIDE;

ADSORPTION; ARTICLE; BINDING SITE; CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN CONFORMATION; SURFACE PROPERTY;

ADSORPTION; BINDING SITES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PEPTIDES; PROTEIN CONFORMATION; QUARTZ; SURFACE PROPERTIES;

EID: 84874875956     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3cp42921k     Document Type: Article

References (95)

1. G. Mayer M. Sarikaya Exp. Mech. 2002 42 395
2. R. A. Metzler J. S. Evans C. E. Killan D. Zhou T. H. Churchill N. P. Appathurai S. N. Coppersmith P. U. P. A. Gilbert J. Am. Chem. Soc. 2010 132 6329
3. M. Yang S. L. S. Stipp J. Harding Cryst. Growth Des. 2008 8 4066
4. N. Kroger R. Deutzmann M. Sumper Science 1999 286 1129
5. M. Sumper E. Brunner ChemBioChem 2008 9 1187
6. C. Tamerler D. Khatayevich M. Gungormus T. Kacar E. E. Oren M. Hnilova M. Sarikaya Biopolymers 2010 94 78
7. C. Tamerler M. Sarikaya ACS Nano 2009 3 1606
8. A. P. Schoen D. T. Schoen K. N. L. Huggins M. A. Arunagirinathan S. C. Heilshorn J. Am. Chem. Soc. 2011 133 18202
9. A. Fernandez-Fernandez R. Manchanda A. J. McGoron Appl. Biochem. Biotechnol. 2011 165 1628
10. M. Mahmood D. Casciano Y. Xu A. S. Biris J. Appl. Toxicol. 2012 32 10
11. R. de la Rica H. Matsui Chem. Soc. Rev. 2010 39 3499
12. R. A. Latour Biointerphases 2008 3 FC2
13. R. Di Felice S. Corni J. Phys. Chem. Lett. 2011 2 1510
14. U. O. S. Seker H. V. Demir Molecules 2011 16 1426
15. M. Mahmoudi I. Lynch M. R. Ejtehadi M. P. Monopolis F. B. Bombelli S. Lauren Chem. Rev. 2011 111 5610
16. D. Walczyk F. B. Bombelli M. P. Monopoli I. Lynch K. A. Dawson J. Am. Chem. Soc. 2010 132 5761
17. A. Nel T. Xia L. Madler N. Li Science 2006 311 622
18. S. Jain V. S. Thakare M. Das C. Godugu A. K. Jain R. Mathur K. Chuttani A. K. Mishra Chem. Res. Toxicol. 2011 24 2028
19. M. Prato K. Kostarelos A. Bianco Acc. Chem. Res. 2008 41 60
20. M. Chakraborty S. Jain V. Rani Appl. Biochem. Biotechnol. 2011 165 1178
21. A. Kumar H. Ma X. Zhang K. Huang S. Jin J. Liu T. Wei W. Cao G. Zou X.-J. Liang Biomaterials 2012 33 1180
22. R. Coppage J. M. Slocik B. D. Briggs A. I. Frenkel H. Heinz R. R. Naik M. R. Knecht J. Am. Chem. Soc. 2011 133 12346
23. M. Hnilova D. Khatayevich A. Carlson E. E. Oren C. Gresswell S. Zheng F. Ohuchi M. Sarikaya C. Tamerler J. Colloid Interface Sci. 2011 365 97
24. M. Hnilova C. R. So E. E. Oren B. R. Wilson T. Kacar C. Tamerler M. Sarikaya Soft Matter 2012 8 4327
25. B. D. Briggs M. R. Knecht J. Phys. Chem. Lett. 2012 3 405
26. P. A. Mirau R. R. Naik P. Gehring J. Am. Chem. Soc. 2011 133 18243
27. R. Braun M. Sarikaya K. Schulten J. Biomater. Sci., Polym. Ed. 2002 13 747 757
28. V. Carravetta S. Monti J. Phys. Chem. C 2006 110 6160 6169
29. S. D. Tomasio T. R. Walsh Mol. Phys. 2007 105 221
30. S. M. Tomasio T. R. Walsh J. Phys. Chem. C 2009 113 8778 8785
31. H. Heinz B. L. Farmer R. B. Pandey J. M. Slocik S. S. Patnaik R. Pachter R. R. Naik J. Am. Chem. Soc. 2009 131 9704
32. A. A. Skelton T. N. Liang T. R. Walsh ACS Appl. Mater. Interfaces 2009 1 1482
33. M. J. Yang P. M. Rodger J. H. Harding S. L. S. Stipp Mol. Simul. 2009 35 547 553
34. S. Monti M. Alderighi C. Duce R. Solaro M. R. Tine J. Phys. Chem. C 2009 113 2433
35. E. E. Oren R. Notman I. W. Kim J. S. Evans T. R. Walsh R. Samudrala C. Tamerler M. Sarikaya Langmuir 2010 26 11003
36. T. R. Walsh S. M. Tomasio Mol. Biosyst. 2010 6 1707 1718
37. M. Hoefling S. Monti S. Corni K. E. Gottschalk PLoS One 2011 6 20925
38. A. Vila-Verde P. J. Beltramo J. K. Maranas Langmuir 2011 27 5918
39. C. L. Freeman J. H. Harding D. Quigley P. M. Rodger J. Phys. Chem. C 2011 115 8175
40. S. N. Kim Z. F. Kuang J. M. Slocik S. E. Jones Y. Cui B. L. Farmer M. C. McAlpine R. R. Naik J. Am. Chem. Soc. 2011 133 14480 14483
41. J. Schneider L. Colombi-Ciacchi J. Am. Chem. Soc. 2012 134 2407
42. S. V. Patwardhan F. S. Emami R. J. Berry S. E. Jones R. R. Naik O. Deschaume H. Heinz C. C. Perry J. Am. Chem. Soc. 2012 143 6244
43. R. B. Pandey Z. F. Kuang B. L. Farmer S. S. Kim R. R. Naik Soft Matter 2012 8 9101 9109
44. D. J. Wales J. P. K. Doye J. Phys. Chem. A 1997 101 5111
45. Z. Li H. A. Scheraga Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1987 84 6611
46. B. Strodel D. J. Wales J. Chem. Theory Comput. 2008 4 657
47. Y. Sugita Y. Okamoto Chem. Phys. Lett. 1999 314 141
48. Y. Sugita A. Kitao Y. Okamoto J. Chem. Phys. 2000 113 6042
49. P. Liu B. Kim R. A. Friesner B. J. Berne Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 13749
50. X. Li C. P. O'Brien G. Collier N. A. Vellore F. Wang R. A. Latour D. A. Bruce S. J. Stuart J. Chem. Phys. 2007 127 164116
51. X. Li R. A. Latour S. J. Stuart J. Chem. Phys. 2011 130 174106
52. X. Li R. A. Latour J. Comput. Chem. 2011 32 1091
53. S. L. C. Moors S. Michielssens A. Ceulemans J. Chem. Theory Comput. 2011 7 231
54. L. Wang R. A. Friesner B. J. Berne J. Phys. Chem. B 2011 115 9431
55. T. Terakawa T. Kameda S. Takada J. Comput. Chem. 2011 32 1228
56. A. J. Lee S. W. Rick J. Chem. Phys. 2009 131 174113
57. S. W. Rick J. Chem. Phys. 2007 126 054102
58. A. J. Ballard C. Jarzynski Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 12224
59. A. J. Ballard C. Jarzynski J. Chem. Phys. 2012 136 194101
60. A. G. Cochran N. J. Skelton M. A. Starovasnik Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 5578
61. H. Fukunishi O. Watanabe S. Takada J. Chem. Phys. 2002 116 9058
62. P. Liu X. Huang R. Zhou B. J. Berne J. Phys. Chem. B 2006 110 19018
63. J. Hritz C. Oostenbrink J. Chem. Phys. 2008 128 144121
64. Y. Meng D. S. Dashti A. E. Roitberg J. Chem. Theory Comput. 2011 7 2721
65. L. Wang B. J. Berne R. A. Friesner Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 1937
66. X. Huang M. Hagen B. Kim R. A. Friesner R. Zhuo B. J. Berne J. Phys. Chem. B 2007 111 5405
67. B. Hess C. Kutzner D. van der Spoel E. Lindahl J. Chem. Theory Comput. 2008 4 435
68. E. E. Oren C. Tamerler D. Sahin M. Hnilova U. O. S. Seker M. Sarikaya R. Samudrala Bioinformatics 2007 23 2816
69. C. H. Bennett J. Comput. Phys. 1975 19 267
70. I.-C. Lin M. E. Tuckerman J. Phys. Chem. B 2010 114 15935
71. C. Tamerler T. Kacar D. Sahin H. Fong M. Sarikaya Mater. Sci. Eng., C 2007 27 558
72. R. Notman E. E. Oren C. Tamerler M. Sarikaya R. Samudrala T. R. Walsh Biomacromolecules 2010 11 3266
73. L. B. Wright T. R. Walsh J. Phys. Chem. C 2012 116 1933
74. P. E. M. Lopes V. Murahsov M. Tazi E. Demchuk A. D. MacKerell J. Phys. Chem. B 2006 110 2782
75. S. Miyamoto P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1992 13 952
76. R. W. Hockney S. P. Goel J. Eastwood J. Comp. Physiol. 1974 14 148
77. A. D. MacKerell D. Bashford M. Bellott R. L. Dunbrack J. D. Evanseck M. J. Field S. Fischer J. Gao H. Guo S. Ha D. Joseph-McCarthy L. Kuchnir K. Kuczera F. T. K. Lau C. Mattos S. Michnick T. Ngo D. T. Nguyen B. Prodhom W. E. Reiher B. Roux M. Schlenkrich J. C. Smith R. Stote J. Straub M. Watanabe J. Wiorkiewicz-Kuczera D. Yin M. Karplus J. Phys. Chem. B 1998 102 3586
78. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926
79. E. Neria S. Fischer M. Karplus J. Chem. Phys. 1996 105 1902
80. R. Notman T. R. Walsh Langmuir 2009 25 1638
81. L. B. Wright T. R. Walsh J. Chem. Phys. 2012 137 224702
82. A. D. Mackerell Jr M. Feig C. L. Brooks III J. Comput. Chem. 2004 25 1400
83. A. Patriksson D. van der Spoel Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 2073
84. T. Okabe M. Kawata Y. Okamoto M. Mikami Chem. Phys. Lett. 2001 335 435
85. D. Sindhikawa Y. Meng A. E. Roitberg J. Chem. Phys. 2008 128 024103
86. D. Sindhikawa D. J. Emerson A. E. Roitberg J. Chem. Theory Comput. 2010 6 2804
87. R. B. Best V. N. Buchete G. Hummer Biophys. J. 2008 95 L7 L9
88. R. B. Best G. Hummer J. Phys. Chem. B 2009 113 9004
89. S. Piana K. Lindorff-Larsen D. E. Shaw Biophys. J. 2011 100 L47 L49
90. P. Kuhrova A. D. Simone M. Otyepka R. B. Best Biophys. J. 2012 102 1897 1906
91. G. Collier N. A. Vellore J. A. Yancey S. J. Stuart R. A. Latour Biointerphases 2012 7 24
92. J. H. Zar J. Am. Stat. Assoc. 1995 2 596
93. M. B. Swindells M. W. Arthur J. M. Thornton Nat. Struct. Biol. 1995 2 596
94. V. Puddu C. C. Perry ACS Nano 2012 6 6356 6363
95. B. Hess J. Chem. Phys. 2002 116 209