Molecular modeling of organic and biomolecular systems using BOSS and MCPRO

Journal of Computational Chemistry

Volumn 26, Issue 16, 2005, Pages 1689-1700

  Jorgensen, William L ^a   Tirado Rives, Julian ^a  

^a YALE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

BOSS; Conformational search; Enzymatic reactions; MCPRO; Molecular modeling; Monte Carlo statistical mechanics; Protein ligand binding; QM MM

Indexed keywords

ENZYME KINETICS; MOLECULAR ORIENTATION; ORGANIC ACIDS; PROTEINS;

BIOMOLECULAR SYSTEMS; BOSS; CONFORMATIONAL SEARCH; MCPRO; MOLECULAR MODELING; MONTE CARLO STATISTICAL MECHANICS; QM/MM;

MOLECULAR BIOLOGY;

EID: 29044442254     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.20297     Document Type: Review

References (63)

1. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J Am Chem Soc 1988, 110, 1657.
2. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J Am Chem Soc 1996, 118, 11225.
3. Kaminski, G. A.; Jorgensen, W. L. J Phys Chem B 1998, 102, 1787.
4. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J Am Chem Soc 1985, 107, 3902.
5. Stewart, J. J. P. J Comput Chem 1989, 10, 209.
6. Stewart, J. J. P. J Comput Chem 1989, 10, 221.
7. Repasky, M. P.; Chandrasekhar, J.; Jorgensen, W. L. J Comput Chem 2002, 23, 1601.
8. Tubert-Brohman, I.; Guimarães, C. R. W.; Repasky, M. P.; Jorgensen, W. L. J Comput Chem 2004, 25, 138.
9. Jorgensen, W. L.; Ulmschneider, J. P.; Tirado-Rives, J. J Phys Chem B 2004, 108, 16264.
10. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J Am Chem Soc 1990, 112, 6127;
11. Qiu, D.; Shenkin, P. S.; Hollinger, F. P.; Still, W. C. J Phys Chem A 1997, 101, 3005.
12. Chang, G.; Guida, W. C.; Still, W. C. J Am Chem Soc 1989, 111, 4379.
13. Saunders, M. J Am Chem Soc 1987, 109, 3150.
14. For extensive reviews on Monte Carlo simulations, see: (a) Allen M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulations of Liquids; Oxford University Press: Oxford, 1987;
15. (b) Jorgensen, W. L. In Encyclopedia of Computational Chemistry; Schleyer, P. v. R.; Allinger, N. L.; Clark, T.; Kollman, P. A.; Schaefer, H. F., Ill; Schreiner, P. R., Eds.; Wiley: New York, 1998, p. 1754, vol. 2.
16. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W., Klein, M. L. J Chem Phys 1983, 79, 926.
17. Mahoney, M. W.; Jorgensen, W. L. J Chem Phys 2000, 112, 8910.
18. Kollman P. A. Chem Rev 1993, 93, 2395.
19. Jorgensen, W. L. In Encyclopedia of Computational Chemistry; Schleyer, P. v. R.; Allinger, N. L.; Clark, T.; Kollman, P. A.; Schaefer, H. F., Ill; Schreiner, P. R., Eds.; Wiley: New York, 1998, p. 1061, vol. 2.
20. Zwanzig, R. W. J Chem Phys 1954, 22, 1420.
21. Jorgensen, W. L.; Ravimohan, C. J Chem Phys 1985, 83, 3050.
22. Ulmschneider, J.; Jorgensen, W. L. J Chem Phys 2003, 118, 4261.
23. Ulmschneider, J. P.; Jorgensen, W. L. J Phys Chem B 2004, 108, 16883.
24. Ulmschneider, J. P.; Jorgensen, W. L. J Am Chem Soc 2004, 126, 1849.
25. Guimarães, C. R. W.; Repasky, M. P.; Chandrasekhar, J.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J Am Chem Soc 2003, 125, 6892.
26. Guimaraes, C. R. W; Blagovic, M. U.; Jorgensen, W. L. J Am Chem Soc 2005, 127, 3577.
27. For a recent example, see: Blagovic, M. U.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J Med Chem 2004, 46, 2389.
28. For a recent example, see: Blagovic, M. U.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J Am Chem Soc 2003, 125, 6016.
29. Cornell, W. D., Cieplak, P., Bayly, C. I., Gould, I. R., Merz, K. M., Ferguson, D. M., Spellmeyer, D. C., Fox, T., Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 5179.
30. MacKerrell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha., S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stole, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiórkiewicz-Kuczera; J.; Yin, D.; Karplus, M. J Phys Chem B 1998, 102, 3586.
31. Carlson, H. A.; Masukawa, K. M.; Rubins, K.; Bushman, F. D.; Jorgensen, W. L.; Lins, R. D.; Briggs, J. M.; McCammon, J. A. J Med Chem 2000, 43, 2100.
32. Francl, M. M.; Chirlian, L. E. Rev Comput Chem 2000, 14, 1.
33. Storer, J. W.; Giesen, D. J.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J ComputAided Mol Des 1995, 9, 87.
34. Thompson, J. D.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J Comput Chem 2003, 24, 1291.
35. Udier-Blagovic, M.; Morales de Tirado, P.; Pearlman, S. A.; Jorgensen, W. L. J Comput Chem 2004, 25, 1322.
36. Murphy, R. B.; Pollard, W. T.; Friesner, R. A. J Chem Phys 1997, 106, 5073.
37. For a review, see: Cramer, C. J. Essentials of Computational Chemistry: Wiley: New York, 2002, Chap. 5.
38. Van Der Vaart, A.; Gogonea, V.; Dixon, S. L.; Merz, K. M., Jr. J Comput Chem 2000, 21, 1494.
39. Chandrasekhar, J.; Shariffskul, S.; Jorgensen, W. L. J Phys Chem B 2002, 106, 8078.
40. (a) Acevedo, O.; Jorgensen, W. L. Org Lett 2004, 6, 2881;
41. (b) Acevedo, O.; Jorgensen, W. L. J Am Chem Soc 2005, 127, 8829.
42. Repasky, M. P.; Chandrasekhar, J.; Jorgensen, W. L. J Comput Chem 2001, 23, 498.
43. Tubert-Brohman, L; Guimarães, C. R. W.; Jorgensen, W. L. J Chem Theory Comput 2005, 1, 817.
44. Repasky, M. P.; Guimaraes, C. R. W.; Chandrasekhar, J.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J Am Chem Soc 2003, 125, 6663.
45. Guimarães, C. R. W.; Repasky, M. P.; Chandrasekhar, J.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J Am Chem Soc 2003, 125, 6892.
46. Vayner, G.; Houk, K. N.; Jorgensen, W. L.; Brauman, J. I. J Am Chem Soc 2004, 126, 9054.
47. Pierce, A. C.; Jorgensen, W. L. Angew Chem Int Ed Engl 1997, 36, 1466.
48. Lamb, M. L.; Jorgensen, W. L. J Med Chem 1998, 41, 3928.
49. Price, D. J.; W. L. Jorgensen, W. L. Bioorg Med Chem Lett 2000, 10, 2067.
50. Price, D. J.; Jorgensen, W. L. J Comp Aided Mol Design 2001, 15, 681.
51. Plount-Price, M. L.; Jorgensen, W. L. J Am Chem Soc 2000, 122, 9455.
52. Plount-Price, M. L.; W. L. Jorgensen, W. L. Bioorg Med Chem Lett 2001, 11, 1541.
53. Rizzo, R. C.; Wang, D.-P., Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J Am Chem Soc 2000, 122, 12898.
54. Wang, D.-P., Rizzo, R. C.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. Bioorg Med Chem Lett 2001, 11, 2799.
55. Ren, J.; Milton, J.; Weaver, K. L.; Short, S. A.; Stuart, D. I.; Stammers, D. K. Structure 2000, 8, 1089.
56. Das, K.; Clark, A. D., Jr.; Lewi, P. J.; Heeres, J.; De Jonge, M. R.; Koymans, L. M. H.; Vinkers, H. M.; Daeyaert, F.; Ludovici, D. W.; Kukla, M. J.; De Corte, B.; Kavash, R. W.; Ho, C. Y.; Ye, H.; Lichtenstein, M. A.; Andries, K.; Pauwels, R.; De Bethune, M.-P.; Boyer, P. L.; Clark, P.; Hughes, S. H.; Janssen, P. A. J.; Arnold, E. J Med Chem 2004, 47, 2550.
57. Åqvist, J.; Medina, C.; Sammuelsson, J.-E. Protein Eng 1994, 7, 385.
58. Carlson H. A.; Jorgensen W. L. J Phys Chem 1995, 99, 10667.
59. Jones-Hertzog, D. K.; Jorgensen, W. L. J Med Chem 1997, 40, 1539.
60. Lamb, M. L.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. Bioorg Med Chem 1999, 7, 851.
61. Rizzo, R. C.; Udier-Blagovic, M.; Wang, D. P.; Watkins, E. K.; Kroeger Smith, M. B.; Smith, R. H., Jr.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J Med Chem 2002, 45, 2970.
62. Tominaga, Y.; Jorgensen, W. L. J Med Chem 2004, 47, 2534.
63. Jorgensen, W. L. BOMB, v. 2.5, Yale University, 2005.