Dual matrix-based immobilized trypsin for complementary proteolytic digestion and fast proteomics analysis with higher protein sequence coverage

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 3, 2014, Pages 1452-1458

  Fan, Chao ^a,b   Shi, Zhaomei ^a,b   Pan, Yiting ^a   Song, Zifeng ^a   Zhang, Wanjun ^a   Zhao, Xinyuan ^a   Tian, Fang ^a   Peng, Bo ^a   Qin, Weijie ^a   Cai, Y ^a   Qian, Xiaohong ^a  

^a BEIJING INSTITUTE OF RADIATION MEDICINE   (China)

^b ANHUI MEDICAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BOTTOM-UP STRATEGY; IMMOBILIZED TRYPSIN; PEPTIDE IDENTIFICATION; PROTEIN AND PEPTIDE IDENTIFICATIONS; PROTEIN DIGESTION; PROTEOLYTIC DIGESTION; PROTEOME PROFILING; TRYPSIN IMMOBILIZATIONS;

BIOLOGICAL MEMBRANES; BRUSHES; HYDROPHOBICITY; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR BIOLOGY; NANOPARTICLES; PROTEOLYSIS;

PEPTIDES;

EPOXIDE; FUNGAL PROTEIN; GLYCIDYL METHACRYLATE; IMMOBILIZED ENZYME; MEMBRANE PROTEIN; METHACRYLIC ACID DERIVATIVE; NANOPARTICLE; SILICON DIOXIDE; TRYPSIN;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMAL; ARTICLE; CHEMICAL PHENOMENA; CHEMISTRY; METABOLISM; METHODOLOGY; MOUSE; PROTEIN DEGRADATION; PROTEOMICS; TIME;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; ENZYMES, IMMOBILIZED; EPOXY COMPOUNDS; FUNGAL PROTEINS; HYDROPHOBIC AND HYDROPHILIC INTERACTIONS; MEMBRANE PROTEINS; METHACRYLATES; MICE; NANOPARTICLES; PROTEOLYSIS; PROTEOMICS; SILICON DIOXIDE; TIME FACTORS; TRYPSIN;

EID: 84893574816     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac402696b     Document Type: Article

References (46)

1. Fonslow, B. R.; Stein, B. D.; Webb, K. J.; Xu, T.; Choi, J.; Park, S. K.; Yates, J. R. Nat. Methods 2013, 10, 54
2. Yates, J. R. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 1629
3. Altelaar, A. F. M.; Munoz, J.; Heck, A. J. R. Nat. Rev. Genet. 2013, 14, 35
4. Ahrens, C. H.; Brunner, E.; Qeli, E.; Basler, K.; Aebersold, R. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2010, 11, 789
5. Nilsson, T.; Mann, M.; Aebersold, R.; Yates, J. R.; Bairoch, A.; Bergeron, J. J. M. Nat. Methods 2010, 7, 681
6. Dong, M. M.; Wu, M. H.; Wang, F. J.; Qin, H. Q.; Han, G. H.; Gong, J.; Wu, R. A.; Ye, M. L.; Liu, Z.; Zou, H. F. Anal. Chem. 2010, 82, 2907
7. Gstaiger, M.; Aebersold, R. Nat. Rev. Genet. 2009, 10, 617
8. Mann, M.; Kulak, N. A.; Nagaraj, N.; Cox, J. Mol. Cell 2013, 49, 583
9. Glatter, T.; Ludwig, C.; Ahrne, E.; Aebersold, R.; Heck, A. J. R.; Schmidt, A. J. Proteome Res. 2012, 11, 5145
10. Wisniewski, J. R.; Mann, M. Anal. Chem. 2012, 84, 2631
11. Ding, C.; Jiang, J.; Wei, J.; Liu, W.; Zhang, W.; Liu, M.; Fu, T.; Lu, T.; Song, L.; Ying, W.; Chang, C.; Zhang, Y.; Ma, J.; Wei, L.; Malovannaya, A.; Jia, L.; Zhen, B.; Wang, Y.; He, F.; Qian, X.; Qin, J. Mol. Cell. Proteomics 2013, 10.1074/mcp.O112.025023
12. Xu, F.; Wang, W. H.; Tan, Y. J.; Bruening, M. L. Anal. Chem. 2010, 82, 10045
13. Tan, Y. J.; Wang, W. H.; Zheng, Y.; Dong, J. L.; Stefano, G.; Brandizzi, F.; Garavito, R. M.; Reid, G. E.; Bruening, M. L. Anal. Chem. 2012, 84, 8357
14. Ma, J. F.; Hou, C. Y.; Sun, L. L.; Tao, D. Y.; Zhang, Y. Y.; Shan, Y. C.; Liang, Z.; Zhang, L. H.; Yang, L.; Zhang, Y. K. Anal. Chem. 2010, 82, 9622
15. Spross, J.; Sinz, A. Anal. Chem. 2010, 82, 1434
16. Yuan, H. M.; Zhou, Y.; Xia, S. M.; Zhang, L. H.; Zhang, X. D.; Wu, Q.; Liang, Z.; Zhang, Y. K. Anal. Chem. 2012, 84, 5124
17. Rivera-Burgos, D.; Regnier, F. E. Anal. Chem. 2012, 84, 7021
18. Sun, L. L.; Zhu, G. J.; Li, Y. H.; Yang, P.; Dovichi, N. J. Anal. Chem. 2012, 84, 8715
19. Sun, L. L.; Zhu, G. J.; Dovichi, N. J. Anal. Chem. 2013, 85, 4187
20. Liu, Y.; Wang, H. X.; Liu, Q. P.; Qu, H. Y.; Liu, B. H.; Yang, P. Y. Lab Chip 2010, 10, 2887
21. Pereira-Medrano, A. G.; Forster, S.; Fowler, G. J. S.; McArthur, S. L.; Wright, P. C. Lab Chip 2010, 10, 3397
22. Tian, R. J.; Hoa, X. Y. D.; Lambert, J. P.; Pezacki, J. P.; Veres, T.; Figeys, D. Anal. Chem. 2011, 83, 4095
23. Lin, S.; Yao, G. P.; Qi, D. W.; Li, Y.; Deng, C. H.; Yang, P. Y.; Zhang, X. M. Anal. Chem. 2008, 80, 3655
24. Deng, Y. H.; Deng, C. H.; Qi, D. W.; Liu, C.; Liu, J.; Zhang, X. M.; Zhao, D. Y. Adv. Mater. 2009, 21, 1377
25. Ahn, J.; Jung, M. C.; Wyndham, K.; Yu, Y. Q.; Engen, J. R. Anal. Chem. 2012, 84, 7256
26. Liu, J. M.; Chen, J. T.; Yan, X. P. Anal. Chem. 2013, 85, 3238
27. Qian, K.; Wan, J. J.; Qiao, L.; Huang, X. D.; Tang, J. W.; Wang, Y. H.; Kong, J. L.; Yang, P. Y.; Yu, C. Z.; Liu, B. H. Anal. Chem. 2009, 81, 5749
28. Malvi, B.; Sen Gupta, S. Chem. Commun. 2012, 48, 7853
29. Jiang, B.; Yang, K. G.; Zhao, Q.; Wu, Q.; Liang, Z.; Zhang, L. H.; Peng, X. J.; Zhang, Y. K. J. Chromatogr. A 2012, 1254, 8
30. Jiao, J.; Miao, A. Z.; Zhang, X. Y.; Cai, Y.; Lu, Y.; Zhang, Y.; Lu, H. J. Analyst 2013, 138, 1645
31. Jun, S. H.; Chang, M. S.; Kim, B. C.; An, H. J.; Lopez-Ferrer, D.; Zhao, R.; Smith, R. D.; Lee, S. W.; Kim, J. Anal. Chem. 2010, 82, 7828
32. Kim, J. Y.; Lee, S. Y.; Kim, S. K.; Park, S. R.; Kang, D.; Moom, M. H. Anal. Chem. 2013, 85, 5506
33. Rebecchi, K. R.; Go, E. P.; Xu, L.; Woodin, C. L.; Mure, M.; Desaire, H. Anal. Chem. 2011, 83, 8484
34. Bian, Y. Y.; Ye, M. L.; Song, C. X.; Cheng, K.; Wang, C. L.; Wei, X. L.; Zhu, J.; Chen, R.; Wang, F. J.; Zou, H. F. J. Proteome Res. 2012, 11, 2828
35. Marzinke, M. A.; Choi, C. H.; Chen, L.; Shih, I. M.; Chan, D. W.; Zhang, H. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 356
36. Switzar, L.; Giera, M.; Niessen, W. M. A. J. Proteome Res. 2013, 12, 1067
37. Mahmoudi, M.; Lynch, I.; Ejtehadi, M. R.; Monopoli, M. P.; Bombelli, F. B.; Laurent, S. Chem. Rev. 2011, 111, 5610
38. Keefe, A. J.; Jiang, S. Y. Nat. Chem. 2012, 4, 59
39. Jin, L. L.; Yang, K.; Yao, K.; Zhang, S.; Tao, H. Q.; Lee, S. T.; Liu, Z.; Peng, R. ACS Nano 2012, 6, 4864
40. Matyjaszewski, K.; Tsarevsky, N. V. Nat. Chem. 2009, 1, 276
41. Wang, W. H.; Palumbo, A. M.; Tan, Y. J.; Reid, G. E.; Tepe, J. J.; Bruening, M. L. J. Proteome Res. 2010, 9, 3005
42. Xu, F. J.; Yang, W. T. Prog. Polym. Sci. 2011, 36, 1099
43. Wu, Y. F.; Wei, W.; Liu, S. Q. Acc. Chem. Res. 2012, 45, 1441
44. Jiang, H.; Xu, F. J. Chem. Soc. Rev. 2013, 42, 3394
45. Tan, F.; Zhang, Y.; Mi, W.; Wang, J.; Wei, J.; Cai, Y.; Qian, X. J. Proteome Res. 2008, 7, 1078
46. Qin, W. J.; Zhang, W. J.; Song, L. N.; Zhang, Y. J.; Qian, X. H. Anal. Chem. 2010, 82, 9461