Enrichment of phosphopeptides by Fe3+-Lmmobilized magnetic nanoparticles for phosphoproteome analysis of the plasma membrane of mouse liver

Journal of Proteome Research

Volumn 7, Issue 3, 2008, Pages 1078-1087

  Tan, Feng ^a   Zhang, Yangjun ^a   Mi, Wei ^a   Wang, Jinglan ^a   Wei, Junying ^a   Cai, Yun ^a   Qian, Xiaohong ^a,b  

^a BEIJING INSTITUTE OF RADIATION MEDICINE   (China)

^b Beijing Proteome Research Center   (China)

Author keywords

Enrichment; Fe3+ immobilized magnetic nanoparticles; Mass spectrometry; Phosphorylation; Plasma membrane

Indexed keywords

ALPHA CASEIN; IRON; NANOPARTICLE; PHOSPHOPEPTIDE; PHOSPHOPROTEIN; FERRIC ION; METAL NANOPARTICLE; PROTEOME;

ANIMAL TISSUE; ARTICLE; CELL MEMBRANE; CONCENTRATION RESPONSE; CONTROLLED STUDY; IMMOBILIZED METAL AFFINITY CHROMATOGRAPHY; ION EXCHANGE CHROMATOGRAPHY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; LIVER; MAGNETISM; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; MOUSE; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN IMMOBILIZATION; PROTEIN PHOSPHORYLATION; PROTEOMICS; SIGNAL NOISE RATIO; STANDARD; ANIMAL; CHEMISTRY; MASS SPECTROMETRY; PHOSPHORYLATION;

ANIMALS; CELL MEMBRANE; FERRIC COMPOUNDS; LIVER; MAGNETICS; METAL NANOPARTICLES; MICE; PHOSPHOPEPTIDES; PHOSPHORYLATION; PROTEOME; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION;

EID: 44449123735     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr700655d     Document Type: Article

References (44)

1. Hunter, T. Cell 2000, 100, 113-127.
2. Hubbard, M. J.; Cohen, P. Trends Biochem. Sci. 1993, 18, 172-177.
3. Cohen, P. Nat. Cell Biol. 2002, 4, E127-130.
4. McLachlin, D. T.; Chait, B. T. Anal. Chem. 2003, 75, 6826-6836.
5. Oda, Y.; Nagasu, T.; Chait, B. T. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 379-382.
6. Ficarro, S. B.; McCleland, M. L.; Stukenberg, P. T.; Burke, D. J.; Ross, M. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; White, F. M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 301-305.
7. Yang, F.; Stenoien, D. L.; Strittmatter, E. F.; Wang, J. H.; Ding, L. H.; Lipton, M. S.; Monroe, M. E.; Nicora, C. D.; Gristenko, M. A.; Tang, K. Q.; Fang, R. H.; Adkins, J. N.; Camp, II. D. G.; Chen, D. J.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2006, 5, 1252-1260.
8. Stupak, J.; Liu, H. Z.; Wang, Z. P.; Brix, B. J.; Fliegel, L.; Li, L. J. Proteome Res. 2005, 4, 515-522.
9. Larsen, M. R.; Thingholm, T. E.; Jensen, O. N.; Roepstorff, P.; Jørgensen, T. J. D. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 873-886.
10. Pinkse, M. W. H.; Uitto, P. M.; Hilhorst, M. J.; Ooms, B.; Heck, A. J. R. Anal. Chem. 2004, 76, 3935-3943.
11. Kweon, H. K.; Håkansson, K. Anal. Chem. 2006, 78, 1743-1749.
12. Chen, C. T.; Chen, Y. C. Anal. Chem. 2005, 77, 5912-5919.
13. Tan, F.; Zhang, Y. J.; Wang, J. L.; Wei, J. Y.; Qin, P. B.; Cai, Y.; Qian, X. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007, 21, 2407-2414.
14. Zhou, H. J.; Xu, S. Y.; Ye, M. L.; Feng, S.; Pan, C. S.; Jiang, X. G.; Li, X.; Han, G. H.; Fu, Y.; Zou, H. F. J. Proteome Res. 2006, 5, 2431-2437.
15. Trinidad, J. C.; Specht, C. G.; Thalhammer, A.; Schoepfer, R.; Burlingame, A. L. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 914-922.
16. Nühse, T. S.; Stensballe, A.; Jensen, O. N.; Peck, S. C. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2, 1234-1243.
17. Dai, J.; Jin, W. H.; Sheng, Q. H.; Shieh, C. H.; Wu, J. R.; Zeng, R. J. Proteome Res. 2007, 6, 250-262.
18. Villén, J.; Beausoleil, S. A.; Gerber, S. A.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 1488-1493.
19. Nousiainen, M.; Silljé He, H. W.; Sauer, G.; Nigg, E. A.; Korner, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 5391-5396.
20. Beausoleil, S. A.; Jedrychowski, M.; Schwartz, D.; Elias, J. E.; Villén, J.; Li, J. X.; Cohn, M. A.; Cantley, L. C; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 12130-12135.
21. Olsen, J. V.; Blagoev, B.; Gnad, F.; Macek, B.; Kumar, C; Mortensen, P.; Mann, M. Cell 2006, 127, 635-648.
22. Kim, J. E.; Tannenbaum, S. R.; White, F. M. J. Proteome Res. 2005, 4, 1339-1346.
23. Lee, J.; Xu, Y. D.; Chen, Y.; Sprung, R.; Kim, S. C; Xie, S. H.; Zhao, Y. M. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 669-676.
24. Imanishi, S. Y.; Kochin, V.; Eriksson, J. E. Proteomics 2006, 7,174-176.
25. Moser, K.; White, F. M. J. Proteome Res. 2006, 5, 98-104.
26. Pan, C. S.; Ye, M. L.; Liu, Y. G.; Feng, S.; Jiang, X. G.; Han, G. H.; Zhu, J. J.; Zou, H. F. J. Proteome Res. 2006, 5, 3114-3124.
27. Feng, S.; Ye, M. L.; Zhou, H. J.; Jiang, X. G.; Jiang, X. N.; Zou, H. F.; Gong, B. L. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1656-1665.
28. Aprilita, N. H.; Huck, C. W.; Bakry, R.; Feuerstein, I.; Stecher, G.; Morandell, S.; Huang, H. L.; Stasyk, T.; Huber, L. A.; Bonn, G. K. J. Proteome Res. 2005, 4, 2312-2319.
29. Posewitz, M. C.; Tempst, P. Anal. Chem. 1999, 71, 2883-2892.
30. Ma, Z. Y.; Guan, Y. P.; Liu, H. Z. J. Magn. Magn. Mater. 2006, 301, 469-477.
31. Song, Y. P.; Hao, Y. W.; Sun, A. H.; Li, T.; Li, W. R.; Guo, L. K; Yan, Y. J.; Geng, C.; Chen, N.; Zhong, F.; Wei, H. D.; Jiang, Y.; He, F. C. Proteomics 2006, 6, 5269-5277.
32. Zhang, N.; Chen, R.; Young, N.; Wishart, D.; Winter, P.; Weiner, J. H.; Li, L. Proteomics 2007, 7, 484-493.
33. Blonder, J.; Goshe, M. B.; Moore, R. J.; Pasa-Tolic, L.; Masselon, C. D.; Lipton, M. S.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2002, 1, 351-360.
34. Wu, C. C.; Yates, J. R., III. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 262-267.
35. Beausoleil, S. A.; Villén, J.; Gerber, S. A.; Rush, J.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2006, 24, 1258-1292.
36. Harrison, A. G.; Young, A. B. J. Mass Spectrom. 2005, 40, 1173-1186.
37. Haller, I.; Mirza, U. A.; Chait, B. T. Atlanta, GA, 1997, p 611.
38. Obenauer, J. C.; Cantley, L. C; Yaffe, M. B. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3635-3641.
39. Kandel, E. S.; Hay, N. Exp. Cell Res. 1999, 253, 210-229.
40. Bi, K.; Altman, A. Semin. Immunol. 2001, 13, 139-146.
41. Lee, J. Y.; Moon, S. K.; Hwang, C. W.; Nam, K. S.; Kim, Y. K.; Yoon, H. D.; Kim, M. G.; Kim, C. H. J. Cell. Phys. 2005, 203, 493-500.
42. Tamai, I.; Ohashi, R.; Nezu Jun-ichi, S. Y.; Kobayashi, D.; Oku, A.; Shimane, M.; Tsuji, A. J. Biol. Chem. 2000, 275, 40064-0072.
43. Wu, X.; Huang, W.; Prasad, P. D.; Seth, P.; Rajan, D. P.; Leibach, F. H.; Chen, J. W.; Conway, S. J.; Ganapathy, V. J. Pharmacol. Exp. Ther. 1999, 290, 1482-1492.
44. Oh, S. W.; Pope, R. K.; Smith, K. P.; Crowley, J. L.; Nebl, T.; Lawrence, I. B.; Luna, E. J. J. Cell Sci. 2003, 116, 2261-2275.