Making it Possible: Constructing a Reliable Mechanism from a Finite Trajectory

Single Molecule Biophysics: Experiment and Theory

Volumn 146, Issue , 2011, Pages 367-393

  Flomenbom, Ophir ^a  

^a Flomenbom BPS   (Israel)

Author keywords

on off KSs and RD forms; On off trajectory; Reliable mechanism

Indexed keywords

FINITE TRAJECTORIES;

EID: 84893115048     PISSN: None     EISSN: None     Source Type: Book    
DOI: 10.1002/9781118131374.ch13     Document Type: Chapter

References (63)

1. E. Neher and B. Sakmanm, Nature (London) 260, 799 (1976).
2. J. J. Kasianowicz, E. Brandin, D. Branton, and D. W. Deamer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 13770 (1996).
3. L. Kullman, P. A. Gurnev, M. Winterhalter, and S. M. Bezrukov, Phys. Rev. Lett. 96, 038101 (2006).
4. W. E. Moerner and M. Orrit, Science 283, 1670 (1999).
5. S. Weiss, Science 283, 1676 (1999).
6. B. Schuler, E. A. Lipman, and W. A. Eaton, Nature (London) 419, 743 (2002).
7. H. Yang, G. Luo, P. Karnchanaphanurach, T. Louie, I. Rech, S. Cova, L. Xun, and X. S. Xie, Science 302, 262 (2003).
8. W. Min, G. Lou, B. J. Cherayil, S. C. Kou, and X. S. Xie, Phys. Rev. Lett. 94, 198302 (2005).
9. E. Rhoades, E. Gussakovsky, and G. Haran, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 3197 (2003).
10. X. Zhuang, H. Kim, M. J. B. Pereira, H. P. Babcock, N. G. Walter, and S. Chu, Science 296, 1473 (2002).
11. H. P. Lu, L. Xun, andX. S. Xie, Science 282, 1877 (1998).
12. L. Edman, Z. Földes-Papp, S. Wennmalm, and R. Rigler, Chem. Phys. 247, 11 (1999).
13. K. Velonia, O. Flomenbom, D. Loos, S. Masuo, M. Cotlet, Y. Engelborghs, J. Hofkens, A. E. Rowan, J. Klafter, and R. J. M. Nolte, Angew. Chem. Int. Ed. 44, 560 (2005).
14. O. Flomenbom, K. Velonia, D. Loos, D., et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102, 2368 (2005).
15. O. Flomenbom, et al. Chem. Phys. Lett. 432, 371 (2006).
16. B.P. English, W. Min, A. M. van Oijen, K. T. Lee, G. Luo, H. Sun, B. J. Cherayil, S. C. Kou, and X. S. Xie., Nat. Chem. Biol. 2, 87 (2006).
17. R. J. Davenport, G. J. L. Wuite, R. Landick, and C. Bustamante, Science 287, 2497 (2000).
18. S. Nie, D. T. Chiu, and R. N. Zare, Science 266, 1018 (1994).
19. R. Shusterman, S. Alon, T. Gavrinyov, and O. Krichevsky, Phys. Rev. Lett. 92, 048303-1 (2004).
20. Zumofen, G., J. Hohlbein, and C. G. Hübner, Phys. Rev. Lett. 93, 260601-1 (2004).
21. A. E. Cohen and W. E. Moerner, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 103, 4362 (2006).
22. R. M. Dickson, A. B. Cubitt, R. Y. Tsien, and W. E. Moerner, Nature (London) 388, 355 (1997).
23. I. Chung and M. G. Bawendi, Phys. Rev. B. 70, 165304-1 (2004).
24. E. Barkai, Y. Jung, and R. Silbey, Annu. Rev. Phys. Chem. 55, 457 (2004).
25. J. Tang and R. A. Marcus, J. Chem. Phys. 123, 204511 (2005).
26. R. Horn and K. Lange, Biophys. J. 43, 207 (1983).
27. F. Q. A. Auerbach, and F. Sachs, Biophys. J. 79, 1915 (2000).
28. F. G. Ball and M. S. P. Sansom, Proc. R. Soc. London B 236, 385 (1989).
29. O. Flomenbom, J. Klafter, and A. Szabo, Biophys. J. 88, 3780 (2005).
30. O. Flomenbom and J. Klafter, Acta Phys. Pol B 36, 1527 (2005).
31. O. Flomenbom and J. Klafter, J. Chem. Phys. 123, 064903 (2005).
32. J. B. Witkoskie and J. Cao, J. Chem. Phys. 121, 6361 (2004).
33. W. J. Bruno, J. Yang, and J. Pearson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 6326 (2005).
34. O. Flomenbom and R. J. Silbey, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103, 10907 (2006).
35. O. Flomenbom and R. J. Silbey, Phys. Rev. E 78, 066105 (2008).
36. R. J. Bauer, B. F. Bowman, and J. L. Kenyon, Biophys. J. 52, 961 (1987).
37. P. Kienker, Proc. R. Soc. London B. 236, 269 (1989).
38. D. R. Fredkin and J. A. Rice, J. Appl. Prob. 23, 208 (1986).
39. D. Colquhoun and A. G. Hawkes, Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 300: 1 (1982).
40. J. Cao, Chem. Phys. Lett. 327, 38 (2000).
41. L. Song and K. L. Magleby, Biophys. J. 67, 91 (1994).
42. M. O. Vlad, F. Moran, F. W. Schneider, and J. Ross, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99, 12548 (2002).
43. S. Yang and J. Cao, J. Chem. Phys. 117, 10996 (2002).
44. N. Agmon, J. Phys. Chem. B 104, 7830 (2000).
45. I. V. Gopich and A. Szabo, J. Chem. Phys. 124, 154712 (2006).
46. H. Qian and E. L. Elson, Biophys. Chem. 101, 565 (2002).
47. S. C. Kou, B. J. Cherayil, W. Min, B. P. English, and X. S. Xie, J. Phys. Chem. B 109, 19068 (2005).
48. Y. Kafri, D. K. Lubensky, and D. R. Nelson, Biophys. J. 86, 3373 (2004).
49. J. Y. Sung and R. J. Silbey, Chem. Phys. Lett. 415, 10 (2005).
50. O. Flomenbom and J. Klamter, Phys. Rev. E 68, 041910 (2003).
51. O. Flomenbom and J. Klamter, Biophys. J. 86, 3576-3584 (2004).
52. J. W. Shaevitz, S. M. Block, and M. J. Schnitzer, Biophys. J. 89, 2277 (2005).
53. V. Barsegov and D. Thirumalai, Phys. Rev. Lett. 95, 168302 (2005).
54. F. Sanda and S. Mukamel, J. Chem. Phys. 124, 124103-1 (2006).
55. P. Allegrini, G. Aquino, P. Grigolini, L. Palatella, and A. Rosa, Phys. Rev. E 68, 056123-1 (2003).
56. A. B. Kolomeisky and M. E. Fisher, J. Chem. Phys. 113, 10867 (2000).
57. I. Goychuk and P. Hänggi, Phys. Rev. E 70, 051915 (2004).
58. O. Flomenbom and J. Klafter. Phys. Rev. Lett. 95, 098105-1 (2005).
59. O. Flomenbom, Phys. Lett. A 373, 1405-1408 (2009).
60. L. Onsager, Phys. Rev. 38, 2265 (1931).
61. D. T. Gillespie, J. Comput. Phys. 22, 403 (1976).
62. E. Yeramian and P. Claverie, Nature (London) 326, 169 (1987).
63. D. R. Cox and D. V. Hinkley. Theoretical Statistics, USA: Chapman & Hall/CRC, New York, 1974.