Single molecule kinetics. I. Theoretical analysis of indicators

Journal of Chemical Physics

Volumn 121, Issue 13, 2004, Pages 6361-6372

  Witkoskie, James B ^a   Cao, Jianshu ^a  

^a MASSACHUSETTS INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOMOLECULES; POISSON KINETICS; SINGLE MOLECULE KINETICS; STOCHASTIC FLUCTUATIONS;

CHROMOPHORES; MATHEMATICAL MODELS; MATHEMATICAL TRANSFORMATIONS; PHOTONS; RELAXATION PROCESSES; STATISTICS;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 7044253170     PISSN: 00219606     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1063/1.1785783     Document Type: Article

References (40)

1. W. E. Moerner, J. Phys. Chem. B 106, 910 (2002).
2. W. E. Moerner and M. Orrit, Science 283, 1670 (1999).
3. H. P. Lu, L. Y. Xun, and X. S. Xie, Science 282, 1877 (1998).
4. X. S. Xie and J. K. Trautman, Annu. Rev. Phys. Chem. 49, 441 (1998).
5. H. Yang, G. Luo, P. Karnchanaphanurach, T. M. Louie, I. Rech, S. Cova, L. Xun, and X. S. Xie, Science 302, 262 (2003).
6. L. Edrnan, U. Mets, and R. Rigler, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93, 6710 (1996).
7. Y. Jia, A. Sytnik, L. Li, S. Vladimirov, B. S. Cooperman, and R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94, 7932 (1997).
8. S. Nie and R. Zare, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 26, 567 (1997).
9. T. Ha, X. W. Zhuang, H. D. K. J. W. Orr, J. R. Williamson, and S. Chu, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96, 9077 (1999).
10. X. W. Zhuang, L. E. Bartley, H. P. Babcock, R. Russell, T. J. Ha, D. Herschlag, and S. Chu, Science 288, 2048 (2000).
11. R. J. Davenport, G. J. L. Wuite, R. Landick, and C. Bustamante, Science 287, 2497 (2000).
12. S. Weiss, Nat. Struct. Biol. 7, 724 (2000).
13. Z. Xie, N. Srividya, T. R. Sosnick, T. Pan, and N. F. Scherer, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101, 334 (2004).
14. Z. Xie, X. Fang, T. R. Sosnick, T. Pan, and N. F. Scherer, Biochemistry 40, 100 (2001).
15. M. Ishikawa, I. Y. Ye, Y. Maruyama, and H. Nakatsuka, J. Phys. Chem. A 103, 4319 (1999).
16. J. Y. Ye, Y. Yamane, M. Yamauchi, H. Nakatsuka, and M. Ishikawa, Chem. Phys. Lett. 320, 607 (2000).
17. L. A. Desehenes and D. A. V. Bout, Science 292, 255 (2001).
18. J. Wang and P. Wolynes, Phys. Rev. Lett. 74, 4317 (1995).
19. J. N. Onuchic, J. Wang, and P. Wolynes, Chem. Phys. 247, 175 (1999).
20. C. L. Bai, C. Wang, X. S. Xie, and P. G. Wolynes, Proc. Natl. Acad, Sci. U.S.A. 96, 1175 (1999).
21. E. Geva and J. L. Skinner, Chem. Phys. Lett. 288, 225 (1998).
22. A. M. Berezhkovskii, A. Szabo, and G. H. Weiss, J. Phys. Chem. B 104, 3776 (2000).
23. I.V. Gopich and A. Szabo, J. Chem. Phys. 118, 454 (2003).
24. H. Yang and X. S. Xie, Chem. Phys. 284, 423 (2002).
25. X. S. Xie, J. Chem. Phys. 117, 11024 (2002).
26. J. S. Cao, Chem. Phys. Lett. 327, 38 (2000).
27. S. L. Yang and J. S. Cao, J. Phys. Chem. B 105, 6536 (2001).
28. S. L. Yang and J. S. Cao, J. Phys. Chem. B 117, 10996 (2002).
29. F. L. H. Brown, Phys. Rev. Lett. 90, 028302 (2003).
30. E. Barkai, Y. Jung, and R. J. Silbey, Phys. Rev. Lett. 87, 207403 (2001).
31. V. Chemyak, M. Schulz, and S. Mukamel, J. Chem. Phys. 111, 7416 (1999).
32. V. Barsegov, V. Chernyak, and S. Mukamel, J. Chem. Phys. 116, 4240 (2002).
33. J. B. Witkoskie and J. S. Cao, J. Chem. Phys. 121, 6373 (2004), following paper.
34. F. G. Ball and J. A. Rice, Math. Biosci. 112, 189 (1992), and references within.
35. I. Goychuk and P. Hanggi, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 3552 (2002).
36. A. M. Berezhkovskii, A. Szabo, and G. H. Weiss, J. Chem. Phys. 110, 9145 (1999).
37. M. Wagner and J. Timmer, Biophys. J. 79, 2918 (2000).
38. J. Wang and P. Wolynes, Phys. Rev. Lett. 74, 4317 (1995).
39. R. Verberk and M. Orrit, J. Chem. Phys. 119, 2214 (2003).
40. D. R. Fredkin and J. A. Rice, J. Appl. Probab. 23, 208 (1986).