Systematic investigations of different cytosine modifications on CpG dinucleotide sequences: The effects on the B-Z transition

Journal of the American Chemical Society

Volumn 136, Issue 1, 2014, Pages 56-59

  Wang, Shaoru ^a   Long, Yuelin ^a   Wang, Jiaqi ^a   Ge, Yushu ^a   Guo, Pu ^a   Liu, Yi ^a   Tian, Tian ^a   Zhou, Xiang ^a,b  

^a WUHAN UNIVERSITY   (China)

^b PEKING UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DINUCLEOTIDES; EPIGENETIC MODIFICATION;

CHEMISTRY; SYNTHESIS (CHEMICAL);

NUCLEOTIDES;

CPG DINUCLEOTIDE; CYTOSINE; DINUCLEOTIDE; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; CHEMICAL MODIFICATION; EPIGENETICS; OXIDATION; REDUCTION; REGULATORY MECHANISM;

CIRCULAR DICHROISM; CYTOSINE; DINUCLEOSIDE PHOSPHATES; DNA; EPIGENOMICS; HUMANS; MOLECULAR STRUCTURE; OXIDATION-REDUCTION;

EID: 84892158179     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja4107012     Document Type: Article

References (37)

1. Mitsui, Y.; Langridge, R.; Shortle, B. E.; Cantor, C. R.; Grant, R. C.; Kodama, M.; Wells, R. D. Nature 1970, 228, 1166
2. Wang, A. H.; Quigley, G. J.; Kolpak, F. J.; Crawford, J. L.; van Boom, J. H.; van der Marel, G.; Rich, A. Nature 1979, 282, 680
3. Drew, H.; Takano, T.; Tanaka, S.; Itakura, K.; Dickerson, R. E. Nature 1980, 286, 567
4. Callahan, L.; Han, F. S.; Watt, W.; Duchamp, D.; Kezdy, F. J.; Agarwal, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 1617
5. Herbert, A.; Alfken, J.; Kim, Y. G.; Mian, I. S.; Nishikura, K.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 8421
6. Rich, A.; Zhang, S. Nat. Rev. Genet. 2003, 4, 566
7. Kim, Y. G.; Muralinath, M.; Brandt, T.; Pearcy, M.; Hauns, K.; Lowenhaupt, K.; Jacobs, B. L.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 6974
8. Champ, P. C.; Maurice, S.; Vargason, J. M.; Camp, T.; Ho, P. S. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 6501
9. Thomas, M. J.; Freeland, T. M.; Strobl, J. S. Mol. Cell. Biol. 1990, 10, 5378
10. Maruyama, A.; Mimura, J.; Harada, N.; Itoh, K. Nucleic Acids Res. 2013, 41, 5223
11. Temiz, N. A.; Donohue, D. E.; Bacolla, A.; Luke, B. T.; Collins, J. R. PLoS One 2012, 7, e35558
12. Kim, Y. G.; Lowenhaupt, K.; Oh, D. B.; Kim, K. K.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 1514
13. Dodge, J. E.; Ramsahoye, B. H.; Wo, Z. G.; Okano, M.; Li, E. Gene 2002, 289, 41
14. Okano, M.; Bell, D. W.; Haber, D. A.; Li, E. Cell 1999, 99, 247
15. Feng, J.; Zhou, Y.; Campbell, S. L.; Le, T.; Li, E.; Sweatt, J. D.; Silva, A. J.; Fan, G. Nat. Neurosci. 2010, 13, 423
16. Klysik, J.; Stirdivant, S. M.; Singleton, C. K.; Zacharias, W.; Wells, R. D. J. Mol. Biol. 1983, 168, 51
17. Evison, B. J.; Bilardi, R. A.; Chiu, F. C.; Pezzoni, G.; Phillips, D. R.; Cutts, S. M. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 6355
18. Tahiliani, M.; Koh, K. P.; Shen, Y.; Pastor, W. A.; Bandukwala, H.; Brudno, Y.; Agarwal, S.; Iyer, L. M.; Liu, D. R.; Aravind, L.; Rao, A. Science 2009, 324, 930
19. Ito, S.; D'Alessio, A. C.; Taranova, O. V.; Hong, K.; Sowers, L. C.; Zhang, Y. Nature 2010, 466, 1129
20. Ito, S.; Shen, L.; Dai, Q.; Wu, S. C.; Collins, L. B.; Swenberg, J. A.; He, C.; Zhang, Y. Science 2011, 333, 1300
21. He, Y. F.; Li, B. Z.; Li, Z.; Liu, P.; Wang, Y.; Tang, Q.; Ding, J.; Jia, Y.; Chen, Z.; Li, L.; Sun, Y.; Li, X.; Dai, Q.; Song, C. X.; Zhang, K.; He, C.; Xu, G. L. Science 2011, 333, 1303
22. Pfaffeneder, T.; Hackner, B.; Truss, M.; Munzel, M.; Muller, M.; Deiml, C. A.; Hagemeier, C.; Carell, T. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2011, 50, 7008
23. Wells, R. D.; Larson, J. E.; Grant, R. C.; Shortle, B. E.; Cantor, C. R. J. Mol. Biol. 1970, 54, 465
24. Behe, M.; Felsenfeld, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1981, 78, 1619
25. Song, C. X.; Szulwach, K. E.; Fu, Y.; Dai, Q.; Yi, C.; Li, X.; Li, Y.; Chen, C. H.; Zhang, W.; Jian, X.; Wang, J.; Zhang, L.; Looney, T. J.; Zhang, B.; Godley, L. A.; Hicks, L. M.; Lahn, B. T.; Jin, P.; He, C. Nat. Biotechnol. 2011, 29, 68
26. Pohl, F. M.; Jovin, T. M. J. Mol. Biol. 1972, 67, 375
27. Xu, Y.; Ikeda, R.; Sugiyama, H. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13519
28. Kypr, J.; Kejnovska, I.; Renciuk, D.; Vorlickova, M. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 1713
29. Franchini, D. M.; Schmitz, K. M.; Petersen-Mahrt, S. K. Annu. Rev. Genet. 2012, 46, 419
30. Song, C. X.; Szulwach, K. E.; Dai, Q.; Fu, Y.; Mao, S. Q.; Lin, L.; Street, C.; Li, Y.; Poidevin, M.; Wu, H.; Gao, J.; Liu, P.; Li, L.; Xu, G. L.; Jin, P.; He, C. Cell 2013, 153, 678
31. Booth, M. J.; Branco, M. R.; Ficz, G.; Oxley, D.; Krueger, F.; Reik, W.; Balasubramanian, S. Science 2012, 336, 934
32. Sugiyama, H.; Kawai, K.; Matsunaga, A.; Fujimoto, K.; Saito, I.; Robinson, H.; Wang, A. H. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 1272
33. Munzel, M.; Lischke, U.; Stathis, D.; Pfaffeneder, T.; Gnerlich, F. A.; Deiml, C. A.; Koch, S. C.; Karaghiosoff, K.; Carell, T. Chemistry 2011, 17, 13782
34. Hashimoto, H.; Hong, S.; Bhagwat, A. S.; Zhang, X.; Cheng, X. Nucleic Acids Res. 2012, 40, 10203
35. Hu, J.; Chen, Y.; Xu, X.; Wu, F.; Xing, X.; Xu, Z.; Xu, J.; Weng, X.; Zhou, X. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2013, DOI: 10.1016/j.bmcl.2013.11.017
36. Leonard, G. A.; McAuley-Hecht, K.; Brown, T.; Hunter, W. N. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 1995, 51, 136
37. Oh, D. B.; Kim, Y. G.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16666