The influence of heme ruffling on spin densities in ferricytochromes c probed by heme core 13C NMR

Inorganic Chemistry

Volumn 52, Issue 22, 2013, Pages 12933-12946

  Kleingardner, Jesse G ^a   Bowman, Sarah E J ^a   Bren, Kara L ^a  

^a UNIVERSITY OF ROCHESTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CYTOCHROME C; HEME;

ARTICLE; BACTERIUM; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ELECTRON SPIN RESONANCE; ENZYMOLOGY; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PSEUDOMONAS AERUGINOSA;

BACTERIA; CYTOCHROMES C; ELECTRON SPIN RESONANCE SPECTROSCOPY; HEME; MODELS, MOLECULAR; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; PSEUDOMONAS AERUGINOSA;

EID: 84888093272     PISSN: 00201669     EISSN: 1520510X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ic401250d     Document Type: Article

References (76)

1. Shelnutt, J. A.; Song, X. Z.; Ma, J. G.; Jia, S. L.; Jentzen, W.; Medforth, C. J. Chem. Soc. Rev. 1998, 27, 31-41
2. Jentzen, W.; Song, X. Z.; Shelnutt, J. A. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 1684-1699
3. Jentzen, W.; Ma, J. G.; Shelnutt, J. A. Biophys. J. 1998, 74, 753-763
4. Howes, B. D.; Brissett, N. C.; Doyle, W. A.; Smith, A. T.; Smulevich, G. FEBS J. 2005, 272, 5514-5521
5. Liptak, M. D.; Wen, X.; Bren, K. L. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 9753-9763
6. Hagarman, A.; Duitch, L.; Schweitzer-Stenner, R. Biochemistry 2008, 47, 9667-9677
7. Gruia, F.; Kubo, M.; Ye, X.; Ionascu, D.; Lu, C.; Poole, R. K.; Yeh, S. R.; Champion, P. M. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 5231-5244
8. Bowman, S. E. J.; Bren, K. L. Nat. Prod. Rep. 2008, 25, 1118-1130
9. Shokhireva, T. K.; Berry, R. E.; Uno, E.; Balfour, C. A.; Zhang, H. J.; Walker, F. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 3778-3783
10. Roberts, S. A.; Weichsel, A.; Qiu, Y.; Shelnutt, J. A.; Walker, F. A.; Montfort, W. R. Biochemistry 2001, 40, 11327-11337
11. Olea, C.; Boon, E. M.; Pellicena, P.; Kuriyan, J.; Marletta, M. A. ACS Chem. Biol. 2008, 3, 703-710
12. Maes, E. M.; Roberts, S. A.; Weichsel, A.; Montfort, W. R. Biochemistry 2005, 44, 12690-12699
13. Fernandez, M. L.; Estrin, D. A.; Bari, S. E. J. Inorg. Biochem. 2008, 102, 1523-1530
14. Caignan, G. A.; Deshmukh, R.; Zeng, Y. H.; Wilks, A.; Bunce, R. A.; Rivera, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 11842-11852
15. Ukpabi, G.; Takayama, S.-i. J.; Mauk, A. G.; Murphy, M. E. P. J. Biol. Chem. 2012, 287, 34179-34188
16. Nambu, S.; Matsui, T.; Goulding, C. W.; Takahashi, S.; Ikeda-Saito, M. J. Biol. Chem. 2013, 288, 10101-10109
17. Matsui, T.; Nambu, S.; Ono, Y.; Goulding, C. W.; Tsurnoto, K.; Ikeda-Saito, M. Biochemistry 2013, 52, 3025-3027
18. Singh, R.; Berry, R. E.; Yang, F.; Zhang, H. J.; Walker, F. A.; Ivancich, A. Biochemistry 2010, 49, 8857-8872
19. Van Doorslaer, S.; Tilleman, L.; Verrept, B.; Desmet, F.; Maurelli, S.; Trandafir, F.; Moens, L.; Dewilde, S. Inorg. Chem. 2012, 51, 8834-8841
20. Lu, H.; Zhang, X. P. Chem. Soc. Rev. 2011, 40, 1899-1909
21. Honda, T.; Kojima, T.; Fukuzumi, S. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 4196-4206
22. Caselli, A.; Gallo, E.; Ragaini, F.; Ricatto, F.; Abbiati, G.; Cenini, S. Inorg. Chim. Acta 2006, 359, 2924-2932
23. Gazeau, S.; Pecaut, J.; Haddad, R.; Shelnutt, J. A.; Marchon, J. C. Eur. J. Inorg. Chem. 2002, 2956-2960
24. Grinstaff, M. W.; Hill, M. G.; Birnbaum, E. R.; Schaefer, W. P.; Labinger, J. A.; Gray, H. B. Inorg. Chem. 1995, 34, 4896-4902
25. Li, X. Y.; Czernuszewicz, R. S.; Kincaid, J. R.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 7012-7023
26. Schweitzer-Stenner, R. J. Porphyrins Phthalocyanines 2001, 5, 198-224
27. Zhu, L. Y.; Zhong, G.; Unno, M.; Sligar, S. G.; Champion, P. M. Biospectroscopy 1996, 2, 301-309
28. Shokhireva, T. K.; Weichsel, A.; Smith, K. M.; Berry, R. E.; Shokhirev, N. V.; Balfour, C. A.; Zhang, H.; Montfort, W. R.; Walker, F. A. Inorg. Chem. 2007, 46, 2041-2056
29. Shokhirev, N. V.; Walker, F. A. J. Biol. Inorg. Chem. 1998, 3, 581-594
30. Shokhireva, T. K.; Shokhirev, N. V.; Walker, F. A. Biochemistry 2003, 42, 679-693
31. Walker, F. A. J. Biol. Inorg. Chem. 2006, 11, 391-397
32. Zhong, L.; Wen, X.; Rabinowitz, T. M.; Russell, B. S.; Karan, E. F.; Bren, K. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 8637-8642
33. Banci, L.; Bertini, I.; Luchinat, C.; Pierattelli, R.; Shokhirev, N. V.; Walker, F. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8472-8479
34. Can, M.; Zoppellaro, G.; Andersson, K. K.; Bren, K. L. Inorg. Chem. 2011, 50, 12018-12024
35. Shokhireva, T. K.; Shokhirev, N. V.; Berry, R. E.; Zhang, H. J.; Walker, F. A. J. Biol. Inorg. Chem. 2008, 13, 941-959
36. Zoppellaro, G.; Harbitz, E.; Kaur, R.; Ensign, A. A.; Bren, K. L.; Andersson, K. K. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 15348-15360
37. Walker, F. A. Inorg. Chem. 2003, 42, 4526-4544
38. Rivera, M.; Caignan, G. A. Anal. Bioanal. Chem. 2004, 378, 1464-1483
39. Goff, H. M. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 3714-3722
40. Wang, W.; Ye, X.; Demidov, A. A.; Rosca, F.; Sjodin, T.; Cao, W. X.; Sheeran, M.; Champion, P. M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 10789-10801
41. Hobbs, J. D.; Shelnutt, J. A. J. Protein Chem. 1995, 14, 19-25
42. Matsuura, Y.; Takano, T.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1982, 156, 389-409
43. Borgia, A.; Bonivento, D.; Travaglini-Allocatelli, C.; Di Matteo, A.; Brunori, M. J. Biol. Chem. 2006, 281, 9331-9336
44. Karan, E. F.; Russell, B. S.; Bren, K. L. J. Biol. Inorg. Chem. 2002, 7, 260-272
45. Michel, L. V.; Ye, T.; Bowman, S. E. J.; Levin, B. D.; Hahn, M. A.; Russell, B. S.; Elliott, S. J.; Bren, K. L. Biochemistry 2007, 46, 11753-11760
46. Russell, B. S.; Zhong, L.; Bigotti, M. G.; Cutruzzolà, F.; Bren, K. L. J. Biol. Inorg. Chem. 2003, 8, 156-166
47. Arslan, E.; Schulz, H.; Zufferey, R.; Kunzler, P.; Thöny-Meyer, L. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1998, 251, 744-747
48. Rivera, M.; Walker, F. A. Anal. Biochem. 1995, 230, 295-302
49. Wang, J. J.; Scott, A. I. Tetrahedron Lett. 1997, 38, 739-740
50. Horio, T.; Higashi, T.; Sasagawa, M.; Kusai, K.; Nakai, M.; Okunuki, K. Biochem. J. 1960, 77, 194-201
51. Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G. W.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1995, 6, 277-293
52. Chen, V. B.; Arendall, W. B., III; Headd, J. J.; Keedy, D. A.; Immormino, R. M.; Kapral, G. J.; Murray, L. W.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2010, 66, 12-21
53. Emerson, S. D.; La Mar, G. N. Biochemistry 1990, 29, 1556-1566
54. Takayama, S. J.; Takahashi, Y.; Mikami, S.; Irie, K.; Kawano, S.; Yamamoto, Y.; Hemmi, H.; Kitahara, R.; Yokoyama, S.; Akasaka, K. Biochemistry 2007, 46, 9215-9224
55. Travaglini-Allocatelli, C.; Gianni, S.; Dubey, V. K.; Borgia, A.; Di Matteo, A.; Bonivento, D.; Cutruzzolà, F.; Bren, K. L.; Brunori, M. J. Biol. Chem. 2005, 280, 25729-25734
56. Timkovich, R.; Cai, M. L.; Zhang, B. L.; Arciero, D. M.; Hooper, A. B. Eur. J. Biochem. 1994, 226, 159-168
57. Timkovich, R. Inorg. Chem. 1991, 30, 37-42
58. Bowman, S. E. J.; Bren, K. L. Inorg. Chem. 2010, 49, 7890-7897
59. Walker, F. A. Coord. Chem. Rev. 1999, 186, 471-534
60. Kurland, R. J.; McGarvey, B. R. J. Magn. Reson. 1970, 2, 286-301
61. Jesson, J. P. In NMR of Paramagnetic Molecules; La Mar, G. N.; Horrocks, W. D., Jr.; Holm, R. H., Eds.; Academic Press: New York, 1973.
62. Turner, D. L. Eur. J. Biochem. 1993, 211, 563-568
63. Karplus, M.; Fraenkel, G. K. J. Chem. Phys. 1961, 35, 1312-1323
64. Ikeue, T.; Ohgo, Y.; Saitoh, T.; Nakamura, M.; Fujii, H.; Yokoyama, M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4068-4076
65. Niibori, Y.; Ikezaki, A.; Nakamura, M. Inorg. Chem. Commun. 2011, 14, 1469-1474
66. Rivera, M.; Qiu, F.; Bunce, R. A.; Stark, R. E. J. Biol. Inorg. Chem. 1999, 4, 87-98
67. Nakamura, M. Coord. Chem. Rev. 2006, 250, 2271-2294
68. Johansson, M. P.; Sundholm, D.; Gerfen, G.; Wikstrom, M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11771-11780
69. Scholes, C. P.; Falkowski, K. M.; Chen, S.; Bank, J. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 1660-1671
70. Magliozzo, R. S.; Peisach, J. Biochemistry 1992, 31, 189-199
71. Garcia-Rubio, I.; Mitrikas, G. J. Biol. Inorg. Chem. 2010, 15, 929-941
72. Shokhirev, N. V., 2009; downloaded from www.shokhirev.com.
73. Horrocks, W. D.; Greenberg, E. S. Biochim. Biophys. Acta 1973, 322, 38-44
74. Banci, L.; Bertini, I.; Turano, P.; Tien, M.; Kirk, T. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 6956-6960
75. Das, P. K.; Chatterjee, S.; Samanta, S.; Dey, A. Inorg. Chem. 2012, 51, 10704-10714
76. Takayama, S. J.; Irie, K.; Tai, H. L.; Kawahara, T.; Hirota, S.; Takabe, T.; Alcaraz, L. A.; Donaire, A.; Yamamoto, Y. J. Biol. Inorg. Chem. 2009, 14, 821-828