Structure and dynamics of full-length hiv-1 capsid protein in solution

Journal of the American Chemical Society

Volumn 135, Issue 43, 2013, Pages 16133-16147

  Deshmukh, Lalit ^a   Schwieters, Charles D ^b   Grishaev, Alexander ^a   Ghirlando, Rodolfo ^a   Baber, James L ^a   Clore, G Marius ^a  

^a NATIONAL INSTITUTE OF DIABETES AND DIGESTIVE AND KIDNEY DISEASES   (United States)

^b NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTATIONAL FRAMEWORK; CONFORMATIONAL SELECTION; POSITIONAL DISTRIBUTION; QUANTITATIVE DESCRIPTION; RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS; SINGLE CONFIGURATION; STRUCTURAL CHARACTERIZATION; STRUCTURE AND DYNAMICS;

DIMERS; PROTEINS; SIMULATED ANNEALING;

PLANTS (BOTANY);

CAPSID PROTEIN; DIMER; MONOMER;

AMINO TERMINAL SEQUENCE; ARTICLE; CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; CONCEPTUAL FRAMEWORK; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; NONHUMAN; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; OLIGOMERIZATION; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN STRUCTURE; RADIATION SCATTERING;

ALGORITHMS; CAPSID; CAPSID PROTEINS; HIV-1; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; SCATTERING, RADIATION; SOLUTIONS; ULTRACENTRIFUGATION; X-RAYS;

EID: 84887098014     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja406246z     Document Type: Article

References (60)

1. Hanke, T.; McMichael, A. J. Eur. J. Immunol. 2011, 41, 3390-3393
2. Dahirel, V.; Shekhar, K.; Pereyra, F.; Miura, T.; Artyomov, M.; Talsania, S.; Allen, T. M.; Altfeld, M.; Carrington, M.; Irvine, D. J.; Walker, B. D.; Chakraborty, A. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 11530-11535
3. Yeager, M. J. Mol. Biol. 2011, 410, 534-552
4. Zhao, G.; Perilla, J. R.; Yufenyuy, E. L.; Meng, X.; Chen, B.; Ning, J.; Ahn, J.; Gronenborn, A. M.; Schulten, K.; Aiken, C.; Zhang, P. Nature 2013, 497, 643-646
5. Ganser, B. K.; Li, S.; Klishko, V. Y.; Finch, J. T.; Sundquist, W. I. Science 1999, 283, 80-83
6. Ganser-Pornillos, B. K.; von Schwedler, U. K.; Stray, K. M.; Aiken, C.; Sundquist, W. I. J. Virol. 2004, 78, 2545-2552
7. Pornillos, O.; Ganser-Pornillos, B. K.; Yeager, M. Nature 2011, 469, 424-427
8. Borsetti, A.; Ohagen, A.; Gottlinger, H. G. J. Virol. 1998, 72, 9313-9317
9. Accola, M. A.; Strack, B.; Gottlinger, H. G. J. Virol. 2000, 74, 5395-5402
10. Du, S.; Betts, L.; Yang, R.; Shi, H.; Concel, J.; Ahn, J.; Aiken, C.; Zhang, P.; Yeh, J. I. J. Mol. Biol. 2011, 406, 371-386
11. Pornillos, O.; Ganser-Pornillos, B. K.; Kelly, B. N.; Hua, Y.; Whitby, F. G.; Stout, C. D.; Sundquist, W. I.; Hill, C. P.; Yeager, M. Cell 2009, 137, 1282-1292
12. Monaco-Malbet, S.; Berthet-Colominas, C.; Novelli, A.; Battai, N.; Piga, N.; Cheynet, V.; Mallet, F.; Cusack, S. Structure 2000, 8, 1069-1077
13. Shin, R.; Tzou, Y. M.; Krishna, N. R. Biochemistry 2011, 50, 9457-9467
14. Gitti, R. K.; Lee, B. M.; Walker, J.; Summers, M. F.; Yoo, S.; Sundquist, W. I. Science 1996, 273, 231-235
15. Gamble, T. R.; Yoo, S.; Vajdos, F. F.; von Schwedler, U. K.; Worthylake, D. K.; Wang, H.; McCutcheon, J. P.; Sundquist, W. I.; Hill, C. P. Science 1997, 278, 849-853
16. Worthylake, D. K.; Wang, H.; Yoo, S.; Sundquist, W. I.; Hill, C. P. Acta Crystallogr.: Sect. D 1999, 55, 85-92
17. Byeon, I. J.; Meng, X.; Jung, J.; Zhao, G.; Yang, R.; Ahn, J.; Shi, J.; Concel, J.; Aiken, C.; Zhang, P.; Gronenborn, A. M. Cell 2009, 139, 780-790
18. Zweckstetter, M.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3791-3792
19. Huang, J. R.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 694-705
20. Schwieters, C. D.; Suh, J. Y.; Grishaev, A.; Ghirlando, R.; Takayama, Y.; Clore, G. M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 13026-13045
21. Takayama, Y.; Schwieters, C. D.; Grishaev, A.; Ghirlando, R.; Clore, G. M. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 424-427
22. Schuck, P. Biophys. J. 2000, 78, 1606-1619
23. Zhao, H.; Ghirlando, R.; Piszczek, G.; Curth, U.; Brautigam, C. A.; Schuck, P. Anal. Biochem. 2013, 437, 104-108
24. Cole, J. L.; Lary, J. W.; Moody, T. P.; Laue, T. M. Methods Cell Biol. 2008, 84, 143-179
25. Brautigam, C. A. Methods 2011, 54, 4-15
26. Schuck, P. Anal. Biochem. 2003, 320, 104-124
27. Zhao, H.; Brown, P. H.; Schuck, P. Biophys. J. 2011, 100, 2309-2317
28. Ghirlando, R. Methods 2011, 54, 145-156
29. Johnson, M. L.; Straume, M. In Modern Analytical Ultracentifugation; Schuster, T. M.; Laue, T. M., Eds.; Birkhaüser: Boston, 1994; pp 37-65.
30. Clore, G. M.; Starich, M. R.; Gronenborn, A. M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 10571-10572
31. Hansen, M. R.; Mueller, L.; Pardi, A. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 1065-1074
32. King, V.; Parker, M.; Howard, K. P. J. Magn. Reson. 2000, 142, 177-182
33. Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G. W.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1995, 6, 277-293
34. Vranken, W. F.; Boucher, W.; Stevens, T. J.; Fogh, R. H.; Pajon, A.; Llinas, M.; Ulrich, E. L.; Markley, J. L.; Ionides, J.; Laue, E. D. Proteins 2005, 59, 687-696
35. Riek, R.; Pervushin, K.; Wuthrich, K. Trends Biochem. Sci. 2000, 25, 462-468
36. Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. Trends Biotech. 1998, 16, 22-34
37. Fitzkee, N. C.; Bax, A. J. Biomol. NMR 2010, 48, 65-70
38. Schwieters, C. D.; Kuszewski, J. J.; Clore, G. M. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2006, 48, 47-62
39. Lakomek, N. A.; Ying, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 2012, 53, 209-221
40. Schwieters, C. D.; Kuszewski, J. J.; Tjandra, N.; Clore, G. M. J. Magn. Reson. 2003, 160, 65-73
41. Nilges, M. Proteins 1993, 17, 297-309
42. Hendrickson, W. A. Methods Enzymol. 1985, 115, 252-270
43. Bermejo, G. A.; Clore, G. M.; Schwieters, C. D. Protein Sci. 2012, 21, 1824-1836
44. Ryabov, Y.; Suh, J. Y.; Grishaev, A.; Clore, G. M.; Schwieters, C. D. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 9522-9531
45. Nilges, M.; Gronenborn, A. M.; Brunger, A. T.; Clore, G. M. Protein Eng. 1988, 2, 27-38
46. Tjandra, N.; Bax, A. Science 1997, 278, 1111-1114
47. Prestegard, J. H.; al-Hashimi, H. M.; Tolman, J. R. Q. Rev. Biophys. 2000, 33, 371-424
48. Bewley, C. A.; Clore, G. M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6009-6016
49. Byeon, I. J.; Hou, G.; Han, Y.; Suiter, C. L.; Ahn, J.; Jung, J.; Byeon, C. H.; Gronenborn, A. M.; Polenova, T. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 6455-6466
50. Clore, G. M.; Garrett, D. S. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9008-9012
51. Tang, C.; Schwieters, C. D.; Clore, G. M. Nature 2007, 449, 1078-1082
52. Braddock, D. T.; Cai, M.; Baber, J. L.; Huang, Y.; Clore, G. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 8634-8635
53. Braddock, D. T.; Louis, J. M.; Baber, J. L.; Levens, D.; Clore, G. M. Nature 2002, 415, 1051-1056
54. Clore, G. M.; Szabo, A.; Bax, A.; Kay, L. E.; Driscoll, P. C.; Gronenborn, A. M. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 4989-4991
55. Baber, J. L.; Szabo, A.; Tjandra, N. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3953-3959
56. Kelly, B. N.; Kyere, S.; Kinde, I.; Tang, C.; Howard, B. R.; Robinson, H.; Sundquist, W. I.; Summers, M. F.; Hill, C. P. J. Mol. Biol. 2007, 373, 355-366
57. Lemke, C. T.; Titolo, S.; von Schwedler, U.; Goudreau, N.; Mercier, J. F.; Wardrop, E.; Faucher, A. M.; Coulombe, R.; Banik, S. S.; Fader, L.; Gagnon, A.; Kawai, S. H.; Rancourt, J.; Tremblay, M.; Yoakim, C.; Simoneau, B.; Archambault, J.; Sundquist, W. I.; Mason, S. W. J. Virol. 2012, 86, 6643-6655
58. von Schwedler, U. K.; Stray, K. M.; Garrus, J. E.; Sundquist, W. I. J.Virol. 2003, 77, 5439-5450
59. Douglas, C. C.; Thomas, D.; Lanman, J.; Prevelige, P. E., Jr. Biochemistry 2004, 43, 10435-10441
60. del Alamo, M.; Rivas, G.; Mateu, M. G. J. Virol. 2005, 79, 14271-14281