Concurrent automated sequencing of the glycan and peptide portions of o -linked glycopeptide anions by ultraviolet photodissociation mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 19, 2013, Pages 9253-9261

  Madsen, James A ^a   Ko, Byoung Joon ^a   Xu, Hua ^b   Iwashkiw, Jeremy A ^c   Robotham, Scott A ^a   Shaw, Jared B ^a   Feldman, Mario F ^c   Brodbelt, Jennifer S ^a  

^a Section of Molecular Genetics and Microbiology   (United States)

^b CASE WESTERN RESERVE UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^c UNIVERSITY OF ALBERTA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DATABASE SEARCHING; FRAGMENTATION PATTERNS; GLYCOSIDIC BOND CLEAVAGE; PEPTIDE SEQUENCES; PROTEIN GLYCOSYLATION; SEQUENCE COVERAGES; TANDEM MASS SPECTROMETRY; ULTRAVIOLET PHOTODISSOCIATION;

ALGORITHMS; ESTERIFICATION; GLYCOSYLATION; IONS; MASS SPECTROMETRY; PHOTODISSOCIATION; POLYSACCHARIDES; SEARCH ENGINES;

PEPTIDES;

ANION; BACTERIAL PROTEIN; GLYCOPEPTIDE; MOTB PROTEIN, BACTERIA; OMPA OUTER MEMBRANE PROTEINS; OUTER MEMBRANE PROTEIN; POLYSACCHARIDE;

ACINETOBACTER BAUMANNII; ARTICLE; AUTOMATION; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; ULTRAVIOLET RADIATION;

ACINETOBACTER BAUMANNII; ANIONS; AUTOMATION; BACTERIAL OUTER MEMBRANE PROTEINS; BACTERIAL PROTEINS; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; GLYCOPEPTIDES; MASS SPECTROMETRY; MODELS, MOLECULAR; POLYSACCHARIDES; ULTRAVIOLET RAYS;

EID: 84885014675     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac4021177     Document Type: Article

References (69)

1. Olden, K.; Parent, J. B.; White, S. L. Biochim. Biophys. Acta 1982, 650, 209-232
2. Varki, A. Glycobiology 1993, 3, 97-130
3. Nothaft, H.; Szymanski, C. M. Nat. Rev. Microbiol. 2010, 8, 765-778
4. Benz, I.; Schmidt, M. A. Mol. Microbiol. 2002, 45, 267-276
5. Logan, S. M. Microbiology 2006, 152, 1249-1262
6. Sleytr, U. B. Nature 1975, 257, 400-402
7. Mescher, M. F.; Strominger, J. L. J. Biol. Chem. 1976, 251, 2005-2014
8. Sandercock, L. E.; MacLeod, A. M.; Ong, E.; Warren, R. A. J. FEMS Microbiol. Lett. 1994, 118, 1-8
9. Wacker, M.; Linton, D.; Hitchen, P. G.; Nita-Lazar, M.; Haslam, S. M.; North, S. J.; Panico, M.; Morris, H. R.; Dell, A.; Wren, B. W.; Aebi, M. Science 2002, 298, 1790-1793
10. Scott, N. E.; Parker, B. L.; Connolly, A. M.; Paulech, J.; Edwards, A. V. G.; Crossett, B.; Falconer, L.; Kolarich, D.; Djordjevic, S. P.; Hojrup, P.; Packer, N. H.; Larsen, M. R.; Cordwell, S. J. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, 1-18
11. Young, N. M.; Brisson, J.-R.; Kelly, J.; Watson, D. C.; Tessier, L.; Lanthier, P. H.; Jarrell, H. C.; Cadotte, N.; St. Michael, F.; Aberg, E.; Szymanski, C. M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 42530-42539
12. Iwashkiw, J. A.; Seper, A.; Weber, B. S.; Scott, N. E.; Vinogradov, E.; Stratilo, C.; Reiz, B.; Cordwell, S. J.; Wittal, R.; Scild, S.; Feldman, M. F. PLoS Pathog. 2012, 8, 002758
13. An, H. J.; Froehlich, J. W.; Lebrilla, C. B. Curr. Opin. Chem. Biol. 2009, 13, 421-426
14. Seipert, R. R.; Dodds, E. D.; Lebrilla, C. B. J. Proteome Res. 2009, 8, 493-501
15. Hakansson, K.; Cooper, H. J.; Emmett, M. R.; Costello, C. E.; Marshall, A. G.; Nilsson, C. L. Anal. Chem. 2001, 73, 4530-4536
16. Hogan, J. M.; Pitteri, S. J.; Chrisman, P. A.; McLuckey, S. A. J. Proteome Res. 2005, 4, 628-632
17. Tarentino, A. L.; Plummer, T. H., Jr. Methods Enzymol. 1994, 230, 44-57
18. Takahashi, K.; Wall, S. B.; Suzuki, H.; Smith, A. D. I. V.; Hall, S.; Poulsen, K.; Kilian, M.; Mobley, J. A.; Julian, B. A.; Mestecky, J.; Novak, J.; Renfrow, M. B. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 2545-2557
19. Wada, Y.; Dell, A.; Haslam, S. M.; Tissot, B.; Canis, K.; Azadi, P.; Backstrom, M.; Costello, C. E.; Hansson, G. C.; Hiki, Y.; Ishihara, M.; Ito, H.; Kakehi, K.; Karlsson, N.; Hayes, C. E.; Kato, K.; Kawasaki, N.; Khoo, K.-H.; Kobayashi, K.; Kolarich, D.; Kondo, A.; Lebrilla, C.; Nakano, M.; Narimatsu, H.; Novak, J.; Novotny, M. V.; Ohno, E.; Packer, N. H.; Palaima, E.; Renfrow, M. B.; Tajiri, M.; Thomsson, K. A.; Yagi, H.; Yu, S.-Y.; Taniguchi, N. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 719-727
20. Christiansen, M. N.; Kolarich, D.; Nevalainen, H.; Packer, N. H.; Jensen, P. H. Anal. Chem. (Washington, DC, U. S.) 2010, 82, 3500-3509
21. Nwosu, C. C.; Seipert, R. R.; Strum, J. S.; Hua, S. S.; An, H. J.; Zivkovic, A. M.; German, B. J.; Lebrilla, C. B. J. Proteome Res. 2011, 10, 2612-2624
22. Nwosu, C. C.; Strum, J. S.; An, H. J.; Lebrilla, C. B. Anal. Chem. 2010, 82, 9654-9662
23. Vik, A.; Aas, F. E.; Anonsen, J. H.; Bilsborough, S.; Schneider, A.; Egge-Jacobsen, W.; Koomey, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 4447-4452
24. Renfrow, M. B.; Cooper, H. J.; Tomana, M.; Kulhavy, R.; Hiki, Y.; Toma, K.; Emmett, M. R.; Mestecky, J.; Marshall, A. G.; Novak, J. J. Biol. Chem. 2005, 280, 19136-19145
25. Renfrow, M. B.; Mackay, C. L.; Chalmers, M. J.; Julian, B. A.; Mestecky, J.; Kilian, M.; Poulsen, K.; Emmett, M. R.; Marshall, A. G.; Novak, J. Anal. Bioanal. Chem. 2007, 389, 1397-1407
26. Khidekel, N.; Ficarro, S. B.; Clark, P. M.; Bryan, M. C.; Swaney, D. L.; Rexach, J. E.; Sun, Y. E.; Coon, J. J.; Peters, E. C.; Hsieh-Wilson, L. C. Nat. Chem. Biol. 2007, 3, 339-348
27. Chalkley, R. J.; Thalhammer, A.; Schoepfer, R.; Burlingame, A. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 8894-8899
28. Mirgorodskaya, E.; Roepstorff, P.; Zubarev, R. A. Anal. Chem. 1999, 71, 4431-4436
29. Vosseller, K.; Trinidad, J. C.; Chalkley, R. J.; Specht, C. G.; Thalhammer, A.; Lynn, A. J.; Snedecor, J. O.; Guan, S.; Medzihradszky, K. F.; Maltby, D. A.; Schoepfer, R.; Burlingame, A. L. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 923-934
30. Darula, Z.; Medzihradszky, K. F. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 2515-2526
31. Wang, Z.; Udeshi, N. D.; O'Malley, M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; Hart, G. W. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 153-160
32. Apweiler, R.; Hermjakob, H.; Sharon, N. Biochim. Biophys. Acta, Gen. Subj. 1999, 1473, 4-8
33. Kowarik, M.; Young, N. M.; Numao, S.; Schulz, B. L.; Hug, I.; Callewaert, N.; Mills, D. C.; Watson, D. C.; Hernandez, M.; Kelly, J. F.; Wacker, M.; Aebi, M. EMBO J. 2006, 25, 1957-1966
34. Irungu, J.; Go, E. P.; Zhang, Y.; Dalpathado, D. S.; Liao, H.-X.; Haynes, B. F.; Desaire, H. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1209-1220
35. Bykova, N. V.; Rampitsch, C.; Krokhin, O.; Standing, K. G.; Ens, W. Anal. Chem. 2006, 78, 1093-1103
36. Conboy, J. J.; Henion, J. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1992, 3, 804-814
37. Huddleston, M. J.; Bean, M. F.; Carr, S. A. Anal. Chem. 1993, 65, 877-884
38. Wuhrer, M.; Hokke, C. H.; Deelder, A. M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 1741-1748
39. Demelbauer, U. M.; Zehl, M.; Plematl, A.; Allmaier, G.; Rizzi, A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 1575-1582
40. Wada, Y.; Tajiri, M.; Yoshida, S. Anal. Chem. 2004, 76, 6560-6565
41. Olivova, P.; Chen, W.; Chakraborty, A. B.; Gebler, J. C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 22, 29-40
42. Sihlbom, C.; van Dijk Haerd, I.; Lidell, M. E.; Noll, T.; Hansson, G. C.; Baeckstroem, M. Glycobiology 2009, 19, 375-381
43. Singh, C.; Zampronio, C. G.; Creese, A. J.; Cooper, H. J. J. Proteome. Res. 2012, 11, 4517-4525
44. Ye, H.; Boyne, M. T.; Buhse, L. F.; Hill, J. Anal. Chem. 2013, 85, 1531-1539
45. Zhang, L.; Reilly, J. P. J. Proteome Res. 2009, 8, 734-742
46. Boontheung, P.; Alewood, P. F.; Brinkworth, C. S.; Bowie, J. H.; Wabnitz, P. A.; Tyler, M. J. Rapid Commun. Mass. Spectrom. 2002, 16, 281-286
47. Ewing, N. P.; Cassady, C. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 105-116
48. Bowie, J. H.; Brinkworth, C. S.; Dua, S. Mass Spectrom. Rev. 2002, 21, 87-107
49. Kjeldsen, F.; Silivra, O. A.; Ivonin, I. A.; Haselmann, K. F.; Gorshkov, M.; Zubarev, R. A. Chem.-Eur. J. 2005, 11, 1803-1812
50. Kjeldsen, F.; Horning, O. B.; Jensen, S. S.; Giessing, A. M. B.; Jensen, O. N. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1156-1162
51. Coon, J. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; Syka, J. E. P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 880-882
52. Huzarska, M.; Ugalde, I.; Kaplan, D. A.; Hartmer, R.; Easterling, M. L.; Polfer, N. C. Anal. Chem. 2010, 82, 2873-2878
53. McAlister, G. C.; Russell, J. D.; Rumachik, N. G.; Hebert, A. S.; Syka, J. E. P.; Geer, L. Y.; Westphall, M. S.; Pagliarini, D. J.; Coon, J. J. Anal. Chem. (Washington, DC, U. S.) 2012, 84, 2875-2882
54. Antoine, R.; Joly, L.; Tabarin, T.; Broyer, M.; Dugourd, P.; Lemoine, J. Rapid Commun. Mass. Spectrom. 2007, 21, 265-268
55. Larraillet, V.; Vorobyev, A.; Brunet, C.; Lemoine, J.; Tsybin, Y. O.; Antoine, R.; Dugourd, P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 670-680
56. Madsen, J. A.; Kaoud, T. S.; Dalby, K. N.; Brodbelt, J. S. Proteomics 2011, 11, 1329-1334
57. Ko, B.-J.; Brodbelt, J. S. Anal. Chem. 2011, 83, 8192-8200
58. Madsen, J. A.; Xu, H.; Robinson, M. R.; Horton, A. P.; Shaw, J. B.; Giles, D. K.; Kaoud, T. S.; Dalby, K. N.; Trent, M. S.; Brodbelt, J. S. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 2604-2614
59. Han, S.-W.; Lee, S.-W.; Bahar, O.; Schwessinger, B.; Robinson, M. R.; Shaw, J. B.; Madsen, J. A.; Brodbelt, J. S.; Ronald, P. C. Nat. Commun. 2012, 3, 1153
60. Xu, H.; Freitas, M. A. BMC Bioinf. 2007, 8, 133
61. Xu, H.; Yang, L.; Freitas, M. A. BMC Bioinf. 2008, 9, 347
62. Xu, H.; Freitas, M. A. J. Proteome Res. 2008, 7, 2605-2615
63. Xu, H.; Freitas, M. A. Proteomics 2009, 9, 1548-1555
64. Gardner, M. W.; Vasicek, L. A.; Shabbir, S.; Anslyn, E. V.; Brodbelt, J. S. Anal. Chem. 2008, 80, 4807-4819
65. Madsen, J. A.; Boutz, D. R.; Brodbelt, J. S. J. Proteome. Res. 2010, 9, 4205-4214
66. Ashline, D.; Singh, S.; Hanneman, A.; Reinhold, V. Anal. Chem. 2005, 77, 6250-6262
67. Ashline, D. J.; Lapadula, A. J.; Liu, Y.-H.; Lin, M.; Grace, M.; Pramanik, B.; Reinhold, V. N. Anal. Chem. 2007, 79, 3830-3842
68. Reinhold, V.; Zhang, H.; Hanneman, A.; Ashline, D. Mol. Cell. Proteomics 2013, 4, 866-873
69. Mysling, S.; Palmisano, G.; Hojrup, P.; Thaysen-Andersen, M. Anal. Chem. 2010, 82, 5598-5609