Analysis of the acidic proteome with negative electron-transfer dissociation mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 6, 2012, Pages 2875-2882

  McAlister, Graeme C ^a   Russell, Jason D ^a   Rumachik, Neil G ^a   Hebert, Alexander S ^a   Syka, John E P ^c   Geer, Lewis Y ^b   Westphall, Michael S ^a   Pagliarini, David J ^a   Coon, Joshua J ^a  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

^b NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH   (United States)

^c Thermo Fisher Scientific   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COLLISION-ACTIVATED DISSOCIATIONS; COMPREHENSIVE ANALYSIS; ELECTRON TRANSFER DISSOCIATION; HIGH PH; HIGH-THROUGHPUT; LC-MS/MS; PEPTIDE ANIONS; PEPTIDE IDENTIFICATION; PI VALUES; POSITIVE MODE; S.CEREVISIAE; SEQUENCING OF PEPTIDES; TANDEM MASS SPECTROMETRY; WORK-FLOWS;

DISSOCIATION; ELECTROSPRAY IONIZATION; IONS; MASS SPECTROMETRY; SEPARATION; YEAST;

PEPTIDES;

FUNGAL PROTEIN; PEPTIDE; PROTEOME;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CHEMISTRY; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; METHODOLOGY; MOLECULAR GENETICS; PH; PROTEOMICS; SACCHAROMYCES CEREVISIAE;

AMINO ACID SEQUENCE; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; FUNGAL PROTEINS; HYDROGEN-ION CONCENTRATION; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDES; PROTEOME; PROTEOMICS; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION;

EID: 84858719158     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac203430u     Document Type: Article

References (49)

1. de Godoy, L. M. F.; Olsen, J. V.; Cox, J.; Nielsen, M. L.; Hubner, N. C.; Frohlich, F.; Walther, T. C.; Mann, M. Nature 2008, 455, 1251-U1260
2. Swaney, D. L.; McAlister, G. C.; Coon, J. J. Nat. Meth. 2008, 5, 959-964
3. Swaney, D. L.; Wenger, C. D.; Coon, J. J. J. Proteome Res. 2010, 9, 1323-1329
4. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247
5. Hultquist, D. E. Biochim. Biophys. Acta, Bioenerg. 1968, 153, 329-340
6. Wei, Y.-F.; Matthews, H. R. In Methods in Enzymology; Tony Hunter, B. M. S., Ed.; Academic Press, San Diego, CA, 1991; Vol. 200, p 388-414.
7. Matthews, H. R. Pharmacol. Ther. 1995, 67, 323-350
8. Lasker, M.; Bui, C. D.; Besant, P. G.; Sugawara, K.; Thai, P.; Medzihradszky, G.; Turck, C. W. Protein Sci. 1999, 8, 2177-2185
9. Sickmann, A.; Meyer, H. E. Proteomics 2001, 1, 200-206
10. Bowie, J. H.; Brinkworth, C. S.; Dua, S. Mass Spectrom. Rev. 2002, 21, 87-107
11. Brinkworth, C. S.; Dua, S.; McAnoy, A. M.; Bowie, J. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 1965-1973
12. Steinborner, S. T.; Bowie, J. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996, 10, 1243-1247
13. Steinborner, S. T.; Bowie, J. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1997, 11, 253-258
14. Anusiewicz, I.; Jasionowski, M.; Skurski, P.; Simons, J. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 11332-11337
15. Budnik, B. A.; Haselmann, K. F.; Zubarev, R. A. Chem. Phys. Lett. 2001, 342, 299-302
16. Coon, J. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; Syka, J. E. P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 880-882
17. Crizer, D. M.; Xia, Y.; McLuckey, S. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1718-1722
18. Huzarska, M.; Ugalde, I.; Kaplan, D. A.; Hartmer, R.; Easterling, M. L.; Polfer, N. C. Anal. Chem. 2010, 82, 2873-2878
19. Kjeldsen, F.; Silivra, O. A.; Ivonin, I. A.; Haselmann, K. F.; Gorshkov, M.; Zubarev, R. A. Chem.-Eur. J. 2005, 11, 1803-1812
20. Larraillet, V.; Vorobyev, A.; Brunet, C.; Lemoine, J.; Tsybin, Y. O.; Antoine, R.; Dugourd, P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 670-680
21. Ganisl, B.; Valovka, T.; Hartl, M.; Taucher, M.; Bister, K.; Breuker, K. Chem.-Eur. J. 2011, 17, 4460-4469
22. Antoine, R.; Joly, L.; Tabarin, T.; Broyer, M.; Dugourd, P.; Lemoine, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007, 21, 265-268
23. Madsen, J. A. M. J. A.; Kaoud, T. S.; Dalby, K. N.; Brodbelt, J. S. Proteomics 2011, 11, 1329-1334
24. Wolff, J. J.; Leach, F. E.; Laremore, T. N.; Kaplan, D. A.; Easterling, M. L.; Linhardt, R. J.; Amster, I. J. Anal. Chem. 2010, 82, 3460-3466
25. Leach, F. E.; Wolff, J. J.; Xiao, Z. P.; Ly, M.; Laremore, T. N.; Arungundram, S.; Al-Mafraji, K.; Venot, A.; Boons, G. J.; Linhardt, R. J.; Amster, I. J. Eur. J. Mass Spectrom. 2011, 17, 167-176
26. Barlow, C. K.; Hodges, B. D. M.; Xia, Y.; O'Hair, R. A. J.; McLuckey, S. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 281-293
27. Huang, T. Y.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2011, 304, 140-147
28. Kjeldsen, F.; Horning, O. B.; Jensen, S. S.; Giessing, A. M. B.; Jensen, O. N. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1156-1162
29. Yang, J.; Hakansson, K. Int. J. Mass Spectrom. 2008, 276, 144-148
30. Valaskovic, G. A.; Kelleher, N. L.; Little, D. P.; Aaserud, D. J.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1995, 67, 3802-3805
31. McAlister, G. C.; Berggren, W. T.; Griep-Raming, J.; Horning, S.; Makarov, A.; Phanstiel, D.; Stafford, G.; Swaney, D. L.; Syka, J. E. P.; Zabrouskov, V.; Coon, J. J. J. Proteome Res. 2008, 7, 3127-3136
32. McAlister, G. C.; Phanstiel, D.; Good, D. M.; Berggren, W. T.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2007, 79, 3525-3534
33. McAlister, G. C.; Phanstiel, D.; Wenger, C. D.; Lee, M. V.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2010, 82, 316-322
34. Olsen, J. V.; Schwartz, J. C.; Griep-Raming, J.; Nielsen, M. L.; Damoc, E.; Denisov, E.; Lange, O.; Remes, P.; Taylor, D.; Splendore, M.; Wouters, E. R.; Senko, M.; Makarov, A.; Mann, M.; Horning, S. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 2759-2769
35. Geer, L. Y.; Markey, S. P.; Kowalak, J. A.; Wagner, L.; Xu, M.; Maynard, D. M.; Yang, X. Y.; Shi, W. Y.; Bryant, S. H. J. Proteome Res. 2004, 3, 958-964
36. Good, D.; Wenger, C.; McAlister, G.; Bai, D.; Hunt, D.; Coon, J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1435-1440
37. Good, D. M.; Wenger, C. D.; Coon, J. J. Proteomics 2010, 10, 164-167
38. Wenger, C. D.; Phanstiel, D. H.; Lee, M. V.; Bailey, D. J.; Coon, J. J. Proteomics 2011, 11, 1064-1074
39. Elias, J. E.; Gygi, S. P. Nat. Meth. 2007, 4, 207-214
40. Ficarro, S. B.; Zhang, Y.; Lu, Y.; Moghimi, A. R.; Askenazi, M.; Hyatt, E.; Smith, E. D.; Boyer, L.; Schlaeger, T. M.; Luckey, C. J.; Marto, J. A. Anal. Chem. 2009, 81, 3440-3447
41. Cech, N. B.; Enke, C. G. Mass Spectrom. Rev. 2001, 20, 362-387
42. Yamashita, M.; Fenn, J. B. J. Phys. Chem. 1984, 88, 4671-4675
43. Hiraoka, K.; Kudaka, I. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1992, 6, 265-268
44. Straub, R. F.; Voyksner, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 578-587
45. Collinson, E. J.; Wheeler, G. L.; Garrido, E. O.; Avery, A. M.; Avery, S. V.; Grant, C. M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 16712-16717
46. Shazman, S.; Mandel-Gutfreund, Y. PLoS Comput. Biol. 2008, 4, e1000146
47. Ledvina, A. R.; Beauchene, N. A.; McAlister, G. C.; Syka, J. E. P.; Schwartz, J. C.; Griep-Raming, J.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2010, 82, 10068-10074
48. Ledvina, A. R.; McAlister, G. C.; Gardner, M. W.; Smith, S. I.; Madsen, J. A.; Schwartz, J. C.; Stafford, G. C.; Syka, J. E. P.; Brodbelt, J. S.; Coon, J. J. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 8526-8528
49. Swaney, D. L.; McAlister, G. C.; Wirtala, M.; Schwartz, J. C.; Syka, J. E. P.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2007, 79, 477-485