Secondary structure and rigidity in model proteins

Soft Matter

Volumn 9, Issue 40, 2013, Pages 9548-9556

  Perticaroli, Stefania ^a,b   Nickels, Jonathan D ^a   Ehlers, Georg ^a   O'Neill, Hugh ^a,b   Zhang, Qui ^a,b   Sokolov, Alexei P ^a,b  

^a OAK RIDGE NATIONAL LABORATORY   (United States)

^b UNIVERSITY OF TENNESSEE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BOVINE SERUM ALBUMINS; GREEN FLUORESCENT PROTEIN; LOW-FREQUENCY VIBRATIONAL MODES; NANOMECHANICAL PROPERTY; PROTEIN DYNAMICS; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; SECONDARY STRUCTURES; STRUCTURAL UNIT;

DYNAMICS; HYDRATION; RIGIDITY;

PROTEINS;

BOVINE SERUM ALBUMIN; GREEN FLUORESCENT PROTEIN; HEN EGG LYSOZYME; LYSOZYME; MYOGLOBIN; PROTEIN;

CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; PROTEIN MOTIF; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE;

AMINO ACID MOTIFS; GREEN FLUORESCENT PROTEINS; MODELS, CHEMICAL; MURAMIDASE; MYOGLOBIN; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; PROTEINS; SERUM ALBUMIN, BOVINE;

EID: 84884799904     PISSN: 1744683X     EISSN: 17446848     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3sm50807b     Document Type: Article

References (58)

1. M. J. Buehler Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 12285 12290
2. T. Ackbarow X. Chen S. Keten M. J. Buehler Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 16410 16415
3. M. Buehler S. Keten Nano Res. 2008 1 63 71
4. M. Sällman Almén K. J. V. Nordström R. Fredriksson H. B Schiöth BMC Biol. 2009 7 50
5. Y. S. Ho L. M. Burden J. H. Hurley EMBO J. 2000 19 5288 5299
6. M. A. Lemmon H. R. Treutlein P. D. Adams A. T. Brunger D. M. Engelman Nat. Struct. Biol. 1994 1 157 163
7. T. P. Knowles M. J. Buehler Nat. Nanotechnol. 2011 6 469 479
8. M. J. Buehler Y. C. Yung Nature Mater. 2009 8 175 188
9. Z. Shao F. Vollrath Nature 2002 418 741
10. A. V. Kajava A. C. Steven Adv. Protein Chem. 2006 73 55 96
11. S. Keten Z. Xu B. Ihle M. J. Buehler Nat. Mater. 2010 9 359 367
12. A. Nova S. Keten N. M. Pugno A. Redaelli M. J. Buehler Nano Lett. 2010 10 2626 2634
13. J. F. Smith T. P. Knowles C. M. Dobson C. E. Macphee M. E. Welland Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 15806 15811
14. Z. Xu M. J. Buehler Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2010 81 061910
15. T. E. Fisher A. F. Oberhauser M. Carrion-Vazquez P. E. Marszalek J. M. Fernandez Trends Biochem. Sci. 1999 24 379 384
16. T. P. Knowles A. W. Fitzpatrick S. Meehan H. R. Mott M. Vendruscolo C. M. Dobson M. E. Welland Science 2007 318 1900 1903
17. S. Keten M. J. Buehler Nano Lett. 2008 8 743 748
18. T. Ackbarow X. Chen S. Keten M. J. Buehler Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 16410 16415
19. G. Luo Q. Zhang A. R. D. Castillo V. Urban H. O'Neill ACS Appl. Mater. Interfaces 2009 1 2262 2268
20. S. Khodadadi A. Malkovskiy A. Kisliuk A. P. Sokolov Biochim. Biophys. Acta 2010 1804 15 19
21. G. Ehlers A. A. Podlesnyak J. L. Niedziela E. B. Iverson P. E. Sokol Rev. Sci. Instrum. 2011 82 085108
22. J. D. Nickels H. O'Neill L. Hong M. Tyagi G. Ehlers K. L. Weiss Q. Zhang Z. Yi E. Mamontov J. C. Smith A. P. Sokolov Biophys. J. 2012 103 1566 1575
23. M. Bée, Quasielastic neutron scattering: principles and applications in solid state chemistry, biology, and materials science, Adam Hilger, Bristol, England, Philadelphia, 1988
24. O. F. Nielsen Annu. Rep. Prog. Chem., Sect. C: Phys. Chem. 1993 90 3 44
25. R. T. Azuah Y. Qiu P. L. W. Tregenna-Piggott C. M. Brown J. R. D. Copley R. M. Dimeo J. Res. Natl. Inst. Stand. Technol. 2009 114 341 358
26. C.-s. Zha T. S. Duffy H.-k. Mao R. J. Hemley Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1993 48 9246 9255
27. S. Speziale F. Jiang C. L. Caylor S. Kriminski C. S. Zha R. E. Thorne T. S. Duffy Biophys. J. 2003 85 3202 3213
28. J. Hernandez G. Li H. Z. Cummins R. H. Callender R. M. Pick J. Opt. Soc. Am. B 1996 13 1130 1134
29. A. Paciaroni A. Orecchini M. Haertlein M. Moulin V. Conti Nibali A. De Francesco C. Petrillo F. Sacchetti J. Phys. Chem. B 2012 116 3861 3865
30. M. Tachibana K. Kojima R. Ikuyama Y. Kobayashi M. Ataka Chem. Phys. Lett. 2000 332 259 264
31. B. A. Auld, Acoustic fields and waves in solids, Wiley, New York, 1973, p. 32
32. J. H. Roh J. E. Curtis S. Azzam V. N. Novikov I. Peral Z. Chowdhuri R. B. Gregory A. P. Sokolov Biophys. J. 2006 91 2573 2588
33. M. Diehl W. Doster W. Petry H. Schober Biophys. J. 1997 73 2726 2732
34. V. Kurkal-Siebert J. C. Smith J. Am. Chem. Soc. 2006 128 2356 2364
35. M. Tarek D. J. Tobias J. Chem. Phys. 2001 115 1607 1612
36. A. M. Gaspar M. S. Appavou S. Busch T. Unruh W. Doster Eur. Biophys. J. 2008 37 573 582
37. G. Schirò C. Caronna F. Natali A. Cupane J. Am. Chem. Soc. 2010 132 1371 1376
38. L. Hong D. C. Glass J. D. Nickels S. Perticaroli Z. Yi M. Tyagi H. O'Neill Q. Zhang A. P. Sokolov J. C. Smith Phys. Rev. Lett. 2013 110 028104
39. M. T. F. Telling L. Clifton J. Combet B. Frick S. Howells V. G. Sakai Soft Matter 2012 8 9529 9532
40. E. Duval A. Boukenter T. Achibat J. Phys.: Condens. Matter 1990 2 10227 10234
41. D. A. Parshin Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1994 49 9400 9418
42. G. Schirò C. Caronna F. Natali M. M. Koza A. Cupane J. Phys. Chem. Lett. 2011 2 2275 2279
43. J. C. Smith Q. Rev. Biophys. 1991 24 227 291
44. Y. Suezaki N. Gö Int. J. Pept. Protein Res. 1975 7 333 334
45. K. G. Brown S. C. Erfurth E. W. Small W. L. Peticolas Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1972 69 1467 1469
46. S.-i. Mizushima T. Simanouti J. Am. Chem. Soc. 1949 71 1320 1324
47. M. Ormo A. B. Cubitt K. Kallio L. A. Gross R. Y. Tsien S. J. Remingtont Science 1996 273 1392 1395
48. W. L. Peticolas G. W. Hibler J. L. Lippert A. Peterlin H. Olf Appl. Phys. Lett. 1971 18 87 89
49. R. F. Schaufele T. Shimanouchi J. Chem. Phys. 1967 47 3605 3610
50. K. C. Chou Biophys. J. 1984 45 881 889
51. K. C. Chou Biophys. J. 1985 48 289 297
52. K. C. Chou Biochem. J. 1983 209 573 580
53. A. P. Sokolov U. Buchenau W. Steffen B. Frick A. Wischnewski Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1995 52 R9815 R9818
54. V. Helms T. P. Straatsma J. A. McCammon J. Phys. Chem. B 1999 103 3263 3269
55. A. Boukenter B. Champagnon E. Duval J. Dumas J. F. Quinson J. Serughetti Phys. Rev. Lett. 1986 57 2391 2394
56. M. Marconi E. Cornicchi G. Onori A. Paciaroni Chem. Phys. 2008 345 224 229
57. S. Perticaroli et al. J. Phys. Chem. B 2010 114 8262 8269
58. I. D. Kuntz Jr and W. Kauzmann, in Advances in protein chemistry, ed., C. B. Anfinsen, J. T. Edsall, and, F. M. Richards, Academic Press, 1974, vol. 28, pp. 239-345