Vibrational collective dynamics of dry proteins in the terahertz region

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 12, 2012, Pages 3861-3865

  Paciaroni, Alessandro ^a   Orecchini, Andrea ^a,b   Haertlein, Michael ^b   Moulin, Martine ^b   Conti Nibali, Valeria ^c   De Francesco, Alessio ^b   Petrillo, Caterina ^a   Sacchetti, Francesco ^a  

^a UNIVERSITY OF PERUGIA   (Italy)

^b INSTITUT LAUE LANGEVIN   (France)

^c UNIVERSITY OF MESSINA   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HYDRATION;

BRILLOUIN; COLLECTIVE DYNAMICS; DENSITY FLUCTUATION; FREQUENCY RANGES; GLASSY MATERIALS; LONGITUDINAL MODULUS; LOW WAVE-VECTOR; NEUTRON SPECTROSCOPY; PROPAGATING MODE; TERAHERTZ REGION; THZ FREQUENCIES; WAVE VECTOR;

PROTEINS;

EID: 84859224180     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp211190q     Document Type: Article

References (54)

1. Henzler-Wildman, K.; Kern, D. Nature 2007, 450, 964-972
2. Boekelheide, N.; Salomon-Ferrer, R.; Miller, T. F., III. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 16159-16163
3. Osborne, M. J.; Schnell, J.; Benkovic, S. J.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Biochemistry 2001, 40, 9846-9859
4. McCammon, J. A. Rep. Prog. Phys. 1984, 47, 1-46
5. Cooper, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1976, 73, 2740-2741
6. Morozov, V. N.; Morozova, T. Y. J. Biomol. Struct. Dyn. 1993, 11, 459-481
7. Kharakoz, D. P. Biophys. J. 2000, 79, 511-525
8. Kobayashi, N.; Yamato, T.; Go, N. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1997, 28, 109-116
9. Hansen, J.-P.; McDonald, R. Theory of Simple Liquids; Academic Press: London, U.K., 2006.
10. McCammon, J. A.; Gelin, B. R.; Karplus, M. Nature 1977, 267, 585-590
11. Bellissent-Funel, M.-C.; Teixeira, J.; Chen, S.-H.; Dorner, B.; Middendorf, H. D.; Crespi, H. L. Biophys. J. 1989, 56, 713-716
12. Liu, D.; Chu, X.-Q.; Lagi, M.; Zhang, Y.; Fratini, E.; Baglioni, P.; Atlas, A.; Said, A.; Alp, E.; Chen, S.-H. Phys. Rev. Lett. 2008, 101, 135501
13. Yoshida, K.; Hosokawa, S.; Baron, A. Q. R.; Yamaguchi, T. J. Chem. Phys. 2010, 133, 13450
14. Leu, B. M.; Alatas, A.; Sinn, H.; Alp, E. E.; Said, A. H.; Yavaş, H.; Zhao, J.; Sage, J. T.; Sturhahn, W. J. Chem. Phys. 2010, 132, 085103
15. Paciaroni, A.; Orecchini, A.; Cornicchi, E.; Marconi, M.; Petrillo, C.; Haertlein, M.; Moulin, M.; Schober, H.; Tarek, M.; Sacchetti, F. Phys. Rev. Lett. 2008, 101, 148104
16. Orecchini, A.; Paciaroni, A.; De Francesco, A.; Petrillo, C.; Sacchetti, F. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 4664-4669
17. Zaccai, G.; Jacrot, B. Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1983, 12, 139-157
18. Lovesey, S. Theory of Neutron Scattering from Condensed Matter; Oxford University Press: Oxford, U.K., 1988.
19. Petrillo, C.; Sacchetti, F.; Dorner, B.; Suck, J.-B. Phys. Rev. E 2000, 62, 3611-3618
20. Sacchetti, F.; Suck, J.-B.; Petrillo, C.; Dorner, B. Phys. Rev. E 2004, 69, 061203
21. Colaianni, S. E. M.; Nielsen, O. F. J. Mol. Struct. 1995, 347, 267-284
22. Urabe, H.; Sugawara, Y.; Ataka, M.; Rupprecht, A. Biophys. J. 1998, 74, 1533-1540
23. Bafile, U.; Guarini, E.; Barocchi, F. Phys. Rev. E 2006, 73, 061203
24. Monaco, G.; Giordano, V. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 3659-3663
25. Bahar, I.; Jernigan, R. L. J. Mol. Biol. 1997, 266, 195-214
26. Hirai, M.; Koizumi, M.; Hayakawa, T.; Takahashi, H.; Abe, S.; Hirai, H.; Miura, K.; Inoue, K. Biochemistry 2004, 43, 9036-9049
27. Gaspar, A. M.; Busch, S.; Appavou, M.-S.; Haeussler, W.; Georgii, R.; Su, Y.; Doster, W. Biochim. Biophys. Acta 2010, 1804, 76-82
28. Rufflé, B.; Guimbretière, G.; Courtens, E.; Vacher, R.; Monaco, G. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 045502
29. Cusack, S.; Doster, W. Biophys. J. 1990, 58, 243-251
30. Middendorf, H. D.; Hayward, R. L.; Parker, S. F.; Bradshaw, J.; Milleri, A. Biophys. J. 1995, 69, 660-673
31. Paciaroni, A.; Stroppolo, M. E.; Arcangeli, C.; Bizzarri, A. R.; Desideri, A.; Cannistraro, S. Eur. Biophys. J. 1999, 28, 447-456
32. Paciaroni, A.; Bizzarri, A. R.; Cannistraro, S. J. Mol. Liq. 2000, 84, 3-16
33. Leyser, H.; Doster, W.; Diehl, M. Phys. Rev. Lett. 1999, 14, 2987-2991
34. Xie, A.; van der Meer, A. F.; Austin, R. H. Phys. Rev. Lett. 2002, 88, 018102
35. Caliskan, G.; Kisliuk, A.; Tsai, A. M.; Soles, C. L.; Sokolov, A. P. J. Chem. Phys. 2003, 118, 4230-4236
36. Ebbinghaus, S.; Kim, S. J.; Heyden, M.; Yu, X.; Heugen, U.; Gruebele, M.; Leitner, D. M.; Havenith, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 20749-20752
37. Kistner, C.; André, A.; Fischer, T.; Thoma, A.; Janke, C.; Bartels, A.; Gisler, T.; Maret, G.; Dekorsy, T. Appl. Phys. Lett. 2007, 90, 233902
38. Yunfen, H.; Chen, J.-Y.; Knab, J. R.; Zheng, W.; Markelz, A. G. Biophys. J. 2011, 100, 1058-1065
39. Orecchini, A.; Paciaroni, A.; Bizzarri, A. R.; Cannistraro, S. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 12150-12156
40. Wood, K.; Caronna, C.; Fouquet, P.; Haussler, W.; Natali, F.; Ollivier, J.; Orecchini, A.; Plazanet, M.; Zaccai, G. Chem. Phys. 2008, 345, 305-314
41. Balog, E.; Perahia, D.; Smith, J. C.; Merzel, F. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 6811-6817
42. Ben-Avraham, D. Phys. Rev. B 1993, 47, 14559-14560
43. Levitt, M.; Sander, C.; Stern, P. S. J. Mol. Biol. 1985, 181, 423-447
44. Edwards, C.; Palmer, S. B.; Emsley, P.; Helliwell, J. R.; Glover, I. D.; Harris, G. W.; Moss, D. S. Acta Crystallogr., Sect. A: Found. Crystallogr. 1990, 46, 315-320
45. Sette, F.; Ruocco, G.; Krisch, M.; Masciovecchio, C.; Verbeni, R.; Bergmann, U. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 83-86
46. Santucci, S. C.; Fioretto, D.; Comez, L.; Gessini, A.; Masciovecchio, C. Phys. Rev. Lett. 2006, 97, 225701
47. Walrafen, G. E.; Chu, Y. C.; Piermarini, G. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 10363-10372
48. Schober, H.; Koza, M. M.; Masciovecchio, C.; Sette, F.; Fujara, F. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 4100-4103
49. Cornicchi, E.; Sebastiani, F.; De Francesco, A.; Orecchini, A.; Paciaroni, A.; Petrillo, C.; Sacchetti, F. J. Chem. Phys. 2011, 135, 025101
50. Green, J. L.; Fan, J.; Angell, C. A. J. Phys. Chem. 1994, 98, 13780-13790
51. Shakhnovich, E. I.; Finkelstein, A. V. Biopolymers 1989, 28, 1667-1680
52. Tsai, J.; Taylor, R.; Chothia, C.; Gerstein, M. J. Mol. Biol. 1999, 290, 253-266
53. Gerstein, M.; Chothia, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 10167-10172
54. Zhou, Y.; Vitkup, D.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1999, 285, 1371-1375