Characterization of mammalian N-degrons and development of heterovalent inhibitors of the N-end rule pathway

Chemical Science

Volumn 4, Issue 8, 2013, Pages 3339-3346

  Jiang, Yanxialei ^a   Pore, Subrata Kumar ^b   Lee, Jung Hoon ^a   Sriram, Shashi ^c   Mai, Binh Khanh ^a   Han, Dong Hoon ^a   Agarwalla, Pritha ^a   Zakrzewska, Adriana ^c   Kim, Yongho ^a   Banerjee, Rajkumar ^b   Lee, Seung Han ^a   Lee, Min Jae ^a  

^a Kyung Hee University   (South Korea)

^b INDIAN INSTITUTE OF CHEMICAL TECHNOLOGY   (India)

^c UNIVERSITY OF PITTSBURGH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING MODES; CARDIAC DISEASE; CARDIOMYOCYTES; COMPUTATIONAL DOCKINGS; IN-VITRO; LIVING CELL; MOLECULAR MECHANISM; N-TERMINALS;

AMINO ACIDS; BINDING ENERGY; BIODEGRADATION;

MAMMALS;

EID: 84880010156     PISSN: 20416520     EISSN: 20416539     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3sc51059j     Document Type: Article

References (37)

1. M. H. Glickman, A. Ciechanover, Physiol. Rev., 2002, 82, 373.
2. A. Hershko, A. Ciechanover, A. Varshavsky, Nat. Med., 2000, 6, 1073.
3. D. Finley, A. Ciechanover, A. Varshavsky, Cell, 2004, 116, S29.
4. S. M. Nijman, M. P. Luna-Vargas, A. Velds, T. R. Brummelkamp, A. M. Dirac, T. K. Sixma, R. Bernards, Cell, 2005, 123, 773.
5. X. L. Ang, J. W. Harper, Science's Signal Transduction Knowledge Environment, 2004, 242, pe31.
6. M. Tyers, P. Jorgensen, Curr. Opin. Genet. Dev., 2000, 10, 54.
7. T. Kamura, D. M. Koepp, M. N. Conrad, D. Skowyra, R. J. Moreland, O. Iliopoulos, W. S. Lane, W. G. Kaelin, Jr, S. J. Elledge, R. C. Conaway, J. W. Harper, J. W. Conaway, Science, 1999, 284, 657.
8. T. Tasaki, S. M. Sriram, K. S. Park, Y. T. Kwon, Annu. Rev. Biochem., 2012, 81, 261.
9. S. M. Sriram, B. Y. Kim, Y. T. Kwon, Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 2011, 12, 735.
10. S. M. Sriram, Y. T. Kwon, Nat. Struct. Mol. Biol., 2010, 17, 1164.
11. A. Varshavsky, Genes Cells, 1997, 2, 13.
12. A. Varshavsky, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1996, 93, 12142.
13. R. T. Baker, A. Varshavsky, J. Biol. Chem., 1995, 270, 12065.
14. Y. T. Kwon, A. S. Kashina, I. V. Davydov, R. G. Hu, J. Y. An, J. W. Seo, F. Du, A. Varshavsky, Science, 2002, 297, 96.
15. M. J. Lee, T. Tasaki, K. Moroi, J. Y. An, S. Kimura, I. V. Davydov, Y. T. Kwon, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2005, 102, 15030.
16. A. Mayer, N. R. Siegel, A. L. Schwartz, A. Ciechanover, Science, 1989, 244, 1480.
17. C. S. Hwang, A. Shemorry, A. Varshavsky, Science, 2010, 327, 973.
18. T. Tasaki, L. C. Mulder, A. Iwamatsu, M. J. Lee, I. V. Davydov, A. Varshavsky, M. Muesing, Y. T. Kwon, Mol. Cell. Biol., 2005, 25, 7120.
19. W. S. Choi, B. C. Jeong, Y. J. Joo, M. R. Lee, J. Kim, M. J. Eck, H. K. Song, Nat. Struct. Mol. Biol., 2010, 17, 1175.
20. E. Matta-Camacho, G. Kozlov, F. F. Li, K. Gehring, Nat. Struct. Mol. Biol., 2010, 17, 1182.
21. G. Roman-Hernandez, R. A. Grant, R. T. Sauer, T. A. Baker, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2009, 106, 8888.
22. A. Bachmair, D. Finley, A. Varshavsky, Science, 1986, 234, 179.
23. D. K. Gonda, A. Bachmair, I. Wunning, J. W. Tobias, W. S. Lane, A. Varshavsky, J. Biol. Chem., 1989, 264, 16700.
24. T. Tasaki, Y. T. Kwon, Trends Biochem. Sci., 2007, 32, 520.
25. K. H. Wang, G. Roman-Hernandez, R. A. Grant, R. T. Sauer, T. A. Baker, Mol. Cell, 2008, 32, 406.
26. Y. T. Kwon, Y. Reiss, V. A. Fried, A. Hershko, J. K. Yoon, D. K. Gonda, P. Sangan, N. G. Copeland, N. A. Jenkins, A. Varshavsky, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1998, 95, 7898.
27. Y. T. Kwon, Z. Xia, J. Y. An, T. Tasaki, I. V. Davydov, J. W. Seo, J. Sheng, Y. Xie, A. Varshavsky, Mol. Cell. Biol., 2003, 23, 8255-8271.
28. D. J. Gibbs, S. C. Lee, N. M. Isa, S. Gramuglia, T. Fukao, G. W. Bassel, C. S. Correia, F. Corbineau, F. L. Theodoulou, J. Bailey-Serres, M. J. Holdsworth, Nature, 2011, 479, 415.
29. M. J. Lee, K. Pal, T. Tasaki, S. Roy, Y. Jiang, J. Y. An, R. Banerjee, Y. T. Kwon, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2008, 105, 100.
30. S. M. Sriram, R. Banerjee, R. S. Kane, Y. T. Kwon, Chem. Biol., 2009, 16, 121.
31. A. Tovchigrechko, I. A. Vakser, Nucleic Acids Res., 2006, 34, W310.
32. M. J. Lee, D. E. Kim, A. Zakrzewska, Y. D. Yoo, S. H. Kim, S. T. Kim, J. W. Seo, Y. S. Lee, G. W. Dorn, 2nd, U. Oh, B. Y. Kim, Y. T. Kwon, J. Biol. Chem., 2012, 287, 24043.
33. J. H. Lee, M. J. Lee, Arch. Pharm. Sci. Res., 2012, 35, 397.
34. J. H. Lee, M. J. Lee, Bull. Korean Chem. Soc., 2012, 33, 433.
35. A. Tovchigrechko, I. A. Vakser, Nucleic Acids Res., 2006, 34, W310.
36. J. P. Stewart, J. Mol. Model., 2007, 13, 1173.
37. S. Sriram, J. H. Lee, B. K. Mai, Y. Jiang, Y. Kim, Y. D. Yoo, R. Banerjee, S.-H. Lee, M. J. Lee, J. Med. Chem., 2013, 56, 2540.