Mass spectrometry based method to increase throughput for kinome analyses using ATP probes

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 9, 2013, Pages 4666-4674

  McAllister, F E ^a   Niepel, M ^a   Haas, W ^a   Huttlin, E ^a   Sorger, P K ^a   Gygi, S P ^a  

^a HARVARD MEDICAL SCHOOL   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CLASSICAL APPROACH; DIFFERENTIAL SENSITIVITY; MODIFICATION STATE; ONCOGENIC TRANSFORMATION; PATHOLOGICAL PROCESS; PHOSPHOPEPTIDE ENRICHMENT; RECEPTOR TYROSINE KINASE; SYSTEMATIC ANALYSIS;

AMINO ACIDS; CELL CULTURE; CHEMICAL ACTIVATION; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR BIOLOGY; PROBES; THROUGHPUT;

ENZYMES;

ADENOSINE TRIPHOSPHATE; PROTEIN KINASE;

ARTICLE; CELL STRAIN MCF 7; CHEMISTRY; HUMAN; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; MOLECULAR PROBE; TUMOR CELL LINE;

ADENOSINE TRIPHOSPHATE; CELL LINE, TUMOR; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MCF-7 CELLS; MOLECULAR PROBES; PROTEIN KINASES;

EID: 84877336178     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac303478g     Document Type: Article

References (26)

1. Fantl, W. J.; Johnson, D. E.; Williams, L. T. Annu. Rev. Biochem. 1993, 62, 453-481
2. Manning, G.; Whyte, D. B.; Martinez, R.; Hunter, T.; Sudarsanam, S. Science 2002, 298, 1912-1934
3. Pharma.org Website. http://newmeds.pharma.org (accessed 2010).
4. Hubbard, S. R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 735-741
5. Sevecka, M.; MacBeath, G. Nat. Methods 2006, 3, 825-831
6. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247
7. Patricelli, M. P.; Szardenings, A. K.; Liyanage, M.; Nomanbhoy, T. K.; Wu, M.; Weissig, H.; Aban, A.; Chun, D.; Tanner, S.; Kozarich, J. W. Biochemistry 2007, 46, 350-358
8. Brehmer, D.; Godl, K.; Zech, B.; Wissing, J.; Daub, H. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 490-500
9. Wissing, J.; Jansch, L.; Nimtz, M.; Dieterich, G.; Hornberger, R.; Keri, G.; Wehland, J.; Daub, H. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 537-547
10. Duncan, J. S.; Whittle, M. C.; Nakamura, K.; Abell, A. N.; Midland, A. A.; Zawistowski, J. S.; Johnson, N. L.; Granger, D. A.; Jordan, N. V.; Darr, D. B.; Usary, J.; Kuan, P. F.; Smalley, D. M.; Major, B.; He, X.; Hoadley, K. A.; Zhou, B.; Sharpless, N. E.; Perou, C. M.; Kim, W. Y.; Gomez, S. M.; Chen, X.; Jin, J.; Frye, S. V.; Earp, H. S.; Graves, L. M.; Johnson, G. L. Cell 2012, 149, 307-321
11. Patricelli, M. P.; Nomanbhoy, T. K.; Wu, J.; Brown, H.; Zhou, D.; Zhang, J.; Jagannathan, S.; Aban, A.; Okerberg, E.; Herring, C.; Nordin, B.; Weissig, H.; Yang, Q.; Lee, J. D.; Gray, N. S.; Kozarich, J. W. Chem. Biol. 2011, 18, 699-710
12. Thompson, A.; Schafer, J.; Kuhn, K.; Kienle, S.; Schwarz, J.; Schmidt, G.; Neumann, T.; Johnstone, R.; Mohammed, A. K.; Hamon, C. Anal. Chem. 2003, 75, 1895-1904
13. Rappsilber, J.; Mann, M.; Ishihama, Y. Nat. Protoc. 2007, 2, 1896-1906
14. Kettenbach, A. N.; Gerber, S. A. Anal. Chem. 2011, 83, 7635-7644
15. Johnson, L. N. Q. Rev. Biophys. 2009, 42, 1-40
16. Kubota, K.; Anjum, R.; Yu, Y.; Kunz, R. C.; Andersen, J. N.; Kraus, M.; Keilhack, H.; Nagashima, K.; Krauss, S.; Paweletz, C.; Hendrickson, R. C.; Feldman, A. S.; Wu, C. L.; Rush, J.; Villen, J.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2009, 27, 933-940
17. Kunz, R. C.; McAllister, F. E.; Rush, J.; Gygi, S. P. Anal. Chem. 2012, 84, 6233-6239
18. Adams, J. A. Chem. Rev. 2001, 101, 2271-2290
19. Jannot, C. B.; Beerli, R. R.; Mason, S.; Gullick, W. J.; Hynes, N. E. Oncogene 1996, 13, 275-282
20. Daly, J. M.; Jannot, C. B.; Beerli, R. R.; Graus-Porta, D.; Maurer, F. G.; Hynes, N. E. Cancer Res. 1997, 57, 3804-3811
21. Wang, Z.; Zhang, L.; Yeung, T. K.; Chen, X. Mol. Biol. Cell 1999, 10, 1621-1636
22. Grossoni, V. C.; Falbo, K. B.; Kazanietz, M. G.; de Kier Joffe, E. D.; Urtreger, A. J. Mol. Carcinog. 2007, 46, 381-390
23. Chin, K.; DeVries, S.; Fridlyand, J.; Spellman, P. T.; Roydasgupta, R.; Kuo, W. L.; Lapuk, A.; Neve, R. M.; Qian, Z.; Ryder, T.; Chen, F.; Feiler, H.; Tokuyasu, T.; Kingsley, C.; Dairkee, S.; Meng, Z.; Chew, K.; Pinkel, D.; Jain, A.; Ljung, B. M.; Esserman, L.; Albertson, D. G.; Waldman, F. M.; Gray, J. W. Cancer Cell 2006, 10, 529-541
24. Gygi, S. P.; Rochon, Y.; Franza, B. R.; Aebersold, R. Mol. Cell. Biol. 1999, 19, 1720-1730
25. Chen, G.; Gharib, T. G.; Huang, C. C.; Taylor, J. M.; Misek, D. E.; Kardia, S. L.; Giordano, T. J.; Iannettoni, M. D.; Orringer, M. B.; Hanash, S. M.; Beer, D. G. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 304-313
26. Heiser, L. M.; Sadanandam, A.; Kuo, W. L.; Benz, S. C.; Goldstein, T. C.; Ng, S.; Gibb, W. J.; Wang, N. J.; Ziyad, S.; Tong, F.; Bayani, N.; Hu, Z.; Billig, J. I.; Dueregger, A.; Lewis, S.; Jakkula, L.; Korkola, J. E.; Durinck, S.; Pepin, F.; Guan, Y.; Purdom, E.; Neuvial, P.; Bengtsson, H.; Wood, K. W.; Smith, P. G.; Vassilev, L. T.; Hennessy, B. T.; Greshock, J.; Bachman, K. E.; Hardwicke, M. A.; Park, J. W.; Marton, L. J.; Wolf, D. M.; Collisson, E. A.; Neve, R. M.; Mills, G. B.; Speed, T. P.; Feiler, H. S.; Wooster, R. F.; Haussler, D.; Stuart, J. M.; Gray, J. W.; Spellman, P. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 2724-2729