Comparison of MM/GBSA calculations based on explicit and implicit solvent simulations

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 15, Issue 20, 2013, Pages 7731-7739

  Godschalk, Frithjof ^a   Genheden, Samuel ^a   Söderhjelm, Pär ^a   Ryde, Ulf ^a  

^a LUND UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LIGAND; PROTEIN; SOLVENT;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPARATIVE STUDY; MOLECULAR DYNAMICS; SURFACE PROPERTY;

LIGANDS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEINS; SOLVENTS; SURFACE PROPERTIES;

EID: 84877283815     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3cp00116d     Document Type: Article

References (44)

1. J. Srinivasan T. E. Cheatham III P. Cieplak P. A. Kollman D. A. Case J. Am. Chem. Soc. 1998 120 9401 9409
2. P. A. Kollman I. Massova C. Reyes B. Kuhn S. Huo L. Chong M. Lee T. Lee Y. Duan W. Wang O. Donini P. Cieplak J. Srinivasan D. A. Case T. E. Cheatham, III Acc. Chem. Res. 2000 33 889 897
3. N. Foloppe R. Hubbard Curr. Med. Chem. 2006 13 3583 3608
4. N. Homeyer H. Gohlke Mol. Inf. 2012 31 114 122
5. I. Massova P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1999 121 8133 8143
6. V. Zoete O. Michielin Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007 67 1026 1047
7. M. R. Lee J. Tsai D. Baker P. A. Kollman J. Mol. Biol. 2001 313 417 430
8. B. R. Miller III T. D. McGee Jr. J. M. Swails N. Homeyer H. Gohlke A. E. Roitberg J. Chem. Theory Comput. 2012 8 3314 3321
9. S. Genheden T. Luchko S. Gusarov A. Kovalenko U. Ryde J. Phys. Chem. B 2010 114 8505 8516
10. A. Weis K. Katebzadeh P. Söderhjelm I. Nilsson U. Ryde J. Med. Chem. 2006 49 6596 6606
11. S. Genheden U. Ryde J. Comput. Chem. 2010 31 837 846
12. P. Sörme P. Arnoux B. Kahl-Knutsson H. Leffler J. M. Rini U. J. Nilsson J. Am. Chem. Soc. 2005 127 1737 1743
13. C. Diehl O. Engström T. Delaine M. Håkansson S. Genheden K. Modig H. Leffler U. Ryde U. Nilsson M. Akke J. Am. Chem. Soc. 2010 132 14577 14589
14. V. Hornak R. Abel A. Okur B. Strockbine A. Roitberg C. Simmerling Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006 65 712
15. J. M. Wang R. M. Wolf K. W. Caldwell P. A. Kollman D. A. Case J. Comput. Chem. 2004 25 1157 1174
16. C. I. Bayly P. Cieplak W. D. Cornell P. A. Kollman J. Phys. Chem. 1993 97 10269 10280
17. B. H. Besler K. M. Merz P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1990 11 431 439
18. J. Mongan C. Simmerling J. A. McCammon D. A. Case A. Onufriev J. Chem. Theory Comput. 2007 3 156 169
19. A. Onufriev D. Bashford D. A. Case Proteins 2004 55 383 394
20. A. Bondi J. Phys. Chem. 1964 68 441 451
21. B. Kuhn P. A. Kollman J. Med. Chem. 2000 43 3786 3791
22. J. Weiser P. S. Shenkin W. C. Still J. Comput. Chem. 1999 20 217 230
23. X. Wu B. R. Brooks Phys. Lett. 2003 381 512 518
24. J. P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327 341
25. H. W. Horn W. C. Swope J. W. Pitera J. D. Madura T. J. Dick G. Hura T. Head-Gordon J. Chem. Phys. 2004 120 9665 9678
26. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma E. F. van Gunsteren A. DiNola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684 3690
27. M. R. Shirts D. L. Mobley J. D. Chodera V. S. Pande J. Phys. Chem. B 2007 111 13052 13063
28. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
29. S. Genheden U. Ryde Proteins 2012 80 1326 1342
30. J. Kongsted U. Ryde J. Comput. Aided Mol. Des. 2009 23 63 71
31. S. Genheden O. Kuhn P. Mikulskis D. Hoffmann U. Ryde J. Chem. Inf. Model. 2012 52 2079 2088
32. M. Kolar J. Fanfrik P. Hobza J. Phys. Chem. B 2011 115 4718 4724
33. V. M. Anisimov C. N. Cavasotto J. Comput. Chem. 2011 32 2254 2263
34. B. Kuhn P. Gerber T. Schultz-Gasch M. Stahl J. Med. Chem. 2005 48 4040 4048
35. G. Rastelli A. Del Rio G. Degliesposti M. Sgobba J. Comput. Chem. 2010 31 797 810
36. C. R. W. Guimaraes M. Cardozo J. Chem. Inf. Model. 2008 58 958 970
37. C. Rapp C. Kalyanaraman A. Schiffmiller E. L. Schoenbrun M. P. Jacobson J. Chem. Inf. Model. 2011 51 2082 2089
38. X. Daura K. Gademann B. Jaun D. Seebach W. F. Van Gunsteren A. E. Mark Angew. Chem., Int. Ed. 1999 38 236 240
39. S. Genheden P. Mikulskis L. Hu J. Kongsted P. Söderhjelm U. Ryde J. Am. Chem. Soc. 2011 133 13081 13092
40. K. Raha M. B Peters B. Wang N. Yu A. M. Wollacott L. M. Westerhoff K. M. Merz Drug Discovery Today 2007 12 725 731
41. P. Söderhjelm, S. Genheden and U. Ryde, Quantum mechanics in structure-based ligand design, in Protein-ligand interactions, ed., H. Gohlke, Methods and principles in medicinal chemistry, Wiley-VCH Verlag, Weinheim, 2012, vol. 53, pp. 121-143
42. R. P. Muller A. Warshel J. Phys. Chem. B 1995 99 17 516
43. T. H. Rod U. Ryde Phys. Rev. Lett. 2005 94 138302
44. J. Heimdal U. Ryde Phys. Chem. Chem. Phys. 2012 14 12592 12604