Noncovalent interactions of DNA bases with naphthalene and graphene

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 4, 2013, Pages 2090-2096

  Cho, Yeonchoo ^a   Min, Seung Kyu ^a,d   Yun, Jeonghun ^a   Kim, Woo Youn ^b   Tkatchenko, Alexandre ^c   Kim, Kwang S ^a  

^a Pohang University of Science and Technology (POSTECH)   (South Korea)

^b Korea Advanced Institute of Science and Technology (KAIST)   (South Korea)

^c FRITZ HABER INSTITUT DER MAX PLANCK GESELLSCHAFT   (Germany)

^d MAX PLANCK INSTITUTE OF MICROSTRUCTURE PHYSICS   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84875982011     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct301097u     Document Type: Article

References (66)

1. Kim, K. S.; Tarakeshwar, P.; Lee, J. Y. Chem. Rev. 2000, 100, 4145
2. Hobza, P.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. Chem. Rev. 1994, 94, 1767
3. Hunter, C. A.; Sanders, J. K. M. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 5525
4. Hoeben, F. J. M.; Jonkheijm, P.; Meijer, E. W.; Schenning, A. P. H. J. Chem. Rev. 2005, 105, 1491
5. Lee, J. Y.; Hong, B. H.; Kim, W. Y.; Min, S. K.; Kim, Y.; Jouravlev, M. V.; Bose, R.; Kim, K. S.; Hwang, I.-C.; Kaufman, L. J.; Wong, C. W.; Kim, P.; Kim, K. S. Nature 2009, 460, 498
6. Meyer, E. A.; Castellano, R. K.; Diederich, F. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 1210
7. Che, Y.; Datar, A.; Balakrishnan, K.; Zang, L. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 7234
8. Hong, B. H.; Bae, S. C.; Lee, C.-W.; Jeong, S.; Kim, K. S. Science 2001, 294, 348
9. Sessler, J. L.; Lawrence, C. M.; Jayawickramarajah, J. Chem. Soc. Rev. 2007, 36, 314
10. Ma, J. C.; Dougherty, D. A. Chem. Rev. 1997, 97, 1303
11. Podeszwa, R.; Bukowski, R.; Szalewicz, K. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 10345
12. Singh, N. J.; Min, S. K.; Kim, D. Y.; Kim, K. S. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 515
13. Tarakeshwar, P.; Choi, H. S.; Kim, K. S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3323
14. Lee, E. C.; Hong, B. H.; Lee, J. Y.; Kim, J. C.; Kim, D.; Kim, Y.; Tarakeshwar, P.; Kim, K. S. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4530
15. Bloom, J. W. G.; Raju, R. K.; Wheeler, S. E. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 3167
16. Pitoňák, M.; Neogrády, P.; Riezáč, J.; Jurečka, P.; Urban, M.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1829
17. Lee, E. C.; Kim, D.; Jurečka, P.; Tarakeshwar, P.; Hobza, P.; Kim, K. S. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 3446
18. Sinnokrot, M. O.; Sherrill, C. D. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 10656
19. Sinnokrot, M. O.; Sherrill, C. D. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10200
20. Ringer, A. L.; Sinnokrot, M. O.; Lively, R. P.; Sherrill, C. D. Chem.-Eur. J. 2006, 12, 3821
21. Tsuzuki, S.; Honda, K.; Uchimaru, T.; Mikami, M. J. Chem. Phys. 2006, 125, 124304
22. Tkatchenko, A.; Alfè, D.; Kim, K. S. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4317
23. Antony, J.; Grimme, S. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 4862
24. Piacenza, M.; Grimme, S. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14841
25. Jurečka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15608
26. Jurečka, P.; Šponer, J.; Černý, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985
27. Šponer, J.; Riley, K. E.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2595
28. Geim, A. K. Science 2009, 324, 1530
29. Kim, K. S.; Zhao, Y.; Jang, H.; Lee, S. Y.; Kim, J. M.; Kim, K. S.; Ahn, J.-H.; Kim, P.; Choi, J.-Y.; Hong, B. H. Nature 2009, 457, 706
30. Schwierz, F. Nat. Nanotechnol. 2010, 5, 487
31. Kim, W. Y.; Kim, K. S. Nat. Nanotechnol. 2008, 3, 408
32. Park, J.; Lee, W. H.; Huh, S.; Sim, S. H.; Kim, S. B.; Cho, K.; Hong, B. H.; Kim, K. S. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 841
33. Williams, J. R.; Low, T.; Lundstrom, M. S.; Marcus, C. M. Nat. Nanotechnol. 2011, 6, 222
34. Chandra, V.; Park, J.; Chun, Y.; Lee, J. W.; Hwang, I.-C.; Kim, K. S. ACS Nano 2010, 4, 3979
35. Du, X.; Skachko, I.; Barker, A.; Andrei, E. Y. Nat. Nanotechnol. 2008, 3, 491
36. Sun, Y.; Wu, Q.; Shi, G. Energy Environ. Sci. 2011, 4, 1113
37. Georgakilas, V.; Otyepka, M.; Bourlinos, A. B.; Chandra, V.; Kim, N.; Kemp, K. C.; Hobza, P.; Zboril, R.; Kim, K. S. Chem. Rev. 2012, 112, 6156
38. Min, S. K.; Kim, W. Y.; Cho, Y.; Kim, K. S. Nat. Nanotechnol. 2011, 6, 162
39. Min, S. K.; Cho, Y.; Mason, D. R.; Lee, J. Y.; Kim, K. S. J. Phys. Chem. C 2011, 115, 16247
40. Gowtham, S.; Scheicher, R. H.; Ahuja, R.; Pandey, R.; Karna, S. P. Phys. Rev. B 2007, 76, 033401
41. Antony, J.; Grimme, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 4862
42. Berland, K.; Chakarova-Käck, S. D.; Cooper, V. R.; Langreth, D. C.; Schröder, E. J. Phys.: Condens. Matter 2011, 23, 135001
43. Dion, M.; Rydberg, H.; Schröder, E.; Langreth, D. C.; Lundqvist, B. I. Phys. Rev. Lett. 2004, 92, 246401
44. Le, D.; Kara, A.; Schröder, E.; Hyldgaard, P.; Rahman, T. S. J. Phys.: Condens. Matter 2012, 24, 424210
45. Spiwok, V.; Hobza, P.; Řezáč, J. J. Phys. Chem. C 2011, 115, 19455
46. Misquitta, A. J.; Podeszwa, R.; Jeziorski, B.; Szalewicz, K. J. Chem. Phys. 2005, 123, 214103
47. Klimeš, J.; Bowler, D. R.; Michaelides, A. Phys. Rev. B 2011, 83, 195131
48. Lee, K.; Murray, é. D.; Kong, L.; Lundqvist, B. I.; Langreth, D. C. Phys. Rev. B 2010, 82, 081101
49. Tkatchenko, A.; Scheffler, M. Phys. Rev. Lett. 2009, 102, 073005
50. Elstner, M.; Hobza, P.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Kaxiras, E. J. Chem. Phys. 2001, 114, 5149
51. Min, S. K.; Lee, E. C.; Lee, H. M.; Kim, D. Y.; Kim, D.; Kim, K. S. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1208
52. Sinnokrot, M. O.; Valeev, E. F.; Sherrill, C. D. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10887
53. Werner, H. J.; Knowles, P. J.; Knizia, G.; Manby, F. R.; Schütz, M.; Celani, P.; Korona, T.; Lindh, R.; Mitrushenkov, A.;; Rauhut, G.; Shamasundar, K. R.; Adler, T. B.; Amos, R. D.; Bernhardsson, A.; Berning, A.; Cooper, D. L.; Deegan, M. J. O.; Dobbyn, A. J.; Eckert, F.; Goll, E.; Hampel, C.; Hesselmann, A.; Hetzer, G.; Hrenar, T.; Jansen, G.; Köppl, C.; Liu, Y.; Lloyd, A. W.; Mata, R. A.; May, A. J.; McNicholas, S. J.; Meyer, W.; Mura, M. E.; Nicklass, A.; O'Neill, D. P.; Palmieri, P.; Pflüger, K.; Pitzer, R.; Reiher, M.; Shiozaki, T.; Stoll, H.; Stone, A. J.; Tarroni, R.; Thorsteinsson, T.; Wang, M.; Wolf, A. MOLPRO a package of ab initio programs molpro, version 2010.1; University College Cardiff Consultants Limited: Cardiff, U.K., 2010.
54. Grimme, S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 9095
55. Grüning, M.; Gritsenko, O. V.; van Gisbergen, S. J. A.; Baerends, E. J. J. Chem. Phys. 2001, 114, 652
56. Adamo, C.; Barone, V. J. Chem. Phys. 1999, 110, 6158
57. Grimme, S.; Antony, J.; Ehrlich, S.; Krieg, H. J. Chem. Phys. 2010, 132, 154104
58. Kresse, G.; Furthmüller, J. Phys. Rev. B 1996, 54, 11169
59. Román-Pérez, G.; Soler, J. M. Phys. Rev. Lett. 2009, 103, 096102
60. Blum, V.; Gehrke, R.; Hanke, F.; Havu, P.; Havu, V.; Ren, X.; Reuter, K.; Scheffler, M. Comput. Phys. Commun. 2009, 180, 2175
61. Tkatchenko, A.; DiStasio, R. A.; Car, R.; Scheffler, M. Phys. Rev. Lett. 2012, 108, 236402
62. Bachorz, R. A.; Bischoff, F. A.; Glöß, A.; Hättig, C.; Höfener, S.; Klopper, W.; Tew, D. P. J. Comput. Chem. 2011, 32, 2492
63. Hättig, C.; Tew, D. P.; Köhn, A. J. Chem. Phys. 2010, 132, 231102
64. Marshall, M. S.; Sherrill, C. D. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 3978
65. Podeszwa, R.; Szalewicz, K. J. Chem. Phys. 2012, 136, 161102
66. Tkatchenko, A.; Ambrosetti, A.; DiStasio, J. R. A. J. Chem. Phys. 2013, 138, 074106