Development of a natural products database from the biodiversity of Brazil

Journal of Natural Products

Volumn 76, Issue 3, 2013, Pages 439-444

  Valli, Marilia ^a   Dos Santos, Ricardo N ^b   Figueira, Leandro D ^a   Nakajima, Cíntia H ^a   Castro Gamboa, Ian ^a   Andricopulo, Adriano D ^b   Bolzani, Vanderlan S ^a  

^a SÃO PAULO STATE UNIVERSITY UNESP   (Brazil)

^b UNIVERSITY OF SÃO PAULO   (Brazil)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

NATURAL PRODUCT;

ARTICLE; BIODIVERSITY; BRAZIL; CHEMICAL DATABASE; DRUG SCREENING; INFORMATION PROCESSING; METABOLOMICS;

BIODIVERSITY; BIOLOGICAL AGENTS; BRAZIL; DATABASES, FACTUAL; INTERNET; MOLECULAR STRUCTURE;

EID: 84875470601     PISSN: 01633864     EISSN: 15206025     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/np3006875     Document Type: Article

References (41)

1. Koehn, E. F.; Carter, T. G. Nat. Rev. Drug Discovery 2005, 4, 206-220
2. Chin, Y. W.; Balunas, M. J.; Chai, H. B.; Kinghorn, A. D. AAPS J. 2006, 8, E239-E253
3. Newman, D. J.; Cragg, G. M. J. Nat. Prod. 2007, 70, 461-477
4. Newman, D. J. J. Med. Chem. 2008, 51, 2589-2599
5. Kinghorn, A. D.; Pan, L.; Fletcher, J. N.; Chai, H. J. Nat. Prod. 2011, 74, 1539-1555
6. Newman, D. J.; Cragg, G. M. J. Nat. Prod. 2012, 75, 311-335
7. Li, J. W. H.; Vederas, J. C. Science 2009, 325, 161-165
8. Bolzani, V. S.; Valli, M.; Pivatto, M.; Viegas, C., Jr. Pure Appl. Chem. 2012, 84, 1837-1846
9. De Luca, V.; Salim, V.; Atsumi, S. M.; Yu, F. Science 2012, 336, 1658-1661
10. Bolzani, V. S.; Castro-Gamboa, I.; Silva, D. H. S. In Comprehensive Natural Products II Chemistry and Biology; Verpoorte, R., Ed.; Elsevier: Oxford, UK, 2010; Vol. 3, Chapter 3.05, pp 95-133.
11. Silva, G. H.; Teles, H. L.; Zanardi, L. M.; Young, M. C. M.; Eberlin, M. N.; Hadad, R.; Pfenning, L. H.; Costa-Neto, C. M.; Castro-Gamboa, I.; Bolzani, V. S.; Araujo, A. R. Phytochemistry 2006, 67, 1964-1969
12. Joly, C. A.; Rodrigues, R. R.; Metzger, J. P.; Haddad, C. F. B.; Verdade, L. M.; Oliveira, M. C.; Bolzani, V. S. Science 2010, 328, 1358-1359
13. Ferreira, P. M. P.; Santos, A. G.; Tininis, A. G.; Costa, P. M.; Cavalheiro, A. J.; Bolzani, V. S.; Moraes, M. O.; Costa-Lotufo, L. V.; Montenegro, R. C.; Pessoa, C. Chem. Biol. Interact. 2010, 188, 497-504
14. Flausino, O., Jr.; Santos, L. A.; Verli, H.; Pereira, A. M.; Bolzani, V. S.; Nunes-de-Souza, R. L. J. Nat. Prod. 2007, 70, 48-53
15. Viegas, C., Jr.; Bolzani, V. S.; Pimentel, L. S. B.; Castro, N. G.; Cabral, R. F.; Costa, R. S.; Floyd, C.; Rocha, M. S.; Young, M. C. M.; Barreiro, E. J.; Fraga, C. A. M. Bioorg. Med. Chem. 2005, 13, 4184-4190
16. Valli, M.; Danuello, A.; Pivatto, M.; Saldaña, J. C.; Heinzen, H.; Domínguez, L.; Campos, V. P.; Marqui, S. R.; Young, M. C. M.; Viegas, C., Jr.; Silva, D. H. S.; Bolzani, V. S. Curr. Med. Chem. 2011, 18, 3423-3430
17. Moda, T. L.; Torres, L. G.; Carrara, A. E.; Andricopulo, A. D. Bioinformatics 2008, 24, 2270-2271
18. NuBBE: Núcleo de Bioensaios, Biossíntese e Ecofisiologia de Produtos Naturais. NuBBE Database (http://nubbe.iq.unesp.br/nubbeDB.html), accessed September 10, 2012.
19. Cole, J. C.; Nissink, J. W. M.; Taylor, R. In Virtual Screening in Drug Discovery; Shoichet, B.; Alvarez, J., Eds.; Taylor & Francis CRC Press: Boca Raton, FL, USA, 2005; Vol. 1, Chapter 15, pp 379-415.
20. Jain, A. N. J. Med. Chem. 2003, 46, 499-511
21. Ewing, T. J. A.; Makino, S.; Skillman, G.; Kuntz, I. D. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2001, 15, 411-428
22. Rarey, M.; Kramer, B.; Lengauer, T.; Klebe, G. J. Mol. Biol. 1996, 261, 470-489
23. Lipinski, C. A.; Lombardo, F.; Dominy, B. W.; Feeney, P. J. Adv. Drug. Delivery Rev. 1997, 23, 4-25
24. Veber, D. F.; Johnson, S. R.; Cheng, H. Y.; Smith, B. R.; Ward, K. W.; Kopple, K. D. J. Med. Chem. 2002, 45, 2615-2623
25. Lipinski, C. A. Drug Discovery Today: Technol. 2004, 1, 337-341
26. Clark, D. E.; Pickett, S. D. Drug Discovery Today. 2000, 5, 49-58
27. Lipinski, C. A. J. Pharmacol. Toxicol. 2000, 44, 235-249
28. Quinn, R. J.; Carroll, A. R.; Pham, N. B.; Baron, P.; Palframan, M. E.; Suraweera, L.; Pierens, G. K.; Muresan, S. J. Nat. Prod. 2008, 71, 464-468
29. ZINC database (http://zinc.docking.org/), accessed September 10, 2012.
30. Irwin, J. J.; Shoichet, B. K. J. Chem. Inform. Model. 2005, 45, 177-182
31. Oprea, T. I.; Allu, T. K.; Fara, D. C.; Rad, R. F.; Ostopovici, L.; Bologa, C. G. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2007, 21, 113-119
32. Van Deursen, R.; Blum, L. C.; Reymond, J. L. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2011, 25, 649-662
33. Congreve, M.; Carr, R.; Murray, C.; Jhoti, H. Drug Discovery Today 2003, 8, 876-877
34. Carr, R. A. E.; Congreve, M.; Murray, C. W.; Rees, D. C. Drug Discovery Today 2005, 10, 987-992
35. Santos, R. N.; Guido, R. V. C.; Oliva, G.; Dias, L. C.; Andricopulo, A. D. Med. Chem. 2011, 7, 155-164
36. Molinspiration Cheminformatics (http://molinspiration.com), accessed September 10, 2012.
37. Ertl, P.; Rohde, B.; Selzer, P. J. Med. Chem. 2000, 43, 3714-3717
38. Akhoon, B. A.; Gupta, S. K.; Dhaliwal, G.; Srivastava, M.; Gupta, S. K. J. Mol. Model. 2011, 17, 265-73
39. Pieroni, M.; Lilienkampf, A.; Wang, Y.; Wan, B.; Cho, S.; Franzblau, S. G.; Kozikowski, A. P. ChemMedChem. 2010, 5, 1667-1672
40. Hsin, K. Y.; Morgan, H. P.; Shave, S. R.; Hinton, A. C.; Taylor, P.; Walkinshaw, M. D. Nucleic Acids Res. 2011, 39, D1042
41. Steinbeck, C.; Han, Y.; Kuhn, S.; Horlacher, O.; Luttmann, E.; Willighagen, E. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2003, 43, 493-500