Differentiation of CC vs CXC Chemokine dimers with GAG octasaccharide binding partners: An ion mobility mass spectrometry approach

Journal of the American Chemical Society

Volumn 135, Issue 11, 2013, Pages 4325-4332

  Seo, Youjin ^a   Andaya, Armann ^a   Bleiholder, Christian ^b   Leary, Julie A ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARRIVAL-TIME DISTRIBUTIONS; BINDING PARTNERS; CHEMOATTRACTANTS; GLYCOSAMINOGLYCANS; ION MOBILITY-MASS SPECTROMETRY; LEUKOCYTE MIGRATION; STRUCTURAL CHARACTERIZATION; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

DIMERS; ISOMERS; MASS SPECTROMETRY; OLIGOMERIZATION; PEPTIDES; PHYSIOLOGICAL MODELS; PHYSIOLOGY; POLYSACCHARIDES;

OLIGOSACCHARIDES;

DIMER; GLYCOSAMINOGLYCAN; INTERLEUKIN 8; ION; MONOCYTE CHEMOTACTIC PROTEIN 1;

ARTICLE; CHEMICAL INTERACTION; COMPLEX FORMATION; CONFORMATION; CONTROLLED STUDY; DISSOCIATION; ISOMER; OLIGOMERIZATION; SULFATION; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

CHEMOKINE CCL2; HEPARIN; HUMANS; INTERLEUKIN-8; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN MULTIMERIZATION; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 84875451109     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja310915m     Document Type: Article

References (71)

1. Varki, A. Essentials of glycobiology, 2 nd ed.; Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY, 2009.
2. Dwek, R. A. Chem. Rev. 1996, 96, 683
3. Lee, Y. C. FASEB J. 1992, 6, 3193
4. Qasba, P. K.; Ramakrishnan, B.; Boeggeman, E. Curr. Drug Targets 2008, 9, 292
5. Ernst, B.; Magnani, J. L. Nat. Rev. Drug Discov. 2009, 8, 661
6. Karlsson, K. A. Trends Pharmacol. Sci. 1991, 12, 265
7. Mazik, M. Chem. Soc. Rev. 2009, 38, 935
8. Weis, W. I.; Drickamer, K. Annu. Rev. Biochem. 1996, 65, 441
9. Poveda, A.; Jimenez-Barbero, J. Chem. Soc. Rev. 1998, 27, 133
10. Smith, E. A.; Thomas, W. D.; Kiessling, L. L.; Corn, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6140
11. de la Fuente, J. M.; Penades, S. Glycoconjugate J. 2004, 21, 149
12. Sinz, A. ChemMedChem 2007, 2, 425
13. Loo, J. A. Mass Spectrom. Rev. 1997, 16, 1
14. Leary, J. A.; Schenauer, M. R.; Stefanescu, R.; Andaya, A.; Ruotolo, B. T.; Robinson, C. V.; Thalassinos, K.; Scrivens, J. H.; Sokabe, M.; Hershey, J. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1699
15. Schenauer, M. R.; Leary, J. A. Int. J. Mass Spectrom. 2009, 287, 70
16. Ninonuevo, M. R.; Leary, J. A. Anal. Chem. 2012, 84, 3208
17. Schenauer, M. R.; Meissen, J. K.; Seo, Y.; Ames, J. B.; Leary, J. A. Anal. Chem. 2009, 81, 10179
18. Bleiholder, C.; Dupuis, N. F.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Nature Chem. 2011, 3, 172
19. von Helden, G.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Science 1995, 267, 1483
20. Bohrer, B. C.; Mererbloom, S. I.; Koeniger, S. L.; Hilderbrand, A. E.; Clemmer, D. E. Annu. Rev. Anal. Chem. 2008, 1, 293
21. Akashi, S. Med. Res. Rev. 2006, 26, 339
22. Uetrecht, C.; Rose, R. J.; van Duijn, E.; Lorenzen, K.; Heck, A. J. R. Chem. Soc. Rev. 2010, 39, 1633
23. Pukala, T. L.; Ruotolo, B. T.; Zhou, M.; Politis, A.; Stefanescu, R.; Leary, J. A.; Robinson, C. V. Structure 2009, 17, 1235
24. Wang, S. C.; Politis, A.; Di Bartolo, N.; Bavro, V. N.; Tucker, S. J.; Booth, P. J.; Barrera, N. P.; Robinson, C. V. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 15468
25. Uetrecht, C.; Barbu, I. M.; Shoemaker, G. K.; van Duijn, E.; Heck, A. J. R. Nature Chem. 2011, 3, 126
26. Bernstein, S. L.; Dupuis, N. F.; Lazo, N. D.; Wyttenbach, T.; Condron, M. M.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Shea, J. E.; Ruotolo, B. T.; Robinson, C. V.; Bowers, M. T. Nature Chem. 2009, 1, 326
27. Wyttenbach, T.; von Helden, G.; Batka, J. J.; Carlat, D.; Bowers, M. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 275
28. Shvartsburg, A. A.; Jarrold, M. F. Chem. Phys. Lett. 1996, 261, 86
29. Mesleh, M. F.; Hunter, J. M.; Shvartsburg, A. A.; Schatz, G. C.; Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16082
30. Bleiholder, C.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. 2011, 308, 1
31. Bleiholder, C.; Contreras, S.; Do, T. D.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. 2012, in press.
32. Anderson, S. E.; Bleiholder, C.; Brocker, E. R.; Stang, P. J.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. 2012, 330, 78
33. Sallusto, F.; Baggiolini, M. Nat. Immunol. 2008, 9, 949
34. Webb, L. M.; Ehrengruber, M. U.; Clark-Lewis, I.; Baggiolini, M.; Rot, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 7158
35. Cyster, J. G. Science 1999, 286, 2098
36. Rossi, D.; Zlotnik, A. Annu. Rev. Immunol. 2000, 18, 217
37. Hoogewerf, A. J.; Kuschert, G. S. V.; Proudfoot, A. E. I.; Borlat, F.; ClarkLewis, I.; Power, C. A.; Wells, T. N. C. Biochemistry 1997, 36, 13570
38. Lau, E. K.; Paavola, C. D.; Johnson, Z.; Gaudry, J. P.; Geretti, E.; Borlat, F.; Kungl, A. J.; Proudfoot, A. E.; Handel, T. M. J. Biol. Chem. 2004, 279, 22294
39. Powell, A. K.; Yates, E. A.; Fernig, D. G.; Turnbull, J. E. Glycobiology 2004, 14, 17r
40. Proudfoot, A. E. I.; Handel, T. M.; Johnson, Z.; Lau, E. K.; LiWang, P.; Clark-Lewis, I.; Borlat, F.; Wells, T. N. C.; Kosco-Vilbois, M. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 1885
41. Hirose, J.; Kawashima, H.; Yoshie, O.; Tashiro, K.; Miyasaka, M. J. Biol. Chem. 2001, 276, 5228
42. Baldwin, E. T.; Weber, I. T.; Stcharles, R.; Xuan, J. C.; Appella, E.; Yamada, M.; Matsushima, K.; Edwards, B. F. P.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Wlodawer, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 502
43. Bitomsky, W.; Wade, R. C. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 3004
44. Lubkowski, J.; Bujacz, G.; Boque, L.; Domaille, P. J.; Handel, T. M.; Wlodawer, A. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 64
45. Seo, Y.; Andaya, A.; Leary, J. A. Anal. Chem. 2012, 84, 2416
46. Ruotolo, B. T.; Benesch, J. L.; Sandercock, A. M.; Hyung, S. J.; Robinson, C. V. Nat. Protoc. 2008, 3, 1139
47. Scarff, C. A.; Thalassinos, K.; Hilton, G. R.; Scrivens, J. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 22, 3297
48. Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 577
49. RCSB Protein Data Bank, http://www.rcsb.org.
50. Duan, Y.; Chowdhury, S.; Xiong, G.; Wu, C.; Zhang, W.; Lee, T.; Cieplak, P.; Caldwell, J.; Luo, R.; Wang, J.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999
51. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. Amber03; University of California, San Francisco, 2004.
52. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327
53. Lee, B.; Richards, F. M. J. Mol. Biol. 1971, 55, 379
54. Edelsbrunner, H. Discrete Comput. Geom. 1995, 13, 415
55. Sanner, M.; Olson, A. J.; Spehner, J. C. Biopolymers 1996, 38, 305
56. Wilson, J. A.; Bender, A.; Kaya, T.; Clemons, P. A. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 2231
57. Garland, M.; Heckbert, P. S. Proc. Visualization '98 1998, 263
58. Barber, C. B.; Dobkin, D. P.; Huhdanpaa, H. ACM Trans. Mathematical Software 1996, 22, 469
59. Mason, E. A.; McDaniel, E. W. Transport properties of ions in gases; Wiley: New York, 1988.
60. Kaltashov, I. A.; Mohimen, A. Anal. Chem. 2005, 77, 5370
61. Murphy, P. M.; Baggiolini, M.; Charo, I. F.; Hebert, C. A.; Horuk, R.; Matsushima, K.; Miller, L. H.; Oppenheim, J. J.; Power, C. A. Pharmacol. Rev. 2000, 52, 145
62. Bizzarri, C.; Beccari, A. R.; Bertini, R.; Cavicchia, M. R.; Giorgini, S.; Allegretti, M. Pharmacol. Ther. 2006, 112, 139
63. Clore, G. M.; Appella, E.; Yamada, M.; Matsushima, K.; Gronenborn, A. M. Biochemistry 1990, 29, 1689
64. Spillmann, D.; Witt, D.; Lindahl, U. J. Biol. Chem. 1998, 273, 15487
65. Handel, T. M.; Domaille, P. J. Biochemistry 1996, 35, 6569
66. Lortat-Jacob, H.; Grosdidier, A.; Imberty, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1229
67. Krieger, E.; Geretti, E.; Brandner, B.; Goger, B.; Wells, T. N.; Kungl, A. J. Proteins 2004, 54, 768
68. Kuschert, G. S.; Hoogewerf, A. J.; Proudfoot, A. E.; Chung, C. W.; Cooke, R. M.; Hubbard, R. E.; Wells, T. N.; Sanderson, P. N. Biochemistry 1998, 37, 11193
69. Ludwig, R. J. Curr. Drug Discov. Technol. 2009, 6, 281
70. Yu, Y.; Sweeney, M. D.; Saad, O. M.; Crown, S. E.; Hsu, A. R.; Handel, T. M.; Leary, J. A. J. Biol. Chem. 2005, 280, 32200
71. Nesmelova, I. V.; Sham, Y.; Gao, J. L.; Mayo, K. H. J. Biol. Chem. 2008, 283, 24155