Docking of glycosaminoglycans to heparin-binding proteins: Validation for aFGF, bFGF, and antithrombin and application to IL-8

Journal of the American Chemical Society

Volumn 121, Issue 13, 1999, Pages 3004-3013

  Bitomsky, Wolfgang ^a   Wade, Rebecca C ^a  

^a EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR; ANTITHROMBIN; ARGININE; BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR; DISACCHARIDE; GLYCOSAMINOGLYCAN; HEPARIN; HEPARIN BINDING PROTEIN; HISTIDINE; INTERLEUKIN 8; LYSINE; MONOSACCHARIDE; SUGAR;

ARTICLE; BINDING SITE; IMMUNE RESPONSE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PROTEIN INTERACTION;

EID: 0033531628     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja983319g     Document Type: Article

References (50)

1. Kjellén, L.; Lindahl, U. Annu. Rev. Biochem. 1991, 60, 443-475.
2. Lindahl, U.; Lidholt, K.; Spillman, D.; Kjellén, L. Thromb. Res. 1994, 75, 1-32.
3. Yayon, A.; Klagsbrun, M.; Esko, J. D.; Leder, P.; Ornitz, D. M. Cell 1991, 64, 841-848.
4. Prestrelski, S.; Fox, G. M.; Arakawa, T. Arch. Biochem. Biophys. 1992, 293, 314-319.
5. Bjork, I.; Lindahl, V. Mol. Cell. Biochem. 1982, 48, 161-182.
6. Comper, W. D. Heparin and related polysaccharides: Gordon & Breach: New York, 1981.
7. Gallagher, J. T.; Walker, A. Biochem. J. 1985, 230, 665-674.
8. Cardin, A. D.; Detemer, D. A.; Weintraub, H. J. R.; Jackson, R. L. Methods Enzymol. 1991, 203, 556-583.
9. Margalit, H.; Fischer, N.; Ben-Sasson, S. A. J. Biol. Chem. 1993, 268, 19228-19231.
10. Thompson, L. D.; Pantoliano, M. W.; Springer, B. A. Biochemistry 1994, 33, 3831-3840.
11. Raggazzi, M.; Ferro, D. R.; Perly, B.; Sinay, P.; Petitou, M.; Choay, J. Carbohydr. Res. 1990, 195, 169-185.
12. Witt, D. P.; Lander, A. D. Curr. Biol. 1994, 4, 394-400.
13. Maccarana, M.; Casu, B.; Lindahl, U. J. Biol. Chem. 1993, 268, 23898-23905.
14. Turnbull, J. E.; Fernig, D. G.; Ke, Y.; Wilkinson, M. C.; Gallagher, J. T. J. Biol. Chem. 1992, 267, 10337-10341.
15. Grootenhuis, P. D. J.; van Boeckel, C. A. A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 2743-2747.
16. Stuckey, J. A.; Charles, R. S.; Edwards, B. F. P. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1992, 14, 277-287.
17. Faham, S.; Hileman, R. E.; Fromm, J. R.; Linhardt, R. J.; Rees, D. C. Science 1996, 271, 1116-1120.
18. DiGabriele, A. D.; Lax, I.; Chen, D. I.; Svahn, C. M.; Jaye, M.; Schlessinger, J.; Hendrickson, W. A. Nature 1998, 393, 812-817.
19. Jin, L.; Abrahams, J. P.; Skinner, R.; Petitou, M.; Pike, R. N.; Carrell, R. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 14683-14688.
20. Goodford, P. J. J. Med. Chem. 1985, 28, 849-857.
21. Goodsell, D. S.; Morris, G. M.; Olson, A. J. J. Mol. Recognit. 1996, 9, 1-5.
22. Ewing, T. J. A.; Kuntz, I. D. J. Comp. Chem. 1997, 18, 1175-1189.
23. Hoogwerf, A. J.; Kuschert, G. S. V.; Proudfoot, A. E. J.; Borlat, F.; Clark-Lewis, I.; Power, C. A.; Wells, T. N. C. Biochemistry 1997, 36, 13570-13578.
24. Webb, L. M. C.; Ehrengruber, M. U.; Clark-Lewis, I.; Baggiolini, M.; Rot, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 7158-7162.
25. Spillmann, D.; Witt, D.; Lindahl, U. J. Biol. Chem. 1998, 273, 15487-15493.
26. Mulloy, B.; Forster, M. J.; Jones, C.; Davies, D. B. Biochem. J. 1993, 293, 849-858.
27. Boobbyer, D. N. A.; Goodford, P. J.; McWhinnie, P. M.; Wade, R. C. J. Med. Chem. 1989, 32, 1083-1094.
28. Wade, R. C.; Clark, K. J.; Goodford, P. J. J. Med. Chem. 1993, 36, 140-147.
29. Wade, R. C.; Goodford, P. J. J. Med. Chem. 1993, 36, 148-156.
30. Kraulis, P. J. J. Appl. Crystallogr. 1991, 24, 946-950.
31. Wallace, A. C.; Laskowski, R. A.; Thornton, J. M. Protein Eng. 1995, 8, 127-134.
32. Skinner, R.; Abrahams, J.-P.; Whisstock, J. C.; Lesk, A. M.; Carrell, R. W.; Wardell, M. R. J. Mol. Biol. 1997, 266, 601-609.
33. Baldwin, E. T.; Weber, I. T.; Charles, R. S.; Xuan, J.-C.; Appella, E.; Yamada, M.; Matsushima, K.; Edwards, B. F. P.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Wlodawer, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 502-506.
34. Clore, G. M.; Appella, E.; Yamada, M.; Matsushima, K.; Gronenborn, A. M. Biochemistry 1990, 29, 1689-1696.
35. Vriend, G. J. Mol. Graph. 1990, 8, 52-56.
36. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comp. Chem. 1986, 7, 230-252.
37. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765-784.
38. Coutinho, P. M.; Dowd, M. K.; Reilly, P. J. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1997, 28, 162-173.
39. Ornitz, D. M.; Herr, A. B.; Nilsson, M.; Westman, J.; Svahn, C.-M.; Waksman, G. Science 1995, 268, 432-436.
40. Evans, D. L.; Marshall, C. J.; Christey, P. B.; Carrell, R. W. Biochemistry 1992, 31, 12629-12642.
41. Jackson, R. M.; Sternberg, M. J. E. J. Mol. Biol. 1995, 20, 258-275.
42. Olson, M. A.; Cuff, L. J. Mol. Recognit. 1997, 10, 277-289.
43. Vyas, N. K.; Vyas, M. N.; Quiocho, F. A. J. Biol. Chem. 1991, 266, 5226-5237.
44. Spurlino, J. C.; Lu, G. Y.; Quiocho, F. A. J. Biol. Chem. 1991, 266, 5202-5219.
45. Hebert, C. A.; Vitangcol, R. V.; Baker, J. B. J. Biol. Chem. 1991, 266, 18989-18994.
46. Clark-Lewis, I.; Schumacher, C.; Baggiolini, M.; Moser, B. J. Biol. Chem. 1991, 266, 23128-23134.
47. Clubb, R. T.; Omichinski, J. G.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. FEBS Lett. 1994, 338, 93-97.
48. Williams, G.; Borkakoti, N.; Bottomley, G. A.; Cowan, I.; Fallowfield, A. G.; Jones, P. S.; Kirtland, S. J.; Price, G. J.; Price, L. J. Biol. Chem. 1996, 271, 9579-9586.
49. Kuschert, G. S. V.; Hoogewerf, A. J.; Proudfoot, A. E. I.; Chung, C.; Cooke, R. M.; Hubbard, R. E.; Wells, T. N. C.; Sanderson, P. N. Biochemistry 1998, 37, 11193-11201.
50. Mayo, K. H.; Ilyina, E.; Roongta, V.; Dundas, M.; Joseph, J.; Lai, C. K.; Maione, T.; Daly, T. J. Biochem. J. 1995, 312, 357-365.