A polarizable embedding DFT study of one-photon absorption in fluorescent proteins

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 15, Issue 13, 2013, Pages 4735-4743

  Beerepoot, Maarten T P ^a   Steindal, Arnfinn Hykkerud ^a   Kongsted, Jacob ^b   Brandsdal, Bjørn Olav ^a   Frediani, Luca ^a   Ruud, Kenneth ^a   Olsen, Jógvan Magnus Haugaard ^b  

^a UNIVERSITY OF TROMSØ   (Norway)

^b UNIVERSITY OF SOUTHERN DENMARK   (Denmark)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GREEN FLUORESCENT PROTEIN; PROTON;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; GENETICS; MOLECULAR DYNAMICS; MUTATION; QUANTUM THEORY;

GREEN FLUORESCENT PROTEINS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MOLECULAR STRUCTURE; MUTATION; PROTONS; QUANTUM THEORY;

EID: 84874904825     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3cp44659j     Document Type: Article

References (65)

1. R. Y. Tsien Annu. Rev. Biochem. 1998 67 509 544
2. M. Zimmer Chem. Rev. 2002 102 759 781
3. A. B. Cubitt R. Heim S. R. Adams A. E. Boyd L. A. Gross R. Y. Tsien Trends Biochem. Sci. 1995 20 448 455
4. M. Ormö A. B. Cubitt K. Kallio L. A. Gross R. Y. Tsien S. J. Remington Science 1996 273 1392 1395
5. R. Heim D. C. Prasher R. Y. Tsien Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 12501 12504
6. M. Chalfie Y. Tu G. Euskirchen W. W. Ward D. C. Prasher Science 1994 263 802 805
7. R. Heim A. B. Cubitt R. Y. Tsien Nature 1995 373 663 664
8. B. P. Cormack R. H. Valdivia S. Falkow Gene 1996 173 33 38
9. R. Heim R. Y. Tsien Curr. Biol. 1996 6 178 182
10. C. Xu W. Zipfel J. B. Shear R. M. Williams W. W. Webb Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 10763 10768
11. R. M. Wachter B. A. King R. Heim K. Kallio R. Y. Tsien S. G. Boxer S. J. Remington Biochemistry 1997 36 9759 9765
12. R. M. Wachter M.-A. Elsliger K. Kallio G. T. Hanson S. J. Remington Structure 1998 6 1267 1277
13. S. J. Remington Methods Enzymol. 2000 305 196 211
14. M. Lelimousin M. Noirclerc-Savoye C. Lazareno-Saez B. Paetzold S. Le Vot R. Chazal P. Macheboeuf M. J. Field D. Bourgeois A. Royant Biochemistry 2009 48 10038 10046
15. A. Royant M. Noirclerc-Savoye J. Struct. Biol. 2011 174 385 390
16. R. M. Wachter D. Yarbrough K. Kallio S. J. Remington J. Mol. Biol. 2000 301 157 171
17. R. Nifosì Y. Luo J. Phys. Chem. B 2007 111 14043 14050
18. C. Filippi M. Zaccheddu F. Buda J. Chem. Theory Comput. 2009 5 2074 2087
19. M.-Y. Zhang J.-Y. Wang C.-S. Lin W.-D. Cheng Int. J. Quantum Chem. 2012 112 2607 2614
20. M. A. L. Marques X. López D. Varsano A. Castro A. Rubio Phys. Rev. Lett. 2003 90 258101
21. I. Demachy J. Ridard H. Laguitton-Pasquier E. Durnerin G. Vallverdu P. Archirel B. Lévy J. Phys. Chem. B 2005 109 24121 24133
22. J.-Y. Hasegawa K. Fujimoto B. Swerts T. Miyahara H. Nakatsuji J. Comput. Chem. 2007 28 2443 2452
23. A. H. Steindal J. M. H. Olsen K. Ruud L. Frediani J. Kongsted Phys. Chem. Chem. Phys. 2012 14 5440 5451
24. C. Filippi F. Buda L. Guidoni A. Sinicropi J. Chem. Theory Comput. 2012 8 112 124
25. P. Amat R. Nifosì J. Chem. Theory Comput. 2013 9 497 508
26. J. M. Olsen K. Aidas J. Kongsted J. Chem. Theory Comput. 2010 6 3721 3734
27. H. M. Berman J. Westbrook Z. Feng G. Gilliland T. N. Bhat H. Weissig I. N. Shindyalov P. E. Bourne Nucleic Acids Res. 2000 28 235 242
28. F. Yang L. G. Moss G. N. Philips Jr. Nat. Biotechnol. 1996 14 1246 1251
29. N. Reuter H. Lin W. Thiel J. Phys. Chem. B 2002 106 6310 6321
30. Schrödinger Suite 2011 Protein Preparation Wizard, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2011
31. G. A. Kaminski R. A. Friesner J. Tirado-Rives W. L. Jorgensen J. Phys. Chem. B 2001 105 6474 6487
32. W. L. Jorgensen D. S. Maxwell J. Tirado-Rives J. Am. Chem. Soc. 1996 118 11225 11236
33. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
34. Desmond Molecular Dynamics System, version 3.0, D. E. Shaw Research, New York, NY, 2011
35. Maestro-Desmond Interoperability Tools, version 3.0, Schrödinger, New York, NY, 2011
36. B. R. Brooks R. E. Bruccoleri B. D. Olafson D. J. States S. Swaminathan M. Karplus J. Comput. Chem. 1983 4 187 217
37. S. Nosé Mol. Phys. 1984 52 255 268
38. W. G. Hoover Phys. Rev. A 1985 31 1695 1697
39. G. J. Martyna D. J. Tobias M. L. Klein J. Chem. Phys. 1994 101 4177 4189
40. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
41. M. E. Tuckerman B. J. Berne A. Rossi J. Chem. Phys. 1991 94 1465 1469
42. J.-P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327 341
43. QSite, version 5.7, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2011
44. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648 5652
45. P. J. Stephens F. J. Devlin C. F. Chabalowski M. J. Frisch J. Phys. Chem. 1994 98 11623 11627
46. W. J. Hehre R. Ditchfield J. A. Pople J. Chem. Phys. 1972 56 2257 2261
47. M. M. Francl W. J. Pietro W. J. Hehre J. S. Binkley D. J. DeFrees J. A. Pople J. Chem. Phys. 1982 77 3654 3665
48. T. Clark J. Chandrasekhar G. W. Spitznagel P. v. R. Schleyer J. Comput. Chem. 1983 4 294 301
49. DALTON, a molecular electronic structure program, Release Dalton2011 (2011), see http://daltonprogram.org/
50. D. W. Zhang J. Z. H. Zhang J. Chem. Phys. 2003 119 3599 3605
51. P. Söderhjelm U. Ryde J. Phys. Chem. A 2009 113 617 627
52. L. Gagliardi R. Lindh G. Karlström J. Chem. Phys. 2004 121 4494 4500
53. F. Aquilante L. De Vico N. Ferré G. Ghigo P.-Å. Malmqvist P. Neogrády T. B. Pedersen M. Pitoňák M. Reiher B. O. Roos L. Serrano-Andrés M. Urban V. Veryazov R. Lindh J. Comput. Chem. 2010 31 224 247
54. E. Runge E. K. U. Gross Phys. Rev. Lett. 1984 52 997 1000
55. T. Yanai D. P. Tew N. C. Handy Chem. Phys. Lett. 2004 393 51 57
56. M. J. G. Peach P. Benfield T. Helgaker D. J. Tozer J. Chem. Phys. 2008 128 044118
57. F. Jensen J. Chem. Theory Comput. 2010 6 2726 2735
58. N. H. List J. M. Olsen T. Rocha-Rinza O. Christiansen J. Kongsted Int. J. Quantum Chem. 2012 112 789 800
59. S. Kristyán P. Pulay Chem. Phys. Lett. 1994 229 175 180
60. P. Hobza J. Šponer T. Reschel J. Comput. Chem. 1995 16 1315 1325
61. M. J. Allen D. J. Tozer J. Chem. Phys. 2002 117 11113 11120
62. J. Černý P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 1624 1626
63. J. Dong K. M. Solntsev L. M. Tolbert J. Am. Chem. Soc. 2006 128 12038 12039
64. M. W. Forbes R. A. Jockusch J. Am. Chem. Soc. 2009 131 17038 17039
65. K. Chingin R. M. Balabin V. Frankevich K. Barylyuk R. Nieckarz P. Sagulenko R. Zenobi Int. J. Mass Spectrom. 2011 306 241 245