Cyan fluorescent protein: Molecular dynamics, simulations, and electronic absorption spectrum

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 109, Issue 50, 2005, Pages 24121-24133

  Demachy, Isabelle ^a   Ridard, Jacqueline ^a   Laguitton Pasquier, Hélène ^a   Durnerin, Elodie ^a   Vallverdu, Germain ^a   Archirel, Pierre ^a   Lévy, Bernard ^a  

^a UNIVERSITÉ PARIS SUD   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ABSORPTION; CONFORMATIONS; FLUORESCENCE; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM THEORY;

CHARGE CLOUD; ELECTRONIC ABSORPTION; ELECTRONIC TRANSITION; X-RAY CONFORMATIONS;

PROTEINS;

EID: 30544454773     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp054656w     Document Type: Article

References (48)

1. Tsien, R. Y. Annu. Rev. Biochem. 1998, 67, 509-544.
2. Zimmer, M. Chem. Rev. 2002, 102, 759-781.
3. Tozzini, V.; Pellegrini, F.; Beltram, F. In CRC Handbook of Organic Photochemistry and Photobiology; Horsphool, W. M., Lenci, F., Eds.; CRC: Washington, DC, 2003; chapter 139.
4. Morise, H.; Shimomura, O.; Johnson, F. H.; Winant, J. Biochemistry 1974, 13, 2656-2662.
5. Palm, O. J.; Zdanov, A.; Gaitaranis, O. A.; Stauber, R.; Pavlakis, G. N. ; Wlodawer, A. Not. Struct. Biol. 1997, 4, 361.
6. Chattoraj, M.; King, B. A.; Bublitz, G. U.; Boxer, S. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8362.
7. Lossau, H.; Kummer, A.; Heinecke, R.; Pöllinger-Dammer, F.; Kompa, C.; Bieser, G.; Jonsson, T.; Silva, C. M.; Yang, M. M.; Yoyvan, D. C.; Michel-Beyerle, M. E. Chem. Phys. 1996, 213, 1.
8. Cotlet, M.; Hofkens, J.; Michael, M.; Gensch, T.; Van der Auweraer, M.; Michiels, J.; Dirix, G.; Van Guyse, M.; Van der leyden, J.; Visser, A. J. W. G., De Schryver, F. C. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 4999.
9. Winkler, K.; Linder, J.; Subramaniam, V.; Jovin, T. M.; Wöhringer, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 1072.
10. Dickson, R. M.; Cubitt, A. B.; Tsien, R. Y.; Moerner, W. E. Nature 1997, 388, 355.
11. Nifosi, R.; Ferrari, A.; Arcangeli, C.; Tozzini, V.; Pellegrini, V.; Beltram, F. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 1679-1684.
12. Helms, V.; Straatsma, T. P.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 3263-3269.
13. Reuter, N.; Lin, H.; Thiel, W. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 6310-6321.
14. Nifosi, R.; Tozzini, V. Proteins: Struct., Fund., Genet. 2003, 51, 378-389.
15. Voityuk, A. A.; Michel-Beyerle, M. E.; Rösch, N. Chem. Phys. Lett. 1998, 296, 269-276.
16. Voityuk, A. A.; Michel-Beyerle, M. E.; Rösch, N. Chem. Phys. 1998, 231, 13-25.
17. Weber, W.; Helms, V.; McCammon, J. A.; Langhoff, P. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6177-6182.
18. Helms, V.; Winstead, C.; Langhoff, P. W. J. Mol. Struct: THEOCHEM 2000, 506, 179-189.
19. El Yazal, J.; Prendergast, F. G.; Shaw, D. E.; Pang, Y. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 11411-11415.
20. Voityuk, A. A.; Kummer, A. D.; Michel-Beyerle, M. E.; Rösch, N. Chem. Phys. 2001, 269, 83-91.
21. Chan, M. C.; Lambert, C. R.; Urgitis, J. D.; Zimmer, M. Chem. Phys. 2001, 270, 157-164.
22. Tozzini, V.; Nifosi, R. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5597-5803.
23. Lill, M. A.; Helms, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2778-2781.
24. Toniolo, A.; Granucci, G.; Martinez, T. J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 3822-3830.
25. Marques, M. A. L.; Lopez, X.; Varsano, D.; Castro, A.; Rubio, A. Phys. Rev. Lett. 2003, 90, 258101.
26. Laino, T.; Nifosi, R.; Tozzini, V. Chem. Phys. 2004, 298, 17-28.
27. Martin, M. A.; Negri, F.; Olivucci, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5452-5464.
28. Zhang, R.; Nguyen, M. T.; Ceulemans, A. Chem. Phys. Lett. 2005, 404, 250-256.
29. Warshel, A.; Lappicirella, A. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 4664.
30. Warshel, A.; Chu, Z. T. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9857.
31. Callis, P. R.; Liu, T. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 4248.
32. Spezia, R.; Aschi, M.; Di Nola, A.; Di Valentin, M.; Carbonera, D.; Amadei, A. Biophys. J. 2003, 84, 2805.
33. Somers, K. R. F.; Krüger, P.; Bucikiewicz, S.; De Maeyer, M.; Engelborghs, Y.; Ceulemans, A. Protein Sci. 2004, 13, 1823.
34. Seifert, M. H. J.; Ksiazek, D.; Azim, M. K.; Smialowsli, P.; Budisa, N.; Holak, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7932-7942.
35. Bae, J. H.; Rubini, M.; Jung, G.; Wiegand, G.; Seifert, M. H. J.; Azim, M. K.; Kim, J.; Zumbusch, A.; Holak, T. A.; Moroder, L.; Huber, R.; Budisa, N. J. Mol. Biol. 2003, 328, 1071-1081.
36. Villoing, A. Rapp. DEA (Université Paris XI) 2003.
37. Rizzo, M. A.; Springer, G. H.; Granada, B.; Piston, D. W. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 44.
38. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049.
39. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.6; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
40. Ridard, J.; Lévy, B. J. Comput. Chem. 1999, 20, 473.
41. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 7; University of California; San Francisco, CA, 2002.
42. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
43. Sham, Y. Y.; Warshel, A. J. Chem. Phys. 1998, 109, 7940.
44. Nam, K.; Gao, J.; York, D. M. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 2.
45. Luzkhov, V.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 4491.
46. Wanko, M.; Hoffmann, M.; Strodel, P.; Koslowski, A.; Thiel, W.; Neese, F.; Frauenheim, T.; Elstner, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 3606.
47. Fantacci, S.; Migani, A.; Olivucci, M. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 1208-1213.
48. Stone, A. J. The Theory of Intermolecular Forces; Clarendon Press; Oxford, England, 1996.