Characterization of host-cell line specific glycosylation profiles of early transmitted/founder HIV-1 gp120 envelope proteins

Journal of Proteome Research

Volumn 12, Issue 3, 2013, Pages 1223-1234

  Go, Eden P ^a   Liao, Hua Xin ^b   Alam, S Munir ^b   Hua, David ^a   Haynes, Barton F ^b   Desaire, Heather ^a  

^a UNIVERSITY OF KANSAS   (United States)

^b DUKE UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

CID; ETD; glycopeptide; glycosylation site; gp120; HIV; immunology; mass spectrometry; O linked glycan

Indexed keywords

ANTIGEN; ENVELOPE PROTEIN; GLYCAN; GLYCOPROTEIN GP 120; MANNOSE;

ARTICLE; CELL LINE; CHO CELL; CLINICAL EVALUATION; COLLISIONALLY ACTIVATED DISSOCIATION; CONTROLLED STUDY; DEGLYCOSYLATION; ELECTRON TRANSPORT; EMBRYO; FEMALE; FERMENTATION; GLYCOSYLATION; HOST CELL; HUMAN; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; IMMUNOGENICITY; NONHUMAN; PEPTIDE ANALYSIS; PEPTIDE MAPPING; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN PHOSPHORYLATION; VALIDATION PROCESS; VIRUS TRANSMISSION;

EID: 84874622598     PISSN: 15353893     EISSN: 15353907     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr300870t     Document Type: Article

References (55)

1. Go, E. P.; Hewawasam, G.; Liao, H. X.; Chen, H.; Ping, L. H.; Anderson, J. A.; Hua, D. C.; Haynes, B. F.; Desaire, H. J. Virol. 2011, 85 (16) 8270-8284
2. Jianwei, Z. Biotechnol. Adv. 2012, 30 (5) 1158-1170
3. Walsh, G. Nat. Biotechnol. 2006, 24 (7) 769-776
4. Wurm, F. M. Nat. Biotechnol. 2004, 22 (11) 1393-1398
5. Griffin, T. J.; Seth, G.; Xie, H.; Bandhakavi, S.; Hu, W. S. Trends Biotechnol. 2007, 25 (9) 401-408
6. Brooks, S. A. Mol. Biotechnol. 2004, 28 (3) 241-255
7. Walsh, G.; Jefferis, R. Nat. Biotechnol. 2006, 24 (10) 1241-1252
8. Walsh, G. Drug Discovery Today 2010, 15 (17-18) 773-780
9. Beck, A.; Wagner-Rousset, E.; Wurch, T.; Corvaia, N. M S-Med. Sci. 2009, 25 (12) 1024-1032
10. Sethuraman, N.; Stadheim, T. A. Curr. Opin. Biotechnol. 2006, 17 (4) 341-346
11. Werner, R. G.; Kopp, K.; Schlueter, M. Acta Paediatrica 2007, 96, 17-22
12. Kornfeld, R.; Kornfeld, S. Annu. Rev. Biochem. 1985, 54, 631-664
13. Ohtsubo, K.; Marth, J. D. Cell 2006, 126 (5) 855-867
14. Brooks, S. A. Expert Rev. Proteomics 2006, 3 (3) 345-359
15. Jenkins, N.; Parekh, R. B.; James, D. C. Nat. Biotechnol. 1996, 14 (8) 975-981
16. Butler, M. Cytotechnology 2006, 50 (1-3) 57-76
17. Lauc, G.; Zoldos, V. Mol. Biosyst. 2010, 6 (12) 2373-2379
18. Marino, K.; Bones, J.; Kattla, J. J.; Rudd, P. M. Nat. Chem. Biol. 2010, 6 (10) 713-723
19. Morelle, W.; Michalski, J. C. Nat. Protoc. 2007, 2 (7) 1585-1602
20. Geyer, H.; Geyer, R. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1764 (12) 1853-1869
21. Rakus, J. F.; Mahal, L. K. Annu. Rev. Anal. Chem. 2011, 4 (1) 367-392
22. Brooks, S. A. Mol. Biotechnol. 2009, 43 (1) 76-88
23. Budnik, B. A.; Lee, R. S.; Steen, J. A. J. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1764 (12) 1870-1880
24. Leymarie, N.; Zaia, J. Anal. Chem. 2012, 84 (7) 3040-3048
25. Zhang, Y.; Go, E. P.; Desaire, H. Anal. Chem. 2008, 80 (9) 3144-3158
26. Hogan, J. M.; Pitteri, S. J.; Chrisman, P. A.; McLuckey, S. A. J. Proteome Res. 2005, 4 (2) 628-632
27. Catalina, M. I.; Koeleman, C. A. M.; Deelder, A. M.; Wuhrer, M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007, 21 (6) 1053-1061
28. Alley, W. R.; Mechref, Y.; Novotny, M. V. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009, 23 (1) 161-170
29. Perdivara, I.; Petrovich, R.; Allinquant, B.; Deterding, L. J.; Tomer, K. B.; Przybylski, M. J. Proteome Res. 2009, 8 (2) 631-642
30. Scott, N. E.; Parker, B. L.; Connolly, A. M.; Paulech, J.; Edwards, A. V. G.; Crossett, B.; Falconer, L.; Kolarich, D.; Djordjevic, S. P.; Hojrup, P.; Packer, N. H.; Larsen, M. R.; Cordwell, S. J. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, 2
31. Wang, D. D.; Hincapie, M.; Rejtar, T.; Karger, B. L. Anal. Chem. 2011, 83 (6) 2029-2037
32. Liedtke, S.; Adamski, M.; Geyer, R.; Pfutzner, A.; Rubsamen-Waigmann, H.; Geyer, H. Glycobiology 1994, 4 (4) 477-484
33. Liedtke, S.; Geyer, R.; Geyer, H. Glycoconj. J. 1997, 14 (7) 785-793
34. Go, E. P.; Rebecchi, K. R.; Dalpathado, D. S.; Bandu, M. L.; Zhang, Y.; Desaire, H. Anal. Chem. 2007, 79 (4) 1708-1713
35. Irungu, J.; Go, E. P.; Dalpathado, D. S.; Desaire, H. Anal. Chem. 2007, 79 (8) 3065-3074
36. Cooper, C. A.; Gasteiger, E.; Packer, N. H. Proteomics 2001, 1 (2) 340-349
37. Go, E. P.; Irungu, J.; Zhang, Y.; Dalpathado, D. S.; Liao, H. X.; Sutherland, L. L.; Alam, S. M.; Haynes, B. F.; Desaire, H. J. Proteome Res. 2008, 7 (4) 1660-1674
38. Irungu, J.; Go, E. P.; Zhang, Y.; Dalpathado, D. S.; Liao, H. X.; Haynes, B. F.; Desaire, H. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19 (8) 1209-1220
39. Go, E. P.; Chang, Q.; Liao, H. X.; Sutherland, L. L.; Alam, S. M.; Haynes, B. F.; Desaire, H. J. Proteome Res. 2009, 8 (9) 4231-4242
40. Alam, S. M.; McAdams, M.; Boren, D.; Rak, M.; Scearce, R. M.; Gao, F.; Camacho, Z. T.; Gewirth, D.; Kelsoe, G.; Chen, P.; Haynes, B. F. J. Immunol. 2007, 178 (7) 4424-4435
41. Alam, S. M.; Scearce, R. M.; Parks, R. J.; Plonk, K.; Plonk, S. G.; Sutherland, L. L.; Gorny, M. K.; Zolla-Pazner, S.; Vanleeuwen, S.; Moody, M. A.; Xia, S. M.; Montefiori, D. C.; Tomaras, G. D.; Weinhold, K. J.; Karim, S. A.; Hicks, C. B.; Liao, H. X.; Robinson, J.; Shaw, G. M.; Haynes, B. F. J. Virol. 2008, 82 (1) 115-125
42. Alam, S. M.; Morelli, M.; Dennison, S. M.; Liao, H. X.; Zhang, R.; Xia, S. M.; Rits-Volloch, S.; Sun, L.; Harrison, S. C.; Haynes, B. F.; Chen, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106 (48) 20234-20239
43. Keele, B. F.; Giorgi, E. E.; Salazar-Gonzalez, J. F.; Decker, J. M.; Pham, K. T.; Salazar, M. G.; Sun, C.; Grayson, T.; Wang, S.; Li, H.; Wei, X.; Jiang, C.; Kirchherr, J. L.; Gao, F.; Anderson, J. A.; Ping, L. H.; Swanstrom, R.; Tomaras, G. D.; Blattner, W. A.; Goepfert, P. A.; Kilby, J. M.; Saag, M. S.; Delwart, E. L.; Busch, M. P.; Cohen, M. S.; Montefiori, D. C.; Haynes, B. F.; Gaschen, B.; Athreya, G. S.; Lee, H. Y.; Wood, N.; Seoighe, C.; Perelson, A. S.; Bhattacharya, T.; Korber, B. T.; Hahn, B. H.; Shaw, G. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105 (21) 7552-7557
44. Colgrave, M. L.; Snelling, H. J.; Shiell, B. J.; Feng, Y. R.; Chan, Y. P.; Bossart, K. N.; Xu, K.; Nikolov, D. B.; Broder, C. C.; Michalski, W. P. Glycobiology 2012, 22 (4) 572-584
45. Chalkley, R. J.; Thalhammer, A.; Schoepfer, R.; Burlingame, A. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106 (22) 8894-8899
46. Raska, M.; Takahashi, K.; Czernekova, L.; Zachova, K.; Hall, S.; Moldoveanu, Z.; Elliott, M. C.; Wilson, L.; Brown, R.; Jancova, D.; Barnes, S.; Vrbkova, J.; Tomana, M.; Smith, P. D.; Mestecky, J.; Renfrow, M. B.; Novak, J. J. Biol. Chem. 2010, 285 (27) 20860-20869
47. Kornfeld, S. FASEB J. 1987, 1 (6) 462-468
48. Ghosh, P.; Dahms, N. M.; Kornfeld, S. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2003, 4 (3) 202-212
49. Dahms, N. M.; Olson, L. J.; Kim, J. J. Glycobiology 2008, 18 (9) 664-678
50. Chen, J. J.; Zhu, Z.; Gershon, A. A.; Gershon, M. D. Cell 2004, 119 (7) 915-926
51. Sleat, D. E.; Wang, Y.; Sohar, I.; Lackland, H.; Li, Y.; Li, H.; Zheng, H.; Lobel, P. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5 (10) 1942-1956
52. Dohgu, S.; Ryerse, J. S.; Robinson, S. M.; Banks, W. A. PLoS. One 2012, 7 (6) e39565
53. Suh, H. S.; Cosenza-Nashat, M.; Choi, N.; Zhao, M. L.; Li, J. F.; Pollard, J. W.; Jirtle, R. L.; Goldstein, H.; Lee, S. C. Am. J. Pathol. 2010, 177 (5) 2446-2458
54. Doores, K. J.; Bonomelli, C.; Harvey, D. J.; Vasiljevic, S.; Dwek, R. A.; Burton, D. R.; Crispin, M.; Scanlan, C. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107 (31) 13800-13805
55. Bonomelli, C.; Doores, K. J.; Dunlop, D. C.; Thaney, V.; Dwek, R. A.; Burton, D. R.; Crispin, M.; Scanlan, C. N. PLoS ONE 2011, 6 (8) e23521