Glycosylation site-specific analysis of clade C HIV-1 envelope proteins

Journal of Proteome Research

Volumn 8, Issue 9, 2009, Pages 4231-4242

  Go, Eden P ^a   Chang, Qing ^a   Liao, Hua Xin ^b   Sutherland, Laura L ^b   Alam, S Munir ^b   Haynes, Barton F ^b   Desaire, Heather ^a  

^a UNIVERSITY OF KANSAS   (United States)

^b DUKE UNIVERSITY MEDICAL CENTER   (United States)

Author keywords

Envelope glycoprotein; Glycosylation; HIV; Mass spectrometry; Vaccine

Indexed keywords

ANTIGEN; ENVELOPE PROTEIN;

ARTICLE; CLADISTICS; CONTROLLED STUDY; DNA FINGERPRINTING; GLYCOSYLATION; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; IMMUNE RESPONSE; IMMUNOGENICITY; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN PURIFICATION; VIRUS INFECTIVITY;

AMINO ACID SEQUENCE; CELL LINE; GLYCOPEPTIDES; GLYCOSYLATION; HIV ENVELOPE PROTEIN GP120; HIV ENVELOPE PROTEIN GP41; HIV-1; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDE FRAGMENTS; PROTEOMICS; SEQUENCE ALIGNMENT;

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1;

EID: 70349923632     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr9002728     Document Type: Article

References (74)

1. MMWR. Morbid. Mortal. Wkly Rep. 2006, 55 (31), 841.
2. McKnight, A.; Aasa-Chapman, M. M. Curr. HIV Res. 2007, 5 (6), 554-560.
3. UNAIDS 2008 Report on the Global Aids Epidemic; UNAIDS: Geneva, Switzerland, 2008.
4. Hemelaar, J.; Gouws, E.; Ghys, P. D.; Osmanov, S. AIDS 2006, 20 (16), W13-W23.
5. Geretti, A. M. Curr. Opin. Infect. Dis. 2006, 19 (1), 1-7.
6. Taylor, B. S.; Sobieszczyk, M. E.; McCutchan, F. E.; Hammer, S. M. N. Engl. J. Med 2008, 358 (15), 1590-1602.
7. Michler, K.; Connell, B. J.; Venter, W. D. F.; Stevens, W. S.; Capovilla, A.; Papathanasopoulos, M. A. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2008, 24 (5), 743-751.
8. Tscherning, C.; Alaeus, A.; Fredriksson, R.; Bjorndal, A.; Deng, H.; Littman, D. R.; Fenyo, E. M.; Albert, J. Virology 1998, 241 (2), 181-188.
9. Bures, R.; Morris, L.; Williamson, C.; Ramjee, G.; Deers, M.; Fiscus, S. A.; bdool-Karim, S.; Montefiori, D. C. J. Virol. 2002, 76 (5), 2233-2244.
10. Derdeyn, C. A.; Decker, J. M.; Bibollet-Ruche, F.; Mokili, J. L.; Muldoon, M.; Denham, S. A.; Heil, M. L.; Kasolo, F.; Musonda, R.; Hahn, B. H.; Shaw, G. M.; Korber, B. T.; Allen, S.; Hunter, E. Science 2004, 303 (5666), 2019-2022.
11. Li, M.; Salazar-Gonzalez, J. F.; Derdeyn, C. A.; Morris, L.; Williamson, C.; Robinson, J. E.; Decker, J. M.; Li, Y. Y.; Salazar, M. G.; Polonis, V. R.; Mlisana, K.; Karim, S. A.; Hong, K. X.; Greene, K. M.; Bilska, M.; Zhou, J. T.; Allen, S.; Chomba, E.; Mulenga, J.; Vwalika, C.; Gao, F.; Zhang, M.; Korber, B. T. M.; Hunter, E.; Hahn, B. H.; Montefiori, D. C. J. Virol. 2006, 80 (23), 11776-11790.
12. Binley, J. M.; Wrin, T.; Korber, B.; Zwick, M. B.; Wang, M.; Chappey, C.; Stiegler, G.; Kunert, R.; Zolla-Pazner, S.; Katinger, H.; Petropoulos, C. J.; Burton, D. R. J. Virol. 2004, 78 (23), 13232-13252.
13. Engelbrecht, S.; de Villiers, T.; Sampson, C. C.; Megede, J. Z.; Barnett, S. W.; van Rensburg, E. J. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2001, 17 (16), 1533-1547.
14. Gnanakaran, S.; Lang, D.; Daniels, M.; Bhattacharya, T.; Derdeyn, C. A.; Korber, B. J. Virol. 2007, 81 (9), 4886-4891.
15. Rademeyer, C.; Moore, P. L.; Taylor, N.; Martin, D. P.; Choge, I. A.; Gray, E. S.; Sheppard, H. W.; Gray, C.; Morris, L.; Williamson, C. Virology 2007, 368 (1), 172-181.
16. Li, Y.; Luo, L. Z.; Rasool, N.; Kang, C. Y. J. Virol. 1993, 67 (1), 584-588.
17. Land, A.; Braakman, I. Biochimie 2001, 83 (8), 783-790.
18. Geijtenbeek, T. B.; van, K. Y. Curr. Top. Microbiol. Immunol. 2003, 276, 31-54.
19. Chohan, B.; Lang, D.; Sagar, M.; Korber, B.; Lavreys, L.; Richardson, B.; Overbaugh, J. J. Virol. 2005, 79 (10), 6528-6531.
20. Liu, Y.; Curlin, M. E.; Diem, K.; Zhao, H.; Ghosh, A. K.; Zhu, H.; Woodward, A. S.; Maenza, J.; Stevens, C. E.; Stekler, J.; Collier, A. C.; Genowati, I.; Deng, W.; Zioni, R.; Corey, L.; Zhu, T.; Mullins, J. I. Virology 2008, 374 (2), 229-233.
21. Reitter, J. N.; Means, R. E.; Desrosiers, R. C. Nat. Med. 1998, 4 (6), 679-684.
22. Kwong, P. D.; Doyle, M. L.; Casper, D. J.; Cicala, C.; Leavitt, S. A.; Majeed, S.; Steenbeke, T. D.; Venturi, M.; Chaiken, I.; Fung, M.; Katinger, H.; Parren, P. W.; Robinson, J.; Van, R. D.; Wang, L.; Burton, D. R.; Freire, E.; Wyatt, R.; Sodroski, J.; Hendrickson, W. A.; Arthos, J. Nature 2002, 420 (6916), 678-682.
23. Wei, X.; Decker, J. M.; Wang, S.; Hui, H.; Kappes, J. C.; Wu, X.; Salazar-Gonzalez, J. F.; Salazar, M. G.; Kilby, J. M.; Saag, M. S.; Komarova, N. L.; Nowak, M. A.; Hahn, B. H.; Kwong, P. D.; Shaw, G. M. Nature 2003, 422 (6929), 307-312.
24. Geyer, H.; Holschbach, C.; Hunsmann, G.; Schneider, J. J. Biol. Chem. 1988, 263 (24), 11760-11767.
25. Mizuochi, T.; Matthews, T. J.; Kato, M.; Hamako, J.; Titani, K.; Solomon, J.; Feizi, T. J. Biol. Chem. 1990, 265 (15), 8519-8524.
26. Zhu, X.; Borchers, C.; Bienstock, R. J.; Tomer, K. B. Biochemistry 2000, 39 (37), 11194-11204.
27. Go, E. P.; Irungu, J.; Zhang, Y.; Dalpathado, D. S.; Liao, H. X.; Sutherland, L. L.; Alam, S. M.; Haynes, B. F.; Desaire, H. J. Proteome Res. 2008, 7 (4), 1660-1674.
28. Irungu, J.; Go, E. P.; Zhang, Y.; Dalpathado, D. S.; Liao, H. X.; Haynes, B. F.; Desaire, H. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19 (8), 1209-1220.
29. Lin, G.; Simmons, G.; Pohlmann, S.; Baribaud, F.; Ni, H.; Leslie, G. J.; Haggarty, B. S.; Bates, P.; Weissman, D.; Hoxie, J. A.; Doms, R. W. J. Virol. 2003, 77 (2), 1337-1346.
30. Zhang, M.; Gaschen, B.; Blay, W.; Foley, B.; Haigwood, N.; Kuiken, C.; Korber, B. Glycobiology 2004, 14 (12), 1229-1246.
31. Chakrabarti, B. K.; Kong, W. P.; Wu, B. Y.; Yang, Z. Y.; Friborg, J.; Ling, X.; King, S. R.; Montefiori, D. C.; Nabel, G. J. J. Virol. 2002, 76 (11), 5357-5368.
32. Gao, F.; Weaver, E. A.; Lu, Z.; Li, Y.; Liao, H. X.; Ma, B.; Alam, S. M.; Scearce, R. M.; Sutherland, L. L.; Yu, J. S.; Decker, J. M.; Shaw, G. M.; Montefiori, D. C.; Korber, B. T.; Hahn, B. H.; Haynes, B. F. J. Virol. 2005, 79 (2), 1154-1163.
33. Liao, H. X.; Sutherland, L. L.; Xia, S. M.; Brock, M. E.; Scearce, R. M.; Vanleeuwen, S.; Alam, S. M.; McAdams, M.; Weaver, E. A.; Camacho, Z.; Ma, B. J.; Li, Y.; Decker, J. M.; Nabel, G. J.; Montefiori, D. C.; Hahn, B. H.; Korber, B. T.; Gao, F.; Haynes, B. F. Virology 2006, 353 (2), 268-282.
34. Chakrabarti, S.; Sisler, J. R.; Moss, B. BioTechniques 1997, 23 (6), 1094-1097.
35. Moss B.; Earl P. L. Overview of the Vaccinia Virus Expression System. In Current Protocols in Molecular Biology; Ausubel, F. M., Brent, R., Kingston, R. E., Moore, D. D., Seidman, J. G., Smith, J. A., Strul, K., Eds.; John Wiley & Sons, Inc.: Indianapolis, IN, 1998; p 60:16.15.
36. Zhang, Y.; Go, E. P.; Desaire, H. Anal. Chem. 2008, 80 (9), 3144-3158.
37. Go, E. P.; Rebecchi, K. R.; Dalpathado, D. S.; Bandu, M. L.; Zhang, Y.; Desaire, H. Anal. Chem. 2007, 79 (4), 1708-1713.
38. Irungu, J.; Go, E. P.; Dalpathado, D. S.; Desaire, H. Anal. Chem. 2007, 79 (8), 3065-3074.
39. Cooper, C. A.; Gasteiger, E.; Packer, N. H. Proteomics 2001, 1 (2), 340-349.
40. Thompson, J. D.; Gibson, T. J.; Plewniak, F.; Jeanmougin, F.; Higgins, D. G. Nucleic Acids Res. 1997, 25 (24), 4876-4882.
41. Fenouillet, E.; Gluckman, J. C.; Jones, I. M. Trends Biochem. Sci. 1994, 19 (2), 65-70.
42. Rudd, P. M.; Dwek, R. A. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1997, 32 (1), 1-100.
43. Wyatt, R.; Sodroski, J. Science 1998, 280 (5371), 1884-1888.
44. Burton, D. R.; Desrosiers, R. C.; Doms, R. W.; Koff, W. C.; Kwong, P. D.; Moore, J. P.; Nabel, G. J.; Sodroski, J.; Wilson, I. A.; Wyatt, R. T. Nat. Immunol. 2004, 5 (3), 233-236.
45. Scanlan, C. N.; Offer, J.; Zitzmann, N.; Dwek, R. A. Nature 2007, 446 (7139), 1038-1045.
46. Santra, S.; Korber, B. T.; Muldoon, M.; Barouch, D. H.; Nabel, G. J.; Gao, F.; Hahn, B. H.; Haynes, B. F.; Letvin, N. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105 (30), 10489-10494.
47. Gaschen, B.; Taylor, J.; Yusim, K.; Foley, B.; Gao, F.; Lang, D.; Novitsky, V.; Haynes, B.; Hahn, B. H.; Bhattacharya, T.; Korber, B. Science 2002, 296 (5577), 2354-2360.
48. Korber, B.; Gaschen, B.; Yusim, K.; Thakallapally, R.; Kesmir, C.; Detours, V. Br. Med. Bull. 2001, 58, 19-42.
49. Binley, J. M.; Wyatt, R.; Desjardins, E.; Kwong, P. D.; Hendrickson, W.; Moore, J. P.; Sodroski, J. AIDS Res. Hum. Retroviruses 1998, 14 (3), 191-198.
50. Zwick, M. B.; Kelleher, R.; Jensen, R.; Labrijn, A. F.; Wang, M.; Quinnan, G. V., Jr.; Parren, P. W.; Burton, D. R. J. Virol. 2003, 77 (12), 6965-6978.
51. Koch, M.; Pancera, M.; Kwong, P. D.; Kolchinsky, P.; Grundner, C.; Wang, L.; Hendrickson, W. A.; Sodroski, J.; Wyatt, R. Virology 2003, 313 (2), 387-400.
52. Kwong, P. D.; Wyatt, R.; Sattentau, Q. J.; Sodroski, J.; Hendrickson, W. A. J. Virol. 2000, 74 (4), 1961-1972.
53. Rizzuto, C.; Sodroski, J. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2000, 16 (8), 741-749.
54. Rizzuto, C. D.; Wyatt, R.; Hernandez-Ramos, N.; Sun, Y.; Kwong, P. D.; Hendrickson, W. A.; Sodroski, J. Science 1998, 280 (5371), 1949-1953.
55. Wyatt, R.; Kwong, P. D.; Desjardins, E.; Sweet, R. W.; Robinson, J.; Hendrickson, W. A.; Sodroski, J. G. Nature 1998, 393 (6686), 705-711.
56. Yuste, E.; Bixby, J.; Lifson, J.; Sato, S.; Johnson, W.; Desrosiers, R. J. Virol. 2008, 82, 12472-12486.
57. Sanders, R. W.; Venturi, M.; Schiffner, L.; Kalyanaraman, R.; Katinger, H.; Lloyd, K. O.; Kwong, P. D.; Moore, J. P. J. Virol. 2002, 76 (14), 7293-7305.
58. Gray, E. S.; Moore, P. L.; Pantophlet, R. A.; Morris, L. J. Virol. 2007, 81 (19), 10769-10776.
59. Zhou, T.; Xu, L.; Dey, B.; Hessell, A. J.; Van, R. D.; Xiang, S. H.; Yang, X.; Zhang, M. Y.; Zwick, M. B.; Arthos, J.; Burton, D. R.; Dimitrov, D. S.; Sodroski, J.; Wyatt, R.; Nabel, G. J.; Kwong, P. D. Nature 2007, 445 (7129), 732-737.
60. Wyss, D. F.; Choi, J. S.; Li, J.; Knoppers, M. H.; Willis, K. J.; Arulanandam, A. R. N.; Smolyar, A.; Reinherz, E. L.; Wagner, G. Science 1995, 269 (5228), 1273-1278.
61. Jitsuhara, Y.; Toyoda, T.; Itai, T.; Yamaguchi, H. J. Biochem. (Tokyo) 2002, 132 (5), 803-811.
62. Yamaguchi, H. Trends Glycosci. Glycotechnol. 2002, 14 (77), 139-151.
63. Gao, F.; Liao, H. X.; Hahn, B. H.; Letvin, N. L.; Korber, B. T.; Haynes, B. F. Curr, HIV Res. 2007, 5 (6), 572-577.
64. Wu, L.; KewalRamani, V. N. Nat. Rev. Immunol. 2006, 6 (11), 859-868.
65. Lekkerkerker, A. N.; van Kooyk, Y.; Geijtenbeek, T. B. H. Curr. HIV Res. 2006, 4 (2), 169-176.
66. Feinberg, H.; Mitchell, D. A.; Drickamer, K.; Weis, W. I. Science 2001, 294 (5549), 2163-2166.
67. Hong, P. W.; Flummerfelt, K. B.; de, P. A.; Gurney, K.; Elder, J. H.; Lee, B. J. Virol. 2002, 76 (24), 12855-12865.
68. Hong, P. W.; Nguyen, S.; Young, S.; Su, S. V.; Lee, B. J. Virol. 2007, 81 (15), 8325-8336.
69. Mitchell, D. A.; Fadden, A. J.; Drickamer, K. J. Biol. Chem. 2001, 276 (31), 28939-28945.
70. Haynes, B. F.; Montefiori, D. C. Expert Rev. Vaccines 2006, 5 (4), 579-595.
71. Humbert, M.; Dietrich, U. AIDS Rev. 2006, 8 (2), 51-59.
72. Pantophlet, R.; Burton, D. R. Annu. Rev. Immunol. 2006, 24, 739-769.
73. Saunders, C. J.; McCaffrey, R. A.; Zharkikh, I.; Kraft, Z.; Malenbaum, S. E.; Burke, B.; Cheng-Mayer, C.; Stamatatos, L. J. Virol. 2005, 79 (14), 9069-9080.
74. Wolk, T.; Schreiber, M. Med. Microbiol. Immunol. 2006, 195 (3), 165-172.